221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_4878 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_5318  outer membrane porin, OprD family  94.87 
 
 		 448 aa  835    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4878  outer membrane porin  100 
 
 		 448 aa  914    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.477958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0258  outer membrane porin  68.6 
 
 		 442 aa  622  1e-177  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.103273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4978  outer membrane porin  64.51 
 
 		 443 aa  588  1e-167  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000630026  normal  0.206455 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0249  outer membrane porin  64.68 
 
 		 446 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00208088  normal  0.123914 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0234  outer membrane porin  64.89 
 
 		 444 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0151017  decreased coverage  0.000172994 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4465  porin, putative  55.33 
 
 		 450 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00889462 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4306  outer membrane porin  49.12 
 
 		 437 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  48.97 
 
 		 439 aa  378  1e-104  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5417  outer membrane porin  44.9 
 
 		 447 aa  365  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0532754  normal  0.0252012 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01240  OprE-like outer membrane porin  46.05 
 
 		 440 aa  368  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.464345  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31670  outer membrane porin OprE  46.88 
 
 		 445 aa  360  2e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1168  outer membrane porin  46.73 
 
 		 442 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.012931  normal  0.278101 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0382  outer membrane porin OprE precursor  46.81 
 
 		 460 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21290  OprE-like outer membrane porin  45.18 
 
 		 457 aa  350  4e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03800  anaerobically-induced outer membrane porin OprE precursor  45.24 
 
 		 463 aa  348  1e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.314855  normal  0.413921 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05170  OprE-like outer membrane porin  45.18 
 
 		 439 aa  347  2e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0885067  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25950  OprE-like outer membrane porin  42.79 
 
 		 443 aa  347  3e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.249173  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31180  OprE-like outer membrane porin  43.74 
 
 		 439 aa  342  5.999999999999999e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49580  OprE-like outer membrane porin  43.39 
 
 		 441 aa  331  1e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.607029  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19070  outer membrane porin, OprE-like protein  42.61 
 
 		 442 aa  328  1.0000000000000001e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22560  OprE-like outer membrane porin  41.56 
 
 		 443 aa  323  4e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10640  OprE-like outer membrane porin  40.35 
 
 		 456 aa  317  3e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0112866  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2927  outer membrane porin OprE  41.41 
 
 		 443 aa  311  1e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0534215  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3341  outer membrane porin  38.72 
 
 		 437 aa  296  4e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  36.95 
 
 		 421 aa  271  2e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  36.4 
 
 		 421 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  37.24 
 
 		 427 aa  270  4e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  37.01 
 
 		 427 aa  270  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  36.5 
 
 		 421 aa  268  1e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  36.84 
 
 		 429 aa  266  7e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  36.84 
 
 		 429 aa  262  8.999999999999999e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  36.61 
 
 		 429 aa  261  3e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  36.61 
 
 		 429 aa  260  4e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  36.11 
 
 		 412 aa  255  1.0000000000000001e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  37.1 
 
 		 422 aa  254  2.0000000000000002e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  36.18 
 
 		 433 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  36.4 
 
 		 417 aa  250  4e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  35.96 
 
 		 418 aa  249  6e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  34.58 
 
 		 416 aa  249  6e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  36.18 
 
 		 417 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17890  putative porin  35.78 
 
 		 416 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  35.96 
 
 		 417 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  34.8 
 
 		 411 aa  239  9e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  36.57 
 
 		 418 aa  237  3e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  36.18 
 
 		 418 aa  233  6e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  34.66 
 
 		 433 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  34.73 
 
 		 433 aa  231  3e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  33.04 
 
 		 421 aa  229  9e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  32.83 
 
 		 433 aa  227  3e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  32.61 
 
 		 429 aa  227  4e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  33.48 
 
 		 420 aa  226  7e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  32.68 
 
 		 420 aa  226  8e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  34.23 
 
 		 413 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15150  outer membrane porin  32.51 
 
 		 423 aa  223  8e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.350785  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  32.53 
 
 		 431 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2730  outer membrane porin  32.97 
 
 		 440 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  32.31 
 
 		 431 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14210  outer membrane porin  32.51 
 
 		 423 aa  221  3e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1554  putative porin  33.19 
 
 		 416 aa  219  5e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  33.77 
 
 		 415 aa  220  5e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42090  outer membrane porin, OprD family  32.37 
 
 		 427 aa  219  5e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  34.28 
 
 		 418 aa  219  8.999999999999998e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  34 
 
 		 417 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  33.7 
 
 		 416 aa  218  2e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  33.77 
 
 		 410 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3390  porin, putative  32.03 
 
 		 426 aa  217  4e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.808043  normal  0.355784 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  32.87 
 
 		 409 aa  216  7e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  33.77 
 
 		 410 aa  216  9e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  34.72 
 
 		 418 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1272  outer membrane porin OprE  32.49 
 
 		 417 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  32.46 
 
 		 423 aa  213  3.9999999999999995e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1363  outer membrane porin  32.57 
 
 		 408 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.475695  normal  0.0504292 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  33.7 
 
 		 417 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  33.48 
 
 		 417 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2563  outer membrane porin  31.25 
 
 		 427 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0910723  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2946  outer membrane porin, OprD family  31.94 
 
 		 440 aa  212  1e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153867  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  32.32 
 
 		 409 aa  212  1e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  33.04 
 
 		 416 aa  212  1e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  32.67 
 
 		 417 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  33.33 
 
 		 410 aa  211  3e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  32.89 
 
 		 417 aa  211  3e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3121  outer membrane porin  31.72 
 
 		 424 aa  209  6e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17140  outer membrane porin  31.17 
 
 		 405 aa  209  1e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.209334  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1987  outer membrane porin  32.07 
 
 		 430 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.6739 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3201  outer membrane porin  32.75 
 
 		 415 aa  207  3e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.27407  normal  0.0173746 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  33.86 
 
 		 418 aa  207  4e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1190  outer membrane porin  34.16 
 
 		 412 aa  207  4e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569611  normal  0.287254 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  33.93 
 
 		 418 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  33.94 
 
 		 412 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  33.55 
 
 		 416 aa  206  8e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  33.63 
 
 		 418 aa  205  1e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1456  outer membrane porin  32.89 
 
 		 408 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.126802  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  33.71 
 
 		 412 aa  204  3e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  32.66 
 
 		 422 aa  202  8e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26920  OprD family outer membrane porin  31.34 
 
 		 424 aa  202  9.999999999999999e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  32.44 
 
 		 417 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2145  outer membrane porin  31.58 
 
 		 431 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.832891  normal  0.088551 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1173  porin, putative  33.26 
 
 		 412 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121205  normal  0.068345 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00920  OprD family outer membrane porin  30.65 
 
 		 423 aa  201  1.9999999999999998e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>