More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0127 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0127  Rieske (2Fe-2S) protein  100 
 
 		 355 aa  725    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1575  Rieske (2Fe-2S) protein  38.48 
 
 		 346 aa  256  3e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.869006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1137  vanillate monooxygenase  39.13 
 
 		 350 aa  249  4e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.684708  hitchhiker  0.000140047 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2184  vanillate O-demethylase oxygenase, iron-sulfur subunit  38.71 
 
 		 347 aa  235  8e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26080  vanillate demethylase subunit A  38.44 
 
 		 377 aa  233  4.0000000000000004e-60  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.819244  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2826  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  39.3 
 
 		 424 aa  231  2e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0328786  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3387  Rieske (2Fe-2S) region  36.13 
 
 		 369 aa  228  1e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.662042  normal  0.0218971 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4340  Rieske (2Fe-2S) region  38.46 
 
 		 350 aa  225  8e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0630  Rieske (2Fe-2S) domain protein  37.54 
 
 		 353 aa  223  4e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.494266  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4139  Vanillate monooxygenase  38.04 
 
 		 347 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.105569  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3952  Rieske (2Fe-2S) protein  34.42 
 
 		 340 aa  219  3.9999999999999997e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.112958 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1908  Rieske (2Fe-2S) protein  38.34 
 
 		 347 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.127579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1368  vanillate monooxygenase  34.22 
 
 		 352 aa  217  2.9999999999999998e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7105  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.1 
 
 		 361 aa  213  5.999999999999999e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.811582  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6309  Rieske (2Fe-2S) domain protein  35.86 
 
 		 341 aa  201  1.9999999999999998e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241664  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2285  vanillate monooxygenase  34.97 
 
 		 367 aa  196  6e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.138524 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5693  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.29 
 
 		 352 aa  195  1e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0963  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  34.67 
 
 		 350 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2045  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.95 
 
 		 355 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2170  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.66 
 
 		 355 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.461217  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3736  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.09 
 
 		 355 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.554225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2027  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.09 
 
 		 355 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1485  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.24 
 
 		 343 aa  183  4.0000000000000006e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1370  vanillate monooxygenase  34.4 
 
 		 363 aa  181  1e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0844  Rieske (2Fe-2S) region  32.35 
 
 		 349 aa  182  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1352  vanillate monooxygenase  33.33 
 
 		 363 aa  181  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2725  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.84 
 
 		 354 aa  178  1e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0149406 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0280  Rieske (2Fe-2S) protein  32.16 
 
 		 351 aa  176  8e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0336  Rieske (2Fe-2S) protein  31.87 
 
 		 370 aa  175  9.999999999999999e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0344  Rieske (2Fe-2S) protein  32.02 
 
 		 353 aa  175  9.999999999999999e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5546  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit (4-hydroxy- 3-methoxybenzoate demethylase)  32.56 
 
 		 347 aa  175  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4895  Vanillate monooxygenase  32.65 
 
 		 336 aa  175  9.999999999999999e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.802026  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0222  vanillate O-demethylase oxygenase subunit oxidoreductase protein  32.17 
 
 		 342 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000016692  normal  0.0221534 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1296  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.67 
 
 		 367 aa  172  5.999999999999999e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.85642 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2708  Rieske [2Fe-2S] region  31.73 
 
 		 354 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.104354  normal  0.0620392 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4273  vanillate monooxygenase  36.41 
 
 		 350 aa  169  8e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.35045 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3214  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.33 
 
 		 347 aa  169  9e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0195459 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2904  vanillate O-demethylase, oxygenase subunit  31.16 
 
 		 354 aa  168  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.179444  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5628  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  34.96 
 
 		 351 aa  168  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.834519  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5124  vanillate monooxygenase  31.87 
 
 		 359 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4591  vanillate monooxygenase  32.16 
 
 		 373 aa  168  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.672566 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1335  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.16 
 
 		 351 aa  167  2.9999999999999998e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.819447 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1355  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.53 
 
 		 358 aa  166  5.9999999999999996e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3542  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  31.76 
 
 		 345 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.10385 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5029  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.27 
 
 		 359 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.773131 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3409  vanillate monooxygenase  32.84 
 
 		 347 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0915562 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64800  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  33.52 
 
 		 351 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0565633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0420  Rieske (2Fe-2S) protein  31.14 
 
 		 373 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0418  Rieske (2Fe-2S) protein  32.37 
 
 		 353 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.842278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4593  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.56 
 
