More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4278 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4278  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  100 
 
 		 362 aa  743    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.844018 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1686  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  41.52 
 
 		 357 aa  248  1e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4895  Vanillate monooxygenase  34.14 
 
 		 336 aa  177  2e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.802026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0336  Rieske (2Fe-2S) protein  32.84 
 
 		 370 aa  170  3e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1137  vanillate monooxygenase  32.01 
 
 		 350 aa  167  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.684708  hitchhiker  0.000140047 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10960  ferridoxin oxidoreductase subunit  34.33 
 
 		 370 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2184  vanillate O-demethylase oxygenase, iron-sulfur subunit  32.85 
 
 		 347 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1370  vanillate monooxygenase  31.55 
 
 		 363 aa  163  5.0000000000000005e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1552  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.04 
 
 		 367 aa  161  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.190198 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0127  Rieske (2Fe-2S) protein  33.73 
 
 		 355 aa  159  5e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1368  vanillate monooxygenase  30.84 
 
 		 352 aa  155  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1543  vanillate monooxygenase  30.81 
 
 		 366 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.111008  hitchhiker  0.00152746 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6309  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.44 
 
 		 341 aa  150  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241664  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4139  Vanillate monooxygenase  31.86 
 
 		 347 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.105569  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1550  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.24 
 
 		 353 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.276626  normal  0.0604744 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1908  Rieske (2Fe-2S) protein  32.49 
 
 		 347 aa  146  5e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.127579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3387  Rieske (2Fe-2S) region  41.36 
 
 		 369 aa  146  5e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.662042  normal  0.0218971 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6483  Rieske (2Fe-2S) region  42.63 
 
 		 358 aa  145  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4861  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.73 
 
 		 365 aa  145  1e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.641783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1687  vanillate monooxygenase  31.45 
 
 		 338 aa  144  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7105  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.53 
 
 		 361 aa  144  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.811582  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4340  Rieske (2Fe-2S) region  42.49 
 
 		 350 aa  143  4e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3410  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.59 
 
 		 357 aa  143  5e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0474443 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0630  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.55 
 
 		 353 aa  142  9e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.494266  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2826  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  30.87 
 
 		 424 aa  141  9.999999999999999e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0328786  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5693  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.7 
 
 		 352 aa  140  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2725  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.56 
 
 		 354 aa  138  1e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0149406 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3214  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.28 
 
 		 347 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0195459 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4273  vanillate monooxygenase  41.05 
 
 		 350 aa  137  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.35045 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0867  Rieske (2Fe-2S) region  29.33 
 
 		 357 aa  136  4e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1575  Rieske (2Fe-2S) protein  29.43 
 
 		 346 aa  136  6.0000000000000005e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.869006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0344  Rieske (2Fe-2S) protein  31.51 
 
 		 353 aa  136  6.0000000000000005e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5029  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.17 
 
 		 359 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.773131 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1067  vanillate monooxygenase  31.82 
 
 		 359 aa  135  9.999999999999999e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.535746  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3246  vanillate monooxygenase  44.24 
 
 		 347 aa  135  9.999999999999999e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.546586  normal  0.604076 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3542  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  30.72 
 
 		 345 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.10385 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3124  Rieske (2Fe-2S) region  30.17 
 
 		 359 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.439622  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0844  Rieske (2Fe-2S) region  28.9 
 
 		 349 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5243  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.17 
 
 		 359 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3409  vanillate monooxygenase  37.13 
 
 		 347 aa  133  5e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0915562 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0852  Rieske (2Fe-2S) region  30.29 
 
 		 355 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.467283  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3952  Rieske (2Fe-2S) protein  37.43 
 
 		 340 aa  132  1.0000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.112958 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3119  vanillate monooxygenase  35.86 
 
 		 358 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26080  vanillate demethylase subunit A  29.63 
 
 		 377 aa  132  1.0000000000000001e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.819244  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1488  Rieske (2Fe-2S) protein  40.31 
 
 		 351 aa  131  2.0000000000000002e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1352  vanillate monooxygenase  29.57 
 
 		 363 aa  131  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0222  vanillate O-demethylase oxygenase subunit oxidoreductase protein  30.28 
 
 		 342 aa  130  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000016692  normal  0.0221534 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3416  vanillate monooxygenase  29.74 
 
 		 342 aa  130  3e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0799476 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1485  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.37 
 
 		 343 aa  130  4.0000000000000003e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4330  vanillate monooxygenase  28.21 
 
