More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_0126 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_0126  ribonuclease, Rne/Rng family  100 
 
 
516 aa  1054    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4433  ribonuclease, Rne/Rng family  58.57 
 
 
520 aa  617  1e-175  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.320456  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3689  ribonuclease G  54.65 
 
 
535 aa  592  1e-168  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5979  ribonuclease, Rne/Rng family  54.84 
 
 
520 aa  585  1e-166  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.62206  normal  0.425632 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0940  ribonuclease, Rne/Rng family  52.9 
 
 
516 aa  555  1e-157  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1532  ribonuclease  53.05 
 
 
543 aa  551  1e-156  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0153  Rne/Rng family ribonuclease  51.36 
 
 
516 aa  551  1e-156  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02680  Ribonuclease G  53 
 
 
516 aa  553  1e-156  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1478  ribonuclease, Rne/Rng family  55.31 
 
 
514 aa  541  1e-153  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1256  ribonuclease  50.2 
 
 
504 aa  492  9.999999999999999e-139  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0025  ribonuclease, Rne/Rng family  37.18 
 
 
562 aa  369  1e-101  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0274691  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0019  ribonuclease, Rne/Rng family  39.63 
 
 
551 aa  368  1e-100  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.000000201428  unclonable  0.00000166802 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0040  ribonuclease  37.1 
 
 
565 aa  366  1e-100  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0019  ribonuclease, Rne/Rng family  37.46 
 
 
570 aa  362  1e-98  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000156089  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0018  ribonuclease, Rne/Rng family  37.14 
 
 
566 aa  353  4e-96  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0012  ribonuclease E and G  35.74 
 
 
570 aa  343  5e-93  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00000376513  normal  0.207191 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1319  ribonuclease, Rne/Rng family  35.91 
 
 
494 aa  318  1e-85  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.199233  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1989  ribonuclease E and G  41.69 
 
 
568 aa  317  2e-85  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0293  ribonuclease  34.81 
 
 
525 aa  303  4.0000000000000003e-81  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.806151 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2584  RNase EG  34.3 
 
 
503 aa  303  6.000000000000001e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000677215  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0301  ribonuclease  36.08 
 
 
503 aa  302  9e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000158312  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3239  ribonuclease G  35.52 
 
 
531 aa  301  2e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0328342  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0207  ribonuclease, Rne/Rng family  42.04 
 
 
604 aa  298  2e-79  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.295095  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0159  ribonuclease, Rne/Rng family  35.36 
 
 
496 aa  297  3e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.125882  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0142  ribonuclease, Rne/Rng family  34.95 
 
 
496 aa  295  2e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3192  ribonuclease G  36.11 
 
 
500 aa  293  7e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000845474  hitchhiker  1.74098e-16 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0755  ribonuclease G  36.28 
 
 
702 aa  283  4.0000000000000003e-75  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0350  ribonuclease  35.94 
 
 
507 aa  283  7.000000000000001e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000520175  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1609  ribonuclease  33.02 
 
 
530 aa  276  5e-73  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1375  ribonuclease  33.54 
 
 
483 aa  275  1.0000000000000001e-72  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0158  ribonuclease G  35.23 
 
 
497 aa  275  2.0000000000000002e-72  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0556  ribonuclease G  31.2 
 
 
562 aa  274  3e-72  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5498  ribonuclease, Rne/Rng family  30.33 
 
 
543 aa  274  3e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2536  ribonuclease  30.81 
 
 
559 aa  273  4.0000000000000004e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00011944  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2183  ribonuclease E and G  36.69 
 
 
908 aa  273  6e-72  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0295776  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0098  ribonuclease  33.6 
 
 
517 aa  273  8.000000000000001e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0193  ribonuclease G  31.18 
 
 
512 aa  272  1e-71  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0692985  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3326  ribonuclease, Rne/Rng family  32.14 
 
 
564 aa  272  1e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0541  ribonuclease, Rne/Rng family  35.18 
 
 
515 aa  271  2e-71  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.353694 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0357  ribonuclease, Rne/Rng family  34.71 
 
 
537 aa  270  5.9999999999999995e-71  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.308684  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2461  ribonuclease, Rne/Rng family  35.75 
 
 
990 aa  269  8e-71  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.384924  normal  0.18702 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4556  ribonuclease G  29.35 
 
 
485 aa  268  1e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0469  ribonuclease, Rne/Rng family  33.33 
 
 
503 aa  269  1e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.108374  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4339  ribonuclease, Rne/Rng family  34.78 
 
 
411 aa  268  2e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000260891  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2838  ribonuclease G  30.97 
 
 
489 aa  268  2e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.201847  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7273  ribonuclease, Rne/Rng family  35.35 
 
 
1334 aa  268  2e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.584689  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11390  ribonuclease, Rne/Rng family  36.45 
 
 
1265 aa  267  2.9999999999999995e-70  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.320924  hitchhiker  0.00951871 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2071  ribonuclease  31.68 
 
 
489 aa  266  4e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.446321  normal  0.265186 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5262  ribonuclease  36.45 
 
 
1427 aa  266  8.999999999999999e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.266118  normal  0.176556 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03681  ribonuclease G  30.51 
 