 		 353 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.743349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10960  ferridoxin oxidoreductase subunit  32.66 
 
 		 370 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5126  vanillate monooxygenase  32.06 
 
 		 352 aa  162  9e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3124  Rieske (2Fe-2S) region  31.98 
 
 		 359 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.439622  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5243  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.98 
 
 		 359 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4278  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.73 
 
 		 362 aa  159  5e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.844018 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3416  vanillate monooxygenase  34.41 
 
 		 342 aa  159  6e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0799476 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3396  vanillate monooxygenase  34.46 
 
 		 348 aa  159  7e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00111775  normal  0.0140003 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1009  vanillate demethylase  30.51 
 
 		 353 aa  158  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0048453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1488  Rieske (2Fe-2S) protein  33.53 
 
 		 351 aa  157  2e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0993  Rieske (2Fe-2S) region  33.63 
 
 		 350 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000318811 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1687  vanillate monooxygenase  34.29 
 
 		 338 aa  157  3e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3264  vanillate monooxygenase  33.14 
 
 		 350 aa  157  3e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00112363 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2310  vanillate monooxygenase  33.92 
 
 		 362 aa  155  7e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0218143 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3246  vanillate monooxygenase  33.81 
 
 		 347 aa  155  7e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.546586  normal  0.604076 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1686  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.95 
 
 		 357 aa  155  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1550  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.86 
 
 		 353 aa  154  2.9999999999999998e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.276626  normal  0.0604744 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1559  vanillate monooxygenase  33.72 
 
 		 347 aa  151  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.662697  normal  0.47859 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5789  Rieske (2Fe-2S) region  31.83 
 
 		 349 aa  150  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0867  Rieske (2Fe-2S) region  31.23 
 
 		 357 aa  150  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1542  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.98 
 
 		 366 aa  150  4e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0106115  decreased coverage  0.000412121 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3410  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.9 
 
 		 357 aa  149  7e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0474443 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3119  vanillate monooxygenase  30.41 
 
 		 358 aa  149  9e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4269  vanillate monooxygenase  33.43 
 
 		 351 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.846398 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1067  vanillate monooxygenase  31.02 
 
 		 359 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.535746  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4861  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.24 
 
 		 365 aa  146  5e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.641783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6483  Rieske (2Fe-2S) region  30.83 
 
 		 358 aa  145  8.000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2036  hypothetical protein  30.99 
 
 		 334 aa  144  3e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1549  vanillate monooxygenase  31.63 
 
 		 359 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.619122  normal  0.0130812 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3024  vanillate monooxygenase  29.71 
 
 		 361 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3266  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.99 
 
 		 353 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0113117 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1872  Rieske (2Fe-2S) protein  29.15 
 
 		 356 aa  139  4.999999999999999e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.171768  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1541  vanillate monooxygenase  33.33 
 
 		 423 aa  139  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00031597  hitchhiker  0.00167065 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0852  Rieske (2Fe-2S) region  29.24 
 
 		 355 aa  139  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.467283  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3671  oxidoreductase alpha subunit  32.12 
 
 		 407 aa  138  1e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0725789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4330  vanillate monooxygenase  29.36 
 
 		 366 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0440139 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3413  vanillate monooxygenase  27.33 
 
 		 345 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.166087 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1543  vanillate monooxygenase  31.44 
 
 		 366 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.111008  hitchhiker  0.00152746 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1552  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.03 
 
 		 367 aa  135  9.999999999999999e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.190198 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1004  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit A  29.72 
 
 		 353 aa  130  3e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.413289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1001  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit A  29.46 
 
 		 349 aa  127  3e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.8149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0707  Rieske (2Fe-2S) protein  34.03 
 
 		 341 aa  124  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.537419  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1487  Rieske (2Fe-2S) protein  28.7 
 
 		 356 aa  121  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2297  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.77 
 
 		 352 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.125012  normal  0.643759 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2305  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.77 
 
 		 352 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.560893  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2258  Rieske (2Fe-2S) region  30.77 
 
 		 352 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.236496  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1185  Rieske (2Fe-2S) domain protein  29.21 
 
 		 364 aa  112  8.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1459  Rieske (2Fe-2S) domain protein  38.24 
 
 		 357 aa  110  4.0000000000000004e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0280358  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6610  vanillate demethylase oxygenase subunit  36.72 
 
 		 380 aa  109  6e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.581564  normal  0.184804 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1184  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.66 
 
 		 358 aa  109  7.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0396  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.53 
 
 		 360 aa  107  4e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.547393 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>