More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2294 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2294  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 226 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000876575  normal  0.575243 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2316  response regulator receiver protein  79.2 
 
 		 226 aa  367  1e-101  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000147543  hitchhiker  0.000888492 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1718  response regulator receiver protein  60.44 
 
 		 224 aa  291  4e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0955826  normal  0.0525727 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2416  two component transcriptional regulator  63.39 
 
 		 226 aa  286  1e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134995  hitchhiker  0.000110965 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2050  two component transcriptional regulator  63.56 
 
 		 226 aa  286  2e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2301  two component transcriptional regulator  63.56 
 
 		 226 aa  285  4e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2046  two component transcriptional regulator, winged helix family  63.56 
 
 		 226 aa  285  5e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.095715  hitchhiker  0.000000000691151 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1959  two component transcriptional regulator  62.39 
 
 		 226 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.400986  normal  0.283843 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2426  DNA-binding response regulator  60.35 
 
 		 237 aa  281  7.000000000000001e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1904  two component transcriptional regulator  62.39 
 
 		 226 aa  280  9e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00970528  hitchhiker  0.0000356769 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2074  two component transcriptional regulator  61.95 
 
 		 226 aa  279  2e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00164535  hitchhiker  0.00140528 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1941  two component transcriptional regulator  60.7 
 
 		 236 aa  276  1e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1936  two component transcriptional regulator  58.48 
 
 		 226 aa  257  1e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0482001  normal  0.0104585 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2150  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  46.75 
 
 		 220 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.175243  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2236  two component transcriptional regulator  48.92 
 
 		 227 aa  194  7e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000435819  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1906  transcriptional regulatory protein-like protein  43.35 
 
 		 248 aa  186  3e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00141074  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000851  probable transcriptional regulator SyrB  43.42 
 
 		 221 aa  176  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00675785  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06763  transcriptional regulatory protein CpxR  43.17 
 
 		 221 aa  173  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0311  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  38.89 
 
 		 228 aa  164  8e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00012342  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2625  two component transcriptional regulator  40.79 
 
 		 232 aa  161  9e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000561273 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3933  two component transcriptional regulator  42.04 
 
 		 227 aa  159  3e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000956729  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1562  two component transcriptional regulator  40.95 
 
 		 228 aa  158  8e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000591425  unclonable  0.00000000000208218 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00149  transcriptional regulator CpxR  40.95 
 
 		 229 aa  156  3e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3570  two component transcriptional regulator  42.11 
 
 		 227 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000660562  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1750  transcriptional regulatory protein CpxR  37.39 
 
 		 242 aa  155  6e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000216865  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002219  copper-sensing two-component system response regulator CpxR  40.77 
 
 		 229 aa  154  1e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000572967  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0279  two component transcriptional regulator  40.27 
 
 		 227 aa  153  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000622263  unclonable  0.000000000101633 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3962  two-component response regulator PfeR  41.26 
 
 		 240 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0794  two component transcriptional regulator  35.68 
 
 		 232 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.665518  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0136  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  39.66 
 
 		 232 aa  152  4e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1213  two component transcriptional regulator  37.89 
 
 		 252 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0128  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  39.66 
 
 		 232 aa  151  8e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.3237  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0281  two component transcriptional regulator  42.04 
 
 		 227 aa  151  8e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000215794  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3461  response regulator receiver  40.43 
 
 		 226 aa  150  1e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4221  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 		 240 aa  150  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.430301  normal  0.246318 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6145  two component response regulator  36.16 
 
 		 229 aa  149  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0235  two component transcriptional regulator  38.1 
 
 		 230 aa  149  4e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2264  transcriptional regulator CpxR  40.27 
 
 		 228 aa  149  4e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000005667  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0319  two component transcriptional regulator  37.89 
 
 		 223 aa  149  4e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000369721  hitchhiker  0.00000000968682 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0585  two component transcriptional regulator  40.36 
 
 		 230 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_143  DNA-binding response regulator, two-component system, OmpR family  37.33 
 
 		 256 aa  148  5e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1750  two component transcriptional regulator  37.83 
 
 		 234 aa  149  5e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1784  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein  37.83 
 
 		 234 aa  149  5e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.561076  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.7 
 
 		 234 aa  148  6e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.178035  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1393  transcriptional regulatory protein CpxR  36.89 
 
 		 226 aa  148  7e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1603  transcriptional regulatory protein CpxR  36.89 
 
