More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4330 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_4330  vanillate monooxygenase  100 
 
 
366 aa  765    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0440139 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3416  vanillate monooxygenase  47.11 
 
 
342 aa  328  6e-89  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0799476 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2285  vanillate monooxygenase  41.76 
 
 
367 aa  287  2e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.138524 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0993  Rieske (2Fe-2S) region  42.15 
 
 
350 aa  275  7e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000318811 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1009  vanillate demethylase  43.84 
 
 
353 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0048453  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3413  vanillate monooxygenase  41.69 
 
 
345 aa  269  5e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.166087 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1687  vanillate monooxygenase  42.52 
 
 
338 aa  263  4.999999999999999e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1001  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit A  39.94 
 
 
349 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.8149  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3409  vanillate monooxygenase  40.23 
 
 
347 aa  258  1e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0915562 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1872  Rieske (2Fe-2S) protein  40.41 
 
 
356 aa  255  9e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.171768  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1004  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit A  38.51 
 
 
353 aa  253  3e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.413289  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2310  vanillate monooxygenase  41.06 
 
 
362 aa  244  1.9999999999999999e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0218143 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4273  vanillate monooxygenase  39.83 
 
 
350 aa  241  2e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.35045 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1541  vanillate monooxygenase  41.46 
 
 
423 aa  240  2.9999999999999997e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00031597  hitchhiker  0.00167065 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3266  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.24 
 
 
353 aa  239  5.999999999999999e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0113117 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3246  vanillate monooxygenase  38.9 
 
 
347 aa  234  1.0000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.546586  normal  0.604076 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1549  vanillate monooxygenase  38.84 
 
 
359 aa  229  5e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.619122  normal  0.0130812 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1487  Rieske (2Fe-2S) protein  36.44 
 
 
356 aa  226  4e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0707  Rieske (2Fe-2S) protein  37.35 
 
 
341 aa  214  9.999999999999999e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.537419  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4269  vanillate monooxygenase  37.54 
 
 
351 aa  213  2.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.846398 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6309  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.39 
 
 
341 aa  206  6e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241664  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4340  Rieske (2Fe-2S) region  36.99 
 
 
350 aa  204  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1559  vanillate monooxygenase  37.07 
 
 
347 aa  204  2e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.662697  normal  0.47859 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26080  vanillate demethylase subunit A  35.04 
 
 
377 aa  203  5e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.819244  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1137  vanillate monooxygenase  34.57 
 
 
350 aa  199  7.999999999999999e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.684708  hitchhiker  0.000140047 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3396  vanillate monooxygenase  34.72 
 
 
348 aa  196  4.0000000000000005e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00111775  normal  0.0140003 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2184  vanillate O-demethylase oxygenase, iron-sulfur subunit  35.03 
 
 
347 aa  192  9e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1908  Rieske (2Fe-2S) protein  34.55 
 
 
347 aa  188  2e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.127579  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1368  vanillate monooxygenase  32.1 
 
 
352 aa  184  3e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0344  Rieske (2Fe-2S) protein  32.01 
 
 
353 aa  182  5.0000000000000004e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0280  Rieske (2Fe-2S) protein  32.09 
 
 
351 aa  182  1e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3542  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  35.96 
 
 
345 aa  181  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.10385 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0630  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.19 
 
 
353 aa  177  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.494266  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3124  Rieske (2Fe-2S) region  33.14 
 
 
359 aa  176  8e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.439622  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5243  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.14 
 
 
359 aa  176  8e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1067  vanillate monooxygenase  32.07 
 
 
359 aa  175  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.535746  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4591  vanillate monooxygenase  32.11 
 
 
373 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.672566 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4139  Vanillate monooxygenase  33.43 
 
 
347 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.105569  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5029  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.73 
 
 
359 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.773131 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7105  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.5 
 
 
361 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.811582  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0420  Rieske (2Fe-2S) protein  31.82 
 
 
373 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3214  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.1 
 
 
347 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0195459 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5124  vanillate monooxygenase  32.01 
 
 
359 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14115  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2826  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  32.6 
 
 
424 aa  171  1e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0328786  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3387  Rieske (2Fe-2S) region  30.66 
 
 
369 aa  170  3e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.662042  normal  0.0218971 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1296  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.25 
 
 
367 aa  167  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.85642 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3024  vanillate monooxygenase  31.58 
 
