More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0844 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_0844  Rieske (2Fe-2S) region  100 
 
 
349 aa  733    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1296  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  69.54 
 
 
367 aa  531  1e-150  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.85642 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5628  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  69.39 
 
 
351 aa  521  1e-147  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.834519  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3736  Rieske (2Fe-2S) domain protein  69.79 
 
 
355 aa  519  1e-146  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.554225  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2708  Rieske [2Fe-2S] region  69.59 
 
 
354 aa  520  1e-146  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.104354  normal  0.0620392 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2027  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  69.5 
 
 
355 aa  517  1e-146  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64800  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  69.39 
 
 
351 aa  518  1e-146  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0565633  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2170  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  69.21 
 
 
355 aa  518  1e-146  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.461217  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2045  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  70.38 
 
 
355 aa  518  1e-146  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2904  vanillate O-demethylase, oxygenase subunit  68.62 
 
 
354 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.179444  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0344  Rieske (2Fe-2S) protein  68.9 
 
 
353 aa  511  1e-144  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5693  Rieske (2Fe-2S) domain protein  68.14 
 
 
352 aa  505  9.999999999999999e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5124  vanillate monooxygenase  70 
 
 
359 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14115  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0280  Rieske (2Fe-2S) protein  67.15 
 
 
351 aa  503  1e-141  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3214  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  68.53 
 
 
347 aa  502  1e-141  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0195459 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5029  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  68.53 
 
 
359 aa  499  1e-140  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.773131 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3124  Rieske (2Fe-2S) region  68.53 
 
 
359 aa  498  1e-140  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.439622  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5243  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  68.53 
 
 
359 aa  498  1e-140  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2725  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  67.26 
 
 
354 aa  495  1e-139  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0149406 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0420  Rieske (2Fe-2S) protein  68.33 
 
 
373 aa  496  1e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4591  vanillate monooxygenase  68.53 
 
 
373 aa  497  1e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.672566 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0222  vanillate O-demethylase oxygenase subunit oxidoreductase protein  66.47 
 
 
342 aa  492  9.999999999999999e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000016692  normal  0.0221534 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1335  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  66.86 
 
 
351 aa  479  1e-134  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.819447 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1352  vanillate monooxygenase  65.01 
 
 
363 aa  476  1e-133  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1485  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  64.31 
 
 
343 aa  464  9.999999999999999e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3387  Rieske (2Fe-2S) region  42.17 
 
 
369 aa  301  9e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.662042  normal  0.0218971 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1908  Rieske (2Fe-2S) protein  42.98 
 
 
347 aa  295  8e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.127579  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4139  Vanillate monooxygenase  43.27 
 
 
347 aa  293  2e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.105569  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2184  vanillate O-demethylase oxygenase, iron-sulfur subunit  41.94 
 
 
347 aa  291  1e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1137  vanillate monooxygenase  41.33 
 
 
350 aa  289  4e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.684708  hitchhiker  0.000140047 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26080  vanillate demethylase subunit A  42.69 
 
 
377 aa  286  2.9999999999999996e-76  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.819244  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1368  vanillate monooxygenase  42.82 
 
 
352 aa  284  2.0000000000000002e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7105  Rieske (2Fe-2S) domain protein  41.09 
 
 
361 aa  265  1e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.811582  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2826  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  37.93 
 
 
424 aa  258  7e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0328786  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4593  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.18 
 
 
353 aa  211  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.743349  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0418  Rieske (2Fe-2S) protein  35.61 
 
 
353 aa  205  1e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.842278  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5126  vanillate monooxygenase  35.71 
 
 
352 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1687  vanillate monooxygenase  33.33 
 
 
338 aa  195  8.000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1355  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.42 
 
 
358 aa  194  2e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4340  Rieske (2Fe-2S) region  34.41 
 
 
350 aa  192  5e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0336  Rieske (2Fe-2S) protein  33.53 
 
 
370 aa  187  2e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4269  vanillate monooxygenase  37.64 
 
 
351 aa  186  6e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.846398 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0127  Rieske (2Fe-2S) protein  32.35 
 
 
355 aa  182  1e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3119  vanillate monooxygenase  32.84 
 
 
358 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4895  Vanillate monooxygenase  31.47 
 
 
336 aa  178  1e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.802026  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0630  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32 
 
 
353 aa  178  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.494266  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3416  vanillate monooxygenase  33.62 
 
 
342 aa  176  5e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0799476 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1575  Rieske (2Fe-2S) protein  32.56 
 
 
346 aa  174  1.9999999999999998e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.869006  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3952  Rieske (2Fe-2S) protein  32.65 
 
