More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3193 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3193  dihydrodipicolinate synthase  100 
 
 		 289 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2639  dihydrodipicolinate synthase  92.23 
 
 		 288 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2140  dihydrodipicolinate synthase  92.23 
 
 		 288 aa  535  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2222  dihydrodipicolinate synthase  56.69 
 
 		 294 aa  332  6e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000157048 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5899  dihydrodipicolinate synthase  48.97 
 
 		 307 aa  265  7e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.48901  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1836  dihydrodipicolinate synthetase  49.82 
 
 		 331 aa  264  1e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792867  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2107  dihydrodipicolinate synthase family protein  48.81 
 
 		 307 aa  264  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0666  dihydrodipicolinate synthase  48.57 
 
 		 302 aa  263  3e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.390614  normal  0.919592 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3191  dihydrodipicolinate synthetase  74.14 
 
 		 189 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.423646  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4731  dihydrodipicolinate synthase  47.02 
 
 		 287 aa  249  3e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0522382  normal  0.189111 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0609  dihydrodipicolinate synthase  46.32 
 
 		 302 aa  245  6e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2195  dihydrodipicolinate synthase  50.53 
 
 		 300 aa  244  8e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00262069  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0557  dihydrodipicolinate synthase  46.32 
 
 		 302 aa  242  6e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.13384  normal  0.786479 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0665  dihydrodipicolinate synthase-like transmembrane protein  45.2 
 
 		 304 aa  224  2e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1243  dihydrodipicolinate synthase  48.75 
 
 		 318 aa  219  3.9999999999999997e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.323675  hitchhiker  0.00715557 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5213  dihydrodipicolinate synthase  48.59 
 
 		 311 aa  216  4e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2856  dihydrodipicolinate synthase  42.05 
 
 		 297 aa  205  7e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.863672 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2993  dihydrodipicolinate synthase  41.18 
 
 		 297 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6298  dihydrodipicolinate synthase subfamily protein  40.43 
 
 		 297 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0323  dihydrodipicolinate synthase  39.57 
 
 		 295 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2967  dihydrodipicolinate synthase  39.72 
 
 		 297 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.762696 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2332  dihydrodipicolinate synthase  38.43 
 
 		 297 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0502282  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2946  dihydrodipicolinate synthase  38.43 
 
 		 297 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0382  dihydrodipicolinate synthase  38.65 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.114988  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0557  dihydrodipicolinate synthase  38.65 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0367  dihydrodipicolinate synthase  38.65 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2960  dihydrodipicolinate synthase  37.37 
 
 		 302 aa  185  7e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2941  dihydrodipicolinate synthase  39.13 
 
 		 299 aa  178  8e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0029  putative dihydrodipicolinate synthase  38.71 
 
 		 294 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0774  dihydrodipicolinate synthase  35.54 
 
 		 292 aa  174  9.999999999999999e-43  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.392848  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0317  dihydrodipicolinate synthase  31.18 
 
 		 289 aa  167  2e-40  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1449  dihydrodipicolinate synthase  32.39 
 
 		 289 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2769  dihydrodipicolinate synthase  36.3 
 
 		 296 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1597  dihydrodipicolinate synthase  29.68 
 
 		 289 aa  165  8e-40  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0966  dihydrodipicolinate synthase  36.86 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.318668  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1031  dihydrodipicolinate synthase  29.68 
 
 		 289 aa  162  6e-39  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.432132  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0147  dihydrodipicolinate synthase  33.68 
 
 		 291 aa  159  4e-38  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1170  dihydrodipicolinate synthase  32.87 
 
 		 290 aa  156  4e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000026647  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1134  dihydrodipicolinate synthase  33.79 
 
 		 295 aa  155  7e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0097  dihydrodipicolinate synthase  35.93 
 
 		 297 aa  154  1e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1396  dihydrodipicolinate synthase  32.29 
 
 		 313 aa  155  1e-36  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.158147  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2744  dihydrodipicolinate synthase  33.56 
 
 		 309 aa  154  2e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.67132  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3063  dihydrodipicolinate synthase  33.1 
 
 		 290 aa  154  2e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0542018  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1150  dihydrodipicolinate synthase  34.4 
 
 		 291 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0615  dihydrodipicolinate synthase  35.09 
 
 		 307 aa  152  5.9999999999999996e-36  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0794  dihydrodipicolinate synthase  32.98 
 
 		 314 aa  152  7e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6805  dihydrodipicolinate synthase  32.98 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.591839 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1492  dihydrodipicolinate synthase  32.18 
 
 		 291 aa  150  2e-35  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.944504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0056  dihydrodipicolinate synthase  33.21 
 
 		 291 aa  151  2e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.821032  normal  0.798921 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3473  dihydrodipicolinate synthase  33.21 
 
