More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2625 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A2309  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  56.69 
 
 		 666 aa  740    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2625  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 657 aa  1326    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.980205  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2786  TonB-dependent receptor  57.34 
 
 		 644 aa  717    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.934768  normal  0.0544871 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2666  TonB-dependent receptor  45.85 
 
 		 638 aa  549  1e-155  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0628  TonB-dependent receptor  30.89 
 
 		 688 aa  237  5.0000000000000005e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4030  TonB-dependent receptor:Lipocalin  28.14 
 
 		 713 aa  197  3e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4681  TonB-dependent receptor  29.09 
 
 		 704 aa  184  3e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0656736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4390  TonB-dependent receptor  28.79 
 
 		 704 aa  177  5e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3559  TonB-dependent receptor  26.89 
 
 		 665 aa  165  3e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00145171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2990  TonB-dependent receptor  27.07 
 
 		 656 aa  159  2e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235083  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2631  TonB-dependent receptor domain-containing protein  27.56 
 
 		 646 aa  157  7e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.221793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0663  TonB-dependent receptor  27.69 
 
 		 652 aa  155  2e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.136044  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3644  TonB-dependent receptor  27.55 
 
 		 653 aa  154  4e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.388894  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0729  TonB-dependent receptor, plug  26 
 
 		 656 aa  154  4e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000181168  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3472  TonB-dependent siderophore receptor  27.14 
 
 		 653 aa  154  4e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0503687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3767  TonB-dependent receptor  26.7 
 
 		 653 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0651  TonB-dependent siderophore receptor  27.45 
 
 		 653 aa  152  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.68611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3176  TonB-dependent siderophore receptor  26.11 
 
 		 653 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3302  TonB-dependent siderophore receptor  27.29 
 
 		 653 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00384842  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3576  TonB-dependent receptor  26.88 
 
 		 653 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313951  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0815  TonB-dependent receptor domain-containing protein  25.66 
 
 		 653 aa  143  8e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0824  TonB-dependent receptor, plug  25.86 
 
 		 659 aa  138  4e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0651  tonB-dependent receptor  24.62 
 
 		 656 aa  132  2.0000000000000002e-29  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0646495  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  27.56 
 
 		 1023 aa  114  4.0000000000000004e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1968  TonB-dependent heme receptor  25.48 
 
 		 690 aa  112  2.0000000000000002e-23  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1804  TonB-dependent receptor  26.5 
 
 		 683 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0894155  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4646  TonB-dependent siderophore receptor  23.71 
 
 		 708 aa  110  6e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  25.04 
 
 		 675 aa  110  9.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0582  TonB-dependent receptor plug  24.02 
 
 		 664 aa  108  2e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000848459  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47800  putative tonB-dependent receptor  28 
 
 		 616 aa  107  9e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  26.61 
 
 		 742 aa  104  4e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  23.49 
 
 		 715 aa  103  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5169  TonB-dependent siderophore receptor  24.61 
 
 		 723 aa  103  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4119  TonB-dependent vitamin B12 receptor  28.17 
 
 		 616 aa  102  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4866  TonB-dependent receptor  27.21 
 
 		 731 aa  101  4e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5806  ferric citrate outer membrane transporter  23.17 
 
 		 731 aa  100  6e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3133  TonB-dependent siderophore receptor  23.68 
 
 		 776 aa  100  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.989614  normal  0.593866 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1853  TonB-dependent receptor  26.23 
 
 		 721 aa  99.4  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0571  TonB-dependent receptor plug  25.99 
 
 		 628 aa  98.2  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.487741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1426  TonB-dependent receptor  25.21 
 
 		 720 aa  97.4  7e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.51849  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02166  TonB-dependent outer membrane Receptor  24.96 
 
 		 619 aa  95.5  2e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0118  TonB-dependent receptor  22.98 
 
 		 633 aa  95.1  4e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2662  TonB system receptor  24.82 
 
 		 680 aa  94.7  4e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0618091  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21730  putative TonB-dependent receptor  25.74 
 
 		 721 aa  94  7e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  23.74 
 
 		 706 aa  93.6  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  23.74 
 
 		 706 aa  93.2  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  23.74 
 
 		 706 aa  93.6  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1601  TonB-dependent heme receptor  24.05 
 
 		 702 aa  93.2  2e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  23.6 
 
 		 706 aa  92.8  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  23.6 
 
 		 721 aa  92  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13430  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  23.15 
 
 		 784 aa  91.7  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0635  TonB-dependent receptor, plug  33.67 
 
