More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3560 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  90.2 
 
 		 410 aa  752    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 411 aa  846    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  82.56 
 
 		 410 aa  712    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  75.06 
 
 		 404 aa  615  1e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  69.68 
 
 		 409 aa  595  1e-169  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  70.42 
 
 		 411 aa  592  1e-168  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  69.43 
 
 		 411 aa  589  1e-167  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  69.44 
 
 		 409 aa  589  1e-167  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  68.91 
 
 		 411 aa  586  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  70.68 
 
 		 407 aa  581  1.0000000000000001e-165  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  68.22 
 
 		 409 aa  571  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  66.17 
 
 		 409 aa  567  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  64.25 
 
 		 410 aa  548  1e-155  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  65.97 
 
 		 410 aa  550  1e-155  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0666  ABC transporter substrate-binding protein  66.49 
 
 		 410 aa  549  1e-155  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.112312 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  62.99 
 
 		 407 aa  541  1e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0352  extracellular ligand-binding receptor  64.57 
 
 		 410 aa  534  1e-150  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.115416  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  59.17 
 
 		 418 aa  520  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  58.06 
 
 		 435 aa  513  1e-144  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  61.84 
 
 		 395 aa  494  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0121  extracellular ligand-binding receptor  60.73 
 
 		 406 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4244  Extracellular ligand-binding receptor  58.29 
 
 		 411 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  58 
 
 		 415 aa  491  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0038  extracellular ligand-binding receptor  59.22 
 
 		 406 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1842  hypothetical protein  56.33 
 
 		 405 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0583  Extracellular ligand-binding receptor  58.38 
 
 		 406 aa  475  1e-133  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.981919  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0752  extracellular ligand-binding receptor  56.2 
 
 		 405 aa  450  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4000  Extracellular ligand-binding receptor  56.81 
 
 		 403 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  52.28 
 
 		 401 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5294  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  53.97 
 
 		 406 aa  427  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4684  extracellular ligand-binding receptor  52.09 
 
 		 406 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1005  extracellular ligand-binding receptor  53.74 
 
 		 407 aa  420  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4823  extracellular ligand-binding receptor  51.79 
 
 		 437 aa  421  1e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.615465 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  52.91 
 
 		 406 aa  421  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  50 
 
 		 400 aa  410  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3265  twin-arginine translocation pathway signal  47.04 
 
 		 407 aa  403  1e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.125818  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  47.28 
 
 		 402 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  46.98 
 
 		 406 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  47.18 
 
 		 406 aa  368  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4614  extracellular ligand-binding receptor  47.44 
 
 		 406 aa  360  3e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0801  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  45.97 
 
 		 409 aa  355  5.999999999999999e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.0350726 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3633  Extracellular ligand-binding receptor  43.73 
 
 		 402 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  44.05 
 
 		 399 aa  338  9.999999999999999e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0432  Extracellular ligand-binding receptor  39.68 
 
 		 412 aa  303  5.000000000000001e-81  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290998  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  33.06 
 
 		 434 aa  195  1e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4713  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  33.15 
 
 		 414 aa  191  2e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.656767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  32.94 
 
 		 438 aa  185  2.0000000000000003e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  31.25 
 
 		 441 aa  178  1e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  28.74 
 
 		 415 aa  154  2e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2791  Extracellular ligand-binding receptor  29.56 
 
 		 436 aa  154  4e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.55279  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.82 
 
 		 425 aa  122  8e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 		 403 aa  120  6e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  30.72 
 
 		 386 aa  119  7e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  25.07 
 
 		 480 aa  116  8.999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  26.75 
 
 		 407 aa  116  8.999999999999998e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 		 408 aa  113  5e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  25.95 
 
 		 382 aa  109  9.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  25.63 
 
 		 378 aa  106  7e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  29.61 
 
 		 411 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  25.75 
 
 		 386 aa  103  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  26.27 
 
 		 389 aa  103  5e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  25.52 
 
 		 392 aa  101  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  29.13 
 
 		 411 aa  101  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  24.06 
 
 		 388 aa  99.8  7e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  26.5 
 
 		 385 aa  99.8  9e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  26.5 
 
 		 385 aa  99.4  9e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  22.13 
 
 		 472 aa  99.4  9e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  25.72 
 
 		 368 aa  99  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  24.07 
 
 		 379 aa  99  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  22.73 
 
 		 423 aa  99  2e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  24.4 
 
 		 377 aa  98.6  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2079  Extracellular ligand-binding receptor  25.3 
 
 		 386 aa  99  2e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  28.77 
 
 		 380 aa  98.6  2e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 		 389 aa  98.6  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  25.57 
 
 		 370 aa  97.8  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  28.66 
 
 		 519 aa  97.1  5e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  26.42 
 
 		 387 aa  97.1  5e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  25.54 
 
 		 394 aa  97.1  6e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5667  putative Leu/Ile/Val/Thr-binding protein precursor; putative signal peptide  27.45 
 
 		 447 aa  96.3  8e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  24.21 
 
 		 377 aa  96.3  9e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  31.38 
 
 		 382 aa  95.9  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  30.21 
 
 		 367 aa  95.1  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  26.54 
 
 		 387 aa  95.1  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  23.55 
 
 		 398 aa  94.7  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  30.65 
 
 		 377 aa  93.6  6e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  24.78 
 
 		 386 aa  93.2  8e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  26.32 
 
 		 496 aa  92.4  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 		 388 aa  92.4  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  25.7 
 
 		 373 aa  92.4  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  30.94 
 
 		 377 aa  92.4  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  26.83 
 
 		 401 aa  92.8  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  25.6 
 
 		 370 aa  92  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  25.3 
 
 		 370 aa  90.5  4e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  24.43 
 
 		 539 aa  89.4  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0452  extracellular ligand-binding receptor  32.45 
 
 		 382 aa  89.4  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128382  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0443  Extracellular ligand-binding receptor  32.45 
 
 		 382 aa  89.4  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363055  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 		 376 aa  88.6  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1635  putative branched-chain amino acid ABC transporter  26.1 
 
 		 497 aa  88.6  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.314294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4127  extracellular ligand-binding receptor  28.51 
 
 		 400 aa  88.6  2e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.515914  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0997  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.87 
 
 		 392 aa  87.8  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489385  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>