More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0358 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_0358  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 229 aa  464  9.999999999999999e-131  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1192  DNA-binding response regulator  48.44 
 
 		 229 aa  221  9e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00982401  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1020  DNA-binding response regulator  48.89 
 
 		 229 aa  221  9.999999999999999e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00028316  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2324  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.48 
 
 		 226 aa  200  9.999999999999999e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2295  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.16 
 
 		 237 aa  194  9e-49  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0682  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.35 
 
 		 243 aa  189  2.9999999999999997e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3949  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.89 
 
 		 219 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0960  two component transcriptional regulator  41.63 
 
 		 236 aa  179  2.9999999999999997e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0214647 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3485  two component transcriptional regulator  40.17 
 
 		 236 aa  177  9e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1157  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.82 
 
 		 233 aa  176  3e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1847  two component transcriptional regulator  41.13 
 
 		 234 aa  171  9e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000121968  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1735  DNA-binding response regulator  40.35 
 
 		 228 aa  168  5e-41  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_11471  two-component response regulator, phosphate  42.13 
 
 		 245 aa  166  2e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.0202491 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0436  two component transcriptional regulator  41.7 
 
 		 245 aa  166  2.9999999999999998e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.18923  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0351  DNA-binding response regulator  40.17 
 
 		 230 aa  166  2.9999999999999998e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3069  two component transcriptional regulator  38.16 
 
 		 230 aa  164  6.9999999999999995e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000467461  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0644  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.39 
 
 		 236 aa  164  8e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1892  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.33 
 
 		 228 aa  163  2.0000000000000002e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000392  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0119  DNA-binding response regulator  39.83 
 
 		 230 aa  163  2.0000000000000002e-39  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1456  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.33 
 
 		 223 aa  162  5.0000000000000005e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000183373  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1714  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.57 
 
 		 234 aa  161  9e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.233786  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2844  two component transcriptional regulator  39.83 
 
 		 248 aa  161  9e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0154  two component transcriptional regulator  38.46 
 
 		 238 aa  160  1e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.644268  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  36.4 
 
 		 231 aa  160  1e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2729  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.96 
 
 		 228 aa  159  2e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.981161  normal  0.424997 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0590  DNA-binding response regulator  36 
 
 		 230 aa  159  2e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3686  response regulator receiver  38.6 
 
 		 233 aa  160  2e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4064  two component transcriptional regulator  38.16 
 
 		 233 aa  159  2e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.98903  normal  0.0666639 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1897  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.05 
 
 		 229 aa  159  3e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0766  two component transcriptional regulator  35.96 
 
 		 231 aa  159  3e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.585906  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2922  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.12 
 
 		 230 aa  158  5e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.221617  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1529  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.12 
 
 		 228 aa  158  5e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4283  response regulator  36.89 
 
 		 230 aa  158  6e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1954  two component transcriptional regulator  39.56 
 
 		 229 aa  158  6e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000155813  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.61 
 
 		 236 aa  158  6e-38  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1288  two component transcriptional regulator  35.56 
 
 		 228 aa  158  7e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128008  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4662  DNA-binding response regulator  36.89 
 
 		 230 aa  158  8e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0117  two component transcriptional regulator  39.04 
 
 		 229 aa  158  8e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000111014  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2242  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.78 
 
 		 224 aa  157  9e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.415885 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0393  DNA-binding response regulator  38.86 
 
 		 228 aa  157  1e-37  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.632289  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4433  DNA-binding response regulator  36.89 
 
 		 230 aa  157  1e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4272  response regulator  36.89 
 
 		 230 aa  157  1e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.760233  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4777  DNA-binding response regulator  36.89 
 
 		 230 aa  157  1e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4650  DNA-binding response regulator  36.89 
 
 		 230 aa  157  1e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4365  two component transcriptional regulator  37.61 
 
 		 230 aa  157  1e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3302  two component transcriptional regulator  38.05 
 
 		 230 aa  157  2e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.288231  normal  0.346827 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2918  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.96 
 
 		 232 aa  156  2e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1419  two component transcriptional regulator  36.8 
 
 		 231 aa  156  2e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0720218  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0759  two component transcriptional regulator  37.99 
 
 		 223 aa  156  2e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128917  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4663  DNA-binding response regulator  36.44 
 
