More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2471 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2471  triosephosphate isomerase  100 
 
 		 257 aa  515  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0885036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2795  triosephosphate isomerase  76.77 
 
 		 261 aa  396  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2826  triosephosphate isomerase  76.77 
 
 		 257 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.14857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3233  Triose-phosphate isomerase  73.62 
 
 		 258 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1736  triosephosphate isomerase  76.71 
 
 		 250 aa  384  1e-106  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4480  triosephosphate isomerase  72.27 
 
 		 251 aa  374  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.135113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1835  triosephosphate isomerase  74.7 
 
 		 250 aa  374  1e-102  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.83515  normal  0.420949 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3166  Triose-phosphate isomerase  66 
 
 		 250 aa  328  6e-89  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136531  normal  0.155629 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1067  triosephosphate isomerase  65.22 
 
 		 256 aa  324  7e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.331655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1947  triosephosphate isomerase  65.2 
 
 		 245 aa  320  9.999999999999999e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0598  Triose-phosphate isomerase  65.31 
 
 		 245 aa  318  5e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.441113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0343  Triose-phosphate isomerase  64.8 
 
 		 245 aa  318  7.999999999999999e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5400  Triose-phosphate isomerase  67.6 
 
 		 253 aa  317  1e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.344896 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2230  triosephosphate isomerase  64.82 
 
 		 256 aa  313  1.9999999999999998e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2051  triosephosphate isomerase  60.87 
 
 		 254 aa  306  2.0000000000000002e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5571  triosephosphate isomerase  65.6 
 
 		 253 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1097  triosephosphate isomerase  60.08 
 
 		 254 aa  300  2e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1138  triosephosphate isomerase  60.08 
 
 		 254 aa  300  2e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2031  triosephosphate isomerase  61.66 
 
 		 256 aa  298  5e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1834  triosephosphate isomerase  61.26 
 
 		 256 aa  298  7e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.113682  normal  0.0103278 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4380  Triose-phosphate isomerase  59.3 
 
 		 254 aa  295  6e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0528  triosephosphate isomerase  58.27 
 
 		 254 aa  291  9e-78  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0764  triosephosphate isomerase  59.44 
 
 		 246 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.641907 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1636  triosephosphate isomerase  61.63 
 
 		 254 aa  281  5.000000000000001e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4305  Triose-phosphate isomerase  60.56 
 
 		 247 aa  277  1e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1450  Triose-phosphate isomerase  56.03 
 
 		 252 aa  272  3e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.10934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1889  triosephosphate isomerase  60.39 
 
 		 252 aa  271  7e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1733  triosephosphate isomerase  57.38 
 
 		 248 aa  269  2.9999999999999997e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0214124  normal  0.405156 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3104  Triose-phosphate isomerase  58.4 
 
 		 253 aa  269  4e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  0.622943 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5206  Triose-phosphate isomerase  58.47 
 
 		 254 aa  267  1e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2078  triosephosphate isomerase  59.2 
 
 		 247 aa  267  1e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4666  Triose-phosphate isomerase  58.47 
 
 		 254 aa  266  2e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5129  Triose-phosphate isomerase  58.47 
 
 		 254 aa  266  2e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.246161 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0508  Triose-phosphate isomerase  55.02 
 
 		 263 aa  256  3e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.584203 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2769  Triose-phosphate isomerase  55.82 
 
 		 262 aa  255  4e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.216684  hitchhiker  0.00002221 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1236  Triose-phosphate isomerase  56.3 
 
 		 253 aa  251  8.000000000000001e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2350  triosephosphate isomerase  58.96 
 
 		 250 aa  242  5e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0154  Triose-phosphate isomerase  48.59 
 
 		 247 aa  228  9e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.831794  normal  0.0612145 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1405  triosephosphate isomerase  57.2 
 
 		 256 aa  226  3e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.194664  hitchhiker  0.0000346461 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2019  triosephosphate isomerase  53.33 
 
 		 256 aa  216  2e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1172  triosephosphate isomerase  51.42 
 
 		 248 aa  214  8e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.162207  normal  0.323144 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0264  triosephosphate isomerase  48.59 
 
 		 249 aa  213  1.9999999999999998e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3825  Triose-phosphate isomerase  47.04 
 
 		 256 aa  211  1e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0712505  normal  0.267182 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1885  triosephosphate isomerase  47.27 
 
 		 255 aa  209  3e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000744734  normal  0.534473 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3243  triosephosphate isomerase  43.43 
 
 		 260 aa  207  1e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000257421  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2838  triosephosphate isomerase  43.43 
 
 		 260 aa  207  1e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000084878  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1124  triosephosphate isomerase  43.43 
 
 		 260 aa  207  1e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000121721  unclonable  0.00000000000528037 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3284  triosephosphate isomerase  43.43 
 
 		 260 aa  207  1e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000371764  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3421  triosephosphate isomerase  43.43 
 
 		 260 aa  207  1e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000876569  decreased coverage  0.000110965 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2831  triosephosphate isomerase  42.69 
 
