More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2340 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2340  ribonuclease  100 
 
 		 1026 aa  2031    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.114926  normal  0.216071 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2131  RNAse E  72.5 
 
 		 936 aa  753    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.162164  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0806  ribonuclease  72.5 
 
 		 890 aa  754    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0942815  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2539  ribonuclease E  76.18 
 
 		 890 aa  712    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.915754  normal  0.197349 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2442  ribonuclease  51.5 
 
 		 1043 aa  671    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.26344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1459  RNAse E  76.41 
 
 		 976 aa  728    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.00000280055  normal  0.379566 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1794  ribonuclease E  52.33 
 
 		 1035 aa  707    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.713418  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0931  ribonuclease  52.31 
 
 		 1005 aa  695    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.589799 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0716  ribonuclease  73.39 
 
 		 869 aa  756    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.198515  normal  0.695847 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4668  ribonuclease  51.77 
 
 		 1080 aa  697    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.156996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2965  ribonuclease  63.89 
 
 		 869 aa  771    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0116298  normal  0.140468 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3278  ribonuclease  67.21 
 
 		 863 aa  582  1.0000000000000001e-165  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.027998  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0912  ribonuclease Rne/Rng domain-containing protein  64.73 
 
 		 922 aa  576  1.0000000000000001e-163  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.00607829  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1711  ribonuclease E  62.33 
 
 		 868 aa  578  1.0000000000000001e-163  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0296054  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2268  ribonuclease  64.43 
 
 		 926 aa  578  1.0000000000000001e-163  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.78941  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0908  ribonuclease Rne/Rng domain-containing protein  65.25 
 
 		 891 aa  571  1e-161  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.0000577362  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1720  ribonuclease E and G  47.02 
 
 		 1059 aa  569  1e-160  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.325079  normal  0.0192553 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0957  ribonuclease  63.79 
 
 		 944 aa  563  1.0000000000000001e-159  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545354  normal  0.0139882 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1393  ribonuclease, Rne/Rng family  64.15 
 
 		 953 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  unclonable  0.000000823933  normal  0.119255 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1302  ribonuclease, Rne/Rng family  56.55 
 
 		 965 aa  561  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00000158665  normal  0.0123334 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1822  ribonuclease  47.44 
 
 		 1039 aa  560  1e-158  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3946  ribonuclease, Rne/Rng family  62.85 
 
 		 1065 aa  558  1e-157  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.213913 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2728  ribonuclease, Rne/Rng family  57.23 
 
 		 1053 aa  555  1e-156  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.236076  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0393  ribonuclease  66.1 
 
 		 1092 aa  552  1e-156  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2149  RNAse E  64.08 
 
 		 889 aa  554  1e-156  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4204  ribonuclease E  64.11 
 
 		 1070 aa  554  1e-156  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3659  ribonuclease  64.78 
 
 		 1049 aa  553  1e-156  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4649  ribonuclease  62.8 
 
 		 1043 aa  553  1e-156  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.332201 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3009  ribonuclease  62.26 
 
 		 1060 aa  550  1e-155  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00611074  normal  0.333184 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1296  ribonuclease E  63.9 
 
 		 890 aa  552  1e-155  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.17459  normal  0.956429 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3952  ribonuclease, Rne/Rng family  64.78 
 
 		 1046 aa  552  1e-155  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0825957  normal  0.60191 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2854  ribonuclease  62.26 
 
 		 1029 aa  548  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.541303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0729  ribonuclease, Rne/Rng family  62.38 
 
 		 1080 aa  544  1e-153  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.410807 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0388  ribonuclease  61.45 
 
 		 906 aa  542  9.999999999999999e-153  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2318  ribonuclease E  62.86 
 
 		 935 aa  535  1e-150  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0589  ribonuclease, Rne/Rng family  58.82 
 
 		 1009 aa  533  1e-150  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000676969 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3172  ribonuclease  63.3 
 
 		 881 aa  533  1e-150  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0592866  normal  0.271417 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3848  RNAse E  64.91 
 
 		 880 aa  533  1e-150  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2572  ribonuclease  61.65 
 
 		 905 aa  524  1e-147  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.27752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1776  ribonuclease E  52.06 
 
 		 984 aa  431  1e-119  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000943072  decreased coverage  0.00020345 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1619  RNAse E  52.11 
 
 		 968 aa  426  1e-117  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000868095  normal  0.696665 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1242  ribonuclease  51.13 
 
 		 928 aa  418  9.999999999999999e-116  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1190  ribonuclease, Rne/Rng family  49.32 
 
 		 938 aa  417  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.048961  normal  0.116022 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1592  ribonuclease E  48.16 
 
 		 1175 aa  415  1e-114  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.690225  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25560  ribonuclease E  50.86 
 
 		 1057 aa  413  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0583784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1353  ribonuclease E  52 
 
 		 938 aa  414  1e-114  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.000765938  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3841  ribonuclease, Rne/Rng family protein  50.62 
 
