More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2426 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2426  DNA-binding response regulator  100 
 
 		 237 aa  488  1e-137  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2074  two component transcriptional regulator  88.11 
 
 		 226 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00164535  hitchhiker  0.00140528 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1904  two component transcriptional regulator  87.67 
 
 		 226 aa  412  1e-114  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00970528  hitchhiker  0.0000356769 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1959  two component transcriptional regulator  87.67 
 
 		 226 aa  410  1e-114  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.400986  normal  0.283843 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1941  two component transcriptional regulator  73.73 
 
 		 236 aa  361  5.0000000000000005e-99  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2301  two component transcriptional regulator  74.89 
 
 		 226 aa  358  3e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2046  two component transcriptional regulator, winged helix family  74.89 
 
 		 226 aa  358  3e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.095715  hitchhiker  0.000000000691151 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2416  two component transcriptional regulator  74.78 
 
 		 226 aa  358  5e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134995  hitchhiker  0.000110965 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2050  two component transcriptional regulator  74.01 
 
 		 226 aa  353  1e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2316  response regulator receiver protein  61.23 
 
 		 226 aa  290  1e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000147543  hitchhiker  0.000888492 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2294  two component transcriptional regulator  60.35 
 
 		 226 aa  281  8.000000000000001e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000876575  normal  0.575243 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1718  response regulator receiver protein  61.06 
 
 		 224 aa  273  1.0000000000000001e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0955826  normal  0.0525727 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1936  two component transcriptional regulator  53.45 
 
 		 226 aa  246  2e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0482001  normal  0.0104585 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2150  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  49.51 
 
 		 220 aa  204  9e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.175243  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2236  two component transcriptional regulator  49.78 
 
 		 227 aa  202  3e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000435819  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1906  transcriptional regulatory protein-like protein  42.15 
 
 		 248 aa  175  4e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00141074  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2625  two component transcriptional regulator  41.67 
 
 		 232 aa  168  7e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000561273 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1213  two component transcriptional regulator  40.34 
 
 		 252 aa  165  4e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4460  two component transcriptional regulator  41.23 
 
 		 230 aa  161  6e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1750  transcriptional regulatory protein CpxR  37.61 
 
 		 242 aa  160  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000216865  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0311  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  39.11 
 
 		 228 aa  160  2e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00012342  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1393  transcriptional regulatory protein CpxR  38.6 
 
 		 226 aa  159  4e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1603  transcriptional regulatory protein CpxR  38.6 
 
 		 226 aa  158  6e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4221  two component transcriptional regulator  39.21 
 
 		 240 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.430301  normal  0.246318 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06763  transcriptional regulatory protein CpxR  40.17 
 
 		 221 aa  155  6e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000851  probable transcriptional regulator SyrB  39.74 
 
 		 221 aa  155  6e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00675785  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6145  two component response regulator  38.22 
 
 		 229 aa  154  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4066  two component transcriptional regulator  38.16 
 
 		 253 aa  153  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.945155 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1651  winged helix family two component transcriptional regulator  38.16 
 
 		 272 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.514526  normal  0.527007 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0558  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.28 
 
 		 237 aa  152  2.9999999999999998e-36  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00149  transcriptional regulator CpxR  40 
 
 		 229 aa  151  8.999999999999999e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3962  two-component response regulator PfeR  40.44 
 
 		 240 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2264  transcriptional regulator CpxR  40.27 
 
 		 228 aa  150  2e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000005667  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1253  two component transcriptional regulator  37.07 
 
 		 253 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85938  hitchhiker  0.000294124 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2279  DNA-binding response regulator  37 
 
 		 238 aa  149  3e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52250  two-component response regulator  36.61 
 
 		 239 aa  149  3e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.220903 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1606  two component transcriptional regulator  36.36 
 
 		 230 aa  149  3e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.307098  normal  0.688459 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4581  two-component response regulator  36.16 
 
 		 239 aa  149  4e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.382311  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4508  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.83 
 
 		 231 aa  149  5e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3485  two component transcriptional regulator  38.43 
 
 		 236 aa  148  6e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3686  response regulator receiver  36.89 
 
 		 233 aa  148  7e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002219  copper-sensing two-component system response regulator CpxR  39.56 
 
 		 229 aa  148  9e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000572967  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3461  response regulator receiver  37.33 
 
 		 226 aa  148  9e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4064  two component transcriptional regulator  37.33 
 
 		 233 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.98903  normal  0.0666639 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4657  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.12 
 
 		 240 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2797  transcriptional regulator, CpxR  41.03 
 
 		 227 aa  147  1.0000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000288823  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3432  response regulator receiver protein  37.33 
 
