More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6309 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6309  Rieske (2Fe-2S) domain protein  100 
 
 		 341 aa  710    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241664  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4340  Rieske (2Fe-2S) region  51.18 
 
 		 350 aa  362  6e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1488  Rieske (2Fe-2S) protein  41.79 
 
 		 351 aa  259  5.0000000000000005e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0630  Rieske (2Fe-2S) domain protein  39.02 
 
 		 353 aa  252  7e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.494266  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0963  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  37.79 
 
 		 350 aa  229  6e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5546  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit (4-hydroxy- 3-methoxybenzoate demethylase)  36.02 
 
 		 347 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1137  vanillate monooxygenase  35.93 
 
 		 350 aa  214  1.9999999999999998e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.684708  hitchhiker  0.000140047 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26080  vanillate demethylase subunit A  34.88 
 
 		 377 aa  212  7e-54  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.819244  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1908  Rieske (2Fe-2S) protein  37.93 
 
 		 347 aa  212  7.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.127579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1575  Rieske (2Fe-2S) protein  35.19 
 
 		 346 aa  211  1e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.869006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2184  vanillate O-demethylase oxygenase, iron-sulfur subunit  35.78 
 
 		 347 aa  211  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4139  Vanillate monooxygenase  37.5 
 
 		 347 aa  210  4e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.105569  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3416  vanillate monooxygenase  36.07 
 
 		 342 aa  209  6e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0799476 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5789  Rieske (2Fe-2S) region  34.31 
 
 		 349 aa  209  8e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3542  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  34.31 
 
 		 345 aa  208  9e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.10385 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2826  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  33.82 
 
 		 424 aa  206  4e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0328786  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4330  vanillate monooxygenase  36.39 
 
 		 366 aa  206  5e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0440139 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0418  Rieske (2Fe-2S) protein  34.82 
 
 		 353 aa  206  6e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.842278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4593  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.47 
 
 		 353 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.743349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5126  vanillate monooxygenase  35.33 
 
 		 352 aa  202  8e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0127  Rieske (2Fe-2S) protein  35.86 
 
 		 355 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3952  Rieske (2Fe-2S) protein  35.67 
 
 		 340 aa  200  3e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.112958 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3119  vanillate monooxygenase  33.84 
 
 		 358 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3264  vanillate monooxygenase  36.54 
 
 		 350 aa  196  5.000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00112363 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1368  vanillate monooxygenase  35.42 
 
 		 352 aa  195  1e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0344  Rieske (2Fe-2S) protein  34.47 
 
 		 353 aa  189  5e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7105  Rieske (2Fe-2S) domain protein  35.16 
 
 		 361 aa  187  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.811582  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3387  Rieske (2Fe-2S) region  32.1 
 
 		 369 aa  187  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.662042  normal  0.0218971 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2285  vanillate monooxygenase  34.39 
 
 		 367 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.138524 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3413  vanillate monooxygenase  35.38 
 
 		 345 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.166087 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1355  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.3 
 
 		 358 aa  183  4.0000000000000006e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0222  vanillate O-demethylase oxygenase subunit oxidoreductase protein  35.14 
 
 		 342 aa  181  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000016692  normal  0.0221534 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0280  Rieske (2Fe-2S) protein  33.24 
 
 		 351 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1485  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.72 
 
 		 343 aa  180  4e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1009  vanillate demethylase  33.81 
 
 		 353 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0048453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5628  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  33.81 
 
 		 351 aa  179  8e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.834519  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64800  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  33.62 
 
 		 351 aa  178  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0565633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3214  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.95 
 
 		 347 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0195459 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1004  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit A  32.86 
 
 		 353 aa  177  3e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.413289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1552  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.83 
 
 		 367 aa  176  7e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.190198 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4895  Vanillate monooxygenase  33.33 
 
 		 336 aa  174  9.999999999999999e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.802026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1687  vanillate monooxygenase  35.94 
 
 		 338 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4591  vanillate monooxygenase  32.19 
 
 		 373 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.672566 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5124  vanillate monooxygenase  32.48 
 
 		 359 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1352  vanillate monooxygenase  35.26 
 
 		 363 aa  172  5e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6483  Rieske (2Fe-2S) region  32.68 
 
 		 358 aa  172  6.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5693  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.07 
 
 		 352 aa  172  6.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4861  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.23 
 
 		 365 aa  172  7.999999999999999e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.641783  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10960  ferridoxin oxidoreductase subunit  31.88 
 