 		 1128 aa  412  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.87898  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2304  ribonuclease  47.84 
 
 		 1071 aa  413  1e-113  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14810  Ribonuclease E  50.37 
 
 		 1139 aa  412  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1619  RNAse E  50.62 
 
 		 1012 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0118741  normal  0.382079 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1516  ribonuclease  51.11 
 
 		 1072 aa  409  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00855049  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1905  ribonuclease, Rne/Rng family  51.36 
 
 		 1091 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.879394  unclonable  0.000000947805 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1638  ribonuclease E and G  50.37 
 
 		 1120 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.664118 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1481  ribonuclease  51.36 
 
 		 1086 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00984617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2185  ribonuclease E  50.86 
 
 		 1073 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0610467  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1430  ribonuclease E  49.5 
 
 		 1073 aa  407  1.0000000000000001e-112  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.260181 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2005  ribonuclease E  50.87 
 
 		 870 aa  404  1e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1564  RNAse E  50.37 
 
 		 873 aa  403  1e-111  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.270508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3809  ribonuclease  51.36 
 
 		 1090 aa  405  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000518974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1064  ribonuclease  49.13 
 
 		 977 aa  404  1e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.973146  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1321  ribonuclease E  49.26 
 
 		 904 aa  406  1e-111  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0034947  normal  0.881501 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1876  ribonuclease  49.63 
 
 		 1056 aa  406  1e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166122  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1040  ribonuclease E protein  48.76 
 
 		 1014 aa  402  9.999999999999999e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.120307  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1378  ribonuclease, Rne/Rng family  50.12 
 
 		 1074 aa  401  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.282937  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02342  RNase E  50.37 
 
 		 1131 aa  402  9.999999999999999e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.596666  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2275  RNAse E  49.26 
 
 		 1042 aa  401  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896581  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01517  ribonuclease E  49.25 
 
 		 1238 aa  400  9.999999999999999e-111  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3086  ribonuclease  50.62 
 
 		 1076 aa  402  9.999999999999999e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2176  ribonuclease E  49 
 
 		 1132 aa  401  9.999999999999999e-111  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3660  ribonuclease E  50.62 
 
 		 1041 aa  401  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1062  ribonuclease E  46.39 
 
 		 1096 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.00000580995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2302  ribonuclease  48.51 
 
 		 1102 aa  403  9.999999999999999e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.275092  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2405  RNAse E  49.01 
 
 		 1093 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.133315  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0818  ribonuclease  46.61 
 
 		 1092 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00158382  normal  0.513461 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1490  ribonuclease, Rne/Rng family protein  49.26 
 
 		 1124 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.326409  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2567  RNAse E  49.01 
 
 		 1098 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0970  ribonuclease, Rne/Rng family  49.01 
 
 		 1008 aa  399  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.100697 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2785  ribonuclease E  49.5 
 
 		 1088 aa  399  1e-109  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2208  ribonuclease, Rne/Rng family protein  48.07 
 
 		 1065 aa  397  1e-109  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.162702 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2922  ribonuclease, Rne/Rng family  46.39 
 
 		 1097 aa  398  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000705961  normal  0.54344 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2088  ribonuclease  49 
 
 		 1132 aa  399  1e-109  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2436  ribonuclease, Rne/Rng family  47 
 
 		 1061 aa  397  1e-109  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4223  ribonuclease E  48.52 
 
 		 1053 aa  397  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0991  ribonuclease  45.73 
 
 		 1059 aa  397  1e-109  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.19075  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0905  ribonuclease, Rne/Rng family  49.01 
 
 		 1011 aa  398  1e-109  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0755598  normal  0.0613595 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1720  ribonuclease  50.37 
 
 		 1007 aa  399  1e-109  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0656  ribonuclease E  47.23 
 
 		 998 aa  397  1e-109  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.59395 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2440  RNAse E  49.01 
 
 		 1037 aa  398  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2678  ribonuclease, Rne/Rng family  50.25 
 
 		 1091 aa  398  1e-109  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.438529  normal  0.174133 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2504  ribonuclease  48.14 
 
 		 1084 aa  396  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2475  RNAse E  49.01 
 
 		 1095 aa  397  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.350754  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1750  ribonuclease  48.51 
 
 		 1158 aa  396  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00127119  normal  0.447333 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4788  ribonuclease  50.37 
 
 		 1038 aa  395  1e-108  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.870424  normal  0.38307 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1814  ribonuclease E  48.52 
 
 		 1087 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0112079  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2918  ribonuclease E  48.52 
 
 		 1085 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000100731  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1710  ribonuclease  48.51 
 
 		 1144 aa  395  1e-108  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000580294  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2802  ribonuclease E  48.52 
 
 		 1088 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000361809  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1707  ribonuclease E  48.77 
 
 		 1068 aa  396  1e-108  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000337375  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2634  ribonuclease  48.39 
 
 		 1201 aa  396  1e-108  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0740113  hitchhiker  0.00367459 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2491  ribonuclease E  48.52 
 
 		 1090 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000172006  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>