More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1687 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1687  vanillate monooxygenase  100 
 
 
338 aa  695    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3416  vanillate monooxygenase  45.54 
 
 
342 aa  286  2.9999999999999996e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0799476 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4330  vanillate monooxygenase  42.52 
 
 
366 aa  263  4e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0440139 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3413  vanillate monooxygenase  41.09 
 
 
345 aa  253  5.000000000000001e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.166087 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3246  vanillate monooxygenase  39.83 
 
 
347 aa  244  1.9999999999999999e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.546586  normal  0.604076 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4269  vanillate monooxygenase  38.84 
 
 
351 aa  239  5.999999999999999e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.846398 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2285  vanillate monooxygenase  38.81 
 
 
367 aa  239  6.999999999999999e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.138524 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1549  vanillate monooxygenase  42.24 
 
 
359 aa  233  5e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.619122  normal  0.0130812 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4273  vanillate monooxygenase  39.58 
 
 
350 aa  231  1e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.35045 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2310  vanillate monooxygenase  38.44 
 
 
362 aa  229  4e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0218143 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1541  vanillate monooxygenase  42.07 
 
 
423 aa  221  9.999999999999999e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00031597  hitchhiker  0.00167065 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1872  Rieske (2Fe-2S) protein  38.35 
 
 
356 aa  220  1.9999999999999999e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.171768  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0993  Rieske (2Fe-2S) region  36.83 
 
 
350 aa  220  1.9999999999999999e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000318811 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1004  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit A  36.26 
 
 
353 aa  217  2e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.413289  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0707  Rieske (2Fe-2S) protein  39.65 
 
 
341 aa  217  2e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.537419  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3409  vanillate monooxygenase  38.44 
 
 
347 aa  215  9e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0915562 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1001  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit A  36.69 
 
 
349 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.8149  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1352  vanillate monooxygenase  38.15 
 
 
363 aa  213  2.9999999999999995e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1335  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  40.06 
 
 
351 aa  212  5.999999999999999e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.819447 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0344  Rieske (2Fe-2S) protein  35.94 
 
 
353 aa  212  5.999999999999999e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0222  vanillate O-demethylase oxygenase subunit oxidoreductase protein  37.28 
 
 
342 aa  211  1e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000016692  normal  0.0221534 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1485  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.5 
 
 
343 aa  209  6e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2184  vanillate O-demethylase oxygenase, iron-sulfur subunit  37.87 
 
 
347 aa  208  9e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5693  Rieske (2Fe-2S) domain protein  37.61 
 
 
352 aa  207  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1908  Rieske (2Fe-2S) protein  41.81 
 
 
347 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.127579  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5628  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  37.57 
 
 
351 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.834519  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64800  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  37.86 
 
 
351 aa  206  3e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0565633  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1009  vanillate demethylase  35.92 
 
 
353 aa  206  4e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0048453  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5124  vanillate monooxygenase  36.05 
 
 
359 aa  206  5e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14115  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4139  Vanillate monooxygenase  41.9 
 
 
347 aa  205  8e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.105569  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26080  vanillate demethylase subunit A  37.13 
 
 
377 aa  205  9e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.819244  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1296  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.76 
 
 
367 aa  204  1e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.85642 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2725  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.99 
 
 
354 aa  204  2e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0149406 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0280  Rieske (2Fe-2S) protein  35.26 
 
 
351 aa  204  3e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5029  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.31 
 
 
359 aa  202  7e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.773131 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1487  Rieske (2Fe-2S) protein  35.48 
 
 
356 aa  202  8e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4591  vanillate monooxygenase  35.9 
 
 
373 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.672566 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2708  Rieske [2Fe-2S] region  36.05 
 
 
354 aa  200  3e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.104354  normal  0.0620392 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1137  vanillate monooxygenase  36.28 
 
 
350 aa  200  3e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.684708  hitchhiker  0.000140047 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3387  Rieske (2Fe-2S) region  34.38 
 
 
369 aa  199  3.9999999999999996e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.662042  normal  0.0218971 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3266  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.42 
 
 
353 aa  199  7e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0113117 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5243  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.02 
 
 
359 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3124  Rieske (2Fe-2S) region  36.02 
 
 
359 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.439622  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2045  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.34 
 
 
355 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0420  Rieske (2Fe-2S) protein  35.47 
 
 
373 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2904  vanillate O-demethylase, oxygenase subunit  35.17 
 
 
354 aa  197  3e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.179444  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1368  vanillate monooxygenase  36.8 
 