 		 366 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0440139 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0280  Rieske (2Fe-2S) protein  29.49 
 
 		 351 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5124  vanillate monooxygenase  34.76 
 
 		 359 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0420  Rieske (2Fe-2S) protein  34.33 
 
 		 373 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2285  vanillate monooxygenase  29.55 
 
 		 367 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.138524 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1872  Rieske (2Fe-2S) protein  30.06 
 
 		 356 aa  127  3e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.171768  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3396  vanillate monooxygenase  37.57 
 
 		 348 aa  127  3e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00111775  normal  0.0140003 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3024  vanillate monooxygenase  28.46 
 
 		 361 aa  127  3e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4591  vanillate monooxygenase  34.33 
 
 		 373 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.672566 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1549  vanillate monooxygenase  29.68 
 
 		 359 aa  126  5e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.619122  normal  0.0130812 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1559  vanillate monooxygenase  37.17 
 
 		 347 aa  124  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.662697  normal  0.47859 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1542  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  38.54 
 
 		 366 aa  124  3e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0106115  decreased coverage  0.000412121 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1296  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.57 
 
 		 367 aa  123  5e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.85642 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3671  oxidoreductase alpha subunit  31.77 
 
 		 407 aa  123  5e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0725789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4593  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  41.21 
 
 		 353 aa  123  5e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.743349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64800  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  35.86 
 
 		 351 aa  123  5e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0565633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5628  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  35.74 
 
 		 351 aa  122  9e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.834519  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4269  vanillate monooxygenase  30.94 
 
 		 351 aa  122  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.846398 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2310  vanillate monooxygenase  40.62 
 
 		 362 aa  122  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0218143 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0993  Rieske (2Fe-2S) region  40.83 
 
 		 350 aa  122  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000318811 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2045  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.2 
 
 		 355 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3736  Rieske (2Fe-2S) domain protein  35.11 
 
 		 355 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.554225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2027  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.11 
 
 		 355 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5546  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit (4-hydroxy- 3-methoxybenzoate demethylase)  27.08 
 
 		 347 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2904  vanillate O-demethylase, oxygenase subunit  26.21 
 
 		 354 aa  119  6e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.179444  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5126  vanillate monooxygenase  40 
 
 		 352 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2708  Rieske [2Fe-2S] region  26.14 
 
 		 354 aa  119  9e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.104354  normal  0.0620392 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0963  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  38.1 
 
 		 350 aa  119  9e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0418  Rieske (2Fe-2S) protein  36.9 
 
 		 353 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.842278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2035  hypothetical protein  33.91 
 
 		 345 aa  117  3e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2170  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.11 
 
 		 355 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.461217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3413  vanillate monooxygenase  34.52 
 
 		 345 aa  117  3.9999999999999997e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.166087 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1335  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.52 
 
 		 351 aa  116  5e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.819447 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1009  vanillate demethylase  33.66 
 
 		 353 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0048453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1001  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit A  28.82 
 
 		 349 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.8149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1355  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.7 
 
 		 358 aa  114  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3264  vanillate monooxygenase  38.79 
 
 		 350 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00112363 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3266  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.09 
 
 		 353 aa  113  6e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0113117 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1541  vanillate monooxygenase  35.96 
 
 		 423 aa  112  7.000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00031597  hitchhiker  0.00167065 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1827  Rieske (2Fe-2S) region  36.22 
 
 		 347 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2036  hypothetical protein  34.94 
 
 		 334 aa  111  2.0000000000000002e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502892  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3574  Rieske (2Fe-2S) region  38.36 
 
 		 349 aa  111  2.0000000000000002e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5789  Rieske (2Fe-2S) region  36.36 
 
 		 349 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0707  Rieske (2Fe-2S) protein  36.41 
 
 		 341 aa  110  4.0000000000000004e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.537419  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1487  Rieske (2Fe-2S) protein  37.5 
 
 		 356 aa  110  5e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1103  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.51 
 
 		 362 aa  109  7.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7059  Rieske (2Fe-2S) domain protein  27.54 
 
 		 364 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.2387  normal  0.465604 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4257  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.63 
 
 		 349 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1184  Rieske (2Fe-2S) domain protein  25.22 
 
 		 358 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1004  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit A  37.43 
 
 		 353 aa  106  5e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.413289  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1130  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.51 
 
 		 362 aa  106  7e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0812255  normal  0.937672 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>