More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3939 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_3939  regulatory protein, GntR  100 
 
 		 359 aa  724    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0108432 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4205  transcriptional regulator, GntR family  94.89 
 
 		 333 aa  632  1e-180  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2086  GntR family transcriptional regulator  42.02 
 
 		 358 aa  236  3e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0701877 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0992  GntR family transcriptional regulator  43.83 
 
 		 336 aa  221  9.999999999999999e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5871  transcriptional regulator GntR family  38.11 
 
 		 332 aa  195  1e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1033  GntR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 341 aa  162  1e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000187092  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1603  GntR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 338 aa  141  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1402  GntR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 341 aa  137  4e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3969  GntR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 323 aa  134  3e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1750  GntR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 322 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.271582  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3370  GntR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 323 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4672  GntR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 343 aa  120  3e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.626925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 226 aa  67  0.0000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4461  GntR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 230 aa  66.2  0.0000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6120  GntR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 226 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.105627  normal  0.0219652 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 214 aa  65.1  0.000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5984  GntR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 226 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0745493  normal  0.107513 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 240 aa  63.9  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1768  GntR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 227 aa  63.5  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000893003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3215  GntR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 224 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3738  GntR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 237 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2168  GntR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 237 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0196493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2125  GntR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 230 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2025  GntR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 244 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3541  GntR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 218 aa  62.4  0.00000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1958  GntR domain protein  24.54 
 
 		 340 aa  61.6  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6879  GntR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 297 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0423677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3814  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 229 aa  62  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2728  transcriptional regulator, GntR family  27.73 
 
 		 218 aa  61.2  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.246809  normal  0.158024 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3241  transcriptional regulator, GntR family  31.41 
 
 		 218 aa  60.8  0.00000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0293  GntR family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 230 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.972725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 237 aa  59.7  0.00000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1381  transcriptional regulator, GntR family  26.46 
 
 		 297 aa  59.7  0.00000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5066  GntR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 232 aa  59.7  0.00000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.219495  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_003296  RS05438  transcription regulator protein  25.52 
 
 		 311 aa  59.3  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.185679  normal  0.066253 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4086  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 231 aa  58.9  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3872  GntR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 311 aa  59.3  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.600353  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7701  transcriptional regulator, GntR family  25.35 
 
 		 212 aa  58.9  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.788387  normal  0.631599 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3337  transcriptional regulator, GntR family  30.57 
 
 		 246 aa  59.3  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0218222  normal  0.194173 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1551  transcriptional regulator, GntR family protein  30.9 
 
 		 224 aa  59.3  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000349617  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5188  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 216 aa  58.9  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.948488  normal  0.0144297 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2906  transcriptional regulator VanR  54.55 
 
 		 236 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.118956  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2710  transcriptional regulator GntR  51.67 
 
 		 236 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0839086  normal  0.32208 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 229 aa  58.5  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  30.41 
 
 		 237 aa  57.8  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0163  GntR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 229 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000281276 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0584  transcriptional regulator, GntR family  36.96 
 
 		 231 aa  57.8  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.525368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0182  GntR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 229 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.167799 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2680  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 229 aa  57.4  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.224385  normal  0.117444 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3094  transcriptional regulator, GntR family  28.97 
 
 		 233 aa  57.4  0.0000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00936803  normal  0.247599 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5097  GntR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 216 aa  57.4  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0611  GntR family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 242 aa  57.4  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.600848  normal  0.0221334 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5660  transcriptional regulator GntR family  32.95 
 
 		 227 aa  57.4  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495941  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3020  GntR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 239 aa  57  0.0000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0233  GntR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 219 aa  57  0.0000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2043  GntR family transcriptional regulator  50 
 
 		 237 aa  56.6  0.0000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2840  transcriptional regulator, GntR family  26.6 
 
 		 298 aa  55.8  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  37.76 
 
 		 226 aa  55.8  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2036  transcriptional regulator, GntR family  27.43 
 
 		 213 aa  55.8  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00223971  normal  0.0618137 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1267  GntR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 235 aa  55.8  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2350  GntR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 242 aa  55.8  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5100  GntR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 226 aa  55.8  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2531  normal  0.563225 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0576  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 222 aa  55.8  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 226 aa  55.8  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  28.49 
 
 		 223 aa  55.8  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  27.51 
 
 		 226 aa  55.5  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 233 aa  55.1  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_003296  RS00705  putative transcription regulator protein  27.89 
 
 		 298 aa  55.1  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0312291  normal  0.40859 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3891  transcriptional regulator GntR family  29.78 
 
 		 231 aa  55.5  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.556155  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 219 aa  54.7  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 213 aa  55.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 219 aa  54.7  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5798  GntR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 234 aa  54.3  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1925  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 222 aa  54.3  0.000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.554329  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4297  transcriptional regulator, GntR family  37.62 
 
 		 232 aa  54.3  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.535178  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0845  GntR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 231 aa  54.7  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1281  GntR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 249 aa  53.9  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0129  GntR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 236 aa  54.3  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1076  GntR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 222 aa  53.9  0.000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.928588  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 223 aa  53.5  0.000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1295  GntR family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 239 aa  53.5  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.800787 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2015  GntR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 239 aa  53.5  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2513  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 268 aa  53.5  0.000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 222 aa  53.5  0.000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8675  putative transcriptional regulator, GntR family  32.21 
 
 		 157 aa  53.5  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  24.76 
 
 		 231 aa  53.5  0.000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 222 aa  53.1  0.000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  30.2 
 
 		 230 aa  53.1  0.000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 229 aa  53.1  0.000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1970  GntR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 225 aa  53.1  0.000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 223 aa  53.1  0.000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6189  transcriptional regulator, GntR family  30.59 
 
 		 298 aa  53.1  0.000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.35302  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 		 241 aa  53.1  0.000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  30.2 
 
 		 228 aa  52.8  0.000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 233 aa  52.8  0.000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1121  GntR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 234 aa  52.8  0.000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1124  transcriptional regulator, GntR family  43.21 
 
 		 223 aa  52.8  0.000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0013  GntR domain protein  25 
 
 		 218 aa  52.8  0.000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.913161  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 235 aa  52.8  0.000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>