More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_0902 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_0902  hypothetical protein  100 
 
 
275 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.16717  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1053  hypothetical protein  92.36 
 
 
275 aa  535  1e-151  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  84.67 
 
 
274 aa  485  1e-136  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.212771 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  81.39 
 
 
275 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  77.44 
 
 
268 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.132955  normal  0.0662114 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1205  NAD-dependent epimerase/dehydratase  77.44 
 
 
268 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  77.44 
 
 
268 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.148832  normal  0.242571 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4240  NAD-dependent epimerase/dehydratase  77.44 
 
 
268 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1726  NAD-dependent epimerase/dehydratase  73.09 
 
 
277 aa  420  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000145035  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2590  NAD-dependent epimerase/dehydratase  70.37 
 
 
279 aa  403  1e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00118194  normal  0.0268185 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  68.03 
 
 
282 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.272239 
 
 
-
 
NC_003296  RS05364  hypothetical protein  65.79 
 
 
282 aa  359  2e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.024551 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4581  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.41 
 
 
281 aa  359  3e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.993557  normal  0.56488 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4447  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.41 
 
 
281 aa  359  3e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0155912  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1115  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.52 
 
 
272 aa  333  2e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.452944 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.7 
 
 
269 aa  313  1.9999999999999998e-84  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0687674  normal  0.997243 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.62 
 
 
277 aa  310  1e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.33 
 
 
269 aa  310  1e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.223189  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5673  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.14 
 
 
277 aa  300  1e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.77 
 
 
273 aa  300  2e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2716  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.41 
 
 
278 aa  298  7e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.04 
 
 
278 aa  298  7e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3453  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.04 
 
 
278 aa  298  7e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1806  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0191  hypothetical protein  60.75 
 
 
311 aa  297  1e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.04 
 
 
278 aa  295  4e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5236  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.04 
 
 
278 aa  295  4e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4866  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.26 
 
 
280 aa  291  7e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.314841  normal  0.126778 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2474  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.87 
 
 
267 aa  289  3e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1800  hypothetical protein  50.56 
 
 
280 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.388037  hitchhiker  0.000742601 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3405  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.1 
 
 
265 aa  282  4.0000000000000003e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.3673  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.69 
 
 
261 aa  276  2e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3373  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.16 
 
 
266 aa  270  2e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.52 
 
 
268 aa  245  4.9999999999999997e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.94 
 
 
276 aa  224  1e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00512968 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1485  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.53 
 
 
274 aa  218  6e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.53 
 
 
271 aa  217  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.725302  normal  0.780103 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4856  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.25 
 
 
278 aa  217  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.188052  normal  0.482057 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1807  hypothetical protein  41.09 
 
 
278 aa  214  9e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0111312 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5154  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.03 
 
 
274 aa  205  7e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251711  normal  0.0433393 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2417  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.26 
 
 
279 aa  205  8e-52  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1797  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.73 
 
 
273 aa  201  9.999999999999999e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.41974  normal  0.0188791 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7512  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.85 
 
 
273 aa  200  1.9999999999999998e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0612  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.67 
 
 
295 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.477522  normal  0.0234327 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1085  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.85 
 
 
267 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  hitchhiker  0.00605708  decreased coverage  0.00179082 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2833  putative UDP-glucose 4-epimerase  44.26 
 
 
244 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.471833  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5445  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.7 
 
 
276 aa  192  4e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00620195 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3497  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  38.78 
 
 
275 aa  191  1e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0172625 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5694  hypothetical protein  43.04 
 
 
255 aa  189  2.9999999999999997e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.704204  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.15 
 
 
276 aa  188  8e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00756202  normal  0.114208 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1140  hypothetical protein  40.86 
 
 
267 aa  188  9e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.298631  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.67 
 
 
261 aa  182  5.0000000000000004e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.273887  normal  0.388948 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4379  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.83 
 
 
274 aa  178  8e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.601592  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0483  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.42 
 
 
278 aa  167  1e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00129402  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02700  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  36.33 
 
 
270 aa  164  1.0000000000000001e-39  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.262568  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2093  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.68 
 
 
277 aa  161  9e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000357423 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36890  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  36.8 
 
 
273 aa  156  3e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.578301 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1431  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.35 
 
 
272 aa  153  2.9999999999999998e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.662077  normal  0.637306 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.27 
 
 
278 aa  151  1e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3523  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.58 
 
 
277 aa  137  2e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.479563  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2002  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.47 
 
 
560 aa  136  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19740  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  34.85 
 
 
263 aa  132  5e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.193802  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1140  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  35.91 
 
 
252 aa  125  1e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1221  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35 
 
 
257 aa  119  4.9999999999999996e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.759613  decreased coverage  0.00160839 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.34 
 
 
298 aa  117  3e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.603916 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2247  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.51 
 
 
247 aa  116  5e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.1 
 
 
249 aa  115  6e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0576  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.24 
 
 
255 aa  115  6e-25  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.99 
 
 
278 aa  110  2.0000000000000002e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00691112  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0125  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.4 
 
 
249 aa  110  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.826722 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3141  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.58 
 
 
252 aa  104  1e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.13414  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.19 
 
 
299 aa  103  2e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1729  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.38 
 
 
290 aa  100  2e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.96 
 
 
303 aa  100  3e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4212  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.86 
 
 
283 aa  98.6  1e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.24 
 
 
256 aa  98.2  1e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.243124  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.17 
 
 
256 aa  90.1  4e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2607  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.48 
 
 
283 aa  81.3  0.00000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00262717  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.07 
 
 
312 aa  77.8  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.9 
 
 
309 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0308  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.8 
 
 
283 aa  75.9  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0393697  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.02 
 
 
314 aa  73.9  0.000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.97 
 
 
308 aa  73.9  0.000000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.891219  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.68 
 
 
333 aa  73.2  0.000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.92 
 
 
310 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.57 
 
 
310 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4059  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.59 
 
 
331 aa  72.8  0.000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.57 
 
 
310 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.86 
 
 
375 aa  72.4  0.000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.688935  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0833  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.79 
 
 
302 aa  72  0.000000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.93 
 
 
315 aa  72  0.00000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.113189  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4411  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.55 
 
 
309 aa  71.2  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0467071  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.9 
 
 
309 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.07 
 
 
313 aa  70.9  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.52 
 
 
313 aa  70.9  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.26 
 
 
292 aa  70.5  0.00000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.06 
 
 
302 aa  70.5  0.00000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0195727  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.24 
 
 
312 aa  70.5  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0412  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.15 
 
 
319 aa  70.1  0.00000000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.32 
 
 
308 aa  70.1  0.00000000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.56373  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30 
 
 
310 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>