More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0018 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011059  Paes_0019  ribonuclease, Rne/Rng family  81.37 
 
 		 551 aa  906    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.000000201428  unclonable  0.00000166802 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0012  ribonuclease E and G  84.7 
 
 		 570 aa  968    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00000376513  normal  0.207191 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1989  ribonuclease E and G  84.06 
 
 		 568 aa  972    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0018  ribonuclease, Rne/Rng family  100 
 
 		 566 aa  1160    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0025  ribonuclease, Rne/Rng family  87.46 
 
 		 562 aa  993    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0274691  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0019  ribonuclease, Rne/Rng family  82.14 
 
 		 570 aa  900    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000156089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0040  ribonuclease  86.49 
 
 		 565 aa  986    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4433  ribonuclease, Rne/Rng family  38.55 
 
 		 520 aa  375  1e-102  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.320456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0126  ribonuclease, Rne/Rng family  36.96 
 
 		 516 aa  368  1e-100  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3689  ribonuclease G  38.57 
 
 		 535 aa  365  1e-99  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1256  ribonuclease  38.33 
 
 		 504 aa  362  8e-99  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5979  ribonuclease, Rne/Rng family  37.09 
 
 		 520 aa  359  6e-98  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.62206  normal  0.425632 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0940  ribonuclease, Rne/Rng family  38.62 
 
 		 516 aa  350  6e-95  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0153  Rne/Rng family ribonuclease  36.66 
 
 		 516 aa  340  5e-92  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1532  ribonuclease  35.78 
 
 		 543 aa  331  2e-89  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0207  ribonuclease, Rne/Rng family  45.19 
 
 		 604 aa  328  2.0000000000000001e-88  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.295095  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2584  RNase EG  35.85 
 
 		 503 aa  318  2e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000677215  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5498  ribonuclease, Rne/Rng family  34 
 
 		 543 aa  307  3e-82  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1319  ribonuclease, Rne/Rng family  35.53 
 
 		 494 aa  306  5.0000000000000004e-82  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.199233  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0159  ribonuclease, Rne/Rng family  36.91 
 
 		 496 aa  306  9.000000000000001e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.125882  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0142  ribonuclease, Rne/Rng family  36.52 
 
 		 496 aa  303  7.000000000000001e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1609  ribonuclease  37.65 
 
 		 530 aa  303  7.000000000000001e-81  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0301  ribonuclease  36.72 
 
 		 503 aa  301  3e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000158312  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0098  ribonuclease  36.76 
 
 		 517 aa  298  2e-79  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2567  ribonuclease, Rne/Rng family  34.36 
 
 		 496 aa  296  7e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.894494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2954  ribonuclease, Rne/Rng family  34.36 
 
 		 496 aa  296  7e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3239  ribonuclease G  36.7 
 
 		 531 aa  296  1e-78  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0328342  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0193  ribonuclease G  31.52 
 
 		 512 aa  292  9e-78  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0692985  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0541  ribonuclease, Rne/Rng family  33.87 
 
 		 515 aa  291  2e-77  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.353694 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0409  ribonuclease G  36.23 
 
 		 492 aa  288  2e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.416814  normal  0.138989 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1478  ribonuclease, Rne/Rng family  38.35 
 
 		 514 aa  287  4e-76  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0293  ribonuclease  31.58 
 
 		 525 aa  287  4e-76  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.806151 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2536  ribonuclease  34.15 
 
 		 559 aa  286  5.999999999999999e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00011944  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0469  ribonuclease, Rne/Rng family  36.33 
 
 		 503 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.108374  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02680  Ribonuclease G  37.94 
 
 		 516 aa  282  1e-74  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0357  ribonuclease, Rne/Rng family  32.79 
 
 		 537 aa  280  4e-74  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.308684  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3192  ribonuclease G  36.13 
 
 		 500 aa  280  7e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000845474  hitchhiker  1.74098e-16 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0158  ribonuclease G  35.26 
 
 		 497 aa  279  1e-73  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0350  ribonuclease  36.33 
 
 		 507 aa  279  1e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000520175  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0187  ribonuclease G  33.02 
 
 		 487 aa  276  5e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1467  ribonuclease  38.02 
 
 		 1031 aa  276  7e-73  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00760754  normal  0.972482 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1256  ribonuclease  35.5 
 
 		 792 aa  273  7e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000740438  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0409  ribonuclease  33.27 
 
 		 497 aa  272  1e-71  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.748202  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0470  ribonuclease G (cytoplasmic axial filament protein)  33.27 
 
 		 497 aa  271  2e-71  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0285908  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002387  cytoplasmic axial filament protein CafA and Ribonuclease G  33.21 
 
 		 489 aa  271  2.9999999999999997e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03681  ribonuclease G  33.4 
 
 		 489 aa  269  8.999999999999999e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0556  ribonuclease G  33.14 
 
 		 562 aa  268  1e-70  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0770  ribonuclease, Rne/Rng family  32.49 
 
 		 457 aa  269  1e-70  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.175551  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0908  ribonuclease Rne/Rng domain-containing protein  30.16 
 
