More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1908 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4139  Vanillate monooxygenase  94.81 
 
 		 347 aa  665    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.105569  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1908  Rieske (2Fe-2S) protein  100 
 
 		 347 aa  721    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.127579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2184  vanillate O-demethylase oxygenase, iron-sulfur subunit  84.64 
 
 		 347 aa  624  1e-178  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1137  vanillate monooxygenase  73.99 
 
 		 350 aa  555  1e-157  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.684708  hitchhiker  0.000140047 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3387  Rieske (2Fe-2S) region  70.9 
 
 		 369 aa  532  1e-150  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.662042  normal  0.0218971 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1368  vanillate monooxygenase  64.31 
 
 		 352 aa  486  1e-136  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7105  Rieske (2Fe-2S) domain protein  64.47 
 
 		 361 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.811582  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2826  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  64.33 
 
 		 424 aa  470  1.0000000000000001e-131  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0328786  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26080  vanillate demethylase subunit A  61.92 
 
 		 377 aa  459  9.999999999999999e-129  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.819244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5029  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  50.14 
 
 		 359 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.773131 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5243  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  49.86 
 
 		 359 aa  325  7e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3124  Rieske (2Fe-2S) region  49.86 
 
 		 359 aa  325  7e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.439622  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5124  vanillate monooxygenase  48.55 
 
 		 359 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0420  Rieske (2Fe-2S) protein  48.7 
 
 		 373 aa  318  9e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4591  vanillate monooxygenase  48.29 
 
 		 373 aa  317  2e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.672566 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5693  Rieske (2Fe-2S) domain protein  46.78 
 
 		 352 aa  316  4e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1485  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  47.94 
 
 		 343 aa  315  9.999999999999999e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0344  Rieske (2Fe-2S) protein  46.49 
 
 		 353 aa  314  9.999999999999999e-85  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3214  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  47.55 
 
 		 347 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0195459 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0280  Rieske (2Fe-2S) protein  45.88 
 
 		 351 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2170  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  46.24 
 
 		 355 aa  305  6e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.461217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0844  Rieske (2Fe-2S) region  42.98 
 
 		 349 aa  305  6e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5628  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  47.16 
 
 		 351 aa  305  7e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.834519  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2027  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  45.66 
 
 		 355 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1296  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  45.69 
 
 		 367 aa  305  1.0000000000000001e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.85642 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3736  Rieske (2Fe-2S) domain protein  45.38 
 
 		 355 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.554225  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0222  vanillate O-demethylase oxygenase subunit oxidoreductase protein  46.33 
 
 		 342 aa  304  2.0000000000000002e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000016692  normal  0.0221534 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64800  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  47.16 
 
 		 351 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0565633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2045  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  45.64 
 
 		 355 aa  302  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1352  vanillate monooxygenase  46.51 
 
 		 363 aa  298  1e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2725  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  45.1 
 
 		 354 aa  295  5e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0149406 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2708  Rieske [2Fe-2S] region  44.44 
 
 		 354 aa  290  2e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.104354  normal  0.0620392 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4340  Rieske (2Fe-2S) region  45.56 
 
 		 350 aa  290  3e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2904  vanillate O-demethylase, oxygenase subunit  43.7 
 
 		 354 aa  289  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.179444  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1335  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  46.36 
 
 		 351 aa  285  1.0000000000000001e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.819447 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0630  Rieske (2Fe-2S) domain protein  43.67 
 
 		 353 aa  280  3e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.494266  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0127  Rieske (2Fe-2S) protein  38.64 
 
 		 355 aa  232  9e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1575  Rieske (2Fe-2S) protein  36.21 
 
 		 346 aa  231  2e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.869006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3952  Rieske (2Fe-2S) protein  39.6 
 
 		 340 aa  226  3e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.112958 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6309  Rieske (2Fe-2S) domain protein  38.32 
 
 		 341 aa  224  2e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241664  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3542  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  37.57 
 
 		 345 aa  223  3e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.10385 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3119  vanillate monooxygenase  36.5 
 
 		 358 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1355  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.2 
 
 		 358 aa  219  5e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1687  vanillate monooxygenase  41.31 
 
 		 338 aa  217  2e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4895  Vanillate monooxygenase  36.28 
 
 		 336 aa  216  5.9999999999999996e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.802026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5546  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit (4-hydroxy- 3-methoxybenzoate demethylase)  36.26 
 
 		 347 aa  213  3.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4593  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.8 
 
 		 353 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.743349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5126  vanillate monooxygenase  37.06 
 
 		 352 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2285  vanillate monooxygenase  36.26 
 
 		 367 aa  210  3e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.138524 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0418  Rieske (2Fe-2S) protein  36.5 
 
