More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PsycPRwf_0036 on replicon NC_009524
Organism: Psychrobacter sp. PRwf-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009524  PsycPRwf_0036  pseudouridine synthase  100 
 
 		 234 aa  476  1e-134  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000127048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0024  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  79.91 
 
 		 239 aa  394  1e-109  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0145109  normal  0.0845626 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0031  pseudouridine synthase, Rsu  79.91 
 
 		 234 aa  394  1e-109  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000138708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1950  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  46.44 
 
 		 232 aa  204  7e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.588471  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2975  pseudouridine synthase  47.86 
 
 		 230 aa  203  2e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0220169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02655  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  47.46 
 
 		 233 aa  198  7e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2352  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.83 
 
 		 232 aa  196  2.0000000000000003e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1910  16S rRNA pseudouridylate synthase A  44.44 
 
 		 231 aa  196  3e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.800741  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003781  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  45.99 
 
 		 233 aa  193  2e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000946261  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1639  16S rRNA pseudouridylate synthase A  44.02 
 
 		 231 aa  192  5e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1090  pseudouridine synthase, Rsu  46.81 
 
 		 229 aa  192  5e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000837656  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1241  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  47.23 
 
 		 231 aa  191  6e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000134561  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02113  16S rRNA pseudouridylate 516 synthase  42.31 
 
 		 231 aa  190  2e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.09778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1474  pseudouridine synthase  42.31 
 
 		 231 aa  190  2e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000156324  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1464  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.31 
 
 		 231 aa  190  2e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00167101  normal  0.759434 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2332  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.31 
 
 		 231 aa  190  2e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0531797  normal  0.0465983 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02072  hypothetical protein  42.31 
 
 		 231 aa  190  2e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.114044  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.31 
 
 		 231 aa  190  2e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.31 
 
 		 231 aa  190  2e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0340688  normal  0.608364 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2481  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.31 
 
 		 231 aa  190  2e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0457418  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2136  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  44.67 
 
 		 243 aa  189  2.9999999999999997e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2371  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.88 
 
 		 231 aa  188  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000147517  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2462  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.88 
 
 		 231 aa  188  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2573  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.88 
 
 		 231 aa  188  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  hitchhiker  0.00365879 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2416  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.88 
 
 		 231 aa  188  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0365053  normal  0.123384 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0775  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.88 
 
 		 231 aa  188  7e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.329505  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2793  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.83 
 
 		 235 aa  187  8e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2718  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.83 
 
 		 235 aa  187  8e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00684404  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3252  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.31 
 
 		 237 aa  187  1e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.274461 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1490  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.83 
 
 		 235 aa  187  1e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.708247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0843  pseudouridine synthase, Rsu  45.73 
 
 		 229 aa  187  1e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000223089  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2459  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.88 
 
 		 231 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.8368  hitchhiker  0.0000353867 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3176  pseudouridine synthase  44.87 
 
 		 230 aa  184  8e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3730  pseudouridine synthase  44.44 
 
 		 230 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.754242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2779  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.31 
 
 		 235 aa  182  3e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0792  pseudouridine synthase  44.26 
 
 		 229 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.305614  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0687  pseudouridine synthase  45.73 
 
 		 246 aa  181  6e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.302513  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1893  pseudouridine synthase  42.74 
 
 		 238 aa  181  8.000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3527  pseudouridine synthase  42.74 
 
 		 230 aa  181  9.000000000000001e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0423129  hitchhiker  0.000538559 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2438  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.67 
 
 		 232 aa  181  1e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157492  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3178  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  45.11 
 
 		 235 aa  179  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021025  normal  0.1902 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0788  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  45.11 
 
 		 235 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0198055  normal  0.495021 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3623  pseudouridine synthase  45.3 
 
 		 246 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2614  pseudouridine synthase, Rsu  42.31 
 
 		 230 aa  179  4e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.736823 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3555  pseudouridine synthase  45.3 
 
 		 250 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.114028  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3746  pseudouridine synthase  45.3 
 
 		 256 aa  178  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.43387 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2562  pseudouridine synthase, Rsu  43.16 
 
 		 229 aa  176  2e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0760  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  44.68 
 
 		 235 aa  176  3e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000225375  normal  0.539293 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4032  pseudouridine synthase  42.31 
 
 		 233 aa  174  9e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0424  pseudouridine synthase  43.16 
 
 		 233 aa  174  9e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3909  pseudouridine synthase  42.31 
 