 		 891 aa  268  2.9999999999999995e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.0000577362  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0912  ribonuclease Rne/Rng domain-containing protein  29.9 
 
 		 922 aa  265  1e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.00607829  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0487  RNAse G  33.13 
 
 		 528 aa  265  2e-69  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.258598  normal  0.0128564 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2131  RNAse E  31.52 
 
 		 936 aa  264  3e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.162164  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0806  ribonuclease  31.52 
 
 		 890 aa  264  3e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0942815  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3326  ribonuclease, Rne/Rng family  33.47 
 
 		 564 aa  263  6e-69  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0731  ribonuclease, Rne/Rng family  38.55 
 
 		 860 aa  263  8e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.767786  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0732  ribonuclease, Rne/Rng family  38.55 
 
 		 844 aa  263  8.999999999999999e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2149  RNAse E  33.2 
 
 		 889 aa  262  1e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1776  ribonuclease E  31.15 
 
 		 984 aa  262  1e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000943072  decreased coverage  0.00020345 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3267  ribonuclease G  31.26 
 
 		 489 aa  261  2e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0716  ribonuclease  30.56 
 
 		 869 aa  261  2e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.198515  normal  0.695847 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2439  ribonuclease  36.66 
 
 		 499 aa  261  2e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0019704  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0482  ribonuclease  33.13 
 
 		 528 aa  261  3e-68  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000399886  normal  0.164924 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2071  ribonuclease  31.06 
 
 		 489 aa  259  6e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.446321  normal  0.265186 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3013  ribonuclease  34.17 
 
 		 866 aa  259  6e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000305018  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1294  ribonuclease, Rne/Rng family  31.26 
 
 		 489 aa  259  7e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.229063  normal  0.0967279 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2690  ribonuclease, Rne/Rng family  32.67 
 
 		 508 aa  259  7e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.251844  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0738  ribonuclease  37.3 
 
 		 740 aa  259  8e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0696  ribonuclease G  38.31 
 
 		 868 aa  259  9e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3278  ribonuclease  33.53 
 
 		 863 aa  257  4e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.027998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1564  RNAse E  32.35 
 
 		 873 aa  256  7e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.270508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1242  ribonuclease  33.06 
 
 		 928 aa  256  8e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0755  ribonuclease G  41.1 
 
 		 702 aa  256  8e-67  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6047  ribonuclease, Rne/Rng family  36.12 
 
 		 1045 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0487  ribonuclease G  32.65 
 
 		 489 aa  254  2.0000000000000002e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0311265  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0407  ribonuclease G  33.85 
 
 		 500 aa  254  3e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.52955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2724  ribonuclease  33.88 
 
 		 493 aa  253  5.000000000000001e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.590844  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00268  ribonuclease G  31.93 
 
 		 488 aa  253  6e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0756  ribonuclease, Rne/Rng family  32.56 
 
 		 741 aa  253  8.000000000000001e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000069675  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2302  ribonuclease  35.93 
 
 		 1102 aa  251  2e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.275092  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1975  ribonuclease G  31.02 
 
 		 501 aa  251  3e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.767333  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0393  ribonuclease  35.58 
 
 		 1092 aa  251  3e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1296  ribonuclease E  32.93 
 
 		 890 aa  251  3e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.17459  normal  0.956429 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0528  ribonuclease  34.17 
 
 		 506 aa  251  3e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0557829  normal  0.0741162 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4668  ribonuclease  37.2 
 
 		 1080 aa  250  4e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.156996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3527  ribonuclease  32.7 
 
 		 515 aa  250  5e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.255196  normal  0.0164409 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2785  ribonuclease E  36.02 
 
 		 1088 aa  250  5e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2728  ribonuclease, Rne/Rng family  37.24 
 
 		 1053 aa  250  5e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.236076  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1592  ribonuclease E  38.76 
 
 		 1175 aa  250  6e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.690225  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2838  ribonuclease G  32.26 
 
 		 489 aa  249  8e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.201847  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1914  ribonuclease G  32.31 
 
 		 495 aa  249  9e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.105978  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2244  ribonuclease E  31.46 
 
 		 663 aa  249  1e-64  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2216  ribonuclease E  31.46 
 
 		 663 aa  249  1e-64  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0578  ribonuclease G  32.39 
 
 		 502 aa  249  1e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.4987  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1200  ribonuclease, Rne/Rng family  35.06 
 
 		 496 aa  249  1e-64  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2475  RNAse E  35.77 
 
 		 1095 aa  249  1e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.350754  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1490  ribonuclease, Rne/Rng family protein  35.15 
 
 		 1124 aa  248  1e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.326409  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3349  ribonuclease, Rne/Rng family  33.55 
 
 		 490 aa  249  1e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1735  ribonuclease  30.96 
 
 		 499 aa  248  2e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.776298 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2082  ribonuclease  31.98 
 
 		 491 aa  248  2e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0471  ribonuclease G  32.43 
 
 		 502 aa  248  2e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>