 		 260 aa  207  2e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000042953  hitchhiker  0.00389109 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1022  triosephosphate isomerase  43.43 
 
 		 260 aa  206  2e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000178614  hitchhiker  0.000431545 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1200  triosephosphate isomerase  43.43 
 
 		 260 aa  206  3e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1087  triosephosphate isomerase  43.43 
 
 		 260 aa  206  3e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00059681  normal  0.0654899 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1972  triosephosphate isomerase  46.59 
 
 		 250 aa  206  3e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0120273 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1026  triosephosphate isomerase  43.43 
 
 		 260 aa  206  3e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000672651  hitchhiker  0.0000521404 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1003  triosephosphate isomerase  43.43 
 
 		 260 aa  205  5e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0343606  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1621  triosephosphate isomerase  44.88 
 
 		 255 aa  205  6e-52  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0703383  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1893  triosephosphate isomerase  48 
 
 		 248 aa  205  7e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0274896  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0542  triosephosphate isomerase  44.88 
 
 		 271 aa  204  8e-52  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1401  triosephosphate isomerase  47.83 
 
 		 251 aa  204  8e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0615206  normal  0.829458 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3393  triosephosphate isomerase  42.69 
 
 		 260 aa  204  8e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000164415  hitchhiker  0.0003141 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0986  triosephosphate isomerase  42.63 
 
 		 260 aa  204  8e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000192621  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0957  triosephosphate isomerase  43.48 
 
 		 260 aa  204  1e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0345759  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3565  triosephosphate isomerase  42.29 
 
 		 260 aa  204  1e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.147919  hitchhiker  0.00000496067 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1923  triosephosphate isomerase  48.22 
 
 		 250 aa  202  3e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1767  triosephosphate isomerase  48 
 
 		 249 aa  202  4e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.91306  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0927  triosephosphate isomerase  48.02 
 
 		 250 aa  202  6e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.908857 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0959  triosephosphate isomerase  46.99 
 
 		 245 aa  202  6e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138148  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1333  triosephosphate isomerase  45.42 
 
 		 252 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000254673  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3064  triosephosphate isomerase  42.23 
 
 		 260 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000137173  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2216  triosephosphate isomerase  46.8 
 
 		 248 aa  199  3e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.596842 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1639  triosephosphate isomerase  46.67 
 
 		 251 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000200734  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2275  triosephosphate isomerase  45.88 
 
 		 251 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000308196  normal  0.102184 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2251  triosephosphate isomerase  46.67 
 
 		 251 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000102764  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0925  triosephosphate isomerase  46.59 
 
 		 245 aa  197  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0737109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1615  triosephosphate isomerase  46 
 
 		 255 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2566  triosephosphate isomerase  45.56 
 
 		 250 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.566971  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1532  triosephosphate isomerase  46.22 
 
 		 253 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.743336  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0134  Triose-phosphate isomerase  45.42 
 
 		 250 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1574  triosephosphate isomerase  41.37 
 
 		 249 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0183532  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1740  triosephosphate isomerase  48.99 
 
 		 245 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2168  triosephosphate isomerase  45.7 
 
 		 251 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00524142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2289  triosephosphate isomerase  45.7 
 
 		 251 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000785898  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2833  triosephosphate isomerase  48.58 
 
 		 251 aa  196  4.0000000000000005e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.091999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3268  triosephosphate isomerase  44 
 
 		 257 aa  195  6e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0193189 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2199  triosephosphate isomerase  42.23 
 
 		 250 aa  195  6e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.468925  normal  0.243836 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1618  triosephosphate isomerase  46 
 
 		 251 aa  194  8.000000000000001e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000123397  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3813  triosephosphate isomerase  47.08 
 
 		 254 aa  194  1e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.491163 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0984  Triose-phosphate isomerase  45.45 
 
 		 253 aa  194  1e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.356329  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15810  Triose-phosphate isomerase  43.7 
 
 		 250 aa  193  2e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.187277  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13130  triosephosphate isomerase  46.85 
 
 		 263 aa  193  2e-48  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.751982  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4494  triosephosphate isomerase  44.44 
 
 		 251 aa  193  3e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.321001  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2059  triosephosphate isomerase  42.63 
 
 		 251 aa  192  3e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000160979  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2989  Triose-phosphate isomerase  44.23 
 
 		 250 aa  193  3e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.292891  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3612  triosephosphate isomerase  46.43 
 
 		 251 aa  192  4e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2064  triosephosphate isomerase  46.67 
 
 		 248 aa  192  4e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0168982  normal  0.648241 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4184  triosephosphate isomerase  44.44 
 
 		 251 aa  192  4e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5579  triosephosphate isomerase  45.91 
 
 		 251 aa  192  4e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000123744  normal  0.0751441 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0775  triosephosphate isomerase  46 
 
 		 251 aa  192  5e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000354266  normal  0.0202698 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0169  triosephosphate isomerase  46.43 
 
 		 255 aa  192  5e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.543601  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>