More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1542 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1542  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  100 
 
 		 366 aa  759    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0106115  decreased coverage  0.000412121 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0867  Rieske (2Fe-2S) region  48.3 
 
 		 357 aa  348  6e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0852  Rieske (2Fe-2S) region  46.46 
 
 		 355 aa  325  1e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.467283  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3410  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  38.63 
 
 		 357 aa  223  6e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0474443 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10960  ferridoxin oxidoreductase subunit  34.96 
 
 		 370 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26080  vanillate demethylase subunit A  34.45 
 
 		 377 aa  177  2e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.819244  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0630  Rieske (2Fe-2S) domain protein  35.11 
 
 		 353 aa  174  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.494266  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4895  Vanillate monooxygenase  31.41 
 
 		 336 aa  166  4e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.802026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0336  Rieske (2Fe-2S) protein  32.29 
 
 		 370 aa  166  5.9999999999999996e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6309  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.3 
 
 		 341 aa  165  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241664  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1370  vanillate monooxygenase  32.17 
 
 		 363 aa  164  2.0000000000000002e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2184  vanillate O-demethylase oxygenase, iron-sulfur subunit  33.89 
 
 		 347 aa  161  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2285  vanillate monooxygenase  33.05 
 
 		 367 aa  161  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.138524 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1687  vanillate monooxygenase  33.62 
 
 		 338 aa  159  8e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7105  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.24 
 
 		 361 aa  158  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.811582  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0127  Rieske (2Fe-2S) protein  30.98 
 
 		 355 aa  157  4e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1908  Rieske (2Fe-2S) protein  35.37 
 
 		 347 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.127579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1686  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.2 
 
 		 357 aa  155  7e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1368  vanillate monooxygenase  30.12 
 
 		 352 aa  155  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1549  vanillate monooxygenase  33.55 
 
 		 359 aa  153  5e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.619122  normal  0.0130812 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1137  vanillate monooxygenase  29.94 
 
 		 350 aa  152  5.9999999999999996e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.684708  hitchhiker  0.000140047 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4340  Rieske (2Fe-2S) region  32.19 
 
 		 350 aa  152  7e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2826  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  29.83 
 
 		 424 aa  152  7e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0328786  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4139  Vanillate monooxygenase  32.47 
 
 		 347 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.105569  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3246  vanillate monooxygenase  31.23 
 
 		 347 aa  152  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.546586  normal  0.604076 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1488  Rieske (2Fe-2S) protein  47.31 
 
 		 351 aa  149  7e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1552  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.12 
 
 		 367 aa  149  7e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.190198 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1487  Rieske (2Fe-2S) protein  29.86 
 
 		 356 aa  149  8e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0418  Rieske (2Fe-2S) protein  33.55 
 
 		 353 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.842278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3266  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.4 
 
 		 353 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0113117 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1004  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit A  31.97 
 
 		 353 aa  147  3e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.413289  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1575  Rieske (2Fe-2S) protein  29.07 
 
 		 346 aa  146  5e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.869006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0344  Rieske (2Fe-2S) protein  29.3 
 
 		 353 aa  146  6e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5126  vanillate monooxygenase  33.33 
 
 		 352 aa  146  7.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4593  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.05 
 
 		 353 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.743349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1872  Rieske (2Fe-2S) protein  31.86 
 
 		 356 aa  144  2e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.171768  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1001  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit A  32.01 
 
 		 349 aa  144  2e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.8149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1550  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  41.32 
 
 		 353 aa  144  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.276626  normal  0.0604744 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5124  vanillate monooxygenase  31.75 
 
 		 359 aa  144  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4273  vanillate monooxygenase  31.11 
 
 		 350 aa  144  3e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.35045 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4591  vanillate monooxygenase  30.85 
 
 		 373 aa  144  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.672566 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64800  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  30.14 
 
 		 351 aa  144  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0565633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0280  Rieske (2Fe-2S) protein  29.02 
 
 		 351 aa  143  4e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0844  Rieske (2Fe-2S) region  31.83 
 
 		 349 aa  143  6e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3024  vanillate monooxygenase  29.49 
 
 		 361 aa  143  6e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5628  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  30.14 
 
 		 351 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.834519  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4861  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.88 
 
 		 365 aa  142  9.999999999999999e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.641783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3119  vanillate monooxygenase  31.23 
 
