More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1550 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1550  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  100 
 
 
353 aa  729    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.276626  normal  0.0604744 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10960  ferridoxin oxidoreductase subunit  37.13 
 
 
370 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1552  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.32 
 
 
367 aa  192  6e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.190198 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4861  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.41 
 
 
365 aa  189  8e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.641783  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0336  Rieske (2Fe-2S) protein  33.83 
 
 
370 aa  188  1e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1686  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.65 
 
 
357 aa  171  2e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1370  vanillate monooxygenase  33.99 
 
 
363 aa  167  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5628  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  34.39 
 
 
351 aa  166  8e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.834519  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0630  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.75 
 
 
353 aa  164  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.494266  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1687  vanillate monooxygenase  31.02 
 
 
338 aa  162  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0344  Rieske (2Fe-2S) protein  31.21 
 
 
353 aa  160  4e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64800  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  32.85 
 
 
351 aa  160  4e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0565633  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4895  Vanillate monooxygenase  33.53 
 
 
336 aa  156  6e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.802026  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1137  vanillate monooxygenase  31.49 
 
 
350 aa  155  7e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.684708  hitchhiker  0.000140047 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1352  vanillate monooxygenase  31.88 
 
 
363 aa  155  9e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0127  Rieske (2Fe-2S) protein  31.86 
 
 
355 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0844  Rieske (2Fe-2S) region  30.4 
 
 
349 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5029  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.65 
 
 
359 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.773131 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2184  vanillate O-demethylase oxygenase, iron-sulfur subunit  30.23 
 
 
347 aa  153  4e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1368  vanillate monooxygenase  31.01 
 
 
352 aa  152  8e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5243  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.36 
 
 
359 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3124  Rieske (2Fe-2S) region  32.36 
 
 
359 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.439622  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3214  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.48 
 
 
347 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0195459 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3416  vanillate monooxygenase  30.9 
 
 
342 aa  152  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0799476 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0280  Rieske (2Fe-2S) protein  32.47 
 
 
351 aa  152  1e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7105  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.72 
 
 
361 aa  150  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.811582  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4273  vanillate monooxygenase  33.05 
 
 
350 aa  151  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.35045 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1485  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.9 
 
 
343 aa  150  3e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4591  vanillate monooxygenase  31.59 
 
 
373 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.672566 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4269  vanillate monooxygenase  32.15 
 
 
351 aa  150  5e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.846398 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2045  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.36 
 
 
355 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0420  Rieske (2Fe-2S) protein  31.79 
 
 
373 aa  149  7e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2826  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  31.18 
 
 
424 aa  149  8e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0328786  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2285  vanillate monooxygenase  31.56 
 
 
367 aa  149  8e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.138524 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5124  vanillate monooxygenase  31.88 
 
 
359 aa  149  9e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14115  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3246  vanillate monooxygenase  32.19 
 
 
347 aa  149  9e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.546586  normal  0.604076 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4278  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.24 
 
 
362 aa  149  9e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.844018 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3387  Rieske (2Fe-2S) region  30.28 
 
 
369 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.662042  normal  0.0218971 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4593  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.82 
 
 
353 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.743349  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2725  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.47 
 
 
354 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0149406 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1872  Rieske (2Fe-2S) protein  31.27 
 
 
356 aa  147  2.0000000000000003e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.171768  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2027  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.07 
 
 
355 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3736  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.07 
 
 
355 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.554225  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1488  Rieske (2Fe-2S) protein  32.01 
 
 
351 aa  146  5e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1549  vanillate monooxygenase  31.35 
 
 
359 aa  146  6e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.619122  normal  0.0130812 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1335  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.99 
 
 
351 aa  146  6e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.819447 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0418  Rieske (2Fe-2S) protein  30.23 
 
 
353 aa  146  6e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.842278  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2170  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.36 
 
 
355 aa  146  6e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.461217  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4330  vanillate monooxygenase  30.03 
 
 
366 aa  146  7.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0440139 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2708  Rieske [2Fe-2S] region  31.61 
 
 
354 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.104354  normal  0.0620392 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5693  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.14 
 
 
352 aa  145  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0222  vanillate O-demethylase oxygenase subunit oxidoreductase protein  31.47 
 
 
342 aa  144  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000016692  normal  0.0221534 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5126  vanillate monooxygenase  30.42 
 
