More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS03088 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS03088  two-component response regulator transcription regulator protein  100 
 
 		 246 aa  486  1e-136  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.25081 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2970  two component transcriptional regulator  74.35 
 
 		 230 aa  339  2.9999999999999998e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.068725 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31150  Response regulator  71.43 
 
 		 249 aa  327  9e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.152443  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2572  two component transcriptional regulator  65.22 
 
 		 230 aa  294  8e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.186253 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3793  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  65.79 
 
 		 229 aa  294  1e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.001028 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6517  two component transcriptional regulator, winged helix family  65.79 
 
 		 228 aa  293  2e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0325894 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4371  two component transcriptional regulator, winged helix family  65.35 
 
 		 228 aa  291  5e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2386  two component transcriptional regulator  64.38 
 
 		 253 aa  291  5e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.3038  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3372  winged helix family two component transcriptional regulator  64.38 
 
 		 233 aa  290  2e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.690812  normal  0.187928 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0704  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  62.72 
 
 		 226 aa  280  1e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.710027 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7488  two component response regulator  61.84 
 
 		 228 aa  279  3e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.461205  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6145  two component response regulator  60.96 
 
 		 229 aa  275  3e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0716  two component transcriptional regulator  53.45 
 
 		 233 aa  245  4e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3452  two component transcriptional regulator  52.23 
 
 		 226 aa  234  1.0000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00186092 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1424  two component transcriptional regulator  49.78 
 
 		 227 aa  229  3e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00122466  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2753  transcriptional regulatory protein CpxR  49.78 
 
 		 227 aa  229  3e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000494292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0050  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.3 
 
 		 235 aa  228  5e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1008  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.54 
 
 		 226 aa  228  7e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1603  transcriptional regulatory protein CpxR  49.56 
 
 		 226 aa  228  8e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1313  transcriptional regulatory protein CpxR  49.33 
 
 		 227 aa  228  9e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.186950000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1393  transcriptional regulatory protein CpxR  49.12 
 
 		 226 aa  227  1e-58  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3275  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.66 
 
 		 232 aa  226  2e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000116561  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3195  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.66 
 
 		 226 aa  226  3e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.688912  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0771  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.12 
 
 		 226 aa  225  5.0000000000000005e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000423816  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0676  two comoponent transcriptional regulator  50.88 
 
 		 231 aa  224  8e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000021656  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2279  DNA-binding response regulator  51.56 
 
 		 238 aa  221  6e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4460  two component transcriptional regulator  49.55 
 
 		 230 aa  215  5e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2264  transcriptional regulator CpxR  45.61 
 
 		 228 aa  213  1.9999999999999998e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000005667  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00149  transcriptional regulator CpxR  44.54 
 
 		 229 aa  212  3.9999999999999995e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3185  two component transcriptional regulator  46.19 
 
 		 231 aa  211  7e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.729743  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0136  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  47.19 
 
 		 232 aa  211  7.999999999999999e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2301  two component transcriptional regulator  47.19 
 
 		 244 aa  211  7.999999999999999e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00025805  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002219  copper-sensing two-component system response regulator CpxR  45.85 
 
 		 229 aa  211  1e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000572967  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4276  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  47.21 
 
 		 232 aa  209  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.85215 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4457  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  47.21 
 
 		 232 aa  209  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4346  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  47.21 
 
 		 232 aa  209  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.591439  hitchhiker  0.0000000817459 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4390  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  47.21 
 
 		 232 aa  209  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.918423  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4305  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  47.21 
 
 		 232 aa  209  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4060  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  46.32 
 
 		 232 aa  209  4e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000252632  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0128  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  46.32 
 
 		 232 aa  208  6e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.3237  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03798  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CpxA  47.21 
 
 		 232 aa  207  2e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0579105  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4072  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.21 
 
 		 232 aa  207  2e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.476785  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4446  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  47.21 
 
 		 232 aa  207  2e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4143  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  47.21 
 
 		 232 aa  207  2e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03747  hypothetical protein  47.21 
 
 		 232 aa  207  2e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0830559  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4105  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  47.21 
 
 		 232 aa  207  2e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.393063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4305  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  47.21 
 
 		 232 aa  207  2e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0517203  normal  0.0145886 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5367  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  47.21 
 
 		 232 aa  207  2e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0311  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  47.56 
 
 		 228 aa  206  2e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00012342  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4392  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  47.21 
 
 		 232 aa  207  2e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3850  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  49.35 
 
 		 232 aa  206  4e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.308855  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1562  two component transcriptional regulator  45.13 
 