 
352 aa  196  3e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3214  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.45 
 
 
347 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0195459 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0844  Rieske (2Fe-2S) region  33.33 
 
 
349 aa  195  7e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1067  vanillate monooxygenase  36.49 
 
 
359 aa  194  2e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.535746  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2027  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.69 
 
 
355 aa  190  4e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2170  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.28 
 
 
355 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.461217  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3736  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.69 
 
 
355 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.554225  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3024  vanillate monooxygenase  33.71 
 
 
361 aa  186  3e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2826  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  35.78 
 
 
424 aa  186  6e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0328786  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7105  Rieske (2Fe-2S) domain protein  38.24 
 
 
361 aa  183  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.811582  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0630  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.82 
 
 
353 aa  182  6e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.494266  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5546  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit (4-hydroxy- 3-methoxybenzoate demethylase)  37.46 
 
 
347 aa  182  6e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4340  Rieske (2Fe-2S) region  36.84 
 
 
350 aa  181  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4895  Vanillate monooxygenase  35.05 
 
 
336 aa  181  2e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.802026  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0336  Rieske (2Fe-2S) protein  33.43 
 
 
370 aa  181  2e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1370  vanillate monooxygenase  35.19 
 
 
363 aa  180  2.9999999999999997e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1559  vanillate monooxygenase  36.36 
 
 
347 aa  180  4e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.662697  normal  0.47859 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6309  Rieske (2Fe-2S) domain protein  35.94 
 
 
341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241664  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0418  Rieske (2Fe-2S) protein  37.39 
 
 
353 aa  172  9e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.842278  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3542  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  34.38 
 
 
345 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.10385 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10960  ferridoxin oxidoreductase subunit  34.81 
 
 
370 aa  169  4e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1686  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.15 
 
 
357 aa  169  5e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6483  Rieske (2Fe-2S) region  35.23 
 
 
358 aa  168  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5126  vanillate monooxygenase  36.26 
 
 
352 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0852  Rieske (2Fe-2S) region  33.91 
 
 
355 aa  167  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.467283  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4593  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.84 
 
 
353 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.743349  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3396  vanillate monooxygenase  33.05 
 
 
348 aa  162  7e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00111775  normal  0.0140003 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3410  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.65 
 
 
357 aa  162  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0474443 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1550  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.02 
 
 
353 aa  162  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.276626  normal  0.0604744 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4861  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.67 
 
 
365 aa  161  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.641783  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1355  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.2 
 
 
358 aa  160  4e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1543  vanillate monooxygenase  30.61 
 
 
366 aa  159  9e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.111008  hitchhiker  0.00152746 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0127  Rieske (2Fe-2S) protein  34.29 
 
 
355 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1542  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.62 
 
 
366 aa  149  8e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0106115  decreased coverage  0.000412121 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3952  Rieske (2Fe-2S) protein  32.62 
 
 
340 aa  148  1.0000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.112958 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1575  Rieske (2Fe-2S) protein  30.35 
 
 
346 aa  147  2.0000000000000003e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.869006  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0867  Rieske (2Fe-2S) region  31.38 
 
 
357 aa  147  3e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3119  vanillate monooxygenase  32.84 
 
 
358 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1488  Rieske (2Fe-2S) protein  33.44 
 
 
351 aa  145  1e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1552  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.65 
 
 
367 aa  144  3e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.190198 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4278  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.72 
 
 
362 aa  144  3e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.844018 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0963  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  30.72 
 
 
350 aa  136  5e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5789  Rieske (2Fe-2S) region  31.53 
 
 
349 aa  133  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3671  oxidoreductase alpha subunit  33.52 
 
 
407 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0725789  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2035  hypothetical protein  36.31 
 
 
345 aa  119  9.999999999999999e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1459  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.91 
 
 
357 aa  117  3e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0280358  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1103  Rieske (2Fe-2S) domain protein  37.06 
 
 
362 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7085  Rieske (2Fe-2S) domain protein  37.28 
 
 
406 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1185  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.92 
 
 
364 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1130  Rieske (2Fe-2S) domain protein  37.06 
 
 
362 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0812255  normal  0.937672 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3574  Rieske (2Fe-2S) region  34.36 
 
 
349 aa  110  3e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2036  hypothetical protein  31.38 
 
 
334 aa  110  4.0000000000000004e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502892  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0319  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  28.41 
 
 
355 aa  109  5e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.456896  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2494  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  28.41 
 
 
355 aa  109  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>