More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2285 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_2285  vanillate monooxygenase  100 
 
 
367 aa  763    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.138524 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3416  vanillate monooxygenase  45.8 
 
 
342 aa  310  2e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0799476 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4330  vanillate monooxygenase  42.03 
 
 
366 aa  292  7e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0440139 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2310  vanillate monooxygenase  41.59 
 
 
362 aa  267  2.9999999999999995e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0218143 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3409  vanillate monooxygenase  40.35 
 
 
347 aa  256  5e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0915562 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0993  Rieske (2Fe-2S) region  38.94 
 
 
350 aa  254  2.0000000000000002e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000318811 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1549  vanillate monooxygenase  42.69 
 
 
359 aa  250  3e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.619122  normal  0.0130812 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1009  vanillate demethylase  39.38 
 
 
353 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0048453  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3246  vanillate monooxygenase  41.21 
 
 
347 aa  242  1e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.546586  normal  0.604076 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1687  vanillate monooxygenase  38.82 
 
 
338 aa  241  2e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1872  Rieske (2Fe-2S) protein  38.97 
 
 
356 aa  239  4e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.171768  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3413  vanillate monooxygenase  38.75 
 
 
345 aa  238  9e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.166087 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4269  vanillate monooxygenase  38.42 
 
 
351 aa  233  3e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.846398 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3266  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.18 
 
 
353 aa  227  3e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0113117 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26080  vanillate demethylase subunit A  36.94 
 
 
377 aa  223  3e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.819244  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0707  Rieske (2Fe-2S) protein  38.08 
 
 
341 aa  223  6e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.537419  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1004  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit A  36.71 
 
 
353 aa  222  9e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.413289  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1487  Rieske (2Fe-2S) protein  37.39 
 
 
356 aa  221  1.9999999999999999e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1559  vanillate monooxygenase  37.32 
 
 
347 aa  220  3.9999999999999997e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.662697  normal  0.47859 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1137  vanillate monooxygenase  37.39 
 
 
350 aa  218  2e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.684708  hitchhiker  0.000140047 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2184  vanillate O-demethylase oxygenase, iron-sulfur subunit  38.84 
 
 
347 aa  216  4e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4273  vanillate monooxygenase  37.79 
 
 
350 aa  215  8e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.35045 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1001  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit A  36.73 
 
 
349 aa  215  9e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.8149  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0630  Rieske (2Fe-2S) domain protein  35.04 
 
 
353 aa  214  1.9999999999999998e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.494266  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1370  vanillate monooxygenase  35.53 
 
 
363 aa  214  1.9999999999999998e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1541  vanillate monooxygenase  39.19 
 
 
423 aa  211  2e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00031597  hitchhiker  0.00167065 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4340  Rieske (2Fe-2S) region  34.87 
 
 
350 aa  203  4e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0127  Rieske (2Fe-2S) protein  34.92 
 
 
355 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1368  vanillate monooxygenase  35.36 
 
 
352 aa  200  3.9999999999999996e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1908  Rieske (2Fe-2S) protein  35.29 
 
 
347 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.127579  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5029  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.46 
 
 
359 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.773131 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2826  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  36.42 
 
 
424 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0328786  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1067  vanillate monooxygenase  36.26 
 
 
359 aa  198  2.0000000000000003e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.535746  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4139  Vanillate monooxygenase  35 
 
 
347 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.105569  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3124  Rieske (2Fe-2S) region  34.46 
 
 
359 aa  197  3e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.439622  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5243  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.46 
 
 
359 aa  197  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5124  vanillate monooxygenase  33.9 
 
 
359 aa  194  3e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14115  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7105  Rieske (2Fe-2S) domain protein  35.01 
 
 
361 aa  192  6e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.811582  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3542  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  35.75 
 
 
345 aa  192  8e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.10385 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1575  Rieske (2Fe-2S) protein  33.24 
 
 
346 aa  192  9e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.869006  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4591  vanillate monooxygenase  33.62 
 
 
373 aa  192  9e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.672566 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3214  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.61 
 
 
347 aa  191  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0195459 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0420  Rieske (2Fe-2S) protein  33.9 
 
 
373 aa  190  4e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0344  Rieske (2Fe-2S) protein  32.12 
 
 
353 aa  189  5.999999999999999e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6309  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.47 
 
 
341 aa  188  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241664  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3387  Rieske (2Fe-2S) region  33.43 
 
