More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6145 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_6145  two component response regulator  100 
 
 		 229 aa  462  1e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4371  two component transcriptional regulator, winged helix family  63.6 
 
 		 228 aa  294  6e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6517  two component transcriptional regulator, winged helix family  63.6 
 
 		 228 aa  293  2e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0325894 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7488  two component response regulator  63.16 
 
 		 228 aa  289  3e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.461205  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03088  two-component response regulator transcription regulator protein  60.96 
 
 		 246 aa  269  2e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.25081 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2970  two component transcriptional regulator  59.91 
 
 		 230 aa  268  4e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.068725 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31150  Response regulator  59.39 
 
 		 249 aa  265  4e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.152443  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3372  winged helix family two component transcriptional regulator  55.17 
 
 		 233 aa  249  2e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.690812  normal  0.187928 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2572  two component transcriptional regulator  55.26 
 
 		 230 aa  249  2e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.186253 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3793  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  55.07 
 
 		 229 aa  249  3e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.001028 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2386  two component transcriptional regulator  54.31 
 
 		 253 aa  248  5e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.3038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0704  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  51.75 
 
 		 226 aa  231  1e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.710027 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0716  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 233 aa  216  2e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3452  two component transcriptional regulator  49.1 
 
 		 226 aa  216  2.9999999999999998e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00186092 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1393  transcriptional regulatory protein CpxR  45.98 
 
 		 226 aa  211  5.999999999999999e-54  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0676  two comoponent transcriptional regulator  49.34 
 
 		 231 aa  211  5.999999999999999e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000021656  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1603  transcriptional regulatory protein CpxR  45.98 
 
 		 226 aa  211  7.999999999999999e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1008  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.42 
 
 		 226 aa  210  1e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3275  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.4 
 
 		 232 aa  209  3e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000116561  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0128  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  47.83 
 
 		 232 aa  209  4e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.3237  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0771  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.51 
 
 		 226 aa  207  9e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000423816  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002219  copper-sensing two-component system response regulator CpxR  47.16 
 
 		 229 aa  206  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000572967  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3195  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.5 
 
 		 226 aa  206  3e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.688912  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0136  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  47.39 
 
 		 232 aa  205  4e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3185  two component transcriptional regulator  44.2 
 
 		 231 aa  205  6e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.729743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00149  transcriptional regulator CpxR  45.85 
 
 		 229 aa  204  7e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0311  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  44.89 
 
 		 228 aa  203  2e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00012342  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0050  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.56 
 
 		 235 aa  202  3e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03798  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CpxA  47.21 
 
 		 232 aa  199  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0579105  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4072  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.21 
 
 		 232 aa  199  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.476785  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03747  hypothetical protein  47.21 
 
 		 232 aa  199  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0830559  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4276  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  47.21 
 
 		 232 aa  200  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.85215 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4305  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  47.21 
 
 		 232 aa  199  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0517203  normal  0.0145886 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4143  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  47.21 
 
 		 232 aa  199  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5367  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  47.21 
 
 		 232 aa  199  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4392  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  47.21 
 
 		 232 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4390  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  47.21 
 
 		 232 aa  200  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.918423  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4305  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  47.21 
 
 		 232 aa  200  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4446  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  47.21 
 
 		 232 aa  199  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4457  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  47.21 
 
 		 232 aa  200  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4346  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  47.21 
 
 		 232 aa  200  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.591439  hitchhiker  0.0000000817459 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4105  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  47.21 
 
 		 232 aa  199  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.393063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1313  transcriptional regulatory protein CpxR  46.19 
 
 		 227 aa  199  3e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.186950000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4460  two component transcriptional regulator  46.9 
 
 		 230 aa  199  3e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2264  transcriptional regulator CpxR  45.45 
 
 		 228 aa  199  3e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000005667  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1424  two component transcriptional regulator  46.19 
 
 		 227 aa  197  9e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00122466  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2753  transcriptional regulatory protein CpxR  46.19 
 
 		 227 aa  197  9e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000494292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3933  two component transcriptional regulator  45.13 
 
 		 227 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000956729  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4060  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  45.49 
 
 		 232 aa  196  2.0000000000000003e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000252632  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1750  transcriptional regulatory protein CpxR  45.22 
 
 		 242 aa  196  4.0000000000000005e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000216865  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2625  two component transcriptional regulator  40.61 
 
 		 232 aa  195  5.000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000561273 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4132  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  44.64 
 
 		 232 aa  193  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000494358  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0081  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  44.64 
 
 		 232 aa  193  2e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4033  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  44.78 
 