 		 358 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0420  Rieske (2Fe-2S) protein  30.39 
 
 		 373 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1541  vanillate monooxygenase  34.9 
 
 		 423 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00031597  hitchhiker  0.00167065 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3542  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  32.14 
 
 		 345 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.10385 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5693  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30 
 
 		 352 aa  140  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1543  vanillate monooxygenase  28.17 
 
 		 366 aa  140  3e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.111008  hitchhiker  0.00152746 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1485  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.53 
 
 		 343 aa  139  8.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5029  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.25 
 
 		 359 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.773131 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3387  Rieske (2Fe-2S) region  29.84 
 
 		 369 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.662042  normal  0.0218971 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0222  vanillate O-demethylase oxygenase subunit oxidoreductase protein  30 
 
 		 342 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000016692  normal  0.0221534 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1355  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.56 
 
 		 358 aa  136  7.000000000000001e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3952  Rieske (2Fe-2S) protein  30.93 
 
 		 340 aa  135  9.999999999999999e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.112958 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3124  Rieske (2Fe-2S) region  30.68 
 
 		 359 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.439622  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1296  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.48 
 
 		 367 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.85642 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5243  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.68 
 
 		 359 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3416  vanillate monooxygenase  31.7 
 
 		 342 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0799476 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3214  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.05 
 
 		 347 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0195459 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2310  vanillate monooxygenase  29.97 
 
 		 362 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0218143 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2725  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.78 
 
 		 354 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0149406 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2708  Rieske [2Fe-2S] region  28.61 
 
 		 354 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.104354  normal  0.0620392 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2170  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.39 
 
 		 355 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.461217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4278  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  38.54 
 
 		 362 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.844018 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2045  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.46 
 
 		 355 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0993  Rieske (2Fe-2S) region  34.12 
 
 		 350 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000318811 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4269  vanillate monooxygenase  31.19 
 
 		 351 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.846398 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3736  Rieske (2Fe-2S) domain protein  29.11 
 
 		 355 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.554225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2027  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.11 
 
 		 355 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3396  vanillate monooxygenase  40.94 
 
 		 348 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00111775  normal  0.0140003 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1352  vanillate monooxygenase  42.51 
 
 		 363 aa  129  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3409  vanillate monooxygenase  30 
 
 		 347 aa  127  3e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0915562 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5789  Rieske (2Fe-2S) region  38.51 
 
 		 349 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6483  Rieske (2Fe-2S) region  28.12 
 
 		 358 aa  126  5e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2904  vanillate O-demethylase, oxygenase subunit  27.5 
 
 		 354 aa  125  9e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.179444  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1009  vanillate demethylase  33.64 
 
 		 353 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0048453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0963  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  31.39 
 
 		 350 aa  123  4e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3413  vanillate monooxygenase  30 
 
 		 345 aa  123  6e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.166087 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5546  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit (4-hydroxy- 3-methoxybenzoate demethylase)  37.65 
 
 		 347 aa  122  9e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1559  vanillate monooxygenase  36.02 
 
 		 347 aa  122  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.662697  normal  0.47859 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0707  Rieske (2Fe-2S) protein  38.92 
 
 		 341 aa  122  9.999999999999999e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.537419  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1067  vanillate monooxygenase  40.93 
 
 		 359 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.535746  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4330  vanillate monooxygenase  28.77 
 
 		 366 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0440139 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3264  vanillate monooxygenase  36.24 
 
 		 350 aa  117  5e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00112363 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1335  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.02 
 
 		 351 aa  116  6.9999999999999995e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.819447 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2036  hypothetical protein  36.59 
 
 		 334 aa  110  3e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1103  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.62 
 
 		 362 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1130  Rieske (2Fe-2S) domain protein  26.8 
 
 		 362 aa  101  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0812255  normal  0.937672 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1389  putative oxygenase  27.11 
 
 		 359 aa  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2035  hypothetical protein  26.97 
 
 		 345 aa  99  1e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3671  oxidoreductase alpha subunit  37.72 
 
 		 407 aa  99  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0725789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1185  Rieske (2Fe-2S) domain protein  26.82 
 
 		 364 aa  97.4  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3574  Rieske (2Fe-2S) region  31.36 
 
 		 349 aa  93.6  5e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5685  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.47 
 
 		 353 aa  92.8  8e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0319041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1184  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.73 
 
 		 358 aa  92.8  9e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>