 
489 aa  265  1e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1218  ribonuclease  35.73 
 
 
1194 aa  263  4.999999999999999e-69  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.993223 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7272  Ribonuclease E  36.21 
 
 
922 aa  263  4.999999999999999e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.159287 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3188  RNAse G  33.03 
 
 
492 aa  263  6.999999999999999e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1546  ribonuclease, Rne/Rng family  34.77 
 
 
1041 aa  263  6.999999999999999e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.31372  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002387  cytoplasmic axial filament protein CafA and Ribonuclease G  30.51 
 
 
489 aa  262  1e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2954  ribonuclease, Rne/Rng family  30.54 
 
 
496 aa  261  2e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0409  ribonuclease  30.26 
 
 
497 aa  261  2e-68  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.748202  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0712  ribonuclease, Rne/Rng family  36.34 
 
 
919 aa  261  2e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  6.98043e-32 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2567  ribonuclease, Rne/Rng family  30.54 
 
 
496 aa  261  2e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.894494  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3452  ribonuclease G  34.67 
 
 
1070 aa  261  2e-68  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0700  ribonuclease, Rne/Rng family  36.53 
 
 
903 aa  260  3e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000181353  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1186  ribonuclease, Rne/Rng family  36.58 
 
 
974 aa  260  3e-68  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3381  ribonuclease, Rne/Rng family  35.07 
 
 
1007 aa  260  4e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3542  ribonuclease G  31.1 
 
 
489 aa  259  6e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.721219  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03106  ribonuclease G  31.1 
 
 
489 aa  259  6e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00482179  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0460  ribonuclease, Rne/Rng family  31.1 
 
 
489 aa  259  6e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.305617  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4563  ribonuclease G  31.1 
 
 
489 aa  259  6e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00461139  normal  0.973198 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3729  ribonuclease G  31.1 
 
 
489 aa  259  6e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0310546  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0460  ribonuclease G  31.1 
 
 
489 aa  259  6e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0238321  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3436  ribonuclease G  31.1 
 
 
489 aa  259  6e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0339083  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3267  ribonuclease G  30.82 
 
 
489 aa  259  6e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3278  ribonuclease G  31.1 
 
 
489 aa  259  6e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0640043  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1294  ribonuclease, Rne/Rng family  30.98 
 
 
489 aa  259  8e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.229063  normal  0.0967279 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1615  ribonuclese G and E  35.38 
 
 
1022 aa  259  8e-68  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0470  ribonuclease G (cytoplasmic axial filament protein)  30.06 
 
 
497 aa  259  1e-67  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0285908  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0180  ribonuclease G  28.63 
 
 
483 aa  258  1e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.377075  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2266  ribonuclease, Rne/Rng family  36.28 
 
 
1043 aa  258  1e-67  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.454961  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2284  ribonuclease, Rne/Rng family  36.21 
 
 
1117 aa  258  2e-67  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436718  hitchhiker  0.00140455 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0409  ribonuclease G  31.12 
 
 
492 aa  258  2e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.416814  normal  0.138989 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2663  ribonuclease, Rne/Rng family  32.7 
 
 
636 aa  258  2e-67  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.127764 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0471  ribonuclease G  31.35 
 
 
502 aa  258  2e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3458  ribonuclease, Rne/Rng family  36.32 
 
 
1244 aa  257  3e-67  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1876  ribonuclease  36.18 
 
 
1056 aa  257  3e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166122  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12490  ribonuclease, Rne/Rng family  36.94 
 
 
1093 aa  257  4e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1256  ribonuclease  34.47 
 
 
792 aa  257  4e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000740438  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1224  S1 RNA binding domain protein  35.38 
 
 
1093 aa  256  5e-67  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000769273 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3673  ribonuclease G  30.37 
 
 
489 aa  256  7e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.36069  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0256  ribonuclease G  30.91 
 
 
489 aa  256  8e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0912281  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0267  ribonuclease G  30.71 
 
 
489 aa  256  8e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3831  ribonuclease G  30.37 
 
 
489 aa  255  1.0000000000000001e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0266833  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11530  RNAse G  35.58 
 
 
959 aa  255  1.0000000000000001e-66  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0250639  normal  0.313443 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0756  ribonuclease, Rne/Rng family  36.28 
 
 
741 aa  256  1.0000000000000001e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000069675  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0402  ribonuclease G  31.3 
 
 
489 aa  254  2.0000000000000002e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.124199  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0469  ribonuclease G  31.3 
 
 
489 aa  254  2.0000000000000002e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0841799  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1194  ribonuclease G  31.3 
 
 
489 aa  254  2.0000000000000002e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00491576  hitchhiker  0.001915 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2393  ribonuclease  34.26 
 
 
1113 aa  254  3e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.380654  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1281  ribonuclease E and G  32.1 
 
 
687 aa  253  7e-66  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00000695712  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2147  ribonuclease, Rne/Rng family  33.86 
 
 
1151 aa  253  7e-66  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000101232 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18280  ribonuclease, Rne/Rng family  34.94 
 
 
952 aa  253  7e-66  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0683615  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0487  ribonuclease G  33.72 
 
 
489 aa  253  8.000000000000001e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0311265  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>