More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0729 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0957  ribonuclease  71.36 
 
 		 944 aa  649    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545354  normal  0.0139882 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1302  ribonuclease, Rne/Rng family  67.36 
 
 		 965 aa  650    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00000158665  normal  0.0123334 
 
 
-
 
NC_004310  BR0912  ribonuclease Rne/Rng domain-containing protein  68.65 
 
 		 922 aa  646    Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.00607829  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3659  ribonuclease  71.1 
 
 		 1049 aa  665    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2728  ribonuclease, Rne/Rng family  67.76 
 
 		 1053 aa  658    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.236076  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1720  ribonuclease E and G  72.3 
 
 		 1059 aa  647    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.325079  normal  0.0192553 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1393  ribonuclease, Rne/Rng family  72.29 
 
 		 953 aa  655    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  unclonable  0.000000823933  normal  0.119255 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4204  ribonuclease E  72.55 
 
 		 1070 aa  648    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6047  ribonuclease, Rne/Rng family  73.66 
 
 		 1045 aa  664    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3946  ribonuclease, Rne/Rng family  72.49 
 
 		 1065 aa  666    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.213913 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3009  ribonuclease  67.74 
 
 		 1060 aa  664    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00611074  normal  0.333184 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2854  ribonuclease  60.03 
 
 		 1029 aa  789    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.541303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0393  ribonuclease  74.36 
 
 		 1092 aa  669    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2442  ribonuclease  59.5 
 
 		 1043 aa  787    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.26344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1822  ribonuclease  73.24 
 
 		 1039 aa  657    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2268  ribonuclease  71.56 
 
 		 926 aa  643    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.78941  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0908  ribonuclease Rne/Rng domain-containing protein  68.87 
 
 		 891 aa  645    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.0000577362  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0729  ribonuclease, Rne/Rng family  100 
 
 		 1080 aa  2146    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.410807 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3952  ribonuclease, Rne/Rng family  71.1 
 
 		 1046 aa  665    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0825957  normal  0.60191 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1794  ribonuclease E  71.95 
 
 		 1035 aa  658    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.713418  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1711  ribonuclease E  69.37 
 
 		 868 aa  632  1e-180  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0296054  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3278  ribonuclease  66.31 
 
 		 863 aa  619  1e-176  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.027998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2965  ribonuclease  61.37 
 
 		 869 aa  550  1e-155  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0116298  normal  0.140468 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0716  ribonuclease  62.04 
 
 		 869 aa  550  1e-155  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.198515  normal  0.695847 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2149  RNAse E  63.4 
 
 		 889 aa  546  1e-153  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2572  ribonuclease  62.73 
 
 		 905 aa  545  1e-153  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.27752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0388  ribonuclease  64.75 
 
 		 906 aa  546  1e-153  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0806  ribonuclease  62.65 
 
 		 890 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0942815  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2131  RNAse E  62.65 
 
 		 936 aa  539  1e-151  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.162164  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1296  ribonuclease E  61.35 
 
 		 890 aa  539  1e-151  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.17459  normal  0.956429 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3848  RNAse E  62.77 
 
 		 880 aa  534  1e-150  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0589  ribonuclease, Rne/Rng family  59.33 
 
 		 1009 aa  523  1e-147  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000676969 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2318  ribonuclease E  62.06 
 
 		 935 aa  525  1e-147  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2539  ribonuclease E  61.61 
 
 		 890 aa  522  1e-146  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.915754  normal  0.197349 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2340  ribonuclease  61.39 
 
 		 1026 aa  513  1e-144  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.114926  normal  0.216071 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3172  ribonuclease  58.96 
 
 		 881 aa  514  1e-144  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0592866  normal  0.271417 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1459  RNAse E  60.14 
 
 		 976 aa  508  9.999999999999999e-143  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.00000280055  normal  0.379566 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1776  ribonuclease E  47.39 
 
 		 984 aa  432  1e-119  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000943072  decreased coverage  0.00020345 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1040  ribonuclease E protein  50.62 
 
 		 1014 aa  416  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.120307  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2275  RNAse E  50.37 
 
 		 1042 aa  413  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896581  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0905  ribonuclease, Rne/Rng family  50.62 
 
 		 1011 aa  411  1e-113  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0755598  normal  0.0613595 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0970  ribonuclease, Rne/Rng family  50.62 
 
 		 1008 aa  412  1e-113  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.100697 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1321  ribonuclease E  51.42 
 
 		 904 aa  410  1e-113  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0034947  normal  0.881501 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1592  ribonuclease E  51.17 
 
 		 1175 aa  412  1e-113  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.690225  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2440  RNAse E  50.37 
 
 		 1037 aa  410  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0818  ribonuclease  50.12 
 
 		 1092 aa  411  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00158382  normal  0.513461 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3660  ribonuclease E  52.04 
 
 		 1041 aa  408  1.0000000000000001e-112  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1062  ribonuclease E  49.88 
 