 
361 aa  167  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5693  Rieske (2Fe-2S) domain protein  29.31 
 
 
352 aa  166  6.9999999999999995e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0222  vanillate O-demethylase oxygenase subunit oxidoreductase protein  30.37 
 
 
342 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000016692  normal  0.0221534 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2708  Rieske [2Fe-2S] region  31.03 
 
 
354 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.104354  normal  0.0620392 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5546  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit (4-hydroxy- 3-methoxybenzoate demethylase)  30.97 
 
 
347 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1485  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.6 
 
 
343 aa  163  4.0000000000000004e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5628  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  30.75 
 
 
351 aa  162  6e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.834519  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2904  vanillate O-demethylase, oxygenase subunit  31.03 
 
 
354 aa  162  9e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.179444  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2725  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.99 
 
 
354 aa  160  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0149406 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1370  vanillate monooxygenase  34.29 
 
 
363 aa  160  3e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0336  Rieske (2Fe-2S) protein  31.62 
 
 
370 aa  158  1e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0844  Rieske (2Fe-2S) region  30.09 
 
 
349 aa  157  3e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0418  Rieske (2Fe-2S) protein  34.29 
 
 
353 aa  157  4e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.842278  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0963  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  30.77 
 
 
350 aa  155  7e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1352  vanillate monooxygenase  29.31 
 
 
363 aa  155  9e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64800  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  30.17 
 
 
351 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0565633  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4593  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.52 
 
 
353 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.743349  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5126  vanillate monooxygenase  33.98 
 
 
352 aa  152  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3119  vanillate monooxygenase  33.14 
 
 
358 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1686  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.51 
 
 
357 aa  151  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1335  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.2 
 
 
351 aa  150  3e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.819447 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2045  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.49 
 
 
355 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1488  Rieske (2Fe-2S) protein  41.14 
 
 
351 aa  150  4e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2170  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.13 
 
 
355 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.461217  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1575  Rieske (2Fe-2S) protein  31.12 
 
 
346 aa  149  5e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.869006  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3736  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.13 
 
 
355 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.554225  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2027  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.13 
 
 
355 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1543  vanillate monooxygenase  29.64 
 
 
366 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.111008  hitchhiker  0.00152746 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5789  Rieske (2Fe-2S) region  29.83 
 
 
349 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10960  ferridoxin oxidoreductase subunit  30.14 
 
 
370 aa  146  5e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3952  Rieske (2Fe-2S) protein  32.01 
 
 
340 aa  146  6e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.112958 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1550  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.03 
 
 
353 aa  146  7.0000000000000006e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.276626  normal  0.0604744 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6483  Rieske (2Fe-2S) region  30.64 
 
 
358 aa  145  8.000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4895  Vanillate monooxygenase  29.86 
 
 
336 aa  145  1e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.802026  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1355  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.46 
 
 
358 aa  143  5e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1552  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.86 
 
 
367 aa  140  3e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.190198 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0127  Rieske (2Fe-2S) protein  29.36 
 
 
355 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0852  Rieske (2Fe-2S) region  27.04 
 
 
355 aa  135  8e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.467283  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0867  Rieske (2Fe-2S) region  27.22 
 
 
357 aa  135  8e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4861  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.83 
 
 
365 aa  134  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.641783  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3671  oxidoreductase alpha subunit  28.53 
 
 
407 aa  133  5e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0725789  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4278  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.4 
 
 
362 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.844018 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3410  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.49 
 
 
357 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0474443 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3264  vanillate monooxygenase  29.41 
 
 
350 aa  126  7e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00112363 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2297  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.91 
 
 
352 aa  110  3e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.125012  normal  0.643759 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2305  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.91 
 
 
352 aa  110  3e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.560893  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2258  Rieske (2Fe-2S) region  27.91 
 
 
352 aa  110  3e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.236496  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1542  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.77 
 
 
366 aa  110  5e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0106115  decreased coverage  0.000412121 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2036  hypothetical protein  30.51 
 
 
334 aa  107  3e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502892  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1867  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  31.25 
 
 
388 aa  107  3e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.687816 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1185  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.21 
 
 
364 aa  107  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2492  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  34.85 
 
 
315 aa  106  7e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2035  hypothetical protein  31.21 
 
 
345 aa  105  9e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1530  Rieske (2Fe-2S) domain protein  29.67 
 
 
450 aa  104  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>