More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1936 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1936  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 226 aa  457  9.999999999999999e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0482001  normal  0.0104585 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2316  response regulator receiver protein  59.82 
 
 		 226 aa  265  5.999999999999999e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000147543  hitchhiker  0.000888492 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2294  two component transcriptional regulator  58.48 
 
 		 226 aa  257  1e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000876575  normal  0.575243 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2301  two component transcriptional regulator  55.56 
 
 		 226 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1941  two component transcriptional regulator  54.02 
 
 		 236 aa  252  3e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2050  two component transcriptional regulator  55.56 
 
 		 226 aa  252  3e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2416  two component transcriptional regulator  54.22 
 
 		 226 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134995  hitchhiker  0.000110965 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2046  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.11 
 
 		 226 aa  251  5.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.095715  hitchhiker  0.000000000691151 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2426  DNA-binding response regulator  53.45 
 
 		 237 aa  246  2e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2074  two component transcriptional regulator  54.46 
 
 		 226 aa  246  3e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00164535  hitchhiker  0.00140528 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1959  two component transcriptional regulator  54.46 
 
 		 226 aa  246  3e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.400986  normal  0.283843 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1904  two component transcriptional regulator  54.02 
 
 		 226 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00970528  hitchhiker  0.0000356769 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1718  response regulator receiver protein  53.98 
 
 		 224 aa  242  3e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0955826  normal  0.0525727 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2150  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  44.98 
 
 		 220 aa  192  4e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.175243  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2236  two component transcriptional regulator  44.2 
 
 		 227 aa  177  2e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000435819  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1906  transcriptional regulatory protein-like protein  36.8 
 
 		 248 aa  158  6e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00141074  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1750  transcriptional regulatory protein CpxR  37.66 
 
 		 242 aa  150  1e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000216865  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000851  probable transcriptional regulator SyrB  39.21 
 
 		 221 aa  149  2e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00675785  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06763  transcriptional regulatory protein CpxR  38.77 
 
 		 221 aa  149  3e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52250  two-component response regulator  37.95 
 
 		 239 aa  148  7e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.220903 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3962  two-component response regulator PfeR  40.18 
 
 		 240 aa  147  9e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4221  two component transcriptional regulator  36.49 
 
 		 240 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.430301  normal  0.246318 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0311  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  37.71 
 
 		 228 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00012342  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2625  two component transcriptional regulator  37.66 
 
 		 232 aa  145  4.0000000000000006e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000561273 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0585  two component transcriptional regulator  38.46 
 
 		 230 aa  144  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0579  two component transcriptional regulator  38.46 
 
 		 230 aa  144  9e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1696  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.05 
 
 		 224 aa  144  1e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0558  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.94 
 
 		 237 aa  144  1e-33  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4581  two-component response regulator  37.95 
 
 		 239 aa  142  5e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.382311  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0568  two component transcriptional regulator  37.56 
 
 		 230 aa  141  7e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.929745 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1223  two component transcriptional regulator  37.34 
 
 		 230 aa  140  9.999999999999999e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.140258  normal  0.151028 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3461  response regulator receiver  38.33 
 
 		 226 aa  139  3e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1731  two component transcriptional regulator  35.11 
 
 		 236 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.135854  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3411  two component transcriptional regulator  33.78 
 
 		 229 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2869  two component transcriptional regulator  38.96 
 
 		 222 aa  139  4.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.643015  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3920  two component transcriptional regulator  35.68 
 
 		 232 aa  138  6e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.175599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0279  two component transcriptional regulator  38.03 
 
 		 227 aa  138  7.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000622263  unclonable  0.000000000101633 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1174  two component transcriptional regulator  38.1 
 
 		 239 aa  138  7.999999999999999e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0181894  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0676  two comoponent transcriptional regulator  37.34 
 
 		 231 aa  138  7.999999999999999e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000021656  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1136  two component transcriptional regulator  38.1 
 
 		 239 aa  138  7.999999999999999e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000652217  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1419  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 		 231 aa  137  1e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0720218  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1213  two component transcriptional regulator  36.44 
 
 		 252 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0987  two component transcriptional regulator  38.16 
 
 		 235 aa  136  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000260123  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00535  Transcriptional regulatory protein CpxR  35.22 
 
 		 247 aa  136  3.0000000000000003e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.774728  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1816  DNA-binding response regulator  35.75 
 
 		 254 aa  135  5e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3933  two component transcriptional regulator  37.44 
 
 		 227 aa  135  5e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000956729  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1955  DNA-binding response regulator  35.75 
 
 		 228 aa  135  5e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0534  winged helix family two component transcriptional regulator  36.65 
 
