More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_00938 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_00938  transcriptional regulatory protein CpxR  100 
 
 		 236 aa  481  1e-135  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000268904  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2301  two component transcriptional regulator  71.85 
 
 		 244 aa  341  7e-93  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00025805  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1393  transcriptional regulatory protein CpxR  49.56 
 
 		 226 aa  230  1e-59  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1603  transcriptional regulatory protein CpxR  49.56 
 
 		 226 aa  230  2e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1313  transcriptional regulatory protein CpxR  46.7 
 
 		 227 aa  219  1.9999999999999999e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.186950000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0676  two comoponent transcriptional regulator  46.7 
 
 		 231 aa  217  1e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000021656  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0771  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.25 
 
 		 226 aa  217  1e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000423816  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1424  two component transcriptional regulator  45.81 
 
 		 227 aa  217  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00122466  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4460  two component transcriptional regulator  47.27 
 
 		 230 aa  217  2e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2753  transcriptional regulatory protein CpxR  45.81 
 
 		 227 aa  217  2e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000494292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00535  Transcriptional regulatory protein CpxR  45.41 
 
 		 247 aa  215  5e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.774728  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3195  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.35 
 
 		 226 aa  215  5e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.688912  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3275  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.85 
 
 		 232 aa  214  9.999999999999999e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000116561  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3452  two component transcriptional regulator  46.93 
 
 		 226 aa  212  3.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00186092 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1008  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.7 
 
 		 226 aa  211  1e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0050  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.78 
 
 		 235 aa  207  9e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2970  two component transcriptional regulator  47.81 
 
 		 230 aa  207  1e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.068725 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0704  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  46.12 
 
 		 226 aa  204  7e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.710027 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2572  two component transcriptional regulator  49.12 
 
 		 230 aa  203  1e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.186253 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3185  two component transcriptional regulator  47.06 
 
 		 231 aa  203  2e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.729743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7488  two component response regulator  47.77 
 
 		 228 aa  202  5e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.461205  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31150  Response regulator  48.46 
 
 		 249 aa  201  7e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.152443  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3372  winged helix family two component transcriptional regulator  47.62 
 
 		 233 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.690812  normal  0.187928 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3793  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  48.46 
 
 		 229 aa  198  7e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.001028 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2386  two component transcriptional regulator  46.75 
 
 		 253 aa  198  7e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.3038  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0128  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  45.22 
 
 		 232 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.3237  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0136  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  45.22 
 
 		 232 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0716  two component transcriptional regulator  44.83 
 
 		 233 aa  196  3e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1223  two component transcriptional regulator  44.02 
 
 		 230 aa  196  3e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.140258  normal  0.151028 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0319  two component transcriptional regulator  45.29 
 
 		 223 aa  195  4.0000000000000005e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000369721  hitchhiker  0.00000000968682 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6517  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.67 
 
 		 228 aa  195  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0325894 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4371  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.67 
 
 		 228 aa  194  9e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03088  two-component response regulator transcription regulator protein  46.9 
 
 		 246 aa  192  3e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.25081 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0987  two component transcriptional regulator  42.36 
 
 		 235 aa  192  3e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000260123  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2279  DNA-binding response regulator  44.59 
 
 		 238 aa  192  5e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2625  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 232 aa  190  2e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000561273 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0311  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  43.69 
 
 		 228 aa  189  2e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00012342  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4346  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  44.78 
 
 		 232 aa  189  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.591439  hitchhiker  0.0000000817459 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4457  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  44.78 
 
 		 232 aa  189  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4390  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  44.78 
 
 		 232 aa  189  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.918423  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4276  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  44.78 
 
 		 232 aa  189  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.85215 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4305  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  44.78 
 
 		 232 aa  189  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6145  two component response regulator  43.97 
 
 		 229 aa  187  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03798  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CpxA  44.35 
 
 		 232 aa  186  3e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0579105  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4072  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.35 
 
 		 232 aa  186  3e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.476785  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4105  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  44.35 
 
 		 232 aa  186  3e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.393063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4305  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  44.35 
 
 		 232 aa  186  3e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0517203  normal  0.0145886 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4392  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  44.35 
 
 		 232 aa  186  3e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4143  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  44.35 
 
 		 232 aa  186  3e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4446  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  44.35 
 
 		 232 aa  186  3e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03747  hypothetical protein  44.35 
 
 		 232 aa  186  3e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0830559  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5367  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  44.35 
 
