More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2301 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2301  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 244 aa  497  1e-140  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00025805  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00938  transcriptional regulatory protein CpxR  71.85 
 
 		 236 aa  324  6e-88  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000268904  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0050  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.72 
 
 		 235 aa  216  4e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1603  transcriptional regulatory protein CpxR  46.05 
 
 		 226 aa  209  4e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3275  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.26 
 
 		 232 aa  207  1e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000116561  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1393  transcriptional regulatory protein CpxR  45.61 
 
 		 226 aa  207  1e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4460  two component transcriptional regulator  47.56 
 
 		 230 aa  207  1e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2386  two component transcriptional regulator  46.32 
 
 		 253 aa  205  4e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.3038  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3372  winged helix family two component transcriptional regulator  46.32 
 
 		 233 aa  205  6e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.690812  normal  0.187928 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00535  Transcriptional regulatory protein CpxR  43.42 
 
 		 247 aa  205  6e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.774728  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3195  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.18 
 
 		 226 aa  204  7e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.688912  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1313  transcriptional regulatory protein CpxR  46.05 
 
 		 227 aa  204  8e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.186950000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3185  two component transcriptional regulator  46.46 
 
 		 231 aa  204  1e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.729743  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0676  two comoponent transcriptional regulator  44.3 
 
 		 231 aa  203  2e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000021656  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2572  two component transcriptional regulator  45.89 
 
 		 230 aa  202  3e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.186253 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2970  two component transcriptional regulator  45.22 
 
 		 230 aa  203  3e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.068725 
 
 
-
 
NC_003296  RS03088  two-component response regulator transcription regulator protein  46.75 
 
 		 246 aa  201  7e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.25081 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2753  transcriptional regulatory protein CpxR  45.61 
 
 		 227 aa  201  7e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000494292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1424  two component transcriptional regulator  45.61 
 
 		 227 aa  201  7e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00122466  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6517  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.75 
 
 		 228 aa  199  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0325894 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4371  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.32 
 
 		 228 aa  198  6e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3452  two component transcriptional regulator  45.61 
 
 		 226 aa  196  4.0000000000000005e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00186092 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1223  two component transcriptional regulator  45.26 
 
 		 230 aa  192  4e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.140258  normal  0.151028 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2625  two component transcriptional regulator  43.35 
 
 		 232 aa  192  6e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000561273 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31150  Response regulator  45.45 
 
 		 249 aa  191  8e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.152443  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0987  two component transcriptional regulator  41.48 
 
 		 235 aa  191  1e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000260123  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1008  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.06 
 
 		 226 aa  190  2e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0771  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.73 
 
 		 226 aa  190  2e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000423816  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1624  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.7 
 
 		 278 aa  189  4e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0319  two component transcriptional regulator  43.61 
 
 		 223 aa  188  5e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000369721  hitchhiker  0.00000000968682 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0704  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  43.48 
 
 		 226 aa  188  7e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.710027 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0136  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  43.29 
 
 		 232 aa  188  8e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3793  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  46.29 
 
 		 229 aa  187  9e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.001028 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6145  two component response regulator  42.37 
 
 		 229 aa  187  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0128  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  42.17 
 
 		 232 aa  187  1e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.3237  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2264  transcriptional regulator CpxR  43.29 
 
 		 228 aa  187  2e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000005667  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00149  transcriptional regulator CpxR  41.56 
 
 		 229 aa  183  3e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0716  two component transcriptional regulator  42.49 
 
 		 233 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0311  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  41.59 
 
 		 228 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00012342  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7488  two component response regulator  44.1 
 
 		 228 aa  182  5.0000000000000004e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.461205  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002219  copper-sensing two-component system response regulator CpxR  41.74 
 
 		 229 aa  180  2e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000572967  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4033  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  45.53 
 
 		 232 aa  179  2.9999999999999997e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2259  osmolarity response regulator  38.62 
 
 		 257 aa  179  2.9999999999999997e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0634187  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3403  two component transcriptional regulator  41.88 
 
 		 236 aa  177  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2279  DNA-binding response regulator  42.48 
 
 		 238 aa  177  2e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1750  transcriptional regulatory protein CpxR  40.09 
 
 		 242 aa  177  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000216865  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2321  two component transcriptional regulator  40.93 
 
 		 244 aa  177  2e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.483652  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3850  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  44.21 
 
