More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0025 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011059  Paes_0019  ribonuclease, Rne/Rng family  83.27 
 
 		 551 aa  925    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.000000201428  unclonable  0.00000166802 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0012  ribonuclease E and G  85.79 
 
 		 570 aa  983    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00000376513  normal  0.207191 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1989  ribonuclease E and G  86.61 
 
 		 568 aa  994    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0019  ribonuclease, Rne/Rng family  80.63 
 
 		 570 aa  900    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000156089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0018  ribonuclease, Rne/Rng family  87.46 
 
 		 566 aa  964    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0025  ribonuclease, Rne/Rng family  100 
 
 		 562 aa  1152    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0274691  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0040  ribonuclease  87.98 
 
 		 565 aa  996    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4433  ribonuclease, Rne/Rng family  38.12 
 
 		 520 aa  371  1e-101  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.320456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0126  ribonuclease, Rne/Rng family  37.73 
 
 		 516 aa  370  1e-101  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1256  ribonuclease  38.99 
 
 		 504 aa  367  1e-100  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3689  ribonuclease G  39.18 
 
 		 535 aa  369  1e-100  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5979  ribonuclease, Rne/Rng family  37.38 
 
 		 520 aa  360  4e-98  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.62206  normal  0.425632 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0153  Rne/Rng family ribonuclease  37.32 
 
 		 516 aa  358  1.9999999999999998e-97  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0940  ribonuclease, Rne/Rng family  39.23 
 
 		 516 aa  355  1e-96  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1532  ribonuclease  35.62 
 
 		 543 aa  341  2e-92  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02680  Ribonuclease G  34.31 
 
 		 516 aa  332  1e-89  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0207  ribonuclease, Rne/Rng family  44.71 
 
 		 604 aa  331  2e-89  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.295095  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2584  RNase EG  37.18 
 
 		 503 aa  327  3e-88  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000677215  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5498  ribonuclease, Rne/Rng family  36.4 
 
 		 543 aa  326  8.000000000000001e-88  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1478  ribonuclease, Rne/Rng family  34.44 
 
 		 514 aa  325  2e-87  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1319  ribonuclease, Rne/Rng family  34.19 
 
 		 494 aa  309  9e-83  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.199233  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0159  ribonuclease, Rne/Rng family  36.49 
 
 		 496 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.125882  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1609  ribonuclease  38.8 
 
 		 530 aa  303  4.0000000000000003e-81  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0293  ribonuclease  32.51 
 
 		 525 aa  303  7.000000000000001e-81  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.806151 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0142  ribonuclease, Rne/Rng family  36.09 
 
 		 496 aa  302  9e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0193  ribonuclease G  31.99 
 
 		 512 aa  300  3e-80  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0692985  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2954  ribonuclease, Rne/Rng family  33.96 
 
 		 496 aa  300  3e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2567  ribonuclease, Rne/Rng family  33.96 
 
 		 496 aa  300  3e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.894494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0301  ribonuclease  36.09 
 
 		 503 aa  301  3e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000158312  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0098  ribonuclease  36.77 
 
 		 517 aa  299  8e-80  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0541  ribonuclease, Rne/Rng family  33.03 
 
 		 515 aa  298  1e-79  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.353694 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3188  RNAse G  33.73 
 
 		 492 aa  296  9e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3239  ribonuclease G  35.76 
 
 		 531 aa  295  1e-78  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0328342  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2536  ribonuclease  34.53 
 
 		 559 aa  295  1e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00011944  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0409  ribonuclease G  35.86 
 
 		 492 aa  290  3e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.416814  normal  0.138989 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0469  ribonuclease, Rne/Rng family  36.88 
 
 		 503 aa  287  2.9999999999999996e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.108374  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1467  ribonuclease  37.47 
 
 		 1031 aa  282  1e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00760754  normal  0.972482 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0187  ribonuclease G  33.46 
 
 		 487 aa  281  2e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0158  ribonuclease G  34.93 
 
 		 497 aa  280  7e-74  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3192  ribonuclease G  36.04 
 
 		 500 aa  279  8e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000845474  hitchhiker  1.74098e-16 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0556  ribonuclease G  33.93 
 
 		 562 aa  279  8e-74  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1736  ribonuclease, Rne/Rng family  33.52 
 
 		 496 aa  279  8e-74  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3326  ribonuclease, Rne/Rng family  33.9 
 
 		 564 aa  279  1e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0350  ribonuclease  36.36 
 
 		 507 aa  278  2e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000520175  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0407  ribonuclease G  33.71 
 
 		 500 aa  277  3e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.52955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1256  ribonuclease  35.67 
 
 		 792 aa  277  3e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000740438  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0357  ribonuclease, Rne/Rng family  34.98 
 
 		 537 aa  276  5e-73  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.308684  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0578  ribonuclease G  33.33 
 
 		 502 aa  276  7e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.4987  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002387  cytoplasmic axial filament protein CafA and Ribonuclease G  33.21 
 