 		 292 aa  150  2e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0644338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0562  dihydrodipicolinate synthase  35.44 
 
 		 292 aa  150  2e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00078537 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0476  dihydrodipicolinate synthase  32.12 
 
 		 291 aa  150  3e-35  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0826  dihydrodipicolinate synthase  33.45 
 
 		 295 aa  150  3e-35  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.545696  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0848  dihydrodipicolinate synthase  35.27 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.538248 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0946  dihydrodipicolinate synthase  32.27 
 
 		 294 aa  149  4e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0072  dihydrodipicolinate synthase  30.53 
 
 		 304 aa  149  6e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1271  dihydrodipicolinate synthase  31.63 
 
 		 294 aa  149  6e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000148368  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3043  dihydrodipicolinate synthase  31.93 
 
 		 290 aa  149  6e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.366614  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6246  dihydrodipicolinate synthase family protein  37.01 
 
 		 288 aa  148  8e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0979  dihydrodipicolinate synthase  33.8 
 
 		 307 aa  147  1.0000000000000001e-34  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0699558  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0211  dihydrodipicolinate synthase  32.04 
 
 		 290 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.397143  hitchhiker  0.00000000242674 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4525  dihydrodipicolinate synthase  35.54 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1149  dihydrodipicolinate synthase  33.22 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0908  dihydrodipicolinate synthase  27.66 
 
 		 288 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1296  dihydrodipicolinate synthase  32.99 
 
 		 292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000060181  normal  0.083937 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1458  dihydrodipicolinate synthase  32.29 
 
 		 291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.370783  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1450  dihydrodipicolinate synthase  32.99 
 
 		 296 aa  146  4.0000000000000006e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1790  dihydrodipicolinate synthase  33.1 
 
 		 290 aa  145  5e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2062  dihydrodipicolinate synthase  31.25 
 
 		 291 aa  145  6e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0670  dihydrodipicolinate synthase  32.75 
 
 		 288 aa  145  9e-34  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1415  dihydrodipicolinate synthase  30.95 
 
 		 294 aa  144  1e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2365  dihydrodipicolinate synthase  36.3 
 
 		 294 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.732087 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1942  dihydrodipicolinate synthase  32.17 
 
 		 292 aa  143  4e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1797  dihydrodipicolinate synthase  32.64 
 
 		 292 aa  143  4e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000131213  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1068  dihydrodipicolinate synthase  33.45 
 
 		 292 aa  142  4e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.126267  normal  0.042063 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2538  dihydrodipicolinate synthase  30.66 
 
 		 298 aa  143  4e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.127413 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0351  dihydrodipicolinate synthase  32.64 
 
 		 295 aa  142  5e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2438  dihydrodipicolinate synthase  32.62 
 
 		 291 aa  142  5e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.220136  normal  0.277798 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0964  2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase  34.27 
 
 		 308 aa  142  5e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25250  dihydrodipicolinate synthase  35.34 
 
 		 341 aa  142  7e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4054  dihydrodipicolinate synthase  32.04 
 
 		 290 aa  142  7e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4144  dihydrodipicolinate synthase  32.04 
 
 		 290 aa  142  8e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1939  dihydrodipicolinate synthase  32.6 
 
 		 296 aa  142  9e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1658  dihydrodipicolinate synthase  33.92 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10460  dihydrodipicolinate synthase  35 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.184566  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0667  dihydrodipicolinate synthase  32.39 
 
 		 332 aa  141  9.999999999999999e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.448308  decreased coverage  0.00548285 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3171  dihydrodipicolinate synthase  32.4 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.288667 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08690  dihydrodipicolinate synthase  30.42 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0207042  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1503  dihydrodipicolinate synthase  34.69 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00000230491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1875  dihydrodipicolinate synthase  28.98 
 
 		 288 aa  140  3e-32  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1874  dihydrodipicolinate synthase  33.33 
 
 		 292 aa  140  3e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.013061 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2190  dihydrodipicolinate synthase  33.83 
 
 		 314 aa  139  3.9999999999999997e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3086  dihydrodipicolinate synthase  33.69 
 
 		 326 aa  139  4.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.167482  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2262  dihydrodipicolinate synthase  31.45 
 
 		 290 aa  139  7e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2234  dihydrodipicolinate synthase  31.1 
 
 		 290 aa  137  1e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2421  dihydrodipicolinate synthase  30.86 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000015991  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1389  dihydrodipicolinate synthase  34.7 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0234  dihydrodipicolinate synthase  29.68 
 
 		 290 aa  138  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1347  dihydrodipicolinate synthase  34.64 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0665282  decreased coverage  0.0000471677 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0583  dihydrodipicolinate synthase  29.89 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>