More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5546 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5546  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit (4-hydroxy- 3-methoxybenzoate demethylase)  100 
 
 		 347 aa  728    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4340  Rieske (2Fe-2S) region  41.98 
 
 		 350 aa  275  8e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0963  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  37.75 
 
 		 350 aa  229  4e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3542  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  36.87 
 
 		 345 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.10385 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6309  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.02 
 
 		 341 aa  221  1.9999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241664  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2184  vanillate O-demethylase oxygenase, iron-sulfur subunit  36.47 
 
 		 347 aa  217  2e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1137  vanillate monooxygenase  35.09 
 
 		 350 aa  214  1.9999999999999998e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.684708  hitchhiker  0.000140047 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7105  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.54 
 
 		 361 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.811582  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3119  vanillate monooxygenase  36.87 
 
 		 358 aa  209  6e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4139  Vanillate monooxygenase  36.47 
 
 		 347 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.105569  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1575  Rieske (2Fe-2S) protein  33.43 
 
 		 346 aa  207  3e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.869006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1355  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.41 
 
 		 358 aa  204  1e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5126  vanillate monooxygenase  39.31 
 
 		 352 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0418  Rieske (2Fe-2S) protein  39.2 
 
 		 353 aa  203  3e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.842278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4593  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.3 
 
 		 353 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.743349  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0630  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.11 
 
 		 353 aa  202  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.494266  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1908  Rieske (2Fe-2S) protein  35.87 
 
 		 347 aa  200  3e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.127579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1488  Rieske (2Fe-2S) protein  35.88 
 
 		 351 aa  197  2.0000000000000003e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26080  vanillate demethylase subunit A  32.95 
 
 		 377 aa  194  2e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.819244  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3264  vanillate monooxygenase  35.63 
 
 		 350 aa  193  3e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00112363 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1368  vanillate monooxygenase  34.22 
 
 		 352 aa  192  6e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3214  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.16 
 
 		 347 aa  192  7e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0195459 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3387  Rieske (2Fe-2S) region  32.3 
 
 		 369 aa  189  7e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.662042  normal  0.0218971 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5789  Rieske (2Fe-2S) region  32.11 
 
 		 349 aa  188  9e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1335  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.9 
 
 		 351 aa  184  2.0000000000000003e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.819447 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0222  vanillate O-demethylase oxygenase subunit oxidoreductase protein  33.62 
 
 		 342 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000016692  normal  0.0221534 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1485  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.85 
 
 		 343 aa  183  4.0000000000000006e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1687  vanillate monooxygenase  37.46 
 
 		 338 aa  182  6e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0344  Rieske (2Fe-2S) protein  33.24 
 
 		 353 aa  182  1e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5693  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.24 
 
 		 352 aa  179  4.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0420  Rieske (2Fe-2S) protein  32.76 
 
 		 373 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0127  Rieske (2Fe-2S) protein  32.56 
 
 		 355 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5124  vanillate monooxygenase  32.76 
 
 		 359 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3952  Rieske (2Fe-2S) protein  34.09 
 
 		 340 aa  174  1.9999999999999998e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.112958 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2826  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  33.92 
 
 		 424 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0328786  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2045  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.29 
 
 		 355 aa  173  5e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3413  vanillate monooxygenase  30.64 
 
 		 345 aa  172  5.999999999999999e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.166087 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1352  vanillate monooxygenase  32.08 
 
 		 363 aa  172  9e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2725  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.49 
 
 		 354 aa  171  2e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0149406 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0280  Rieske (2Fe-2S) protein  30.55 
 
 		 351 aa  170  3e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6483  Rieske (2Fe-2S) region  32.77 
 
 		 358 aa  170  4e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5029  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.47 
 
 		 359 aa  170  4e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.773131 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5243  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.47 
 
 		 359 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0993  Rieske (2Fe-2S) region  33.04 
 
 		 350 aa  170  4e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000318811 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3124  Rieske (2Fe-2S) region  32.47 
 
 		 359 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.439622  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4591  vanillate monooxygenase  31.61 
 
 		 373 aa  169  4e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.672566 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64800  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  32.77 
 
 		 351 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0565633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3416  vanillate monooxygenase  32.37 
 
 		 342 aa  168  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0799476 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1004  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit A  34.76 
 
 		 353 aa  167  2e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.413289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1001  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit A  34.29 
 
 		 349 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.8149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2170  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.29 
 
