More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2170 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3736  Rieske (2Fe-2S) domain protein  97.46 
 
 
355 aa  730    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.554225  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2045  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  91.27 
 
 
355 aa  689    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2170  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  100 
 
 
355 aa  743    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.461217  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2027  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  98.03 
 
 
355 aa  732    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2708  Rieske [2Fe-2S] region  83.85 
 
 
354 aa  622  1e-177  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.104354  normal  0.0620392 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2904  vanillate O-demethylase, oxygenase subunit  82.72 
 
 
354 aa  619  1e-176  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.179444  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5628  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  80.35 
 
 
351 aa  586  1e-166  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.834519  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64800  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  79.47 
 
 
351 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0565633  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1296  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  76.06 
 
 
367 aa  579  1e-164  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.85642 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0222  vanillate O-demethylase oxygenase subunit oxidoreductase protein  78.59 
 
 
342 aa  572  1.0000000000000001e-162  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000016692  normal  0.0221534 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2725  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  78.93 
 
 
354 aa  571  1.0000000000000001e-162  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0149406 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5693  Rieske (2Fe-2S) domain protein  77.94 
 
 
352 aa  567  1e-161  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0280  Rieske (2Fe-2S) protein  77.71 
 
 
351 aa  562  1.0000000000000001e-159  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5124  vanillate monooxygenase  76.3 
 
 
359 aa  560  1e-158  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14115  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5243  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  76.59 
 
 
359 aa  559  1e-158  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0344  Rieske (2Fe-2S) protein  75.35 
 
 
353 aa  560  1e-158  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3124  Rieske (2Fe-2S) region  76.59 
 
 
359 aa  559  1e-158  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.439622  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5029  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  76.59 
 
 
359 aa  559  1e-158  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.773131 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4591  vanillate monooxygenase  75.43 
 
 
373 aa  553  1e-156  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.672566 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0420  Rieske (2Fe-2S) protein  74.86 
 
 
373 aa  545  1e-154  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3214  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  74.85 
 
 
347 aa  536  1e-151  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0195459 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1485  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  74.12 
 
 
343 aa  527  1e-148  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0844  Rieske (2Fe-2S) region  69.21 
 
 
349 aa  518  1e-146  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1352  vanillate monooxygenase  73.24 
 
 
363 aa  516  1.0000000000000001e-145  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1335  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  73.26 
 
 
351 aa  509  1e-143  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.819447 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3387  Rieske (2Fe-2S) region  44.2 
 
 
369 aa  305  8.000000000000001e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.662042  normal  0.0218971 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1908  Rieske (2Fe-2S) protein  47.38 
 
 
347 aa  295  6e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.127579  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1137  vanillate monooxygenase  43.44 
 
 
350 aa  294  2e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.684708  hitchhiker  0.000140047 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2184  vanillate O-demethylase oxygenase, iron-sulfur subunit  44.71 
 
 
347 aa  292  7e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4139  Vanillate monooxygenase  46.46 
 
 
347 aa  291  1e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.105569  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1368  vanillate monooxygenase  41.76 
 
 
352 aa  277  2e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26080  vanillate demethylase subunit A  41.16 
 
 
377 aa  273  5.000000000000001e-72  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.819244  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2826  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  39.88 
 
 
424 aa  268  1e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0328786  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7105  Rieske (2Fe-2S) domain protein  41.71 
 
 
361 aa  260  3e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.811582  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4340  Rieske (2Fe-2S) region  34.96 
 
 
350 aa  199  7e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4593  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.48 
 
 
353 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.743349  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0418  Rieske (2Fe-2S) protein  34.2 
 
 
353 aa  193  4e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.842278  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5126  vanillate monooxygenase  34.2 
 
 
352 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1687  vanillate monooxygenase  35.28 
 
 
338 aa  189  4e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4895  Vanillate monooxygenase  33.62 
 
 
336 aa  186  4e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.802026  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0127  Rieske (2Fe-2S) protein  34.66 
 
 
355 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3119  vanillate monooxygenase  31.7 
 
 
358 aa  182  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0336  Rieske (2Fe-2S) protein  32.36 
 
 
370 aa  181  2e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0630  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.17 
 
 
353 aa  180  2.9999999999999997e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.494266  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1575  Rieske (2Fe-2S) protein  31.64 
 
 
346 aa  178  1e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.869006  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4269  vanillate monooxygenase  34.67 
 
 
351 aa  176  4e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.846398 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3246  vanillate monooxygenase  34.37 
 
 
347 aa  172  1e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.546586  normal  0.604076 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1543  vanillate monooxygenase  32.75 
 