 		 230 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1790  response regulator  35.75 
 
 		 254 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0306127  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1651  winged helix family two component transcriptional regulator  36.2 
 
 		 272 aa  134  8e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.514526  normal  0.527007 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3570  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 		 227 aa  135  8e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000660562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4066  two component transcriptional regulator  36.04 
 
 		 253 aa  134  9e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.945155 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6145  two component response regulator  34.93 
 
 		 229 aa  134  9.999999999999999e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1772  response regulator  35.75 
 
 		 254 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2062  DNA-binding response regulator  35.27 
 
 		 225 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000169038  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3432  response regulator receiver protein  37.66 
 
 		 228 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000345172  normal  0.351937 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1991  DNA-binding response regulator  35.75 
 
 		 254 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.9362699999999994e-45 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0123  DNA-binding response regulator  38.05 
 
 		 223 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1021  two component transcriptional regulator  36.61 
 
 		 223 aa  133  1.9999999999999998e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00149  transcriptional regulator CpxR  37.87 
 
 		 229 aa  133  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1831  two component transcriptional regulator  37.93 
 
 		 225 aa  132  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.989444  normal  0.522163 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002219  copper-sensing two-component system response regulator CpxR  38.14 
 
 		 229 aa  132  3e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000572967  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0794  two component transcriptional regulator  35.22 
 
 		 232 aa  132  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.665518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0128  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  40.17 
 
 		 232 aa  133  3e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.3237  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0136  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  40.17 
 
 		 232 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2041  DNA-binding response regulator  35.27 
 
 		 225 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0972255  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0461  two component transcriptional regulator  38.57 
 
 		 248 aa  132  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.735267  normal  0.697364 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3366  DNA-binding response regulator  35.59 
 
 		 225 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.166078  hitchhiker  0.00000000000000126215 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7488  two component response regulator  35.68 
 
 		 228 aa  132  3.9999999999999996e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.461205  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0165  two component transcriptional regulator  39.13 
 
 		 243 aa  132  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0174  two component transcriptional regulator  39.13 
 
 		 243 aa  132  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.947413  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0155  two component transcriptional regulator  39.13 
 
 		 243 aa  132  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0636837 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1824  two component transcriptional regulator  35.14 
 
 		 225 aa  132  5e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.529032  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1962  DNA-binding response regulator  35.59 
 
 		 225 aa  132  6e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.597164  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0191  two component transcriptional regulator  38.57 
 
 		 244 aa  132  6e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11690  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  37.95 
 
 		 236 aa  131  6.999999999999999e-30  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.52451  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1413  DNA-binding response regulator  35.71 
 
 		 223 aa  131  9e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1253  two component transcriptional regulator  36.49 
 
 		 253 aa  131  9e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85938  hitchhiker  0.000294124 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1453  DNA-binding response regulator  35.71 
 
 		 223 aa  131  9e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2937  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.75 
 
 		 243 aa  130  1.0000000000000001e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0142  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.47 
 
 		 221 aa  131  1.0000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1595  two component transcriptional regulator  35.78 
 
 		 227 aa  130  1.0000000000000001e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.526383  normal  0.570373 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1351  DNA-binding response regulator  36.16 
 
 		 223 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0316  DNA-binding response regulator  32.16 
 
 		 237 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4371  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.22 
 
 		 228 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1191  response regulator  36.16 
 
 		 223 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0319  two component transcriptional regulator  35.24 
 
 		 223 aa  130  2.0000000000000002e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000369721  hitchhiker  0.00000000968682 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4998  DNA-binding response regulator  32.6 
 
 		 237 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.709524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4516  two component transcriptional regulator  35.37 
 
 		 225 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.158523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13280  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.05 
 
 		 227 aa  130  2.0000000000000002e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536961  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0318  two component transcriptional regulator  36 
 
 		 241 aa  129  3e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.523003  normal  0.212939 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1193  response regulator  35.71 
 
 		 223 aa  129  3e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1389  DNA-binding response regulator  35.71 
 
 		 223 aa  129  3e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1562  two component transcriptional regulator  37.77 
 
 		 228 aa  129  3e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000591425  unclonable  0.00000000000208218 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0234  two component transcriptional regulator  35.56 
 
 		 242 aa  129  3e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.925989 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0993  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.14 
 
 		 237 aa  129  3e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3993  DNA-binding response regulator  36.16 
 
 		 223 aa  129  3e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.910988 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2983  two component transcriptional regulator  36.89 
 
 		 228 aa  129  3e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00330  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  37.05 
 
 		 240 aa  129  4.0000000000000003e-29  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.00972196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1312  DNA-binding response regulator  35.71 
 
 		 223 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>