More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5693 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_5693  Rieske (2Fe-2S) domain protein  100 
 
 
352 aa  736    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2725  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  80.12 
 
 
354 aa  585  1e-166  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0149406 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3736  Rieske (2Fe-2S) domain protein  78.24 
 
 
355 aa  571  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.554225  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0280  Rieske (2Fe-2S) protein  77.49 
 
 
351 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2170  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  77.94 
 
 
355 aa  568  1e-161  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.461217  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2027  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  77.35 
 
 
355 aa  566  1e-160  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0222  vanillate O-demethylase oxygenase subunit oxidoreductase protein  78.07 
 
 
342 aa  563  1.0000000000000001e-159  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000016692  normal  0.0221534 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2708  Rieske [2Fe-2S] region  75.87 
 
 
354 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.104354  normal  0.0620392 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5243  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  76.15 
 
 
359 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2045  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  77.33 
 
 
355 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3124  Rieske (2Fe-2S) region  76.15 
 
 
359 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.439622  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5628  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  76.07 
 
 
351 aa  560  1e-158  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.834519  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5029  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  75.57 
 
 
359 aa  558  1e-158  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.773131 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5124  vanillate monooxygenase  75.57 
 
 
359 aa  556  1e-157  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14115  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64800  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  75.5 
 
 
351 aa  554  1e-157  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0565633  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2904  vanillate O-demethylase, oxygenase subunit  75.59 
 
 
354 aa  551  1e-156  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.179444  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0420  Rieske (2Fe-2S) protein  74.43 
 
 
373 aa  550  1e-155  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4591  vanillate monooxygenase  74.71 
 
 
373 aa  550  1e-155  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.672566 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0344  Rieske (2Fe-2S) protein  71.88 
 
 
353 aa  546  1e-154  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1352  vanillate monooxygenase  75 
 
 
363 aa  535  1e-151  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3214  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  74.05 
 
 
347 aa  534  1e-151  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0195459 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1296  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  69.32 
 
 
367 aa  523  1e-147  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.85642 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1335  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  73.56 
 
 
351 aa  520  1e-146  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.819447 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1485  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  70.88 
 
 
343 aa  520  1e-146  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0844  Rieske (2Fe-2S) region  67.83 
 
 
349 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26080  vanillate demethylase subunit A  43.87 
 
 
377 aa  312  6.999999999999999e-84  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.819244  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2184  vanillate O-demethylase oxygenase, iron-sulfur subunit  45.29 
 
 
347 aa  310  2e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1137  vanillate monooxygenase  44.99 
 
 
350 aa  309  5e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.684708  hitchhiker  0.000140047 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1908  Rieske (2Fe-2S) protein  46.78 
 
 
347 aa  305  8.000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.127579  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3387  Rieske (2Fe-2S) region  43.41 
 
 
369 aa  305  1.0000000000000001e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.662042  normal  0.0218971 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4139  Vanillate monooxygenase  46.63 
 
 
347 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.105569  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1368  vanillate monooxygenase  42.94 
 
 
352 aa  292  6e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2826  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  42.23 
 
 
424 aa  291  9e-78  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0328786  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7105  Rieske (2Fe-2S) domain protein  42.9 
 
 
361 aa  280  3e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.811582  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4340  Rieske (2Fe-2S) region  36.42 
 
 
350 aa  209  5e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1687  vanillate monooxygenase  37.57 
 
 
338 aa  208  1e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1575  Rieske (2Fe-2S) protein  34.47 
 
 
346 aa  207  3e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.869006  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0630  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.72 
 
 
353 aa  204  1e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.494266  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4593  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  38.04 
 
 
353 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.743349  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0127  Rieske (2Fe-2S) protein  34.46 
 
 
355 aa  199  7e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4269  vanillate monooxygenase  36.68 
 
 
351 aa  196  3e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.846398 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0418  Rieske (2Fe-2S) protein  36.81 
 
 
353 aa  196  6e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.842278  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3952  Rieske (2Fe-2S) protein  34.88 
 
 
340 aa  195  1e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.112958 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4895  Vanillate monooxygenase  34.2 
 
 
336 aa  194  2e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.802026  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5126  vanillate monooxygenase  37.07 
 
 
352 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3119  vanillate monooxygenase  33.63 
 
 
358 aa  192  6e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2285  vanillate monooxygenase  34.76 
 
 
367 aa  185  1.0000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.138524 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6483  Rieske (2Fe-2S) region  31.9 
 
