More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4125 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_4125  cytochrome c, class I  100 
 
 		 202 aa  412  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1265  cytochrome c, class I  66.84 
 
 		 205 aa  246  1e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.891091 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4324  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  51.28 
 
 		 202 aa  184  8e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.753936  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02321  hypothetical protein  50 
 
 		 203 aa  171  5.999999999999999e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0244328  normal  0.13211 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2127  cytochrome c class I  50 
 
 		 202 aa  165  5e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.169346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4625  cytochrome c class I  45.88 
 
 		 197 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.887243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1620  outer membrane nitrite reductase, putative  40.82 
 
 		 189 aa  125  3e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.704464  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1432  cytochrome c, class I  36.22 
 
 		 217 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.632156  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0246  cytochrome c class I  51.35 
 
 		 251 aa  105  4e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0520  putative anaerobically induced outer membrane protein  45.54 
 
 		 520 aa  103  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2107  nitrite reductase, copper-containing  45.54 
 
 		 520 aa  103  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2012  nitrite reductase, copper-containing  45.54 
 
 		 516 aa  103  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.220926  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0755  putative outer membrane nitrite reductase  44.55 
 
 		 520 aa  102  4e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0721126  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0703  putative outer membrane nitrite reductase  44.55 
 
 		 520 aa  102  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0593  putative outer membrane nitrite reductase  44.55 
 
 		 520 aa  102  4e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1658  putative outer membrane nitrite reductase  44.55 
 
 		 520 aa  102  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.179147  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0881  mulitcopper oxidase domain-containing protein  44.55 
 
 		 516 aa  102  5e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208672  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0810  cytochrome c, class I  41.41 
 
 		 158 aa  101  6e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4896  cytochrome c class I  43.16 
 
 		 142 aa  98.6  6e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03038  major anaerobically induced outer membrane transmembrane protein  40.16 
 
 		 510 aa  97.8  9e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.490138  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4128  nitrite reductase, copper-containing  40 
 
 		 499 aa  97.8  9e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4015  nitrite reductase, copper-containing  40 
 
 		 499 aa  97.8  9e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0473  cytochrome c class I  37.8 
 
 		 268 aa  97.4  1e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3926  cytochrome c family protein  34.15 
 
 		 222 aa  96.7  2e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.426515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1369  cytochrome c class I  36.04 
 
 		 161 aa  95.9  4e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2418  nitrite reductase, copper-containing  39.6 
 
 		 479 aa  95.1  5e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2783  cytochrome c class I  43 
 
 		 151 aa  94.4  1e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.796513  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3966  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  36.88 
 
 		 601 aa  93.6  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2442  NHL repeat containing protein  33.33 
 
 		 577 aa  91.3  9e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0106112  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1563  cytochrome c class I  40.68 
 
 		 147 aa  90.1  2e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0450  cytochrome c class I  32.81 
 
 		 149 aa  88.6  6e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0314  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  48.91 
 
 		 421 aa  86.3  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659537  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3348  cytochrome c class I  39.36 
 
 		 587 aa  84.3  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.123322  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3648  cytochrome c class I  39.36 
 
 		 147 aa  83.2  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00073069  normal  0.303937 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1925  cytochrome c class I  47.06 
 
 		 146 aa  83.6  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.379147  hitchhiker  0.000000158454 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2872  cytochrome c class I  36.94 
 
 		 159 aa  81.3  0.000000000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1262  membrane-bound dehydrogenase domain protein  37.7 
 
 		 1068 aa  80.9  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.261876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3985  membrane-bound dehydrogenase domain protein  34.45 
 
 		 852 aa  80.5  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.188405  normal  0.0691409 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2717  cytochrome c oxidase, subunit II  48.35 
 
 		 523 aa  80.5  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.977219  normal  0.293993 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1926  cytochrome c class I  35.29 
 
 		 150 aa  79.7  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000015189 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0261  cytochrome c oxidase subunit II  45.65 
 
 		 422 aa  80.1  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.814908 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3907  cytochrome c oxidase, subunit II  45.71 
 
 		 390 aa  79.3  0.00000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2449  membrane-bound dehydrogenase domain protein  32.43 
 
 		 762 aa  77.4  0.0000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.896022 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1674  cytochrome c oxidase, subunit II  39.82 
 
 		 380 aa  77.4  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4392  cytochrome c oxidase, subunit II  44.09 
 
 		 392 aa  77.8  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2764  cytochrome c oxidase, subunit II  38.76 
 
 		 535 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.802533  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4716  membrane-bound dehydrogenase domain protein  37.84 
 
 		 759 aa  76.3  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0863725  normal  0.0139154 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2902  cytochrome c oxidase, subunit II  38.76 
 
 		 535 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0251  cytochrome c class I  42.17 
 
 		 274 aa  75.9  0.0000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1380  cytochrome c oxidase, subunit II  45.16 
 
 		 389 aa  75.1  0.0000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.459391  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1519  nitrite reductase, copper-containing  34.65 
 