 		 232 aa  175  5e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.308855  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4457  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  43.48 
 
 		 232 aa  174  8e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4276  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  43.48 
 
 		 232 aa  174  8e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.85215 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2713  osmolarity response regulator  40.52 
 
 		 245 aa  175  8e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394419  normal  0.0259821 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4346  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  43.48 
 
 		 232 aa  174  8e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.591439  hitchhiker  0.0000000817459 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4305  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  43.48 
 
 		 232 aa  174  8e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4390  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  43.48 
 
 		 232 aa  174  8e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.918423  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3846  two component transcriptional regulator  39.32 
 
 		 229 aa  174  9.999999999999999e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.225052  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2582  osmolarity response regulator  41.38 
 
 		 243 aa  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.121294  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03798  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CpxA  44.44 
 
 		 232 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0579105  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4072  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.44 
 
 		 232 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.476785  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4143  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  44.44 
 
 		 232 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4446  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  44.44 
 
 		 232 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4305  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  44.44 
 
 		 232 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0517203  normal  0.0145886 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2500  osmolarity response regulator  41.1 
 
 		 243 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4105  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  44.44 
 
 		 232 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.393063  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03747  hypothetical protein  44.44 
 
 		 232 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0830559  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3153  osmolarity response regulator  41.1 
 
 		 243 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5367  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  44.44 
 
 		 232 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4392  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  44.44 
 
 		 232 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2869  two component transcriptional regulator  42.41 
 
 		 222 aa  173  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.643015  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2732  osmolarity response regulator  41.03 
 
 		 243 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.744063  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4060  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  43.04 
 
 		 232 aa  172  2.9999999999999996e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000252632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00621  osmolarity response regulator  42.42 
 
 		 239 aa  172  3.9999999999999995e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2852  osmolarity response regulator  40.68 
 
 		 243 aa  172  3.9999999999999995e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1584  osmolarity response regulator  40.68 
 
 		 243 aa  172  5e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.131787  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.66 
 
 		 237 aa  172  5e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  39.48 
 
 		 230 aa  172  5.999999999999999e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2286  osmolarity response regulator  41.99 
 
 		 240 aa  171  6.999999999999999e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2546  osmolarity response regulator  39.66 
 
 		 245 aa  171  9e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.16006 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1831  two component transcriptional regulator  40.35 
 
 		 225 aa  171  1e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.989444  normal  0.522163 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2643  two component transcriptional regulator  41.84 
 
 		 236 aa  171  1e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  39.91 
 
 		 243 aa  171  1e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4132  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  42.92 
 
 		 232 aa  170  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000494358  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0084  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  42.92 
 
 		 232 aa  170  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.601085  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0081  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  42.92 
 
 		 232 aa  170  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1562  two component transcriptional regulator  42.11 
 
 		 228 aa  170  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000591425  unclonable  0.00000000000208218 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2981  two component transcriptional regulator  37.77 
 
 		 229 aa  170  2e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000201285  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4347  two component transcriptional regulator  41.33 
 
 		 244 aa  170  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.215798  normal  0.0155623 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001870  two-component system response regulator OmpR  41.99 
 
 		 239 aa  169  3e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.360284  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3570  two component transcriptional regulator  41.74 
 
 		 227 aa  169  3e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000660562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4810  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  43.04 
 
 		 232 aa  169  3e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000617218 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4363  osmolarity response regulator  40.25 
 
 		 243 aa  169  4e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.127883 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0373  two component transcriptional regulator  42.29 
 
 		 238 aa  169  4e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.873901 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0279  two component transcriptional regulator  43.91 
 
 		 227 aa  168  6e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000622263  unclonable  0.000000000101633 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0244  osmolarity response regulator  38.96 
 
 		 239 aa  168  6e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22760  putative two-component response regulator  40.53 
 
 		 225 aa  168  6e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0539892 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0308  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.96 
 
 		 239 aa  168  7e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2155  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 261 aa  168  7e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.102637  normal  0.128892 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3686  osmolarity response regulator  38.96 
 
 		 239 aa  168  7e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.550003 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3818  osmolarity response regulator  38.96 
 
 		 239 aa  168  7e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3703  osmolarity response regulator  38.96 
 
 		 239 aa  168  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0308  osmolarity response regulator  38.96 
 
 		 239 aa  168  7e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0516186 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>