 		 226 aa  147  9e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2279  DNA-binding response regulator  39.48 
 
 		 238 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0153  two component transcriptional regulator  38.98 
 
 		 253 aa  147  1.0000000000000001e-34  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.711737  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1651  winged helix family two component transcriptional regulator  37.72 
 
 		 272 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.514526  normal  0.527007 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4066  two component transcriptional regulator  37.72 
 
 		 253 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.945155 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1731  two component transcriptional regulator  35.4 
 
 		 236 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.135854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2416  two component transcriptional regulator  38.63 
 
 		 255 aa  146  3e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0279623 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0987  two component transcriptional regulator  38.43 
 
 		 235 aa  146  3e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000260123  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0558  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.78 
 
 		 237 aa  145  4.0000000000000006e-34  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1487  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.74 
 
 		 232 aa  145  4.0000000000000006e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.487145  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.78 
 
 		 235 aa  145  4.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0579  two component transcriptional regulator  38.57 
 
 		 230 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4460  two component transcriptional regulator  38.33 
 
 		 230 aa  145  5e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0135  DNA-binding response regulator  36.84 
 
 		 230 aa  145  6e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1878  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 242 aa  145  7.0000000000000006e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.559477 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1115  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.09 
 
 		 243 aa  144  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0950226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1253  two component transcriptional regulator  37.72 
 
 		 253 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85938  hitchhiker  0.000294124 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1453  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 244 aa  144  1e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.952418  normal  0.0249242 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0716  two component transcriptional regulator  35.9 
 
 		 233 aa  144  1e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0954  two component transcriptional regulator  40.53 
 
 		 243 aa  144  1e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0817018 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5311  two component transcriptional regulator  37.71 
 
 		 246 aa  144  1e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.554395  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0581  winged helix family two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 242 aa  144  1e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.296955  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1414  two component transcriptional regulator  36.17 
 
 		 235 aa  143  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3920  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 		 232 aa  143  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.175599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4207  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.53 
 
 		 247 aa  143  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4373  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 		 243 aa  143  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1174  two component transcriptional regulator  39.57 
 
 		 239 aa  143  2e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0181894  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1136  two component transcriptional regulator  39.57 
 
 		 239 aa  143  2e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000652217  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1304  DNA-binding response regulator  35.74 
 
 		 235 aa  142  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.18531  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6517  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.82 
 
 		 228 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0325894 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1223  two component transcriptional regulator  38.72 
 
 		 230 aa  143  3e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.140258  normal  0.151028 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1831  two component transcriptional regulator  37.23 
 
 		 225 aa  142  3e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.989444  normal  0.522163 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2763  DNA-binding response regulator  35.74 
 
 		 235 aa  142  3e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0137809  hitchhiker  0.000236663 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15610  Response regulator, transciptional regulatory protein  37.5 
 
 		 225 aa  142  5e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0572115  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  38.6 
 
 		 229 aa  142  5e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2983  two component transcriptional regulator  37.12 
 
 		 228 aa  142  5e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52250  two-component response regulator  37.33 
 
 		 239 aa  141  6e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.220903 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3432  response regulator receiver protein  38.46 
 
 		 228 aa  141  6e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000345172  normal  0.351937 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0676  two comoponent transcriptional regulator  36.09 
 
 		 231 aa  141  7e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000021656  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.06 
 
 		 235 aa  141  7e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2869  two component transcriptional regulator  37.1 
 
 		 222 aa  141  7e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.643015  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0109  two component transcriptional regulator  36.86 
 
 		 253 aa  141  8e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.427788  normal  0.468211 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4371  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.33 
 
 		 228 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0084  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  42.36 
 
 		 232 aa  141  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.601085  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2384  two component transcriptional regulator  39.13 
 
 		 259 aa  140  9.999999999999999e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0081  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  42.36 
 
 		 232 aa  141  9.999999999999999e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4132  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  42.36 
 
 		 232 aa  141  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000494358  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0783  two component transcriptional regulator  38.22 
 
 		 231 aa  141  9.999999999999999e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0568  two component transcriptional regulator  36.77 
 
 		 230 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.929745 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4072  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.48 
 
 		 232 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.476785  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4143  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  41.48 
 
 		 232 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2418  two component transcriptional regulator  35.74 
 
 		 237 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4457  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  41.48 
 
 		 232 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4276  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  41.48 
 
 		 232 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.85215 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4305  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  41.48 
 
 		 232 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0517203  normal  0.0145886 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>