 		 355 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.461217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1067  vanillate monooxygenase  32.97 
 
 		 359 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.535746  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4330  vanillate monooxygenase  30.97 
 
 		 366 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0440139 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3266  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.9 
 
 		 353 aa  163  4.0000000000000004e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0113117 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3736  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.71 
 
 		 355 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.554225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1549  vanillate monooxygenase  33.12 
 
 		 359 aa  162  5.0000000000000005e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.619122  normal  0.0130812 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1009  vanillate demethylase  30.86 
 
 		 353 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0048453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2027  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.71 
 
 		 355 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1487  Rieske (2Fe-2S) protein  33.7 
 
 		 356 aa  162  1e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5628  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  32.19 
 
 		 351 aa  160  3e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.834519  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2708  Rieske [2Fe-2S] region  31.03 
 
 		 354 aa  159  6e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.104354  normal  0.0620392 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2904  vanillate O-demethylase, oxygenase subunit  30.53 
 
 		 354 aa  157  3e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.179444  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4895  Vanillate monooxygenase  32.94 
 
 		 336 aa  157  3e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.802026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10960  ferridoxin oxidoreductase subunit  30.68 
 
 		 370 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1543  vanillate monooxygenase  31.29 
 
 		 366 aa  154  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.111008  hitchhiker  0.00152746 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1296  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.06 
 
 		 367 aa  154  2.9999999999999998e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.85642 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3246  vanillate monooxygenase  31.79 
 
 		 347 aa  153  5e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.546586  normal  0.604076 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1370  vanillate monooxygenase  28.48 
 
 		 363 aa  152  5.9999999999999996e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4861  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.47 
 
 		 365 aa  151  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.641783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1541  vanillate monooxygenase  33.44 
 
 		 423 aa  152  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00031597  hitchhiker  0.00167065 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0844  Rieske (2Fe-2S) region  29.97 
 
 		 349 aa  152  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0336  Rieske (2Fe-2S) protein  29.14 
 
 		 370 aa  150  2e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3396  vanillate monooxygenase  33.02 
 
 		 348 aa  150  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00111775  normal  0.0140003 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3409  vanillate monooxygenase  31.59 
 
 		 347 aa  149  6e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0915562 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3410  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.75 
 
 		 357 aa  149  8e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0474443 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1552  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.65 
 
 		 367 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.190198 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0707  Rieske (2Fe-2S) protein  29.41 
 
 		 341 aa  147  2.0000000000000003e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.537419  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1686  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.64 
 
 		 357 aa  147  3e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2285  vanillate monooxygenase  31.91 
 
 		 367 aa  147  3e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.138524 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3024  vanillate monooxygenase  28.92 
 
 		 361 aa  142  9.999999999999999e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4273  vanillate monooxygenase  29.89 
 
 		 350 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.35045 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2310  vanillate monooxygenase  30.21 
 
 		 362 aa  140  3e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0218143 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1872  Rieske (2Fe-2S) protein  29.41 
 
 		 356 aa  133  5e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.171768  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4269  vanillate monooxygenase  28.78 
 
 		 351 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.846398 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0867  Rieske (2Fe-2S) region  27.5 
 
 		 357 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3671  oxidoreductase alpha subunit  29.4 
 
 		 407 aa  124  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0725789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0852  Rieske (2Fe-2S) region  27.14 
 
 		 355 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.467283  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1550  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.84 
 
 		 353 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.276626  normal  0.0604744 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4278  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.08 
 
 		 362 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.844018 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1559  vanillate monooxygenase  32.81 
 
 		 347 aa  119  6e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.662697  normal  0.47859 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2035  hypothetical protein  27.65 
 
 		 345 aa  114  2.0000000000000002e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4769  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  28.75 
 
 		 367 aa  114  3e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.289545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1542  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.58 
 
 		 366 aa  112  7.000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0106115  decreased coverage  0.000412121 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2036  hypothetical protein  33.92 
 
 		 334 aa  110  3e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4103  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.17 
 
 		 374 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0396  Rieske (2Fe-2S) domain protein  27.8 
 
 		 360 aa  108  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.547393 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1185  Rieske (2Fe-2S) domain protein  25.96 
 
 		 364 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1812  Rieske (2Fe-2S) region  28.57 
 
 		 383 aa  108  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0372125 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1459  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.9 
 
 		 357 aa  100  5e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0280358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0203  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.55 
 
 		 406 aa  100  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>