219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1365 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2774  HWE histidine kinase  69.76 
 
 		 552 aa  793    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.893668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1385  signal transduction histidine kinase  86.89 
 
 		 554 aa  942    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4031  signal transduction histidine kinase  73.27 
 
 		 557 aa  788    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.236297 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1365  signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 551 aa  1110    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3573  signal transduction histidine kinase  71.04 
 
 		 556 aa  783    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.640887  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7004  signal transduction histidine kinase  70.44 
 
 		 552 aa  790    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0703386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4707  signal transduction histidine kinase  74.68 
 
 		 556 aa  838    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3331  signal transduction histidine kinase  31.38 
 
 		 503 aa  104  4e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2563  signal transduction histidine kinase  30.26 
 
 		 409 aa  95.5  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2814  putative sensor histidine kinase  31.12 
 
 		 505 aa  94  6e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.467962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0554  sensory box protein  30.48 
 
 		 463 aa  90.9  6e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0588  sensory box protein  30.48 
 
 		 463 aa  90.5  7e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0875  PAS sensor protein  30.32 
 
 		 488 aa  90.5  7e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.111744 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0835  signal transduction histidine kinase  30.32 
 
 		 488 aa  90.5  7e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0971828 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3652  signal transduction histidine kinase  31.05 
 
 		 491 aa  90.1  8e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1069  signal transduction histidine kinase  27.52 
 
 		 387 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.591232 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5905  signal transduction histidine kinase  29.71 
 
 		 601 aa  87.8  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.584764  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5593  two component sensor kinase  32.71 
 
 		 352 aa  87.4  6e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0950  Signal transduction histidine kinase protein  33.18 
 
 		 334 aa  87.4  6e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.29493  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1944  signal transduction histidine kinase  31.02 
 
 		 507 aa  87  7e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0183597  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3835  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  31.02 
 
 		 1167 aa  87  8e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0801  signal transduction histidine kinase  29.79 
 
 		 488 aa  86.7  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.185769  normal  0.110715 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1700  signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 		 339 aa  85.5  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.193151  normal  0.0718068 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4265  signal transduction histidine kinase  28.24 
 
 		 930 aa  85.1  0.000000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.588648  normal  0.462436 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1182  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  32.27 
 
 		 846 aa  84.7  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75997  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4368  signal transduction histidine kinase  27.83 
 
 		 934 aa  84.7  0.000000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.523014 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6901  signal transduction histidine kinase  24.53 
 
 		 465 aa  84.7  0.000000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0620  signal transduction histidine kinase  28.02 
 
 		 725 aa  84.3  0.000000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3623  signal transduction histidine kinase  26.47 
 
 		 583 aa  84.3  0.000000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.173185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3300  PAS sensor protein  26.47 
 
 		 583 aa  84.3  0.000000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.928069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2070  signal transduction histidine kinase  29.56 
 
 		 358 aa  84.3  0.000000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.315094  normal  0.359428 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5290  signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 		 662 aa  84.3  0.000000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.249657 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4495  signal transduction histidine kinase  29.14 
 
 		 571 aa  82.8  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0079  signal transduction histidine kinase  29.9 
 
 		 639 aa  83.2  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.464916 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3500  signal transduction histidine kinase  26.37 
 
 		 583 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.319784  normal  0.0807687 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5515  hypothetical protein  32.54 
 
 		 703 aa  82.4  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1881  PAS sensor protein  27.4 
 
 		 872 aa  82.4  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3897  PAS sensor protein  27.78 
 
 		 930 aa  82.4  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240133 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5262  signal transduction histidine kinase  29.28 
 
 		 338 aa  82  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0007  signal transduction histidine kinase  31.5 
 
 		 482 aa  82  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.489749  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0932  signal transduction histidine kinase  27.11 
 
 		 759 aa  81.3  0.00000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2607  signal transduction histidine kinase  26.67 
 
 		 489 aa  79.7  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.436893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4278  putative PAS/PAC sensor protein  27.59 
 
 		 1027 aa  79.7  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9083  bacteriophytochrome protein  29.44 
 
 		 856 aa  79  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0743  HWE histidine kinase  30.69 
 
 		 483 aa  79  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6552  signal transduction histidine kinase  28.43 
 
 		 489 aa  79  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.433672 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5559  hypothetical protein  27.57 
 
 		 342 aa  78.2  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.472868  normal  0.0109335 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3416  signal transduction histidine kinase  28 
 
 		 413 aa  77.8  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.813211  normal  0.0120926 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3626  signal transduction histidine kinase  27.88 
 
 		 792 aa  77.4  0.0000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0746201  normal  0.0102319 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1753  sensor histidine kinase  29.84 
 
 		 364 aa  77.4  0.0000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.405521 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6933  signal transduction histidine kinase  28.99 
 