 		 706 aa  91.7  4e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  25.07 
 
 		 681 aa  91.3  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4787  TonB-dependent siderophore receptor  23.06 
 
 		 696 aa  91.3  5e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0897  TonB-dependent siderophore receptor  23.38 
 
 		 809 aa  91.3  5e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.448435  normal  0.28892 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4311  TonB-dependent siderophore receptor  24.45 
 
 		 809 aa  90.9  6e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0939329 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  27.35 
 
 		 614 aa  90.9  6e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0867  FecA-like outer membrane receptor  23.38 
 
 		 809 aa  90.9  8e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.272294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0911  TonB-dependent siderophore receptor  23.25 
 
 		 809 aa  90.1  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.11228 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2308  TonB-dependent siderophore receptor  24.29 
 
 		 693 aa  90.5  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00270239  normal  0.034674 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0283  TonB-dependent siderophore receptor  22.97 
 
 		 689 aa  89.7  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  24.07 
 
 		 618 aa  89.4  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  26.86 
 
 		 602 aa  89.4  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1204  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  23.15 
 
 		 784 aa  89.4  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.814963  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0722  TonB-dependent siderophore receptor  25.11 
 
 		 675 aa  88.6  3e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.534189 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  24.51 
 
 		 726 aa  88.2  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1760  TonB-dependent heme receptor  22.78 
 
 		 664 aa  88.2  5e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0217  TonB-dependent siderophore receptor  23.32 
 
 		 850 aa  87.8  6e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1502  TonB-dependent receptor  24.41 
 
 		 613 aa  87.8  6e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  23.88 
 
 		 688 aa  87.4  7e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  26.37 
 
 		 694 aa  87.4  8e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0654  TonB-dependent receptor  25.75 
 
 		 638 aa  86.3  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.561107  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2068  TonB-dependent siderophore receptor  23.05 
 
 		 722 aa  86.7  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.500479  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  25.65 
 
 		 639 aa  86.3  0.000000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3895  TonB-dependent siderophore receptor  23.64 
 
 		 753 aa  86.3  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.495237  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3142  TonB-dependent siderophore receptor  22.51 
 
 		 688 aa  85.9  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3738  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 665 aa  85.5  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.430842  normal  0.0543439 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0094  TonB-dependent receptor  25.89 
 
 		 678 aa  85.1  0.000000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0917922  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4347  TonB-dependent receptor  23.97 
 
 		 642 aa  84.7  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1859  TonB-dependent receptor plug  33.33 
 
 		 686 aa  84.7  0.000000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000014407  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1038  TonB-dependent siderophore receptor  21.93 
 
 		 782 aa  84.3  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0102  TonB-dependent siderophore receptor  22.65 
 
 		 795 aa  84.3  0.000000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1826  TonB-dependent receptor  24.67 
 
 		 723 aa  84  0.000000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0185611 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4173  TonB-dependent receptor  23.68 
 
 		 638 aa  83.6  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.422037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0936  TonB-dependent receptor  30.49 
 
 		 715 aa  83.2  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.613823  hitchhiker  0.00136124 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4120  enterobactin receptor protein  22.68 
 
 		 666 aa  83.2  0.00000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000897059  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3730  TonB-dependent receptor  25.73 
 
 		 637 aa  83.2  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0159073  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2744  TonB-dependent receptor  33.12 
 
 		 701 aa  83.6  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0267  TonB-dependent siderophore receptor  22.86 
 
 		 689 aa  83.2  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0216741 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2795  TonB-dependent receptor  23.55 
 
 		 701 aa  82.8  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7042  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  23.21 
 
 		 689 aa  82.4  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2171  TonB-dependent receptor  23.57 
 
 		 649 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4241  enterobactin receptor protein  22.68 
 
 		 666 aa  82  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112255  hitchhiker  0.000515179 
 
 
-
 
NC_003296  RS03023  putative ferrisiderophore receptor protein  24.3 
 
 		 703 aa  81.6  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.269425 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5807  ferric citrate outer membrane transporter  22.11 
 
 		 717 aa  81.6  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001068  vibrioferrin receptor PvuA  22.22 
 
 		 712 aa  81.6  0.00000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6317  TonB-dependent siderophore receptor  23.7 
 
 		 701 aa  81.3  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585153  normal  0.21494 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5008  TonB-dependent receptor  24.37 
 
 		 627 aa  81.3  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.877838 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0219  enterobactin receptor protein  22.54 
 
 		 666 aa  81.3  0.00000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0246836  normal  0.0975103 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0217  enterobactin receptor protein  22.38 
 
 		 666 aa  80.9  0.00000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000171736  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>