 		 232 aa  193  2e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0084  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  44.64 
 
 		 232 aa  193  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.601085  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0279  two component transcriptional regulator  44.25 
 
 		 227 aa  192  3e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000622263  unclonable  0.000000000101633 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2797  transcriptional regulator, CpxR  44.1 
 
 		 227 aa  192  4e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000288823  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3850  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  45.65 
 
 		 232 aa  191  6e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.308855  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3461  response regulator receiver  44.69 
 
 		 226 aa  191  7e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2279  DNA-binding response regulator  45.37 
 
 		 238 aa  191  8e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1562  two component transcriptional regulator  43.61 
 
 		 228 aa  190  1e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000591425  unclonable  0.00000000000208218 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3432  response regulator receiver protein  46.05 
 
 		 228 aa  191  1e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000345172  normal  0.351937 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0319  two component transcriptional regulator  45.13 
 
 		 223 aa  188  5e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000369721  hitchhiker  0.00000000968682 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2869  two component transcriptional regulator  44.04 
 
 		 222 aa  188  5.999999999999999e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.643015  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4810  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  46.09 
 
 		 232 aa  188  7e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000617218 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1223  two component transcriptional regulator  45.02 
 
 		 230 aa  187  1e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.140258  normal  0.151028 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3000  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.15 
 
 		 234 aa  187  1e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2301  two component transcriptional regulator  42.37 
 
 		 244 aa  187  1e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00025805  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3106  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.15 
 
 		 234 aa  186  2e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00535  Transcriptional regulatory protein CpxR  44.89 
 
 		 247 aa  186  3e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.774728  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2914  two component transcriptional regulator  41.7 
 
 		 245 aa  185  4e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.634998  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3570  two component transcriptional regulator  43.81 
 
 		 227 aa  186  4e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000660562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22760  putative two-component response regulator  44.2 
 
 		 225 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0539892 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1624  two component transcriptional regulator, winged helix family  44 
 
 		 278 aa  183  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0281  two component transcriptional regulator  43.81 
 
 		 227 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000215794  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1922  putative two-component response regulator  43.75 
 
 		 225 aa  180  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1831  two component transcriptional regulator  43.75 
 
 		 225 aa  181  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.989444  normal  0.522163 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15610  Response regulator, transciptional regulatory protein  44.2 
 
 		 225 aa  180  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0572115  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3846  two component transcriptional regulator  41.63 
 
 		 229 aa  179  4e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.225052  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4503  winged helix family two component transcriptional regulator  42.41 
 
 		 225 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0390062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1408  two component transcriptional regulator  42.41 
 
 		 225 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0248977  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0142  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.41 
 
 		 221 aa  177  2e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4009  two component transcriptional regulator  42.41 
 
 		 225 aa  176  2e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.597595  hitchhiker  0.0000110419 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00938  transcriptional regulatory protein CpxR  43.44 
 
 		 236 aa  175  6e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000268904  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0987  two component transcriptional regulator  42.11 
 
 		 235 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000260123  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3792  two component transcriptional regulator  41.52 
 
 		 225 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000277452 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0254  two component transcriptional regulator  44.49 
 
 		 228 aa  171  9e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000326652  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1483  two component transcriptional regulator  41.07 
 
 		 225 aa  171  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0288957  normal  0.134739 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0256  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.49 
 
 		 228 aa  170  1e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000272342  decreased coverage  0.0000106333 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0302  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.96 
 
 		 221 aa  170  1e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0196  two component transcriptional regulator  39.82 
 
 		 238 aa  170  1e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000815382  hitchhiker  0.00535544 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.07 
 
 		 237 aa  170  1e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0318  two component transcriptional regulator  43.11 
 
 		 241 aa  170  2e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.523003  normal  0.212939 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0261  two component transcriptional regulator  44.49 
 
 		 228 aa  170  2e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000347248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0252  two component transcriptional regulator  44.49 
 
 		 228 aa  170  2e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000571082  hitchhiker  0.000346333 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3769  two component transcriptional regulator  44.49 
 
 		 228 aa  170  2e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000556998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0253  two component transcriptional regulator  44.49 
 
 		 228 aa  170  2e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000454029  hitchhiker  0.00000000189127 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1806  DNA-binding response regulator  42.41 
 
 		 225 aa  169  3e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0261  two component transcriptional regulator  44.49 
 
 		 228 aa  169  3e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000361731  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4347  two component transcriptional regulator  39.74 
 
 		 244 aa  169  5e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.215798  normal  0.0155623 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>