190 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3569 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_4133  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  50.98 
 
 		 870 aa  789    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4254  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  85.47 
 
 		 868 aa  1471    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0797101  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2091  hypothetical protein  51.04 
 
 		 1079 aa  756    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0109662  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4905  hypothetical protein  49.94 
 
 		 877 aa  729    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35717  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2265  hypothetical protein  71.86 
 
 		 887 aa  1212    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.192256 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1479  hypothetical protein  51.15 
 
 		 969 aa  757    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.756433  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0022  RND efflux transporter  50.17 
 
 		 877 aa  711    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4559  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  50.11 
 
 		 877 aa  754    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.151597 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2350  hypothetical protein  51.27 
 
 		 877 aa  746    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1730  hypothetical protein  88.81 
 
 		 868 aa  1465    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.047499 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1727  hypothetical protein  77.42 
 
 		 862 aa  1289    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0492721 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0015  hypothetical protein  50.46 
 
 		 871 aa  776    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.676074 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6341  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  48.05 
 
 		 882 aa  720    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.432737  decreased coverage  0.00194577 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3569  hypothetical protein  100 
 
 		 868 aa  1723    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2678  hypothetical protein  71.86 
 
 		 872 aa  1194    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4166  putative transporter  49.08 
 
 		 908 aa  757    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.90663  normal  0.139004 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5183  RND efflux transporter  50.06 
 
 		 877 aa  751    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3657  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  46.47 
 
 		 882 aa  701    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.605941  normal  0.0965293 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7156  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  47.55 
 
 		 882 aa  734    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3767  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  46.72 
 
 		 882 aa  705    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.919255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3159  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  50.99 
 
 		 887 aa  823    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.457417  normal  0.706665 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5501  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  51.1 
 
 		 877 aa  758    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.921684  normal  0.0209878 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4948  RND efflux transporter  50.87 
 
 		 877 aa  755    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0737697 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5676  RND efflux transporter  50.06 
 
 		 877 aa  751    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293298 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1119  hypothetical protein  51.04 
 
 		 1083 aa  756    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.143143  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0970  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  45.37 
 
 		 895 aa  669    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1399  hypothetical protein  51.04 
 
 		 877 aa  756    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.604121  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3264  hypothetical protein  51.15 
 
 		 877 aa  758    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3151  hypothetical protein  51.15 
 
 		 877 aa  758    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2383  hypothetical protein  51.04 
 
 		 877 aa  756    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2973  putative protein export membrane protein  72.27 
 
 		 862 aa  1244    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.228418  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3246  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  52.07 
 
 		 882 aa  802    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.689074 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3184  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  50.06 
 
 		 877 aa  773    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.621272  normal  0.134423 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7033  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  49.88 
 
 		 871 aa  779    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.642403  decreased coverage  0.0000000105164 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3458  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  49.22 
 
 		 669 aa  597  1e-169  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.677236  normal  0.520256 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1862  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  38.68 
 
 		 864 aa  513  1e-144  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20740  hypothetical protein  38.08 
 
 		 864 aa  432  1e-120  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.751381  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1044  RND efflux transporter  36.9 
 
 		 858 aa  421  1e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2758  hypothetical protein  33.83 
 
 		 901 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.829629  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0057  hypothetical protein  35.99 
 
 		 889 aa  409  1.0000000000000001e-112  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2558  hypothetical protein  32.83 
 
 		 890 aa  400  9.999999999999999e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.808467  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1747  hypothetical protein  32.7 
 
 		 901 aa  390  1e-107  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.162879  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1777  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  34.61 
 
 		 900 aa  390  1e-107  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2118  hypothetical protein  34.61 
 
 		 879 aa  390  1e-107  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0810  hypothetical protein  33.84 
 
 		 884 aa  374  1e-102  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.059286  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1652  hypothetical protein  31.32 
 
 		 767 aa  286  1.0000000000000001e-75  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.485028  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2575  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  27.73 
 
 		 886 aa  268  2.9999999999999995e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000305046  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2819  putative rRNA methylase  26.96 
 
 		 1128 aa  262  2e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000245096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1642  putative rRNA methylase  26.64 
 
 		 892 aa  256  2.0000000000000002e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0106541  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0886  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  26.83 
 
 		 883 aa  234  4.0000000000000004e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.34494e-16 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3359  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  26.83 
 
 		 883 aa  231  5e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000128558  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0689  SecD/SecF family protein export membrane protein  28.03 
 