 		 228 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000345172  normal  0.351937 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2869  two component transcriptional regulator  38.74 
 
 		 222 aa  147  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.643015  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3933  two component transcriptional regulator  38.94 
 
 		 227 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000956729  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0960  two component transcriptional regulator  37.99 
 
 		 236 aa  147  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0214647 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3920  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 232 aa  146  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.175599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3302  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  34.78 
 
 		 229 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1008  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  34.78 
 
 		 229 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1750  two component transcriptional regulator  36.56 
 
 		 234 aa  146  4.0000000000000006e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1784  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein  36.56 
 
 		 234 aa  146  4.0000000000000006e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.561076  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13280  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.4 
 
 		 227 aa  145  5e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536961  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3106  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  34.78 
 
 		 229 aa  145  5e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1041  two component transcriptional regulator  35.37 
 
 		 229 aa  145  6e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.194422 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2277  two component transcriptional regulator  35.84 
 
 		 248 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.113906  normal  0.0109188 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00535  Transcriptional regulatory protein CpxR  36.12 
 
 		 247 aa  144  8.000000000000001e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.774728  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1562  two component transcriptional regulator  38.67 
 
 		 228 aa  145  8.000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000591425  unclonable  0.00000000000208218 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7488  two component response regulator  38.33 
 
 		 228 aa  144  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.461205  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0867  transcriptional regulator PhoB  34.78 
 
 		 229 aa  144  1e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.437737  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.12 
 
 		 235 aa  143  2e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4284  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.48 
 
 		 227 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0128  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  37 
 
 		 232 aa  143  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.3237  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0987  two component transcriptional regulator  37 
 
 		 235 aa  143  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000260123  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3036  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.8 
 
 		 273 aa  143  3e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.106658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0794  two component transcriptional regulator  33.77 
 
 		 232 aa  142  3e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.665518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4562  two component transcriptional regulator  37.61 
 
 		 247 aa  143  3e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.488322  normal  0.0982939 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1841  two component transcriptional regulator  36.77 
 
 		 216 aa  143  3e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0207334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0279  two component transcriptional regulator  38.22 
 
 		 227 aa  142  3e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000622263  unclonable  0.000000000101633 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0676  two comoponent transcriptional regulator  33.76 
 
 		 231 aa  142  4e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000021656  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3411  two component transcriptional regulator  33.19 
 
 		 229 aa  142  4e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0098  two component transcriptional regulator  35.93 
 
 		 229 aa  142  4e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.761303  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00347  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with PhoR (or CreC)  35.22 
 
 		 229 aa  142  5e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3210  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  35.22 
 
 		 229 aa  142  5e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.146413  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0318  transcriptional regulator PhoB  35.22 
 
 		 229 aa  142  5e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03700  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  35.65 
 
 		 226 aa  142  5e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.132847 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00351  hypothetical protein  35.22 
 
 		 229 aa  142  5e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0467  transcriptional regulator PhoB  35.22 
 
 		 229 aa  142  5e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0588  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.35 
 
 		 226 aa  142  5e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.944339  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0475  transcriptional regulator PhoB  35.22 
 
 		 229 aa  142  5e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3234  transcriptional regulator PhoB  35.22 
 
 		 229 aa  142  5e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.456974  unclonable  0.00000000819474 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0429  transcriptional regulator PhoB  35.22 
 
 		 229 aa  142  5e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.283039  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0427  transcriptional regulator PhoB  35.22 
 
 		 229 aa  142  5e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3570  two component transcriptional regulator  37 
 
 		 227 aa  142  5e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000660562  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2915  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  34.35 
 
 		 229 aa  142  6e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2130  response regulator receiver  35.53 
 
 		 252 aa  142  6e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.539517  hitchhiker  0.00279069 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2937  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.47 
 
 		 243 aa  142  7e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0585  two component transcriptional regulator  36.28 
 
 		 230 aa  141  7e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0253  DNA-binding response regulator PhoB  34.93 
 
 		 229 aa  142  7e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3846  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.96 
 
 		 222 aa  141  7e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5311  two component transcriptional regulator  36.86 
 
 		 246 aa  141  7e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.554395  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01026  response regulator  35.37 
 
 		 229 aa  141  7e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3274  two component transcriptional regulator  37.23 
 
 		 238 aa  141  8e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0136  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  37 
 
 		 232 aa  141  8e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1256  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein PhoP  36.52 
 
 		 236 aa  141  9e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.577358  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4484  DNA-binding response regulator PhoP  37.93 
 
 		 239 aa  140  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4833  DNA-binding response regulator PhoP  37.93 
 
 		 239 aa  140  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0982965  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>