 		 353 aa  208  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.842278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1488  Rieske (2Fe-2S) protein  35.09 
 
 		 351 aa  207  2e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4330  vanillate monooxygenase  35.53 
 
 		 366 aa  206  5e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0440139 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3246  vanillate monooxygenase  38.71 
 
 		 347 aa  203  3e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.546586  normal  0.604076 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5789  Rieske (2Fe-2S) region  35.21 
 
 		 349 aa  200  3e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3416  vanillate monooxygenase  35.53 
 
 		 342 aa  200  3e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0799476 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1009  vanillate demethylase  37.66 
 
 		 353 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0048453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6483  Rieske (2Fe-2S) region  35.01 
 
 		 358 aa  193  3e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0963  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  34.99 
 
 		 350 aa  193  4e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1370  vanillate monooxygenase  32.55 
 
 		 363 aa  191  2e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4273  vanillate monooxygenase  34.97 
 
 		 350 aa  191  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.35045 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3413  vanillate monooxygenase  35.9 
 
 		 345 aa  189  4e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.166087 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10960  ferridoxin oxidoreductase subunit  33.14 
 
 		 370 aa  189  4e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4269  vanillate monooxygenase  36.09 
 
 		 351 aa  189  8e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.846398 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0867  Rieske (2Fe-2S) region  33.33 
 
 		 357 aa  186  4e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3396  vanillate monooxygenase  35.46 
 
 		 348 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00111775  normal  0.0140003 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1549  vanillate monooxygenase  35.35 
 
 		 359 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.619122  normal  0.0130812 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1067  vanillate monooxygenase  33.79 
 
 		 359 aa  183  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.535746  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2310  vanillate monooxygenase  34.69 
 
 		 362 aa  179  5.999999999999999e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0218143 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1543  vanillate monooxygenase  32.46 
 
 		 366 aa  178  1e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.111008  hitchhiker  0.00152746 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0993  Rieske (2Fe-2S) region  33.24 
 
 		 350 aa  178  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000318811 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1559  vanillate monooxygenase  37.22 
 
 		 347 aa  176  7e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.662697  normal  0.47859 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3409  vanillate monooxygenase  33.71 
 
 		 347 aa  175  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0915562 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1541  vanillate monooxygenase  33.43 
 
 		 423 aa  173  2.9999999999999996e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00031597  hitchhiker  0.00167065 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1872  Rieske (2Fe-2S) protein  30.27 
 
 		 356 aa  174  2.9999999999999996e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.171768  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0336  Rieske (2Fe-2S) protein  29.31 
 
 		 370 aa  173  3.9999999999999995e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0852  Rieske (2Fe-2S) region  32.44 
 
 		 355 aa  170  3e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.467283  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3024  vanillate monooxygenase  33.61 
 
 		 361 aa  170  4e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4861  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.53 
 
 		 365 aa  168  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.641783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1487  Rieske (2Fe-2S) protein  32.96 
 
 		 356 aa  167  2.9999999999999998e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1552  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.45 
 
 		 367 aa  162  7e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.190198 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0707  Rieske (2Fe-2S) protein  34.71 
 
 		 341 aa  161  2e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.537419  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1686  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.44 
 
 		 357 aa  160  4e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1542  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.37 
 
 		 366 aa  159  7e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0106115  decreased coverage  0.000412121 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1004  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit A  32.67 
 
 		 353 aa  158  1e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.413289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4278  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.65 
 
 		 362 aa  155  7e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.844018 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3266  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.87 
 
 		 353 aa  153  5e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0113117 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1001  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit A  33.12 
 
 		 349 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.8149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3264  vanillate monooxygenase  30.06 
 
 		 350 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00112363 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1550  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.44 
 
 		 353 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.276626  normal  0.0604744 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3410  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.89 
 
 		 357 aa  144  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0474443 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3671  oxidoreductase alpha subunit  30.68 
 
 		 407 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0725789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2035  hypothetical protein  28.92 
 
 		 345 aa  121  1.9999999999999998e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3574  Rieske (2Fe-2S) region  27.25 
 
 		 349 aa  111  2.0000000000000002e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2305  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.12 
 
 		 352 aa  110  5e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.560893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2297  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.12 
 
 		 352 aa  110  5e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.125012  normal  0.643759 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2258  Rieske (2Fe-2S) region  26.12 
 
 		 352 aa  110  5e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.236496  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2036  hypothetical protein  25.45 
 
 		 334 aa  107  4e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1184  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.14 
 
 		 358 aa  103  5e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1459  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.73 
 
 		 357 aa  102  1e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0280358  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1130  Rieske (2Fe-2S) domain protein  26.14 
 
 		 362 aa  101  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0812255  normal  0.937672 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>