More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2078 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2078  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  100 
 
 		 428 aa  842    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.192664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3734  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.35 
 
 		 428 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3620  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.43 
 
 		 429 aa  251  2e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0244678 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3425  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.84 
 
 		 431 aa  249  1e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.569361  normal  0.792047 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2511  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.54 
 
 		 416 aa  227  4e-58  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0113  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.22 
 
 		 442 aa  224  2e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0528354  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4274  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  38.79 
 
 		 402 aa  216  8e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000282467 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0098  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.02 
 
 		 440 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  38.19 
 
 		 508 aa  211  1e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00597643  normal  0.0295865 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0126  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.21 
 
 		 411 aa  211  2e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1290  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.75 
 
 		 414 aa  211  2e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0486  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.24 
 
 		 417 aa  210  5e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.252649  normal  0.657753 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0421  putative Orn/DAP/Arg decarboxylase  39.6 
 
 		 402 aa  207  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3805  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.13 
 
 		 404 aa  205  1e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2435  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.28 
 
 		 412 aa  204  2e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1392  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  37.85 
 
 		 415 aa  200  3.9999999999999996e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0214918  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1565  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.78 
 
 		 411 aa  199  1.0000000000000001e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0136  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  37.1 
 
 		 402 aa  197  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2019  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.01 
 
 		 419 aa  197  3e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.225254 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0700  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  38.01 
 
 		 414 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3255  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.59 
 
 		 415 aa  196  8.000000000000001e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1957  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.76 
 
 		 410 aa  195  2e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.47769  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2528  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  37.53 
 
 		 416 aa  193  6e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0397628 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2669  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.31 
 
 		 410 aa  190  2.9999999999999997e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.499942  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3058  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.39 
 
 		 418 aa  190  4e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.700588  hitchhiker  0.00347473 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4030  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.3 
 
 		 413 aa  189  8e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.157056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7006  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  38.99 
 
 		 408 aa  184  2.0000000000000003e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0015439 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0681  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.18 
 
 		 416 aa  180  5.999999999999999e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1835  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.83 
 
 		 430 aa  178  1e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.59311  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1929  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  38.73 
 
 		 409 aa  178  2e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.69 
 
 		 392 aa  170  5e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3135  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.95 
 
 		 404 aa  167  4e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0167539  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5223  diaminopimelate decarboxylase  33.58 
 
 		 421 aa  159  7e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  28.81 
 
 		 419 aa  159  1e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.85 
 
 		 397 aa  158  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.585964  normal  0.770001 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4782  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.66 
 
 		 408 aa  157  4e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.49913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3735  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.16 
 
 		 388 aa  156  7e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0413562  normal  0.130406 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  31.18 
 
 		 420 aa  156  7e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.68 
 
 		 400 aa  155  1e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001062  vibrioferrin decarboxylase protein PvsE  29.49 
 
 		 400 aa  155  1e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0114  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.68 
 
 		 400 aa  155  1e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0744  diaminopimelate decarboxylase  34.56 
 
 		 438 aa  155  2e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4492  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  30.12 
 
 		 415 aa  154  2.9999999999999998e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.799972  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00881  diaminopimelate decarboxylase protein  35.17 
 
 		 413 aa  153  5e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0145136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0829  diaminopimelate decarboxylase  35.25 
 
 		 421 aa  153  5e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1553  diaminopimelate decarboxylase  30.48 
 
 		 417 aa  153  7e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144272  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1109  diaminopimelate decarboxylase  30.3 
 
 		 418 aa  152  1e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  29.58 
 
 		 414 aa  151  2e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0938  diaminopimelate decarboxylase  33.78 
 
 		 421 aa  151  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4873  diaminopimelate decarboxylase  31.5 
 
 		 421 aa  150  5e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  31 
 
 		 420 aa  149  7e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4867  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.53 
 
 		 373 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00155396  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17190  diaminopimelate decarboxylase  30.51 
 
 		 395 aa  148  2.0000000000000003e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.479032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  31.18 
 
 		 414 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  31.12 
 
 		 416 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09300  diaminopimelate decarboxylase  35.91 
 
 		 396 aa  147  3e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000620759  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  29.93 
 
 		 414 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2337  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.26 
 
 		 408 aa  146  6e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0713  diaminopimelate decarboxylase  31.75 
 
 		 421 aa  146  7.0000000000000006e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.788055 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1275  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.93 
 
 		 421 aa  146  8.000000000000001e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.548043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0056  diaminopimelate decarboxylase  31.75 
 
 		 424 aa  145  9e-34  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3096  diaminopimelate decarboxylase  34.78 
 
 		 394 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.294938  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01927  diaminopimelate decarboxylase  36.27 
 
 		 398 aa  145  1e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  31.57 
 
 		 445 aa  145  2e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  29.83 
 
 		 414 aa  145  2e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0468  diaminopimelate decarboxylase  28.95 
 
 		 403 aa  144  3e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3059  diaminopimelate decarboxylase  30.44 
 
 		 431 aa  144  3e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.038181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8366  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.05 
 
 		 392 aa  143  5e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0396  diaminopimelate decarboxylase  34.43 
 
 		 425 aa  143  7e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0943424  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0717  diaminopimelate decarboxylase  35.14 
 
 		 402 aa  142  9.999999999999999e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0591874 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4876  diaminopimelate decarboxylase  28.57 
 
 		 416 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000066198  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0777  diaminopimelate decarboxylase  31.65 
 
 		 427 aa  142  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1648  diaminopimelate decarboxylase  30.48 
 
 		 417 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00420158  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2916  diaminopimelate decarboxylase  30.71 
 
 		 433 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0948953  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  29.7 
 
 		 434 aa  141  1.9999999999999998e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1724  diaminopimelate decarboxylase  29.37 
 
 		 435 aa  140  3e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0226  diaminopimelate decarboxylase  32.83 
 
 		 414 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3475  diaminopimelate decarboxylase  32.7 
 
 		 421 aa  140  3.9999999999999997e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5288  diaminopimelate decarboxylase  31.41 
 
 		 415 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2020  diaminopimelate decarboxylase  31.66 
 
 		 421 aa  140  4.999999999999999e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0398534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1787  diaminopimelate decarboxylase  31.97 
 
 		 422 aa  139  7e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.16455 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2972  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.05 
 
 		 362 aa  139  7e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.980745 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0245  diaminopimelate decarboxylase  32.23 
 
 		 415 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.377243  normal  0.537295 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  27.67 
 
 		 401 aa  139  1e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  30.46 
 
 		 414 aa  139  1e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  30.46 
 
 		 414 aa  139  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  30.95 
 
 		 414 aa  139  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3766  diaminopimelate decarboxylase  32.47 
 
 		 423 aa  138  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.795007  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  28.75 
 
 		 418 aa  138  2e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  31.57 
 
 		 415 aa  138  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  31.57 
 
 		 415 aa  138  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5227  diaminopimelate decarboxylase  31.41 
 
 		 415 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  33.92 
 
 		 451 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1897  diaminopimelate decarboxylase  32.54 
 
 		 423 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.705809  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1034  diaminopimelate decarboxylase  32.59 
 
 		 448 aa  137  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2756  diaminopimelate decarboxylase  32.54 
 
 		 423 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.303641  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3708  diaminopimelate decarboxylase  32.54 
 
 		 423 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  28.86 
 
 		 417 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3451  diaminopimelate decarboxylase  32.54 
 
 		 423 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3197  diaminopimelate decarboxylase  32.54 
 
 		 423 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>