 		 233 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3265  putative ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.28 
 
 		 232 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.777332  normal  0.943696 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3836  pseudouridine synthase  42.31 
 
 		 233 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3507  pseudouridine synthase  40.17 
 
 		 256 aa  169  3e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0107621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2018  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A (16S pseudouridine 516 synthase)  41.77 
 
 		 234 aa  167  9e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136483  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0793  pseudouridine synthase, Rsu  43.1 
 
 		 233 aa  167  2e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0689585  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3214  pseudouridine synthase  41.03 
 
 		 239 aa  165  5.9999999999999996e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3411  pseudouridine synthase  40.76 
 
 		 239 aa  164  8e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1389  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.6 
 
 		 229 aa  162  4.0000000000000004e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.31939  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3602  pseudouridine synthase  40 
 
 		 231 aa  162  5.0000000000000005e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1421  pseudouridine synthase  42.74 
 
 		 229 aa  160  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.722777 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1919  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.1 
 
 		 242 aa  155  6e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000207089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4402  pseudouridine synthase  37.66 
 
 		 230 aa  154  8e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.53311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3042  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.82 
 
 		 233 aa  154  2e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.412823  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0674  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A protein  40.89 
 
 		 252 aa  149  3e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1335  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  36.78 
 
 		 230 aa  149  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4790  putative pseudouridylate synthase  36.82 
 
 		 230 aa  149  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.945125  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1800  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  44.44 
 
 		 239 aa  148  6e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000268682 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0566  pseudouridine synthase  39.3 
 
 		 248 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.472226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0541  ribosomal small subunit pseudouridine synthase  39.74 
 
 		 236 aa  146  2.0000000000000003e-34  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.504782  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0478  pseudouridine synthase  40.61 
 
 		 236 aa  146  2.0000000000000003e-34  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54800  putative pseudouridylate synthase  36.4 
 
 		 230 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000413274  hitchhiker  0.000000000000196922 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0618  pseudouridine synthase  47.88 
 
 		 248 aa  145  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.599646  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1626  pseudouridine synthase  43.65 
 
 		 249 aa  145  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126651  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2908  pseudouridine synthase  37.18 
 
 		 230 aa  145  4.0000000000000006e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.114904  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3981  pseudouridine synthase, Rsu  34.58 
 
 		 230 aa  145  5e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1050  pseudouridine synthase  37.24 
 
 		 233 aa  145  5e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0916  pseudouridine synthase  36.91 
 
 		 236 aa  144  1e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4413  putative ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  35.8 
 
 		 240 aa  144  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  36.32 
 
 		 238 aa  144  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0704  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  35.86 
 
 		 251 aa  143  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2976  pseudouridine synthase, Rsu  41.99 
 
 		 247 aa  142  3e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.751101  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2786  pseudouridine synthase  43.89 
 
 		 244 aa  143  3e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.103748  hitchhiker  0.00337231 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1355  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  35.98 
 
 		 230 aa  142  4e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.440564 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1183  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  36.68 
 
 		 245 aa  140  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.471915 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1103  pseudouridine synthase  35.78 
 
 		 245 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4313  pseudouridine synthase  35.56 
 
 		 232 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.141512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3175  pseudouridine synthase, Rsu  36.97 
 
 		 241 aa  138  6e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.974586  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0099  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.61 
 
 		 245 aa  138  7.999999999999999e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4247  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  34.75 
 
 		 230 aa  138  7.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.693259  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3714  pseudouridine synthase, Rsu  32.07 
 
 		 249 aa  138  7.999999999999999e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1013  pseudouridine synthase  35.98 
 
 		 256 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.163733  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1494  pseudouridine synthase  38.2 
 
 		 232 aa  137  2e-31  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2997  pseudouridine synthase, Rsu  35.98 
 
 		 241 aa  137  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000190948  normal  0.168091 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3276  pseudouridine synthase  35.98 
 
 		 235 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.471385  normal  0.11353 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3078  pseudouridine synthase, Rsu  35.98 
 
 		 241 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0152798  normal  0.772446 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0016  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  35.68 
 
 		 235 aa  135  4e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.162823 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1115  pseudouridine synthase  35.98 
 
 		 256 aa  135  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.288715  hitchhiker  0.0098701 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0135  pseudouridine synthase  34.29 
 
 		 245 aa  135  4e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.911961  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0996  pseudouridine synthase  35.59 
 
 		 247 aa  135  5e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>