196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PsycPRwf_0553 on replicon NC_009524
Organism: Psychrobacter sp. PRwf-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009524  PsycPRwf_0553  DNA polymerase III subunit epsilon  100 
 
 
201 aa  419  1e-116  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000164562 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0437  DNA polymerase III subunit epsilon  62.69 
 
 
203 aa  280  1e-74  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0391  DNA polymerase III subunit epsilon  63.18 
 
 
203 aa  279  2e-74  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0160447 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.81 
 
 
203 aa  146  2.0000000000000003e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  35.61 
 
 
212 aa  145  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  36.1 
 
 
216 aa  145  3e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1120  DNA polymerase III subunit epsilon  34.5 
 
 
207 aa  140  9e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  38.3 
 
 
216 aa  140  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0536  DNA polymerase III subunit epsilon  35.92 
 
 
218 aa  139  3e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0481  DNA polymerase III subunit epsilon  34.98 
 
 
220 aa  138  3.9999999999999997e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  34.65 
 
 
218 aa  133  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000240357 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0633  DNA polymerase III subunit epsilon  31.91 
 
 
209 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2621  DNA polymerase III subunit epsilon  33.84 
 
 
222 aa  128  5.0000000000000004e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.67 
 
 
203 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  34.43 
 
 
223 aa  123  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1452  DNA polymerase III subunit epsilon  30.05 
 
 
205 aa  120  9.999999999999999e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  31.94 
 
 
223 aa  116  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0874  DNA polymerase III subunit epsilon  35.23 
 
 
205 aa  113  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.203661  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002200  DNA polymerase III epsilon subunit  32.83 
 
 
209 aa  107  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2692  DNA polymerase III subunit epsilon  32.66 
 
 
209 aa  107  1e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2832  DNA polymerase III subunit epsilon  34.01 
 
 
210 aa  107  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.5 
 
 
238 aa  103  1e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00168  DNA polymerase III subunit epsilon  31.82 
 
 
210 aa  103  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22380  DNA polymerase III subunit epsilon  31.07 
 
 
208 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000013182 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1893  DNA polymerase III subunit epsilon  29.94 
 
 
208 aa  92  6e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598016  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.05 
 
 
244 aa  84.7  9e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.29 
 
 
205 aa  83.2  0.000000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0353  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.54 
 
 
236 aa  82.8  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.25 
 
 
233 aa  80.9  0.00000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0379  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.88 
 
 
236 aa  78.6  0.00000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.747837  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.4 
 
 
235 aa  78.2  0.00000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.06 
 
 
236 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  29.71 
 
 
239 aa  77.8  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.37 
 
 
239 aa  76.6  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0381  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.23 
 
 
236 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.738013  normal  0.331802 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  28.81 
 
 
251 aa  75.1  0.0000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  27.4 
 
 
239 aa  74.3  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5186  exonuclease  29.02 
 
 
235 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.56 
 
 
236 aa  73.6  0.000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  25 
 
 
232 aa  72.4  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4703  exonuclease  28.16 
 
 
237 aa  71.2  0.000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205144  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.21 
 
 
233 aa  71.2  0.000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0089  exonuclease  25.14 
 
 
233 aa  70.1  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.289343 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.75 
 
 
232 aa  70.1  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.45 
 
 
233 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.52 
 
 
233 aa  67.4  0.0000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  23.21 
 
 
232 aa  67.8  0.0000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0470  exonuclease, putative  28.09 
 
 
237 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.86 
 
 
213 aa  66.2  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0814  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.8 
 
 
200 aa  65.9  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0852065 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0318  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.07 
 
 
267 aa  65.5  0.0000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.82 
 
 
205 aa  65.1  0.0000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0099  DNA polymerase III subunit epsilon  22.33 
 
 
238 aa  64.7  0.0000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  24.42 
 
 
246 aa  63.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0979  DNA polymerase III subunit epsilon  27.98 
 
 
241 aa  63.9  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0266  DNA polymerase III subunit epsilon  29.17 
 
 
240 aa  63.5  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003607  DNA polymerase III epsilon subunit  24.04 
 
 
248 aa  63.5  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4955  exonuclase  25.15 
 
 
228 aa  62.4  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1024  exonuclease  26.87 
 
 
236 aa  62  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.747104  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1295  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.94 
 
 
200 aa  61.6  0.000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.961159  normal  0.477064 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2156  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.59 
 
 
934 aa  60.5  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.814989  hitchhiker  0.00934468 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3347  exonuclease  24.54 
 
 
233 aa  59.7  0.00000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  24.86 
 
 
200 aa  58.9  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  24.86 
 
 
200 aa  59.3  0.00000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.97 
 
 
207 aa  58.9  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0909  DNA polymerase III subunit epsilon  25.88 
 
 
236 aa  59.3  0.00000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0718919  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  24.39 
 
 
249 aa  58.5  0.00000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05890  DNA polymerase III, epsilon subunit  25 
 
 
240 aa  58.5  0.00000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.55 
 
 
206 aa  58.2  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  28.65 
 
 
240 aa  58.2  0.00000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  24.35 
 
 
228 aa  58.2  0.00000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2322  DNA polymerase III subunit epsilon  24.71 
 
 
238 aa  58.2  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0721155  normal  0.012289 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  24.86 
 
 
200 aa  58.2  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  26.97 
 
 
207 aa  57.8  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  27.49 
 
 
729 aa  56.6  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1810  DNA polymerase III subunit epsilon  25.99 
 
 
238 aa  57  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  23.16 
 
 
235 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0968  DNA polymerase III subunit epsilon  24.86 
 
 
238 aa  56.6  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00723  putative DNA polymerase, exonuclease activity  24.87 
 
 
226 aa  55.8  0.0000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1948  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  25.99 
 
 
184 aa  56.2  0.0000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.111386  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1982  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.99 
 
 
184 aa  56.2  0.0000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  27.71 
 
 
714 aa  55.5  0.0000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1068  DNA polymerase III, epsilon chain  22.81 
 
 
277 aa  55.5  0.0000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1647  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  27.59 
 
 
320 aa  53.9  0.000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000174997  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0050  DNA polymerase III subunit epsilon  25.12 
 
 
239 aa  54.3  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000926  DNA polymerase III epsilon subunit  25.44 
 
 
236 aa  54.3  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1432  exonuclease  27.62 
 
 
184 aa  53.9  0.000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1583  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.79 
 
 
203 aa  53.5  0.000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.132729 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1698  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.86 
 
 
228 aa  53.5  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.97 
 
 
706 aa  53.9  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0766  CRISPR-associated endoribonuclease Cas2  23.08 
 
 
359 aa  53.5  0.000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0695815 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1003  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.86 
 
 
960 aa  52.8  0.000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  27.75 
 
 
226 aa  52.8  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4339  DNA polymerase III subunit epsilon  24.49 
 
 
236 aa  52.8  0.000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3823  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.26 
 
 
200 aa  52.8  0.000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00858387 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  27.42 
 
 
1390 aa  52.8  0.000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0700  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.21 
 
 
220 aa  52  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.277225  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3130  DNA polymerase III subunit epsilon  24.42 
 
 
240 aa  52  0.000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.411931  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  25.99 
 
 
230 aa  52  0.000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0265  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  25.44 
 
 
228 aa  52  0.000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>