More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1822 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012850  Rleg_1393  ribonuclease, Rne/Rng family  70.9 
 
 
953 aa  647    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  unclonable  0.000000823933  normal  0.119255 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3659  ribonuclease  69.21 
 
 
1049 aa  651    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4649  ribonuclease  73.6 
 
 
1043 aa  668    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.332201 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1720  ribonuclease E and G  74.29 
 
 
1059 aa  1309    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.325079  normal  0.0192553 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3952  ribonuclease, Rne/Rng family  69.21 
 
 
1046 aa  651    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0825957  normal  0.60191 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3009  ribonuclease  61.72 
 
 
1060 aa  1066    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00611074  normal  0.333184 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4204  ribonuclease E  89.23 
 
 
1070 aa  817    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2854  ribonuclease  65.09 
 
 
1029 aa  1038    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.541303  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2442  ribonuclease  69.21 
 
 
1043 aa  868    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.26344  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1822  ribonuclease  100 
 
 
1039 aa  2097    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6047  ribonuclease, Rne/Rng family  73.54 
 
 
1045 aa  658    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4668  ribonuclease  77.18 
 
 
1080 aa  690    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.156996  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1302  ribonuclease, Rne/Rng family  71.59 
 
 
965 aa  651    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00000158665  normal  0.0123334 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3946  ribonuclease, Rne/Rng family  68.05 
 
 
1065 aa  655    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.213913 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0729  ribonuclease, Rne/Rng family  67.54 
 
 
1080 aa  656    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.410807 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0931  ribonuclease  58.03 
 
 
1005 aa  799    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.589799 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2728  ribonuclease, Rne/Rng family  69.63 
 
 
1053 aa  904    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.236076  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1711  ribonuclease E  67.86 
 
 
868 aa  634  1e-180  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0296054  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0908  ribonuclease Rne/Rng domain-containing protein  70.35 
 
 
891 aa  625  1e-177  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.0000577362  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3278  ribonuclease  67.54 
 
 
863 aa  603  1.0000000000000001e-171  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.027998  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0716  ribonuclease  61.86 
 
 
869 aa  552  1e-155  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.198515  normal  0.695847 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0806  ribonuclease  60.13 
 
 
890 aa  547  1e-154  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0942815  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2965  ribonuclease  61.93 
 
 
869 aa  544  1e-153  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0116298  normal  0.140468 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2131  RNAse E  60.72 
 
 
936 aa  546  1e-153  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.162164  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0388  ribonuclease  60.19 
 
 
906 aa  532  1e-149  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1296  ribonuclease E  60.09 
 
 
890 aa  526  1e-148  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.17459  normal  0.956429 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2572  ribonuclease  62.29 
 
 
905 aa  523  1e-147  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.27752  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2149  RNAse E  61.15 
 
 
889 aa  526  1e-147  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2539  ribonuclease E  61.1 
 
 
890 aa  525  1e-147  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.915754  normal  0.197349 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1459  RNAse E  63.83 
 
 
976 aa  522  1e-146  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.00000280055  normal  0.379566 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0589  ribonuclease, Rne/Rng family  60.33 
 
 
1009 aa  517  1.0000000000000001e-145  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000676969 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2340  ribonuclease  63.09 
 
 
1026 aa  514  1e-144  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.114926  normal  0.216071 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3848  RNAse E  59.81 
 
 
880 aa  510  1e-143  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2318  ribonuclease E  58.02 
 
 
935 aa  498  1e-139  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3172  ribonuclease  58.85 
 
 
881 aa  499  1e-139  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0592866  normal  0.271417 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1776  ribonuclease E  50 
 
 
984 aa  407  1.0000000000000001e-112  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000943072  decreased coverage  0.00020345 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1242  ribonuclease  51.58 
 
 
928 aa  405  1e-111  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1190  ribonuclease, Rne/Rng family  50.39 
 
 
938 aa  406  1e-111  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.048961  normal  0.116022 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1040  ribonuclease E protein  49.74 
 
 
1014 aa  402  9.999999999999999e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.120307  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1064  ribonuclease  51.79 
 
 
977 aa  401  9.999999999999999e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.973146  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1321  ribonuclease E  50.38 
 
 
904 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0034947  normal  0.881501 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3086  ribonuclease  49.23 
 
 
1076 aa  401  9.999999999999999e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5282  ribonuclease  49.74 
 
 
1044 aa  397  1e-109  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0972122  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1353  ribonuclease E  50.38 
 
 
938 aa  398  1e-109  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.000765938  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1378  ribonuclease, Rne/Rng family  49.49 
 
 
1074 aa  399  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.282937  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0970  ribonuclease, Rne/Rng family  49.49 
 
 
1008 aa  398  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.100697 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3660  ribonuclease E  49.11 
 
 
1041 aa  399  1e-109  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2440  RNAse E  49.74 
 
 
1037 aa  397  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19566  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2678  ribonuclease, Rne/Rng family  50.52 
 