 
358 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1355  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.82 
 
 
358 aa  182  8.000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3246  vanillate monooxygenase  34.94 
 
 
347 aa  179  4.999999999999999e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.546586  normal  0.604076 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5546  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit (4-hydroxy- 3-methoxybenzoate demethylase)  33.14 
 
 
347 aa  179  4.999999999999999e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3542  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  32.86 
 
 
345 aa  179  9e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.10385 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3416  vanillate monooxygenase  32.67 
 
 
342 aa  178  1e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0799476 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1543  vanillate monooxygenase  32.29 
 
 
366 aa  176  5e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.111008  hitchhiker  0.00152746 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0336  Rieske (2Fe-2S) protein  31.69 
 
 
370 aa  176  7e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0993  Rieske (2Fe-2S) region  33.82 
 
 
350 aa  175  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000318811 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6309  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.18 
 
 
341 aa  174  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241664  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1370  vanillate monooxygenase  34.55 
 
 
363 aa  173  5e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1009  vanillate demethylase  30.59 
 
 
353 aa  169  6e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0048453  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10960  ferridoxin oxidoreductase subunit  33.24 
 
 
370 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1067  vanillate monooxygenase  33.87 
 
 
359 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.535746  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4330  vanillate monooxygenase  29.31 
 
 
366 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0440139 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2310  vanillate monooxygenase  32.27 
 
 
362 aa  166  8e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0218143 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3413  vanillate monooxygenase  31.5 
 
 
345 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.166087 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4273  vanillate monooxygenase  30.37 
 
 
350 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.35045 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0963  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  31.01 
 
 
350 aa  159  7e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1541  vanillate monooxygenase  32.18 
 
 
423 aa  159  7e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00031597  hitchhiker  0.00167065 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1686  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.32 
 
 
357 aa  159  8e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1872  Rieske (2Fe-2S) protein  31.05 
 
 
356 aa  157  2e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.171768  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3409  vanillate monooxygenase  29.55 
 
 
347 aa  156  6e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0915562 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1559  vanillate monooxygenase  33.64 
 
 
347 aa  155  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.662697  normal  0.47859 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1549  vanillate monooxygenase  31.86 
 
 
359 aa  151  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.619122  normal  0.0130812 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3024  vanillate monooxygenase  30.91 
 
 
361 aa  150  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1004  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit A  30.79 
 
 
353 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.413289  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1488  Rieske (2Fe-2S) protein  32.07 
 
 
351 aa  147  3e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1550  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.14 
 
 
353 aa  145  1e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.276626  normal  0.0604744 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3264  vanillate monooxygenase  29.39 
 
 
350 aa  142  6e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00112363 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3396  vanillate monooxygenase  29.01 
 
 
348 aa  142  6e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00111775  normal  0.0140003 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5789  Rieske (2Fe-2S) region  27.42 
 
 
349 aa  142  9e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0852  Rieske (2Fe-2S) region  29.55 
 
 
355 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.467283  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1001  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit A  30.84 
 
 
349 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.8149  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4861  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.07 
 
 
365 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.641783  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0867  Rieske (2Fe-2S) region  29.06 
 
 
357 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4278  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.27 
 
 
362 aa  139  7e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.844018 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1552  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.7 
 
 
367 aa  136  4e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.190198 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1542  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.83 
 
 
366 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0106115  decreased coverage  0.000412121 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3266  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.46 
 
 
353 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0113117 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3671  oxidoreductase alpha subunit  30.43 
 
 
407 aa  127  3e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0725789  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0707  Rieske (2Fe-2S) protein  29.3 
 
 
341 aa  127  4.0000000000000003e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.537419  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1487  Rieske (2Fe-2S) protein  29.51 
 
 
356 aa  125  1e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3410  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.23 
 
 
357 aa  123  4e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0474443 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2035  hypothetical protein  28.45 
 
 
345 aa  119  6e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2492  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  37.11 
 
 
315 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0175  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  37.79 
 
 
363 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5591  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.21 
 
 
356 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00790855 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3681  Rieske (2Fe-2S) region  35.43 
 
 
346 aa  115  7.999999999999999e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.2267  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2036  hypothetical protein  33.73 
 
 
334 aa  115  1.0000000000000001e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502892  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7059  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.63 
 
 
364 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.2387  normal  0.465604 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4568  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.63 
 
 
356 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.380862  hitchhiker  0.000303241 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4103  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.63 
 
 
356 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.119091 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>