 		 481 aa  75.5  0.0000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0037  cytochrome c class I  39.81 
 
 		 153 aa  74.7  0.0000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.113855  normal  0.0169208 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0878  cytochrome c oxidase, subunit II  43.69 
 
 		 401 aa  74.7  0.0000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2860  cytochrome c oxidase, subunit II  43.01 
 
 		 389 aa  74.3  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.699909  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0456  cytochrome c oxidase, subunit II  39.02 
 
 		 532 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2847  cytochrome c oxidase, subunit II  44.83 
 
 		 532 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3537  cytochrome c oxidase, subunit II  43.01 
 
 		 389 aa  74.3  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0700115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1680  cytochrome c oxidase, subunit II  41.94 
 
 		 402 aa  73.9  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.450721  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4245  cytochrome c, class I  34.27 
 
 		 391 aa  74.3  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2233  cytochrome c oxidase, subunit II  44.83 
 
 		 532 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.247804  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2858  cytochrome c oxidase, subunit II  44.83 
 
 		 532 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.760436 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04013  Cytochrome c oxidase, subunit II  41.3 
 
 		 387 aa  73.9  0.000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.94805  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06272  cytochrome c oxidase, subunit II  40.66 
 
 		 405 aa  73.6  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6176  cytochrome c oxidase, subunit II  44.83 
 
 		 531 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.678657 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3181  putative cytochrome C oxidase polypeptide II precursor  41.94 
 
 		 398 aa  73.6  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.8149  normal  0.584186 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0403  membrane-bound dehydrogenase domain protein  31.5 
 
 		 773 aa  73.9  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.572265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1245  cytochrome c oxidase, subunit II  43.01 
 
 		 400 aa  73.2  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.731852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0178  cytochrome c oxidase, subunit II  43.96 
 
 		 513 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0125  cytochrome c oxidase, subunit II  42.86 
 
 		 521 aa  72.4  0.000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3818  cytochrome c oxidase, subunit II  43.01 
 
 		 388 aa  72.4  0.000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.198752 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1940  cytochrome c oxidase, subunit II  44.09 
 
 		 385 aa  72.4  0.000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0684443  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3607  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.45 
 
 		 450 aa  72  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1300  cytochrome c class I  34.48 
 
 		 139 aa  72  0.000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.793758 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4201  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.14 
 
 		 444 aa  71.6  0.000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0553584  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1777  cytochrome c oxidase, subunit II  38.89 
 
 		 377 aa  71.2  0.000000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.302976  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0561  cytochrome c class I  36.8 
 
 		 157 aa  71.2  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0325  cytochrome c oxidase subunit II  41.76 
 
 		 382 aa  70.9  0.00000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0125401 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0183  cytochrome c oxidase, subunit II  38.89 
 
 		 377 aa  71.2  0.00000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000324421  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4468  cytochrome c, class I  37.5 
 
 		 166 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0258  cytochrome c oxidase, subunit II  42.39 
 
 		 528 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0237  cytochrome c oxidase, subunit II  45.05 
 
 		 418 aa  70.5  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0206186 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0218  cytochrome c oxidase, subunit II  45.05 
 
 		 418 aa  70.5  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.468069  normal  0.633646 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1565  cytochrome c class I  35.11 
 
 		 152 aa  70.5  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.636901  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3778  cytochrome C oxidase mono-heme subunit/FixO  34.97 
 
 		 331 aa  70.1  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000025315  hitchhiker  0.00577808 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2214  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.3 
 
 		 689 aa  70.5  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143053  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0043  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.24 
 
 		 575 aa  70.1  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3483  cytochrome c oxidase, subunit II  39.29 
 
 		 520 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.243767 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4993  cytochrome c class I  37.5 
 
 		 166 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0594408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1599  cytochrome c, class I  35.14 
 
 		 438 aa  70.1  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.050865  normal  0.778619 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1038  cytochrome c oxidase, subunit II  43.96 
 
 		 388 aa  70.5  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4246  cytochrome c oxidase, subunit II  39.13 
 
 		 384 aa  70.1  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5206  cytochrome c class I  35.63 
 
 		 145 aa  70.1  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0772  putative oxidoreductase dehydrogenase (cytochrome C subunit) signal peptide protein  40.19 
 
 		 429 aa  69.3  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.456552  hitchhiker  0.00960965 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4366  cytochrome c, class I  40.95 
 
 		 156 aa  69.3  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.726354  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4984  membrane-bound dehydrogenase domain protein  36.07 
 
 		 1055 aa  69.7  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.380222 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001445  cytochrome c oxidase polypeptide II  39.56 
 
 		 356 aa  69.3  0.00000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.633895  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0122  cytochrome c oxidase, subunit II  39.56 
 
 		 375 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4076  cytochrome c, class I  41.86 
 
 		 151 aa  68.9  0.00000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4806  cytochrome c class I  33.71 
 
 		 136 aa  68.6  0.00000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.167135  normal  0.0495406 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0079  cytochrome c oxidase, subunit II  38.46 
 
 		 375 aa  68.6  0.00000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>