 
366 aa  171  2e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.111008  hitchhiker  0.00152746 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1355  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.01 
 
 
358 aa  171  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3416  vanillate monooxygenase  33.33 
 
 
342 aa  169  7e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0799476 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3952  Rieske (2Fe-2S) protein  32.19 
 
 
340 aa  168  1e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.112958 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5546  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit (4-hydroxy- 3-methoxybenzoate demethylase)  32.29 
 
 
347 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2285  vanillate monooxygenase  32.68 
 
 
367 aa  163  4.0000000000000004e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.138524 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6309  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.49 
 
 
341 aa  162  8.000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241664  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6483  Rieske (2Fe-2S) region  29.49 
 
 
358 aa  159  7e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1370  vanillate monooxygenase  32.57 
 
 
363 aa  159  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1009  vanillate demethylase  29.44 
 
 
353 aa  157  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0048453  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3542  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  29.06 
 
 
345 aa  153  5e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.10385 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10960  ferridoxin oxidoreductase subunit  30.72 
 
 
370 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1541  vanillate monooxygenase  33.61 
 
 
423 aa  152  8e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00031597  hitchhiker  0.00167065 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1067  vanillate monooxygenase  32.34 
 
 
359 aa  150  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.535746  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3413  vanillate monooxygenase  32 
 
 
345 aa  151  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.166087 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0993  Rieske (2Fe-2S) region  30.6 
 
 
350 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000318811 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4330  vanillate monooxygenase  28.13 
 
 
366 aa  150  4e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0440139 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0963  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  31.62 
 
 
350 aa  149  7e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4273  vanillate monooxygenase  30.86 
 
 
350 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.35045 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3409  vanillate monooxygenase  27.75 
 
 
347 aa  147  3e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0915562 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1550  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.36 
 
 
353 aa  146  6e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.276626  normal  0.0604744 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3396  vanillate monooxygenase  30.45 
 
 
348 aa  145  1e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00111775  normal  0.0140003 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0867  Rieske (2Fe-2S) region  29.39 
 
 
357 aa  144  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3024  vanillate monooxygenase  29.19 
 
 
361 aa  144  3e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2310  vanillate monooxygenase  30 
 
 
362 aa  142  6e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0218143 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1872  Rieske (2Fe-2S) protein  29.14 
 
 
356 aa  142  9e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.171768  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5789  Rieske (2Fe-2S) region  28.93 
 
 
349 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1559  vanillate monooxygenase  32.28 
 
 
347 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.662697  normal  0.47859 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1686  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.21 
 
 
357 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1552  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.99 
 
 
367 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.190198 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1549  vanillate monooxygenase  29.34 
 
 
359 aa  139  7e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.619122  normal  0.0130812 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3264  vanillate monooxygenase  29.57 
 
 
350 aa  139  7.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00112363 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0852  Rieske (2Fe-2S) region  28.9 
 
 
355 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.467283  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4861  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.21 
 
 
365 aa  136  5e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.641783  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1488  Rieske (2Fe-2S) protein  29.86 
 
 
351 aa  128  2.0000000000000002e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1542  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.71 
 
 
366 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0106115  decreased coverage  0.000412121 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1487  Rieske (2Fe-2S) protein  28.53 
 
 
356 aa  118  9.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5591  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.21 
 
 
356 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00790855 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0707  Rieske (2Fe-2S) protein  28.45 
 
 
341 aa  118  1.9999999999999998e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.537419  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4278  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.11 
 
 
362 aa  117  3e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.844018 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3410  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.69 
 
 
357 aa  117  3.9999999999999997e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0474443 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1004  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit A  28.77 
 
 
353 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.413289  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4709  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.63 
 
 
356 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700082  normal  0.155037 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3658  Rieske (2Fe-2S) region  36.63 
 
 
356 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1105  Rieske (2Fe-2S) protein  36.05 
 
 
358 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.080608  normal  0.368914 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4568  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.05 
 
 
356 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.380862  hitchhiker  0.000303241 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4103  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.05 
 
 
356 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.119091 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3266  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.33 
 
 
353 aa  113  5e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0113117 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2035  hypothetical protein  27.09 
 
 
345 aa  112  7.000000000000001e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7059  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.88 
 
 
364 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.2387  normal  0.465604 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0175  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  35.47 
 
 
363 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3671  oxidoreductase alpha subunit  29.7 
 
 
407 aa  110  5e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0725789  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1001  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit A  27.68 
 
 
349 aa  109  8.000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.8149  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>