 
1091 aa  399  1e-109  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.438529  normal  0.174133 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0905  ribonuclease, Rne/Rng family  49.49 
 
 
1011 aa  396  1e-108  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0755598  normal  0.0613595 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2005  ribonuclease E  49.87 
 
 
870 aa  394  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2275  RNAse E  49.49 
 
 
1042 aa  396  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896581  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1564  RNAse E  50.65 
 
 
873 aa  394  1e-108  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.270508  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2176  ribonuclease E  48.19 
 
 
1132 aa  394  1e-108  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2088  ribonuclease  48.19 
 
 
1132 aa  394  1e-108  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1720  ribonuclease  48.72 
 
 
1007 aa  396  1e-108  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4788  ribonuclease  49.23 
 
 
1038 aa  396  1e-108  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.870424  normal  0.38307 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1430  ribonuclease E  49.22 
 
 
1073 aa  395  1e-108  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.260181 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01517  ribonuclease E  49.48 
 
 
1238 aa  393  1e-107  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2922  ribonuclease, Rne/Rng family  48.98 
 
 
1097 aa  390  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000705961  normal  0.54344 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0991  ribonuclease  48.72 
 
 
1059 aa  390  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.19075  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4223  ribonuclease E  48.72 
 
 
1053 aa  390  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187486  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1062  ribonuclease E  48.98 
 
 
1096 aa  390  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.00000580995  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0818  ribonuclease  49.62 
 
 
1092 aa  392  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00158382  normal  0.513461 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2918  ribonuclease E  48.47 
 
 
1085 aa  386  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000100731  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0389  ribonuclease  48.72 
 
 
879 aa  387  1e-106  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.57215  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2436  ribonuclease, Rne/Rng family  47.77 
 
 
1061 aa  389  1e-106  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2193  ribonuclease  48.72 
 
 
1111 aa  388  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.695078  normal  0.0536966 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1707  ribonuclease E  48.72 
 
 
1068 aa  389  1e-106  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000337375  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1592  ribonuclease E  48.07 
 
 
1175 aa  387  1e-106  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.690225  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0631  ribonuclease  48.72 
 
 
1059 aa  388  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0577121  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1069  ribonuclease  48.72 
 
 
1056 aa  389  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17751  decreased coverage  0.00648425 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0986  ribonuclease  48.72 
 
 
1068 aa  389  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.41392  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1110  ribonuclease  48.72 
 
 
1059 aa  388  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000270139  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2802  ribonuclease E  48.86 
 
 
1088 aa  386  1e-105  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000361809  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1874  ribonuclease, Rne/Rng family  47.83 
 
 
782 aa  386  1e-105  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000717737  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0520  ribonuclease E  48.86 
 
 
1090 aa  385  1e-105  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000787566  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1814  ribonuclease E  48.86 
 
 
1087 aa  386  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0112079  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2220  ribonuclease, Rne/Rng family  47.83 
 
 
782 aa  386  1e-105  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3290  ribonuclease E  48.21 
 
 
1025 aa  385  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2643  ribonuclease, Rne/Rng family  48.21 
 
 
1029 aa  386  1e-105  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2491  ribonuclease E  48.86 
 
 
1090 aa  385  1e-105  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000172006  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2863  ribonuclease E  48.47 
 
 
1088 aa  386  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.829315  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2791  ribonuclease E  48.86 
 
 
1087 aa  386  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000882056  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1905  ribonuclease, Rne/Rng family  46.78 
 
 
1091 aa  382  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.879394  unclonable  0.000000947805 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0656  ribonuclease E  50 
 
 
998 aa  380  1e-104  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.59395 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3841  ribonuclease, Rne/Rng family protein  46.94 
 
 
1128 aa  380  1e-104  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.87898  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1481  ribonuclease  46.78 
 
 
1086 aa  382  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00984617  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14810  Ribonuclease E  47.18 
 
 
1139 aa  380  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2843  ribonuclease E and G  49.35 
 
 
764 aa  380  1e-104  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.298666  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4166  RNAse E  46.94 
 
 
1082 aa  382  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000306864  normal  0.124166 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1876  ribonuclease  48.28 
 
 
1056 aa  381  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166122  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3809  ribonuclease  46.78 
 
 
1090 aa  381  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000518974  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0396  ribonuclease, Rne/Rng family  47.95 
 
 
865 aa  382  1e-104  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2185  ribonuclease E  46.29 
 
 
1073 aa  380  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0610467  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1756  ribonuclease, Rne/Rng family  47.25 
 
 
1016 aa  380  1e-104  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.000532878  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25560  ribonuclease E  46.29 
 
 
1057 aa  383  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0583784  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1619  RNAse E  47.16 
 
 
1012 aa  379  1e-103  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0118741  normal  0.382079 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1516  ribonuclease  46.29 
 
 
1072 aa  379  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00855049  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1256  ribonuclease  46.88 
 
 
792 aa  379  1e-103  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000740438  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>