 		 228 aa  205  5e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000591425  unclonable  0.00000000000208218 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4033  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  47.19 
 
 		 232 aa  204  1e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0084  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  46.12 
 
 		 232 aa  202  3e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.601085  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0081  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  46.12 
 
 		 232 aa  202  3e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4132  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  46.12 
 
 		 232 aa  202  3e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000494358  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4810  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  45.89 
 
 		 232 aa  201  9e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000617218 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3432  response regulator receiver protein  48.21 
 
 		 228 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000345172  normal  0.351937 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3461  response regulator receiver  47.09 
 
 		 226 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2869  two component transcriptional regulator  46.79 
 
 		 222 aa  199  3.9999999999999996e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.643015  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3933  two component transcriptional regulator  47.09 
 
 		 227 aa  198  6e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000956729  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3570  two component transcriptional regulator  45.74 
 
 		 227 aa  198  6e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000660562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00535  Transcriptional regulatory protein CpxR  43.23 
 
 		 247 aa  195  5.000000000000001e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.774728  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0279  two component transcriptional regulator  44.39 
 
 		 227 aa  193  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000622263  unclonable  0.000000000101633 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0319  two component transcriptional regulator  43.81 
 
 		 223 aa  192  4e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000369721  hitchhiker  0.00000000968682 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2797  transcriptional regulator, CpxR  43.42 
 
 		 227 aa  192  5e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000288823  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1223  two component transcriptional regulator  44.59 
 
 		 230 aa  192  6e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.140258  normal  0.151028 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1624  two component transcriptional regulator, winged helix family  46 
 
 		 278 aa  190  2e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0281  two component transcriptional regulator  45.54 
 
 		 227 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000215794  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2625  two component transcriptional regulator  42.17 
 
 		 232 aa  185  6e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000561273 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00938  transcriptional regulatory protein CpxR  45.79 
 
 		 236 aa  182  4.0000000000000006e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000268904  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0254  two component transcriptional regulator  47.32 
 
 		 228 aa  181  7e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000326652  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2914  two component transcriptional regulator  46.15 
 
 		 245 aa  181  9.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.634998  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3000  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.15 
 
 		 234 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3106  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.15 
 
 		 234 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0256  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.32 
 
 		 228 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000272342  decreased coverage  0.0000106333 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0261  two component transcriptional regulator  47.32 
 
 		 228 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000347248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0261  two component transcriptional regulator  47.32 
 
 		 228 aa  180  2e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000361731  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0252  two component transcriptional regulator  44.98 
 
 		 228 aa  179  4e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000571082  hitchhiker  0.000346333 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3769  two component transcriptional regulator  44.98 
 
 		 228 aa  179  4e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000556998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0253  two component transcriptional regulator  44.98 
 
 		 228 aa  179  4e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000454029  hitchhiker  0.00000000189127 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0367  two component transcriptional regulator  47.77 
 
 		 228 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000100212  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0987  two component transcriptional regulator  43.29 
 
 		 235 aa  178  7e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000260123  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4477  transcriptional regulatory protein CpxR  44.54 
 
 		 228 aa  177  2e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1831  two component transcriptional regulator  45.13 
 
 		 225 aa  175  6e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.989444  normal  0.522163 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1483  two component transcriptional regulator  41.96 
 
 		 225 aa  175  7e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0288957  normal  0.134739 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3846  two component transcriptional regulator  44.55 
 
 		 229 aa  175  7e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.225052  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15610  Response regulator, transciptional regulatory protein  42.41 
 
 		 225 aa  174  1.9999999999999998e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0572115  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4009  two component transcriptional regulator  43.11 
 
 		 225 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.597595  hitchhiker  0.0000110419 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4503  winged helix family two component transcriptional regulator  41.96 
 
 		 225 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0390062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3792  two component transcriptional regulator  43.11 
 
 		 225 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000277452 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1408  two component transcriptional regulator  41.96 
 
 		 225 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0248977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22760  putative two-component response regulator  44.89 
 
 		 225 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0539892 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2675  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.95 
 
 		 234 aa  172  5e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.661044  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0880  two component transcriptional regulator  48 
 
 		 234 aa  172  5e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.220279 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.56 
 
 		 235 aa  172  5e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1806  DNA-binding response regulator  43.3 
 
 		 225 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1750  transcriptional regulatory protein CpxR  39.74 
 
 		 242 aa  171  9e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000216865  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1922  putative two-component response regulator  44 
 
 		 225 aa  170  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4562  two component transcriptional regulator  42.13 
 
 		 247 aa  169  4e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.488322  normal  0.0982939 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>