 		 1096 aa  409  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.00000580995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2922  ribonuclease, Rne/Rng family  49.88 
 
 		 1097 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000705961  normal  0.54344 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1242  ribonuclease  45.73 
 
 		 928 aa  409  1.0000000000000001e-112  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3086  ribonuclease  51.79 
 
 		 1076 aa  409  1.0000000000000001e-112  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5282  ribonuclease  51.24 
 
 		 1044 aa  408  1.0000000000000001e-112  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0972122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0991  ribonuclease  49.14 
 
 		 1059 aa  405  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.19075  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2643  ribonuclease, Rne/Rng family  50.25 
 
 		 1029 aa  404  1e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4223  ribonuclease E  49.14 
 
 		 1053 aa  405  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1064  ribonuclease  51.56 
 
 		 977 aa  404  1e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.973146  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1707  ribonuclease E  49.38 
 
 		 1068 aa  403  1e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000337375  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1378  ribonuclease, Rne/Rng family  50.5 
 
 		 1074 aa  406  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.282937  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4788  ribonuclease  51.79 
 
 		 1038 aa  404  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.870424  normal  0.38307 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1069  ribonuclease  49.14 
 
 		 1056 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17751  decreased coverage  0.00648425 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2802  ribonuclease E  49.14 
 
 		 1088 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000361809  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0520  ribonuclease E  49.14 
 
 		 1090 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000787566  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2005  ribonuclease E  51.04 
 
 		 870 aa  402  9.999999999999999e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2918  ribonuclease E  49.14 
 
 		 1085 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000100731  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2491  ribonuclease E  49.14 
 
 		 1090 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000172006  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1353  ribonuclease E  50.78 
 
 		 938 aa  402  9.999999999999999e-111  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.000765938  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2791  ribonuclease E  49.14 
 
 		 1087 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000882056  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2436  ribonuclease, Rne/Rng family  50.65 
 
 		 1061 aa  400  9.999999999999999e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2193  ribonuclease  49.14 
 
 		 1111 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.695078  normal  0.0536966 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1720  ribonuclease  50 
 
 		 1007 aa  403  9.999999999999999e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3290  ribonuclease E  50.25 
 
 		 1025 aa  402  9.999999999999999e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0631  ribonuclease  49.14 
 
 		 1059 aa  403  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0577121  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1814  ribonuclease E  49.14 
 
 		 1087 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0112079  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0986  ribonuclease  49.14 
 
 		 1068 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.41392  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2863  ribonuclease E  49.14 
 
 		 1088 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.829315  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1110  ribonuclease  49.14 
 
 		 1059 aa  403  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000270139  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1190  ribonuclease, Rne/Rng family  49.35 
 
 		 938 aa  397  1e-109  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.048961  normal  0.116022 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0389  ribonuclease  49.38 
 
 		 879 aa  398  1e-109  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.57215  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1430  ribonuclease E  47.63 
 
 		 1073 aa  398  1e-109  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.260181 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2678  ribonuclease, Rne/Rng family  49.61 
 
 		 1091 aa  399  1e-109  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.438529  normal  0.174133 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2176  ribonuclease E  47.46 
 
 		 1132 aa  394  1e-108  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1564  RNAse E  51.04 
 
 		 873 aa  396  1e-108  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.270508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0656  ribonuclease E  51.84 
 
 		 998 aa  394  1e-108  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.59395 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1173  ribonuclease E  49.5 
 
 		 1040 aa  396  1e-108  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2088  ribonuclease  47.81 
 
 		 1132 aa  395  1e-108  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25560  ribonuclease E  48.85 
 
 		 1057 aa  394  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0583784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01517  ribonuclease E  48.07 
 
 		 1238 aa  392  1e-107  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0396  ribonuclease, Rne/Rng family  48.64 
 
 		 865 aa  392  1e-107  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2185  ribonuclease E  48.85 
 
 		 1073 aa  391  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0610467  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1516  ribonuclease  48.85 
 
 		 1072 aa  391  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00855049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1619  RNAse E  49.35 
 
 		 968 aa  392  1e-107  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000868095  normal  0.696665 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02342  RNase E  47.62 
 
 		 1131 aa  390  1e-107  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.596666  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0592  ribonuclease  51.32 
 
 		 1058 aa  391  1e-107  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0452769 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1593  ribonuclease  45.54 
 
 		 1128 aa  390  1e-107  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0247639 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1876  ribonuclease  47.77 
 
 		 1056 aa  392  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166122  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2504  ribonuclease  45.54 
 
 		 1084 aa  387  1e-106  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1905  ribonuclease, Rne/Rng family  48.72 
 
 		 1091 aa  388  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.879394  unclonable  0.000000947805 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3841  ribonuclease, Rne/Rng family protein  47.7 
 
 		 1128 aa  389  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.87898  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1481  ribonuclease  48.72 
 
 		 1086 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00984617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1619  RNAse E  47.83 
 
 		 1012 aa  388  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0118741  normal  0.382079 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>