 		 230 aa  157  2e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18360  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  32.6 
 
 		 239 aa  156  3e-37  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2122  DNA-binding response regulator  38.16 
 
 		 223 aa  155  3e-37  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2324  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.73 
 
 		 223 aa  155  5.0000000000000005e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.237639  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2487  two component transcriptional regulator  36.68 
 
 		 224 aa  155  7e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.431556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3017  two component transcriptional regulator  39.04 
 
 		 225 aa  154  8e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3233  two component transcriptional regulator  36.12 
 
 		 230 aa  154  9e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2796  DNA-binding response regulator  37.55 
 
 		 231 aa  154  1e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.512352  hitchhiker  0.00000533196 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0721  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.09 
 
 		 233 aa  154  1e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.811558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0603  two component transcriptional regulator  35.24 
 
 		 233 aa  154  1e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0519325  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2526  DNA-binding response regulator  37.55 
 
 		 231 aa  154  1e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4647  DNA-binding response regulator  36 
 
 		 230 aa  154  1e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1367  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.89 
 
 		 230 aa  154  1e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000177207  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21640  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.66 
 
 		 226 aa  154  1e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000176926  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.49 
 
 		 232 aa  153  2e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1345  response regulator receiver  37.72 
 
 		 227 aa  153  2e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.71904 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0389  winged helix family two component transcriptional regulator  38.16 
 
 		 224 aa  153  2e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.667669  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0435  transcriptional regulator PhoB  35.65 
 
 		 229 aa  153  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4549  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.84 
 
 		 221 aa  153  2e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.703481  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04920  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  32.74 
 
 		 222 aa  153  2e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2290  two component transcriptional regulator  36.24 
 
 		 224 aa  152  2.9999999999999998e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0227  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  35.53 
 
 		 236 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1991  two component transcriptional regulator  38.16 
 
 		 235 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0916  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.06 
 
 		 234 aa  152  4e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0276045  hitchhiker  9.727110000000001e-18 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.96 
 
 		 234 aa  152  5e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.178035  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0840  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.23 
 
 		 241 aa  152  5e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.214337  normal  0.533835 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3302  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  35.65 
 
 		 229 aa  152  5e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21620  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  37.33 
 
 		 238 aa  152  5e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.019443  normal  0.0473518 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5185  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  36.56 
 
 		 234 aa  152  5e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.809056 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1008  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  35.65 
 
 		 229 aa  152  5e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1681  response regulator receiver protein  42.04 
 
 		 227 aa  152  5e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0956507  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4718  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  36.56 
 
 		 239 aa  152  5e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.220817 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0588  two component transcriptional regulator  35.84 
 
 		 227 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000451147  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3106  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  35.22 
 
 		 229 aa  152  5.9999999999999996e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  34.38 
 
 		 227 aa  151  5.9999999999999996e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1488  two component transcriptional regulator  36.84 
 
 		 228 aa  151  7e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00208742  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1554  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.22 
 
 		 229 aa  151  8e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709514 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3286  phosphate regulon transcriptional regulatory protein  35.65 
 
 		 230 aa  151  8.999999999999999e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0413143 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0717  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.64 
 
 		 242 aa  150  1e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000387016 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4663  two component transcriptional regulator  35.81 
 
 		 232 aa  150  1e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0963  two component transcriptional regulator  39.3 
 
 		 225 aa  150  1e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3276  two component transcriptional regulator  35.65 
 
 		 229 aa  151  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2799  two component transcriptional regulator  37.33 
 
 		 236 aa  150  1e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000368356  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2401  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  35.53 
 
 		 229 aa  150  1e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1174  two component transcriptional regulator  38.7 
 
 		 239 aa  150  1e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0181894  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1136  two component transcriptional regulator  38.7 
 
 		 239 aa  150  1e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000652217  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2805  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.68 
 
 		 224 aa  151  1e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.244907 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1351  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.37 
 
 		 225 aa  151  1e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00188361  unclonable  0.0000000206018 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5511  two component transcriptional regulator  35.96 
 
 		 236 aa  150  1e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  0.567595 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3136  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  35.65 
 
 		 229 aa  151  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0441  transcriptional regulator PhoB  35.22 
 
 		 229 aa  150  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.244741  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>