 
352 aa  144  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1543  vanillate monooxygenase  27.43 
 
 
366 aa  141  9.999999999999999e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.111008  hitchhiker  0.00152746 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2904  vanillate O-demethylase, oxygenase subunit  30.9 
 
 
354 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.179444  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1296  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.51 
 
 
367 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.85642 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1355  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.7 
 
 
358 aa  141  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3409  vanillate monooxygenase  31.7 
 
 
347 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0915562 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3952  Rieske (2Fe-2S) protein  33.76 
 
 
340 aa  139  7.999999999999999e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.112958 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3024  vanillate monooxygenase  28.69 
 
 
361 aa  139  7.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6309  Rieske (2Fe-2S) domain protein  39.53 
 
 
341 aa  139  7.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241664  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26080  vanillate demethylase subunit A  30.56 
 
 
377 aa  138  2e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.819244  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1908  Rieske (2Fe-2S) protein  31.93 
 
 
347 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.127579  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3410  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.76 
 
 
357 aa  136  7.000000000000001e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0474443 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0867  Rieske (2Fe-2S) region  29.78 
 
 
357 aa  135  8e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4340  Rieske (2Fe-2S) region  28.83 
 
 
350 aa  135  9e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6483  Rieske (2Fe-2S) region  30.29 
 
 
358 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1067  vanillate monooxygenase  30.53 
 
 
359 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.535746  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5789  Rieske (2Fe-2S) region  27.36 
 
 
349 aa  134  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1542  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  40.25 
 
 
366 aa  134  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0106115  decreased coverage  0.000412121 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1575  Rieske (2Fe-2S) protein  30.94 
 
 
346 aa  133  3.9999999999999996e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.869006  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3671  oxidoreductase alpha subunit  31.39 
 
 
407 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0725789  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3542  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  30.75 
 
 
345 aa  132  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.10385 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4139  Vanillate monooxygenase  32.31 
 
 
347 aa  133  6e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.105569  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1559  vanillate monooxygenase  30.84 
 
 
347 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.662697  normal  0.47859 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2036  hypothetical protein  28.78 
 
 
334 aa  128  1.0000000000000001e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502892  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0993  Rieske (2Fe-2S) region  29.07 
 
 
350 aa  128  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000318811 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2310  vanillate monooxygenase  28.7 
 
 
362 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0218143 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0852  Rieske (2Fe-2S) region  25.79 
 
 
355 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.467283  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3119  vanillate monooxygenase  27.64 
 
 
358 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5546  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit (4-hydroxy- 3-methoxybenzoate demethylase)  27.84 
 
 
347 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1004  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit A  27.53 
 
 
353 aa  119  6e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.413289  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1459  Rieske (2Fe-2S) domain protein  38.41 
 
 
357 aa  117  1.9999999999999998e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0280358  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1541  vanillate monooxygenase  32.47 
 
 
423 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00031597  hitchhiker  0.00167065 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3413  vanillate monooxygenase  29.63 
 
 
345 aa  117  3e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.166087 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3264  vanillate monooxygenase  29.28 
 
 
350 aa  117  3.9999999999999997e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00112363 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1001  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit A  37.43 
 
 
349 aa  116  5e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.8149  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0963  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  29.75 
 
 
350 aa  116  6e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1185  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.21 
 
 
364 aa  115  7.999999999999999e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4769  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  39.38 
 
 
367 aa  115  1.0000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.289545  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3396  vanillate monooxygenase  27.09 
 
 
348 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00111775  normal  0.0140003 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3266  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.34 
 
 
353 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0113117 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7085  Rieske (2Fe-2S) domain protein  37.42 
 
 
406 aa  114  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1136  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.55 
 
 
373 aa  114  3e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.959251  normal  0.28876 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1009  vanillate demethylase  25.82 
 
 
353 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0048453  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1130  Rieske (2Fe-2S) domain protein  35.15 
 
 
362 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0812255  normal  0.937672 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0396  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.59 
 
 
360 aa  110  2.0000000000000002e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.547393 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1103  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.12 
 
 
362 aa  110  3e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0203  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.58 
 
 
406 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0707  Rieske (2Fe-2S) protein  29.61 
 
 
341 aa  109  7.000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.537419  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>