More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0207 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_0207  ribonuclease, Rne/Rng family  100 
 
 		 604 aa  1227    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.295095  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0012  ribonuclease E and G  41.04 
 
 		 570 aa  431  1e-119  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00000376513  normal  0.207191 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1989  ribonuclease E and G  39.04 
 
 		 568 aa  412  1e-114  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0025  ribonuclease, Rne/Rng family  39.43 
 
 		 562 aa  411  1e-113  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0274691  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0040  ribonuclease  39.97 
 
 		 565 aa  410  1e-113  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0019  ribonuclease, Rne/Rng family  38.99 
 
 		 551 aa  400  9.999999999999999e-111  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.000000201428  unclonable  0.00000166802 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0019  ribonuclease, Rne/Rng family  39.56 
 
 		 570 aa  400  9.999999999999999e-111  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000156089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0018  ribonuclease, Rne/Rng family  39.9 
 
 		 566 aa  394  1e-108  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3689  ribonuclease G  41.67 
 
 		 535 aa  331  2e-89  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4433  ribonuclease, Rne/Rng family  41.13 
 
 		 520 aa  323  4e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.320456  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02680  Ribonuclease G  41.69 
 
 		 516 aa  313  6.999999999999999e-84  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0153  Rne/Rng family ribonuclease  41.15 
 
 		 516 aa  313  6.999999999999999e-84  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5979  ribonuclease, Rne/Rng family  40.92 
 
 		 520 aa  312  1e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.62206  normal  0.425632 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0126  ribonuclease, Rne/Rng family  42.04 
 
 		 516 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1478  ribonuclease, Rne/Rng family  41.65 
 
 		 514 aa  307  3e-82  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1532  ribonuclease  40.88 
 
 		 543 aa  306  6e-82  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1256  ribonuclease  36.99 
 
 		 504 aa  275  2.0000000000000002e-72  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5498  ribonuclease, Rne/Rng family  34.85 
 
 		 543 aa  275  2.0000000000000002e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0940  ribonuclease, Rne/Rng family  43.07 
 
 		 516 aa  273  9e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0487  RNAse G  32.24 
 
 		 528 aa  257  5e-67  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.258598  normal  0.0128564 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3278  ribonuclease  33.2 
 
 		 863 aa  253  7e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.027998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0482  ribonuclease  31.76 
 
 		 528 aa  253  8.000000000000001e-66  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000399886  normal  0.164924 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0424  ribonuclease  32.08 
 
 		 613 aa  251  3e-65  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000319461  hitchhiker  0.0000523275 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1609  ribonuclease  34.43 
 
 		 530 aa  250  7e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0716  ribonuclease  34.17 
 
 		 869 aa  247  4e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.198515  normal  0.695847 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2439  ribonuclease  41.53 
 
 		 499 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0019704  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1776  ribonuclease E  32.28 
 
 		 984 aa  244  3.9999999999999997e-63  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000943072  decreased coverage  0.00020345 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4339  ribonuclease, Rne/Rng family  41.46 
 
 		 411 aa  243  5e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000260891  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0755  ribonuclease G  41.49 
 
 		 702 aa  244  5e-63  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0541  ribonuclease, Rne/Rng family  30.6 
 
 		 515 aa  242  1e-62  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.353694 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2183  ribonuclease E and G  41.27 
 
 		 908 aa  241  2e-62  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0295776  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2536  ribonuclease  39.94 
 
 		 559 aa  241  2.9999999999999997e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00011944  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2461  ribonuclease, Rne/Rng family  41.9 
 
 		 990 aa  240  4e-62  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.384924  normal  0.18702 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1319  ribonuclease, Rne/Rng family  32.08 
 
 		 494 aa  240  5.999999999999999e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.199233  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1467  ribonuclease  38.02 
 
 		 1031 aa  239  8e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00760754  normal  0.972482 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2584  RNase EG  41.1 
 
 		 503 aa  238  2e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000677215  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3326  ribonuclease, Rne/Rng family  39.1 
 
 		 564 aa  238  3e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1546  ribonuclease, Rne/Rng family  40.95 
 
 		 1041 aa  237  4e-61  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.31372  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7272  Ribonuclease E  41.27 
 
 		 922 aa  237  5.0000000000000005e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.159287 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3458  ribonuclease, Rne/Rng family  40.69 
 
 		 1244 aa  235  2.0000000000000002e-60  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0357  ribonuclease, Rne/Rng family  42.16 
 
 		 537 aa  234  3e-60  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.308684  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1296  ribonuclease E  32.44 
 
 		 890 aa  233  6e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.17459  normal  0.956429 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12490  ribonuclease, Rne/Rng family  41.29 
 
 		 1093 aa  233  9e-60  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0193  ribonuclease G  34.97 
 
 		 512 aa  233  1e-59  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0692985  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2567  ribonuclease, Rne/Rng family  38.34 
 
 		 496 aa  232  1e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.894494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3482  ribonuclease  40.24 
 
 		 1024 aa  232  1e-59  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2954  ribonuclease, Rne/Rng family  38.34 
 
 		 496 aa  232  1e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3381  ribonuclease, Rne/Rng family  39.05 
 
 		 1007 aa  232  2e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5262  ribonuclease  41.5 
 
 		 1427 aa  231  3e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.266118  normal  0.176556 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3861  ribonuclease  38.74 
 