 		 899 aa  223  8e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0944468  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1021  RND efflux transporter  25.2 
 
 		 920 aa  219  1e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000753999  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3175  SecD/SecF family protein export membrane protein  26.04 
 
 		 910 aa  211  4e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2082  RND superfamily exporter  25.54 
 
 		 893 aa  190  1e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3117  putative rRNA methylase  25.33 
 
 		 972 aa  174  9e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0109517  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3348  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  23.24 
 
 		 1045 aa  152  3e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1013  hypothetical protein  25.54 
 
 		 906 aa  120  9.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2739  hypothetical protein  29.48 
 
 		 845 aa  81.6  0.00000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0823  exporter of the RND superfamily protein-like protein  20.78 
 
 		 798 aa  70.5  0.0000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.526995  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1695  exporter of the RND superfamily protein-like protein  23.09 
 
 		 782 aa  69.7  0.0000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4274  exporters of the RND superfamily  26.18 
 
 		 846 aa  66.2  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2657  exporter  39.39 
 
 		 782 aa  65.5  0.000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4296  exporters of the RND superfamily  25.9 
 
 		 840 aa  65.9  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.720482  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0383  phospholipid/glycerol acyltransferase  28.06 
 
 		 1172 aa  63.9  0.00000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1238  hypothetical protein  30.81 
 
 		 855 aa  63.9  0.00000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.409284  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1078  phospholipid/glycerol acyltransferase  24.37 
 
 		 1226 aa  63.9  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2188  hypothetical protein  28.08 
 
 		 839 aa  63.5  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4143  RND efflux transporter  25.27 
 
 		 840 aa  62  0.00000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0691  hypothetical protein  23.3 
 
 		 805 aa  62  0.00000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0020  Patched family protein  28.63 
 
 		 1359 aa  61.6  0.00000006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.637086  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1637  hypothetical protein  25.89 
 
 		 385 aa  60.5  0.0000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1161  Patched family protein  25.85 
 
 		 831 aa  59.7  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1239  hypothetical protein  28.19 
 
 		 862 aa  58.2  0.0000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0356  hypothetical protein  28.82 
 
 		 685 aa  58.2  0.0000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2278  transport protein, putative  26.37 
 
 		 835 aa  58.2  0.0000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2001  MCP methyltransferase, CheR-type  27.69 
 
 		 1287 aa  57.4  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3595  RND efflux transporter  25.43 
 
 		 843 aa  57  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2330  MMPL domain protein  23.83 
 
 		 730 aa  57  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.949575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0572  hypothetical protein  25 
 
 		 385 aa  56.2  0.000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.67085  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2674  hypothetical protein  21.5 
 
 		 802 aa  56.6  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.22432  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1669  hypothetical protein  27.92 
 
 		 388 aa  57  0.000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1059  HAE1 family efflux transporter  25.47 
 
 		 777 aa  57  0.000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.101015 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0867  HAE1 family efflux transporter  30 
 
 		 778 aa  55.8  0.000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0264  MMPL domain-containing protein  24.78 
 
 		 385 aa  55.8  0.000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00700265 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1701  HAE1 family efflux transporter  26.27 
 
 		 777 aa  55.8  0.000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.271028  normal  0.950997 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0469  hypothetical protein  27.63 
 
 		 905 aa  55.8  0.000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0338  hypothetical protein  23.51 
 
 		 843 aa  54.7  0.000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004073  membrane protein inferred for ABFAE pathway  21.67 
 
 		 780 aa  55.1  0.000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1668  Patched family protein  21.31 
 
 		 842 aa  55.1  0.000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1269  RND superfamily protein  26.79 
 
 		 748 aa  54.7  0.000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0341  hypothetical protein  23.51 
 
 		 847 aa  54.7  0.000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.1938 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0333  hypothetical protein  23.51 
 
 		 840 aa  54.7  0.000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2375  transport protein, putative  26.23 
 
 		 825 aa  54.7  0.000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1699  hypothetical protein  28.42 
 
 		 847 aa  54.3  0.000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0923287  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2704  hypothetical protein  21.43 
 
 		 898 aa  53.9  0.00001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3675  membrane protein  20.03 
 
 		 808 aa  53.9  0.00001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2637  MMPL domain protein  24 
 
 		 1013 aa  53.1  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0936  RND superfamily drug exporter  27.23 
 
 		 802 aa  52.8  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1873  phospholipid/glycerol acyltransferase  24.22 
 
 		 1291 aa  52.8  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>