More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2150 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_2150  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  100 
 
 
220 aa  449  1e-125  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.175243  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2316  response regulator receiver protein  48.44 
 
 
226 aa  218  7e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000147543  hitchhiker  0.000888492 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1718  response regulator receiver protein  48.65 
 
 
224 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0955826  normal  0.0525727 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2294  two component transcriptional regulator  46.75 
 
 
226 aa  213  9.999999999999999e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000876575  normal  0.575243 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1904  two component transcriptional regulator  51.22 
 
 
226 aa  208  4e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00970528  hitchhiker  0.0000356769 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2074  two component transcriptional regulator  50.73 
 
 
226 aa  207  1e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00164535  hitchhiker  0.00140528 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1941  two component transcriptional regulator  47.11 
 
 
236 aa  206  2e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2301  two component transcriptional regulator  51.47 
 
 
226 aa  205  4e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1959  two component transcriptional regulator  47.11 
 
 
226 aa  205  4e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.400986  normal  0.283843 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2046  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.47 
 
 
226 aa  205  5e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.095715  hitchhiker  0.000000000691151 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2426  DNA-binding response regulator  49.51 
 
 
237 aa  204  7e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2050  two component transcriptional regulator  50.98 
 
 
226 aa  204  9e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2416  two component transcriptional regulator  50.98 
 
 
226 aa  203  2e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134995  hitchhiker  0.000110965 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1906  transcriptional regulatory protein-like protein  48.46 
 
 
248 aa  197  9e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00141074  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1936  two component transcriptional regulator  44.98 
 
 
226 aa  192  4e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0482001  normal  0.0104585 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2236  two component transcriptional regulator  45.09 
 
 
227 aa  189  2e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000435819  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3461  response regulator receiver  36.49 
 
 
226 aa  137  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06763  transcriptional regulatory protein CpxR  38.16 
 
 
221 aa  136  3.0000000000000003e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000851  probable transcriptional regulator SyrB  38.65 
 
 
221 aa  134  8e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00675785  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0311  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  37.78 
 
 
228 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00012342  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4460  two component transcriptional regulator  34.82 
 
 
230 aa  131  6.999999999999999e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3933  two component transcriptional regulator  34.96 
 
 
227 aa  125  6e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000956729  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3570  two component transcriptional regulator  39.11 
 
 
227 aa  123  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000660562  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3411  two component transcriptional regulator  32.74 
 
 
229 aa  123  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0279  two component transcriptional regulator  34.98 
 
 
227 aa  122  6e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000622263  unclonable  0.000000000101633 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1213  two component transcriptional regulator  34.07 
 
 
252 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0281  two component transcriptional regulator  38.46 
 
 
227 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000215794  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2797  transcriptional regulator, CpxR  35.11 
 
 
227 aa  118  6e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000288823  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002219  copper-sensing two-component system response regulator CpxR  33.93 
 
 
229 aa  118  7e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000572967  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2625  two component transcriptional regulator  34.8 
 
 
232 aa  118  7e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  unclonable  0.00000000000561273 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1562  two component transcriptional regulator  36.41 
 
 
228 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000591425  unclonable  0.00000000000208218 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2264  transcriptional regulator CpxR  34.53 
 
 
228 aa  116  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000005667  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3432  response regulator receiver protein  36 
 
 
228 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000345172  normal  0.351937 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00149  transcriptional regulator CpxR  33.48 
 
 
229 aa  116  3e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0794  two component transcriptional regulator  33.62 
 
 
232 aa  116  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.665518  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0676  two comoponent transcriptional regulator  33.33 
 
 
231 aa  115  3.9999999999999997e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000021656  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2869  two component transcriptional regulator  35.89 
 
 
222 aa  115  6e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.643015  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00535  Transcriptional regulatory protein CpxR  34.22 
 
 
247 aa  114  1.0000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.774728  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0128  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  36.56 
 
 
232 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.3237  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0136  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  36.56 
 
 
232 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1393  transcriptional regulatory protein CpxR  33.98 
 
 
226 aa  113  2.0000000000000002e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21090  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  33.19 
 
 
231 aa  113  2.0000000000000002e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.664911  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3920  two component transcriptional regulator  31.39 
 
 
232 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.175599  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1603  transcriptional regulatory protein CpxR  33.98 
 
 
226 aa  113  3e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0987  two component transcriptional regulator  34.29 
 