 		 1058 aa  231  3e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00688294 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0293  ribonuclease  33.33 
 
 		 525 aa  231  4e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.806151 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7273  ribonuclease, Rne/Rng family  38.89 
 
 		 1334 aa  230  5e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.584689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0042  ribonuclease, Rne/Rng family  38.98 
 
 		 645 aa  230  6e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.754542 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1218  ribonuclease  41.29 
 
 		 1194 aa  229  8e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.993223 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1794  ribonuclease E  36.07 
 
 		 1035 aa  229  8e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.713418  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1711  ribonuclease E  36.1 
 
 		 868 aa  229  8e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0296054  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11390  ribonuclease, Rne/Rng family  39.37 
 
 		 1265 aa  229  1e-58  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.320924  hitchhiker  0.00951871 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0098  ribonuclease  43.77 
 
 		 517 aa  228  2e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2284  ribonuclease, Rne/Rng family  40 
 
 		 1117 aa  228  2e-58  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436718  hitchhiker  0.00140455 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2233  ribonuclease E  40.98 
 
 		 1015 aa  228  2e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.893079  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0957  ribonuclease  39.34 
 
 		 944 aa  229  2e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545354  normal  0.0139882 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18280  ribonuclease, Rne/Rng family  40.06 
 
 		 952 aa  228  3e-58  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0683615  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2187  ribonuclease E  40.06 
 
 		 1068 aa  228  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.33181  hitchhiker  0.00000000773492 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1282  ribonuclease E  40.06 
 
 		 1068 aa  228  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.783205  hitchhiker  0.0000048225 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0388  ribonuclease  40.65 
 
 		 906 aa  228  4e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1590  ribonuclease E  42.48 
 
 		 720 aa  227  4e-58  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000584784  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0528  ribonuclease  40.06 
 
 		 506 aa  227  4e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0557829  normal  0.0741162 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2241  ribonuclease E  40.69 
 
 		 1061 aa  227  4e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000115068  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01080  fused ribonucleaseE: endoribonuclease/RNA-binding protein/RNA degradosome binding protein  40.69 
 
 		 1061 aa  227  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00444981  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0595  ribonuclease  42.48 
 
 		 718 aa  227  5.0000000000000005e-58  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000095022  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1297  ribonuclease E  40.06 
 
 		 1067 aa  227  5.0000000000000005e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000148033 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1207  ribonuclease E  40.69 
 
 		 1061 aa  227  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000738621  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2516  ribonuclease E  40.69 
 
 		 1061 aa  227  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000196842  hitchhiker  0.0002174 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2042  ribonuclease E  40.69 
 
 		 1057 aa  227  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000184616  hitchhiker  0.00765925 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01088  hypothetical protein  40.69 
 
 		 1061 aa  227  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00236445  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1253  ribonuclease E  40.06 
 
 		 1067 aa  227  5.0000000000000005e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.16743 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1463  ribonuclease E  40.69 
 
 		 1061 aa  227  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00215249  hitchhiker  0.000000103406 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1207  ribonuclease E  40.69 
 
 		 1061 aa  227  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000187022  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2003  ribonuclease E  40.06 
 
 		 1067 aa  227  5.0000000000000005e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000122213  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2562  ribonuclease, Rne/Rng family  40.69 
 
 		 1061 aa  227  6e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000807422  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1375  ribonuclease  37.13 
 
 		 483 aa  227  6e-58  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0931  ribonuclease  40.07 
 
 		 1005 aa  226  7e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.589799 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1224  S1 RNA binding domain protein  38.92 
 
 		 1093 aa  226  7e-58  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000769273 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0668  ribonuclease, Rne/Rng family  40.07 
 
 		 713 aa  226  8e-58  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1393  ribonuclease, Rne/Rng family  35.79 
 
 		 953 aa  226  9e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  unclonable  0.000000823933  normal  0.119255 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3452  ribonuclease G  38.64 
 
 		 1070 aa  226  1e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0770  ribonuclease, Rne/Rng family  40.38 
 
 		 457 aa  225  1e-57  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.175551  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1093  ribonuclease, Rne/Rng family  39.74 
 
 		 653 aa  225  2e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1302  ribonuclease, Rne/Rng family  36.07 
 
 		 965 aa  225  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00000158665  normal  0.0123334 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1615  ribonuclese G and E  38.29 
 
 		 1022 aa  225  2e-57  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1064  ribonuclease, Rne/Rng family  39.74 
 
 		 653 aa  225  2e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1600  ribonuclease E  39.75 
 
 		 1048 aa  225  2e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000427165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11530  RNAse G  39.37 
 
 		 959 aa  225  2e-57  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0250639  normal  0.313443 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0729  ribonuclease, Rne/Rng family  37.89 
 
 		 1080 aa  225  2e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.410807 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2802  ribonuclease E  41.18 
 
 		 1088 aa  224  3e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000361809  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2918  ribonuclease E  41.18 
 
 		 1085 aa  224  4e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000100731  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2266  ribonuclease, Rne/Rng family  38.92 
 
 		 1043 aa  224  4e-57  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.454961  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0908  ribonuclease Rne/Rng domain-containing protein  39.02 
 
 		 891 aa  224  4e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.0000577362  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2791  ribonuclease E  41.18 
 
 		 1087 aa  224  4e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000882056  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1814  ribonuclease E  41.18 
 
 		 1087 aa  224  4e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0112079  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>