 		 370 aa  170  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2725  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.04 
 
 		 354 aa  170  3e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0149406 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5029  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.48 
 
 		 359 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.773131 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1335  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.27 
 
 		 351 aa  169  7e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.819447 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3024  vanillate monooxygenase  31.54 
 
 		 361 aa  169  9e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1001  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit A  31.34 
 
 		 349 aa  168  1e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.8149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3266  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.79 
 
 		 353 aa  167  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0113117 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2310  vanillate monooxygenase  34.23 
 
 		 362 aa  167  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0218143 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2045  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.33 
 
 		 355 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1067  vanillate monooxygenase  31.61 
 
 		 359 aa  167  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.535746  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1296  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.28 
 
 		 367 aa  167  2.9999999999999998e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.85642 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2708  Rieske [2Fe-2S] region  32.75 
 
 		 354 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.104354  normal  0.0620392 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1541  vanillate monooxygenase  34.57 
 
 		 423 aa  166  4e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00031597  hitchhiker  0.00167065 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3409  vanillate monooxygenase  31.76 
 
 		 347 aa  167  4e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0915562 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4269  vanillate monooxygenase  32.16 
 
 		 351 aa  166  5e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.846398 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3246  vanillate monooxygenase  34.56 
 
 		 347 aa  166  5.9999999999999996e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.546586  normal  0.604076 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0420  Rieske (2Fe-2S) protein  31.14 
 
 		 373 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2904  vanillate O-demethylase, oxygenase subunit  32.76 
 
 		 354 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.179444  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1549  vanillate monooxygenase  33.88 
 
 		 359 aa  164  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.619122  normal  0.0130812 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3124  Rieske (2Fe-2S) region  31.62 
 
 		 359 aa  164  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.439622  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5243  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.62 
 
 		 359 aa  164  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2027  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.49 
 
 		 355 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2170  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.49 
 
 		 355 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.461217  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3736  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.49 
 
 		 355 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.554225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0844  Rieske (2Fe-2S) region  31.16 
 
 		 349 aa  162  1e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4273  vanillate monooxygenase  31.38 
 
 		 350 aa  160  3e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.35045 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0707  Rieske (2Fe-2S) protein  31.94 
 
 		 341 aa  159  4e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.537419  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0336  Rieske (2Fe-2S) protein  30.82 
 
 		 370 aa  159  5e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3396  vanillate monooxygenase  33.05 
 
 		 348 aa  158  1e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00111775  normal  0.0140003 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1686  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.14 
 
 		 357 aa  157  3e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1487  Rieske (2Fe-2S) protein  30.26 
 
 		 356 aa  156  4e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1370  vanillate monooxygenase  30.2 
 
 		 363 aa  154  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0852  Rieske (2Fe-2S) region  31.55 
 
 		 355 aa  154  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.467283  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0867  Rieske (2Fe-2S) region  31.03 
 
 		 357 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1542  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.3 
 
 		 366 aa  153  4e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0106115  decreased coverage  0.000412121 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0993  Rieske (2Fe-2S) region  31.95 
 
 		 350 aa  152  8e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000318811 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4278  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.44 
 
 		 362 aa  150  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.844018 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1543  vanillate monooxygenase  29.19 
 
 		 366 aa  147  4.0000000000000006e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.111008  hitchhiker  0.00152746 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1872  Rieske (2Fe-2S) protein  29.97 
 
 		 356 aa  144  2e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.171768  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1550  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.53 
 
 		 353 aa  139  7.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.276626  normal  0.0604744 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2035  hypothetical protein  28.78 
 
 		 345 aa  135  8e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3410  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.5 
 
 		 357 aa  135  9.999999999999999e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0474443 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3671  oxidoreductase alpha subunit  30.33 
 
 		 407 aa  130  3e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0725789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1559  vanillate monooxygenase  32.48 
 
 		 347 aa  127  3e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.662697  normal  0.47859 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7085  Rieske (2Fe-2S) domain protein  35.19 
 
 		 406 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1185  Rieske (2Fe-2S) domain protein  35.84 
 
 		 364 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0203  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.57 
 
 		 406 aa  113  5e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1184  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.5 
 
 		 358 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4769  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  32.31 
 
 		 367 aa  110  4.0000000000000004e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.289545  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0396  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.33 
 
 		 360 aa  108  2e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.547393 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2036  hypothetical protein  32.2 
 
 		 334 aa  106  4e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4103  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.13 
 
 		 374 aa  104  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>