 
369 aa  188  1e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.662042  normal  0.0218971 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1485  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.91 
 
 
343 aa  188  1e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0222  vanillate O-demethylase oxygenase subunit oxidoreductase protein  33.71 
 
 
342 aa  187  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000016692  normal  0.0221534 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5693  Rieske (2Fe-2S) domain protein  35.03 
 
 
352 aa  188  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0280  Rieske (2Fe-2S) protein  31.7 
 
 
351 aa  186  4e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2708  Rieske [2Fe-2S] region  33.99 
 
 
354 aa  186  5e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.104354  normal  0.0620392 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3396  vanillate monooxygenase  35.67 
 
 
348 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00111775  normal  0.0140003 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3952  Rieske (2Fe-2S) protein  33.62 
 
 
340 aa  183  3e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.112958 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2904  vanillate O-demethylase, oxygenase subunit  33.43 
 
 
354 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.179444  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1296  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.92 
 
 
367 aa  182  1e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.85642 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2725  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.61 
 
 
354 aa  176  5e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0149406 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0867  Rieske (2Fe-2S) region  33.7 
 
 
357 aa  176  8e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1352  vanillate monooxygenase  33.43 
 
 
363 aa  175  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4895  Vanillate monooxygenase  32.16 
 
 
336 aa  174  1.9999999999999998e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.802026  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5628  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  32.32 
 
 
351 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.834519  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64800  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  31.83 
 
 
351 aa  172  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0565633  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2170  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.98 
 
 
355 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.461217  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2045  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.02 
 
 
355 aa  171  3e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0844  Rieske (2Fe-2S) region  30.17 
 
 
349 aa  171  3e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3736  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.35 
 
 
355 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.554225  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10960  ferridoxin oxidoreductase subunit  33.05 
 
 
370 aa  169  6e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2027  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.44 
 
 
355 aa  169  8e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0336  Rieske (2Fe-2S) protein  29.89 
 
 
370 aa  166  5e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5126  vanillate monooxygenase  32.56 
 
 
352 aa  164  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0418  Rieske (2Fe-2S) protein  32.15 
 
 
353 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.842278  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1335  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.02 
 
 
351 aa  162  6e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.819447 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4593  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.86 
 
 
353 aa  161  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.743349  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1542  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.6 
 
 
366 aa  159  6e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0106115  decreased coverage  0.000412121 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0852  Rieske (2Fe-2S) region  32.87 
 
 
355 aa  159  9e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.467283  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1543  vanillate monooxygenase  31.07 
 
 
366 aa  155  8e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.111008  hitchhiker  0.00152746 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1355  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.38 
 
 
358 aa  155  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1552  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.69 
 
 
367 aa  152  7e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.190198 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5546  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit (4-hydroxy- 3-methoxybenzoate demethylase)  31.77 
 
 
347 aa  152  1e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1488  Rieske (2Fe-2S) protein  46.71 
 
 
351 aa  151  2e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3410  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.12 
 
 
357 aa  149  6e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0474443 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3119  vanillate monooxygenase  29.15 
 
 
358 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1550  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.4 
 
 
353 aa  149  8e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.276626  normal  0.0604744 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0963  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  33.43 
 
 
350 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1686  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.29 
 
 
357 aa  147  3e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4861  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.85 
 
 
365 aa  147  3e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.641783  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3024  vanillate monooxygenase  30.59 
 
 
361 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6483  Rieske (2Fe-2S) region  28.98 
 
 
358 aa  134  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2036  hypothetical protein  31.56 
 
 
334 aa  130  4.0000000000000003e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502892  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3264  vanillate monooxygenase  43.27 
 
 
350 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00112363 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5789  Rieske (2Fe-2S) region  35.14 
 
 
349 aa  129  9.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4278  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.55 
 
 
362 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.844018 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2035  hypothetical protein  27.37 
 
 
345 aa  122  9.999999999999999e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3671  oxidoreductase alpha subunit  29.16 
 
 
407 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0725789  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1185  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.46 
 
 
364 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3574  Rieske (2Fe-2S) region  34.73 
 
 
349 aa  109  8.000000000000001e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1103  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.05 
 
 
362 aa  107  4e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4257  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.33 
 
 
349 aa  107  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0396  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.31 
 
 
360 aa  106  8e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.547393 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2979  Rieske (2Fe-2S) domain protein  35.67 
 
 
367 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2305  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.21 
 
 
352 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.560893  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>