 
340 aa  174  1.9999999999999998e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.112958 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1009  vanillate demethylase  32.68 
 
 
353 aa  172  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0048453  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1543  vanillate monooxygenase  30.77 
 
 
366 aa  171  2e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.111008  hitchhiker  0.00152746 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3246  vanillate monooxygenase  31.79 
 
 
347 aa  167  4e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.546586  normal  0.604076 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2285  vanillate monooxygenase  29.82 
 
 
367 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.138524 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3024  vanillate monooxygenase  31.34 
 
 
361 aa  163  4.0000000000000004e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6309  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.16 
 
 
341 aa  162  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241664  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3409  vanillate monooxygenase  30 
 
 
347 aa  160  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0915562 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1370  vanillate monooxygenase  30.33 
 
 
363 aa  159  6e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4273  vanillate monooxygenase  30.08 
 
 
350 aa  159  8e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.35045 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1872  Rieske (2Fe-2S) protein  30.72 
 
 
356 aa  158  1e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.171768  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3542  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  30.26 
 
 
345 aa  158  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.10385 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4330  vanillate monooxygenase  30.09 
 
 
366 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0440139 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1686  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.48 
 
 
357 aa  155  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1550  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.4 
 
 
353 aa  154  2.9999999999999998e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.276626  normal  0.0604744 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5546  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit (4-hydroxy- 3-methoxybenzoate demethylase)  29.97 
 
 
347 aa  152  1e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6483  Rieske (2Fe-2S) region  28.09 
 
 
358 aa  151  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0993  Rieske (2Fe-2S) region  31.4 
 
 
350 aa  151  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000318811 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0963  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  29.68 
 
 
350 aa  149  8e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1067  vanillate monooxygenase  31.99 
 
 
359 aa  145  7.0000000000000006e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.535746  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10960  ferridoxin oxidoreductase subunit  30.35 
 
 
370 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0867  Rieske (2Fe-2S) region  29.8 
 
 
357 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5789  Rieske (2Fe-2S) region  29.28 
 
 
349 aa  145  9e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2310  vanillate monooxygenase  29.82 
 
 
362 aa  143  5e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0218143 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1488  Rieske (2Fe-2S) protein  31.09 
 
 
351 aa  142  9e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4861  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.62 
 
 
365 aa  139  4.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.641783  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3264  vanillate monooxygenase  31.66 
 
 
350 aa  139  6e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00112363 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3396  vanillate monooxygenase  29.46 
 
 
348 aa  137  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00111775  normal  0.0140003 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1559  vanillate monooxygenase  28.97 
 
 
347 aa  137  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.662697  normal  0.47859 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3413  vanillate monooxygenase  27.03 
 
 
345 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.166087 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1552  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.24 
 
 
367 aa  136  5e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.190198 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4278  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.03 
 
 
362 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.844018 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3410  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.46 
 
 
357 aa  133  6e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0474443 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1004  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit A  29.41 
 
 
353 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.413289  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1542  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.83 
 
 
366 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0106115  decreased coverage  0.000412121 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1541  vanillate monooxygenase  29.14 
 
 
423 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00031597  hitchhiker  0.00167065 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0852  Rieske (2Fe-2S) region  28.37 
 
 
355 aa  129  6e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.467283  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0707  Rieske (2Fe-2S) protein  30.4 
 
 
341 aa  128  2.0000000000000002e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.537419  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1549  vanillate monooxygenase  28.03 
 
 
359 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.619122  normal  0.0130812 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3266  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.35 
 
 
353 aa  125  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0113117 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1001  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit A  28.49 
 
 
349 aa  123  5e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.8149  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1487  Rieske (2Fe-2S) protein  28.77 
 
 
356 aa  121  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2036  hypothetical protein  35.54 
 
 
334 aa  114  3e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502892  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2035  hypothetical protein  34.94 
 
 
345 aa  108  1e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3671  oxidoreductase alpha subunit  28.06 
 
 
407 aa  106  7e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0725789  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4568  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.92 
 
 
356 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.380862  hitchhiker  0.000303241 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4103  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.92 
 
 
356 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.119091 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7059  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.5 
 
 
364 aa  100  5e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.2387  normal  0.465604 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3574  Rieske (2Fe-2S) region  36.48 
 
 
349 aa  100  5e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1105  Rieske (2Fe-2S) protein  33.92 
 
 
358 aa  99.8  7e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.080608  normal  0.368914 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2492  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  33.87 
 
 
315 aa  99.4  8e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5591  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.92 
 
 
356 aa  99.4  9e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00790855 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>