 		 232 aa  186  3e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1624  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.87 
 
 		 278 aa  186  4e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4033  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  45.65 
 
 		 232 aa  185  6e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4060  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  43.91 
 
 		 232 aa  184  1.0000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000252632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0279  two component transcriptional regulator  44.89 
 
 		 227 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000622263  unclonable  0.000000000101633 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2797  transcriptional regulator, CpxR  46.15 
 
 		 227 aa  182  3e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000288823  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3850  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  45.02 
 
 		 232 aa  182  3e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.308855  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2914  two component transcriptional regulator  41.33 
 
 		 245 aa  182  5.0000000000000004e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.634998  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4562  two component transcriptional regulator  43.17 
 
 		 247 aa  181  1e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.488322  normal  0.0982939 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4810  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  43.48 
 
 		 232 aa  181  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000617218 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3000  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.89 
 
 		 234 aa  180  2e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2264  transcriptional regulator CpxR  41.33 
 
 		 228 aa  180  2e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000005667  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3106  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.89 
 
 		 234 aa  180  2e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1750  transcriptional regulatory protein CpxR  39.57 
 
 		 242 aa  179  2.9999999999999997e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000216865  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3933  two component transcriptional regulator  46.22 
 
 		 227 aa  179  4e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000956729  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4132  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  44.59 
 
 		 232 aa  178  4.999999999999999e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000494358  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0081  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  44.59 
 
 		 232 aa  178  4.999999999999999e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0084  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  44.59 
 
 		 232 aa  178  4.999999999999999e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.601085  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3570  two component transcriptional regulator  43.81 
 
 		 227 aa  177  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000660562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3461  response regulator receiver  44.09 
 
 		 226 aa  177  2e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002219  copper-sensing two-component system response regulator CpxR  40.27 
 
 		 229 aa  176  3e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000572967  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3846  two component transcriptional regulator  40.79 
 
 		 229 aa  176  3e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.225052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2014  two component transcriptional regulator  42.57 
 
 		 239 aa  174  9.999999999999999e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.193015 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.48 
 
 		 236 aa  174  9.999999999999999e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2869  two component transcriptional regulator  41.74 
 
 		 222 aa  174  9.999999999999999e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.643015  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2981  two component transcriptional regulator  37.95 
 
 		 229 aa  173  1.9999999999999998e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000201285  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0769  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.07 
 
 		 236 aa  173  1.9999999999999998e-42  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22760  putative two-component response regulator  43.24 
 
 		 225 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0539892 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3432  response regulator receiver protein  45.18 
 
 		 228 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000345172  normal  0.351937 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00149  transcriptional regulator CpxR  40 
 
 		 229 aa  171  5.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1408  two component transcriptional regulator  43.05 
 
 		 225 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0248977  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4503  winged helix family two component transcriptional regulator  43.05 
 
 		 225 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0390062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4009  two component transcriptional regulator  42.6 
 
 		 225 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.597595  hitchhiker  0.0000110419 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2582  osmolarity response regulator  41.85 
 
 		 243 aa  171  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.121294  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1922  putative two-component response regulator  42.34 
 
 		 225 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0510  two component transcriptional regulator  41.78 
 
 		 234 aa  170  2e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3025  two component transcriptional regulator  41.63 
 
 		 270 aa  169  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1483  two component transcriptional regulator  44.17 
 
 		 225 aa  169  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0288957  normal  0.134739 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0281  two component transcriptional regulator  43.56 
 
 		 227 aa  169  3e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000215794  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0373  two component transcriptional regulator  42.48 
 
 		 238 aa  169  5e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.873901 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2155  two component transcriptional regulator  39.56 
 
 		 261 aa  169  5e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.102637  normal  0.128892 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3138  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.32 
 
 		 238 aa  169  5e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224709  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1278  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.11 
 
 		 239 aa  168  6e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638511  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15610  Response regulator, transciptional regulatory protein  42.15 
 
 		 225 aa  167  9e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0572115  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2107  two-component response regulator  43.23 
 
 		 245 aa  167  1e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0880  two component transcriptional regulator  45 
 
 		 234 aa  166  2e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.220279 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1504  two component transcriptional regulator  39.56 
 
 		 231 aa  166  2e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263867  normal  0.57819 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3792  two component transcriptional regulator  41.26 
 
 		 225 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000277452 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1831  two component transcriptional regulator  42.53 
 
 		 225 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.989444  normal  0.522163 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>