 		 489 aa  274  3e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0712  ribonuclease, Rne/Rng family  35.87 
 
 		 919 aa  274  3e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  6.98043e-32 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2838  ribonuclease G  32.83 
 
 		 489 aa  274  3e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.201847  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2131  RNAse E  31.97 
 
 		 936 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.162164  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0806  ribonuclease  31.62 
 
 		 890 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0942815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1776  ribonuclease E  31.51 
 
 		 984 aa  273  5.000000000000001e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000943072  decreased coverage  0.00020345 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03681  ribonuclease G  33.02 
 
 		 489 aa  273  6e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0469  ribonuclease G  33.77 
 
 		 489 aa  272  1e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0841799  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0700  ribonuclease, Rne/Rng family  35.75 
 
 		 903 aa  272  1e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000181353  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0402  ribonuclease G  33.77 
 
 		 489 aa  272  1e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.124199  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1194  ribonuclease G  33.77 
 
 		 489 aa  272  1e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00491576  hitchhiker  0.001915 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3831  ribonuclease G  33.4 
 
 		 489 aa  272  1e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0266833  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4094  ribonuclease G  33.58 
 
 		 488 aa  271  2e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1711  ribonuclease E  33.27 
 
 		 868 aa  271  2e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0296054  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0483  ribonuclease G  33.77 
 
 		 488 aa  271  2e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.605278 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3730  ribonuclease G  33.4 
 
 		 489 aa  270  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0965713 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3668  ribonuclease G  33.4 
 
 		 489 aa  270  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.612174 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3561  ribonuclease G  33.4 
 
 		 489 aa  270  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.026013  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3562  ribonuclease G  33.4 
 
 		 489 aa  270  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3633  ribonuclease G  33.4 
 
 		 489 aa  270  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00490544 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2134  ribonuclease  33.06 
 
 		 1070 aa  270  4e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3468  ribonuclease G  33.15 
 
 		 502 aa  270  7e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.893805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3644  ribonuclease G  33.15 
 
 		 502 aa  270  7e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0770  ribonuclease, Rne/Rng family  32.34 
 
 		 457 aa  269  1e-70  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.175551  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0921  ribonuclease, Rne/Rng family protein  34.68 
 
 		 808 aa  268  2e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00650126  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0716  ribonuclease  31.17 
 
 		 869 aa  268  2e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.198515  normal  0.695847 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03106  ribonuclease G  32.83 
 
 		 489 aa  267  4e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00482179  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0460  ribonuclease, Rne/Rng family  32.83 
 
 		 489 aa  267  4e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.305617  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0409  ribonuclease  32.21 
 
 		 497 aa  267  4e-70  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.748202  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3278  ribonuclease G  32.83 
 
 		 489 aa  267  4e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0640043  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0732  ribonuclease, Rne/Rng family  38.07 
 
 		 844 aa  267  4e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3542  ribonuclease G  32.83 
 
 		 489 aa  267  4e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.721219  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0460  ribonuclease G  32.83 
 
 		 489 aa  267  4e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0238321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3729  ribonuclease G  32.83 
 
 		 489 aa  267  4e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0310546  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4563  ribonuclease G  32.83 
 
 		 489 aa  267  4e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00461139  normal  0.973198 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2129  ribonuclease, Rne/Rng family  34.71 
 
 		 571 aa  267  4e-70  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0190807  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4398  ribonuclease G  33.4 
 
 		 500 aa  267  4e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3436  ribonuclease G  32.83 
 
 		 489 aa  267  4e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0339083  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0731  ribonuclease, Rne/Rng family  38.07 
 
 		 860 aa  267  4e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.767786  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2233  ribonuclease E  33.67 
 
 		 1015 aa  266  5e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.893079  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0501  ribonuclease G  32.22 
 
 		 502 aa  266  5e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.188021  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0470  ribonuclease G (cytoplasmic axial filament protein)  32.21 
 
 		 497 aa  267  5e-70  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0285908  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2657  ribonuclease E and G  35.58 
 
 		 490 aa  266  8e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.121341  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3673  ribonuclease G  32.83 
 
 		 489 aa  266  8.999999999999999e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.36069  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0738  ribonuclease  36.95 
 
 		 740 aa  265  1e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3750  ribonuclease G  33.15 
 
 		 502 aa  265  1e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.580214  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1481  ribonuclease  31.77 
 
 		 1086 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00984617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2271  ribonuclease G  33.59 
 
 		 493 aa  265  2e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0267  ribonuclease G  32.83 
 
 		 489 aa  265  2e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11530  RNAse G  33.69 
 
 		 959 aa  265  2e-69  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0250639  normal  0.313443 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1619  RNAse E  31.73 
 
 		 1012 aa  265  2e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0118741  normal  0.382079 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6047  ribonuclease, Rne/Rng family  36.81 
 
 		 1045 aa  264  3e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>