More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1311 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1311  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 249 aa  508  1e-143  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0354136  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_32966  predicted protein  50 
 
 		 279 aa  210  1e-53  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04550  putative tRNA pseudouridine synthase  48.64 
 
 		 238 aa  209  4e-53  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  50.22 
 
 		 310 aa  208  7e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  49.78 
 
 		 310 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  49.33 
 
 		 309 aa  205  5e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  51.12 
 
 		 322 aa  203  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  48.43 
 
 		 311 aa  202  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  50.23 
 
 		 310 aa  202  3e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  49.33 
 
 		 310 aa  202  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  50.23 
 
 		 310 aa  202  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  48.43 
 
 		 311 aa  202  6e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  50.23 
 
 		 310 aa  201  6e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  49.1 
 
 		 311 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 293 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  49.1 
 
 		 321 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  49.1 
 
 		 321 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0570  tRNA pseudouridine synthase B  45.37 
 
 		 229 aa  200  1.9999999999999998e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  47.25 
 
 		 241 aa  200  1.9999999999999998e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  48.58 
 
 		 293 aa  198  7e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  50.47 
 
 		 302 aa  198  7e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0948  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  48.33 
 
 		 225 aa  198  7e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.276253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  48.58 
 
 		 293 aa  198  7e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  50.66 
 
 		 314 aa  197  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  48.2 
 
 		 311 aa  195  6e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0388  hypothetical protein  43.32 
 
 		 230 aa  195  6e-49  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1973  tRNA pseudouridine synthase B  46.19 
 
 		 558 aa  195  7e-49  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.15148  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  44.71 
 
 		 306 aa  194  9e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  46.96 
 
 		 306 aa  194  9e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0789  tRNA pseudouridine synthase B  46.88 
 
 		 241 aa  194  1e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.559665 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1673  tRNA pseudouridine synthase B  44.39 
 
 		 232 aa  192  3e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  48.28 
 
 		 315 aa  192  4e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1246  tRNA pseudouridine synthase B  46.19 
 
 		 244 aa  192  4e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.193687 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3547  tRNA pseudouridine synthase B  47.03 
 
 		 228 aa  191  9e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  49.07 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  46.41 
 
 		 307 aa  188  9e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  45.45 
 
 		 289 aa  187  1e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  49.77 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  44.55 
 
 		 295 aa  186  2e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  46.58 
 
 		 306 aa  186  3e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1692  tRNA pseudouridine synthase B  44.29 
 
 		 305 aa  186  3e-46  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  46.7 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  43.78 
 
 		 322 aa  185  6e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  46.23 
 
 		 305 aa  185  7e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01305  tRNA pseudouridine synthase B  43.12 
 
 		 299 aa  185  7e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.19887  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  46.23 
 
 		 305 aa  184  8e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  46.26 
 
 		 336 aa  184  8e-46  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  46.86 
 
 		 292 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  49.08 
 
 		 318 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  45 
 
 		 305 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  46.23 
 
 		 293 aa  182  3e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  44.7 
 
 		 299 aa  182  4.0000000000000006e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  47.42 
 
 		 302 aa  182  4.0000000000000006e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  48.62 
 
 		 318 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  49.3 
 
 		 298 aa  182  4.0000000000000006e-45  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0491  tRNA pseudouridine synthase B  43.26 
 
 		 323 aa  182  5.0000000000000004e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.444271 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  47.85 
 
 		 297 aa  181  8.000000000000001e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  47.85 
 
 		 297 aa  181  8.000000000000001e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  45.45 
 
 		 304 aa  181  8.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  47.85 
 
 		 297 aa  181  8.000000000000001e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  43.95 
 
 		 307 aa  181  9.000000000000001e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  47 
 
 		 294 aa  181  9.000000000000001e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2992  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 321 aa  181  1e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10878  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  43.95 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2436  tRNA pseudouridine synthase B  45.93 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.437878  normal  0.907986 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  47.39 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  43.95 
 
 		 307 aa  180  2e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  45.45 
 
 		 304 aa  180  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  42.86 
 
 		 313 aa  180  2e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  50.68 
 
 		 328 aa  180  2e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  44.5 
 
 		 303 aa  180  2e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3381  tRNA pseudouridine synthase B  52.07 
 
 		 332 aa  180  2e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.092575  normal  0.759632 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  43.44 
 
 		 302 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0369  tRNA pseudouridine synthase B  47.64 
 
 		 247 aa  179  2.9999999999999997e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0446306  normal  0.471247 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  45.07 
 
 		 302 aa  179  2.9999999999999997e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  43.5 
 
 		 307 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  45.97 
 
 		 308 aa  179  2.9999999999999997e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  43.93 
 
 		 299 aa  179  2.9999999999999997e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  44.39 
 
 		 307 aa  179  4e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  46.98 
 
 		 289 aa  179  4e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2136  tRNA pseudouridine synthase B  47.64 
 
 		 338 aa  179  4e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0388744  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  41.23 
 
 		 310 aa  178  5.999999999999999e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  43.52 
 
 		 294 aa  178  7e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  46.82 
 
 		 313 aa  178  7e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  48.33 
 
 		 371 aa  178  8e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  47.06 
 
 		 327 aa  178  9e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  45.62 
 
 		 298 aa  177  1e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  46.41 
 
 		 295 aa  177  1e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  43.78 
 
 		 344 aa  177  1e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  43.95 
 
 		 307 aa  177  1e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0287  tRNA pseudouridine synthase B  39.74 
 
 		 367 aa  177  2e-43  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  45.45 
 
 		 315 aa  176  2e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  43.78 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  43.84 
 
 		 309 aa  176  2e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  43.5 
 
 		 307 aa  176  3e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1727  tRNA pseudouridine synthase B  45.37 
 
 		 297 aa  176  3e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1512  tRNA pseudouridine synthase B  48.36 
 
 		 303 aa  176  3e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.467082  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>