 		 488 aa  77.4  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0223762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3027  signal transduction histidine kinase  29.44 
 
 		 354 aa  77.4  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.452199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1677  signal transduction histidine kinase  27.23 
 
 		 840 aa  77  0.0000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2090  signal transduction histidine kinase  25.48 
 
 		 372 aa  76.6  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1984  signal transduction histidine kinase  27 
 
 		 713 aa  76.3  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1301  signal transduction histidine kinase  26.98 
 
 		 588 aa  76.3  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3126  signal transduction histidine kinase  29.19 
 
 		 352 aa  76.3  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3978  signal transduction histidine kinase  30.05 
 
 		 577 aa  75.9  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0249  sensor histidine kinase  27.1 
 
 		 342 aa  75.5  0.000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2264  putative PAS/PAC sensor protein  23.23 
 
 		 1165 aa  75.9  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.620072  normal  0.0600346 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5560  signal transduction histidine kinase  28.79 
 
 		 341 aa  75.5  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256684  normal  0.0162393 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1337  signal transduction histidine kinase  27.8 
 
 		 356 aa  75.5  0.000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.552854 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0707  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  25.54 
 
 		 1190 aa  75.1  0.000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2160  signal transduction histidine kinase  26.02 
 
 		 263 aa  75.1  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.31354  normal  0.0264622 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0678  two-component sensor histidine kinase  25.48 
 
 		 460 aa  75.1  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.320332 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5776  putative PAS/PAC sensor protein  29.17 
 
 		 1160 aa  75.1  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.491611  normal  0.0137055 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1244  signal transduction histidine kinase  28.5 
 
 		 336 aa  75.1  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5263  hypothetical protein  26.17 
 
 		 345 aa  74.7  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2229  methylesterase CheB/methylase CheR  27.16 
 
 		 1170 aa  74.3  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.840236  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0905  putative PAS/PAC sensor protein  27.16 
 
 		 1170 aa  74.3  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.968727 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4932  signal transduction histidine kinase  27.93 
 
 		 907 aa  74.3  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.752686 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0741  Signal transduction histidine kinase  26.77 
 
 		 498 aa  73.9  0.000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3666  signal transduction histidine kinase  27 
 
 		 550 aa  73.6  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0123232  normal  0.85719 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3279  signal transduction histidine kinase  28.93 
 
 		 337 aa  73.6  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0171686 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2182  signal transduction histidine kinase  28.18 
 
 		 528 aa  73.6  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0965  signal transduction histidine kinase  26 
 
 		 850 aa  73.2  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1655  sensor histidine kinase, putative  28 
 
 		 311 aa  72.4  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.716971  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5999  two component sensor kinase  29.23 
 
 		 331 aa  72.4  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3264  HWE histidine kinase  27.18 
 
 		 261 aa  72.4  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00440778 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1350  signal transduction histidine kinase  29.81 
 
 		 1016 aa  72.4  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.597121 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3364  signal transduction histidine kinase  27.05 
 
 		 550 aa  72.4  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.308249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5922  signal transduction histidine kinase  24.74 
 
 		 346 aa  72.4  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6181  signal transduction histidine kinase  28.65 
 
 		 1191 aa  72.4  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.299797 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5270  signal transduction histidine kinase  39.42 
 
 		 559 aa  72.4  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.909185 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2344  signal transduction histidine kinase  28.09 
 
 		 500 aa  72.8  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00211814  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6531  signal transduction histidine kinase  24.74 
 
 		 344 aa  71.6  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.14349  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1602  putative sensor histidine kinase  28 
 
 		 311 aa  72  0.00000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.21047  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4311  signal transduction histidine kinase  26.58 
 
 		 365 aa  71.6  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.801495  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1190  PAS sensor protein  29.81 
 
 		 1041 aa  71.6  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0314947 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0471  signal transduction histidine kinase  24.04 
 
 		 349 aa  71.6  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0827  signal transduction histidine kinase  26.48 
 
 		 512 aa  71.2  0.00000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6211  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  26.67 
 
 		 1061 aa  71.2  0.00000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.820077  normal  0.703655 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  27.37 
 
 		 514 aa  70.9  0.00000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6244  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  24.64 
 
 		 849 aa  71.2  0.00000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3289  putative PAS/PAC sensor protein  26.87 
 
 		 855 aa  70.9  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363327  normal  0.145052 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5235  signal transduction histidine kinase  25.89 
 
 		 571 aa  71.2  0.00000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.878632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0172  signal transduction histidine kinase  29.67 
 
 		 897 aa  70.9  0.00000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2364  signal transduction histidine kinase  25.49 
 
 		 633 aa  70.9  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.932865  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3364  response regulator  31.46 
 
 		 847 aa  70.5  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3662  alcohol dehydrogenase  24.18 
 
 		 733 aa  70.5  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.899908  normal  0.588935 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>