More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1978 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_1978  sigma-24 (FecI-like)  100 
 
 
171 aa  349  1e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.912668  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  56.21 
 
 
214 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3079  fec I like protein  55.03 
 
 
170 aa  193  1e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  61.07 
 
 
151 aa  189  1e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4508  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.92 
 
 
173 aa  133  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  45.39 
 
 
172 aa  130  6e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  42.07 
 
 
170 aa  123  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.07 
 
 
170 aa  123  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.07 
 
 
170 aa  123  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4216  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.46 
 
 
170 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  40.61 
 
 
187 aa  119  3e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  41.21 
 
 
172 aa  118  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1286  RNA polymerase sigma-70 family protein  38.18 
 
 
180 aa  102  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  35.8 
 
 
169 aa  94.7  5e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.42 
 
 
171 aa  93.2  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.79 
 
 
170 aa  87.4  9e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2397  sigma-24 (FecI)  34.71 
 
 
179 aa  84.7  5e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.103635  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4391  sigma-24 (FecI-like)  35.22 
 
 
166 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.934112  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.9 
 
 
165 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  32.3 
 
 
171 aa  80.9  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  40.38 
 
 
374 aa  80.9  0.000000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  31.68 
 
 
171 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  39.35 
 
 
374 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3720  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.97 
 
 
186 aa  79.3  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.344923  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  39.35 
 
 
374 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  36.03 
 
 
160 aa  79.3  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  34.85 
 
 
173 aa  79  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2303  fec I like protein  32.7 
 
 
166 aa  78.6  0.00000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  34.33 
 
 
171 aa  77.8  0.00000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  35.1 
 
 
159 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.33 
 
 
171 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.57 
 
 
171 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  33.13 
 
 
183 aa  75.5  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  35.07 
 
 
158 aa  74.3  0.0000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2633  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.59 
 
 
173 aa  73.9  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2781  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.55 
 
 
260 aa  73.6  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.269223 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3752  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32 
 
 
181 aa  73.6  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401428  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4063  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  29.76 
 
 
223 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.806814 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  33.1 
 
 
171 aa  72.8  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  34.33 
 
 
158 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4761  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.14 
 
 
174 aa  72.4  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.58 
 
 
171 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  28.83 
 
 
185 aa  71.6  0.000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0517  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.06 
 
 
223 aa  71.6  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  28.66 
 
 
166 aa  71.2  0.000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4047  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  28.22 
 
 
244 aa  71.2  0.000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.750975  normal  0.908185 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1816  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.61 
 
 
169 aa  71.2  0.000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2774  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.01 
 
 
167 aa  70.9  0.000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  33.58 
 
 
158 aa  70.9  0.000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0480  sigma-24 (FecI-like)  34.07 
 
 
182 aa  70.5  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0637094  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.29 
 
 
177 aa  70.1  0.00000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.189895 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  31.9 
 
 
172 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3045  fec I like protein  31.98 
 
 
182 aa  69.3  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.688858  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1760  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.88 
 
 
205 aa  69.7  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.431195 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33260  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.29 
 
 
187 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00268823  normal  0.037283 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2133  RNA polymerase sigma-70 family protein  32.28 
 
 
178 aa  68.6  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02250  RNA polymerase sigma factor, FecI family  30 
 
 
167 aa  68.6  0.00000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1943  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  32.28 
 
 
178 aa  68.2  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.467339  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  27.27 
 
 
165 aa  68.2  0.00000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  28.93 
 
 
168 aa  67.8  0.00000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32 
 
 
184 aa  67.4  0.00000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.735901  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.03 
 
 
161 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4244  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.63 
 
 
176 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.799752  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.03 
 
 
165 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1607  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  29.7 
 
 
222 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483087  normal  0.0648127 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4778  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  29.7 
 
 
218 aa  67  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.310601  normal  0.199717 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1632  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  29.7 
 
 
222 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.281996  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2827  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.67 
 
 
187 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.833111  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1152  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  29.7 
 
 
222 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0103149  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1550  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  29.7 
 
 
222 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.362931  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  32.35 
 
 
158 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.34 
 
 
162 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0444  RNA polymerase sigma-70 family protein  30.67 
 
 
172 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.03 
 
 
169 aa  65.9  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.70955  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3503  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.11 
 
 
203 aa  66.2  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.707859  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25660  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  27.5 
 
 
159 aa  66.2  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  31.87 
 
 
179 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2415  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.33 
 
 
222 aa  66.2  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.752744 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1529  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  29.7 
 
 
222 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.77026  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  27.95 
 
 
188 aa  66.6  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.58 
 
 
173 aa  65.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2427  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.57 
 
 
237 aa  65.9  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.773332  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  27.07 
 
 
168 aa  65.9  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  31.29 
 
 
172 aa  65.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30 
 
 
180 aa  65.5  0.0000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  30 
 
 
180 aa  65.5  0.0000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1191  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.57 
 
 
207 aa  65.1  0.0000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0342  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.54 
 
 
196 aa  65.5  0.0000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3941  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.65 
 
 
184 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.664668  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2100  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.86 
 
 
178 aa  65.5  0.0000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4194  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.39 
 
 
170 aa  65.5  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.746772  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  35.1 
 
 
159 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  27.54 
 
 
234 aa  65.1  0.0000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1340  fec I like protein  34.78 
 
 
186 aa  64.7  0.0000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  32.28 
 
 
194 aa  65.1  0.0000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1634  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.57 
 
 
237 aa  64.7  0.0000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0463569  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1931  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.57 
 
 
237 aa  64.7  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.385484  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.26 
 
 
167 aa  64.7  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1917  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.57 
 
 
237 aa  64.7  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.693788  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1606  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  29.45 
 
 
215 aa  64.7  0.0000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000842587 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>