 
235 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000260123  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0568  two component transcriptional regulator  32.85 
 
 
230 aa  111  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.929745 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1841  two component transcriptional regulator  30.85 
 
 
216 aa  111  8.000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0207334  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0185  DNA-binding response regulator CreB  30.94 
 
 
226 aa  111  9e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0534  winged helix family two component transcriptional regulator  32.85 
 
 
230 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0050  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.77 
 
 
235 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0261  two component transcriptional regulator  37.85 
 
 
228 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000347248  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3534  two component transcriptional regulator  33.48 
 
 
234 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0920223  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3381  DNA-binding response regulator  30.77 
 
 
222 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.060909  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0256  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.85 
 
 
228 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000272342  decreased coverage  0.0000106333 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0254  two component transcriptional regulator  37.85 
 
 
228 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000326652  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2983  two component transcriptional regulator  31.84 
 
 
228 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0261  two component transcriptional regulator  37.85 
 
 
228 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000361731  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2279  DNA-binding response regulator  31.86 
 
 
238 aa  109  3e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2301  two component transcriptional regulator  30.19 
 
 
244 aa  109  3e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00025805  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3212  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  30.77 
 
 
222 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.326214 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4276  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  41.04 
 
 
232 aa  109  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.85215 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4457  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  41.04 
 
 
232 aa  109  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4305  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  41.04 
 
 
232 aa  109  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4390  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  41.04 
 
 
232 aa  109  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.918423  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00938  transcriptional regulatory protein CpxR  31.71 
 
 
236 aa  109  4.0000000000000004e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000268904  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1831  two component transcriptional regulator  33.5 
 
 
225 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.989444  normal  0.522163 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0585  DNA-binding response regulator  31.44 
 
 
230 aa  109  4.0000000000000004e-23  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00125793  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4346  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  41.04 
 
 
232 aa  109  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.591439  hitchhiker  0.0000000817459 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0585  two component transcriptional regulator  30.63 
 
 
230 aa  108  6e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0960  two component transcriptional regulator  33.04 
 
 
236 aa  108  6e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0214647 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03798  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CpxA  41.62 
 
 
232 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0579105  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4072  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.62 
 
 
232 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.476785  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5367  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  41.62 
 
 
232 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4392  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  41.62 
 
 
232 aa  108  7.000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4105  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  41.62 
 
 
232 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.393063  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4305  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  41.62 
 
 
232 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0517203  normal  0.0145886 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0319  two component transcriptional regulator  33.67 
 
 
223 aa  108  7.000000000000001e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000369721  hitchhiker  0.00000000968682 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03747  hypothetical protein  41.62 
 
 
232 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0830559  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4143  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  41.62 
 
 
232 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0358  two component transcriptional regulator  30.57 
 
 
229 aa  108  7.000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4446  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  41.62 
 
 
232 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0579  two component transcriptional regulator  30.91 
 
 
230 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4060  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  42.31 
 
 
232 aa  108  9.000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000252632  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1651  winged helix family two component transcriptional regulator  31.56 
 
 
272 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.514526  normal  0.527007 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1256  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein PhoP  34.91 
 
 
236 aa  107  1e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.577358  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29730  putative two-component response regulator  29.86 
 
 
223 aa  107  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3962  two-component response regulator PfeR  29.55 
 
 
240 aa  107  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4033  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  41.1 
 
 
232 aa  107  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1750  two component transcriptional regulator  34.93 
 
 
234 aa  106  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1750  transcriptional regulatory protein CpxR  33.88 
 
 
242 aa  107  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000216865  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1784  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein  34.93 
 
 
234 aa  106  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.561076  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3485  two component transcriptional regulator  31.11 
 
 
236 aa  107  2e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4371  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.22 
 
 
228 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3846  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.84 
 
 
222 aa  107  2e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2543  putative two-component response regulator  30.49 
 
 
223 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0177943  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0367  two component transcriptional regulator  36.61 
 
 
228 aa  106  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000100212  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4066  two component transcriptional regulator  31.11 
 
 
253 aa  106  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.945155 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1947  two component transcriptional regulator  29.86 
 
 
222 aa  106  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.421076  normal  0.0119241 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0483  two component transcriptional regulator  31.22 
 
 
229 aa  106  3e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.342081  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2330  DNA-binding response regulator  32.13 
 
 
228 aa  105  4e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>