75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4060 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4060  TonB family protein  100 
 
 		 263 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.910663  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3238  tonB protein, putative  50.27 
 
 		 274 aa  143  3e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.70516  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05000  TonB protein  67.05 
 
 		 290 aa  136  3.0000000000000003e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00767831  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0356  periplasmic protein TonB  43.96 
 
 		 199 aa  83.2  0.000000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0245094  normal  0.451591 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03431  putative TonB2 protein  42.55 
 
 		 202 aa  82.8  0.000000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1064  TonB family protein  40.86 
 
 		 202 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3972  putative TonB protein  36.17 
 
 		 223 aa  71.2  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0113  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  33.33 
 
 		 207 aa  63.2  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.158306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0115  TonB protein  36.49 
 
 		 206 aa  60.1  0.00000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2615  antirepressor regulating drug resistance signal transduction N-terminal membrane component-like  30.23 
 
 		 467 aa  60.1  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1150  tonB2 protein  29.35 
 
 		 206 aa  55.5  0.0000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.595511  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0610  TonB-like protein  34.18 
 
 		 217 aa  55.5  0.0000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00121909  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0901  TonB3 protein  33.33 
 
 		 207 aa  53.5  0.000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.686601  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0873  TonB family protein  34.94 
 
 		 205 aa  52.8  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000844  ferric siderophore transport system binding protein TonB  32.53 
 
 		 206 aa  52.4  0.000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5487  cell wall anchor domain-containing protein  26.76 
 
 		 3242 aa  51.2  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03563  TonB domain protein  33.33 
 
 		 392 aa  51.2  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2999  TonB family protein  30.59 
 
 		 396 aa  51.2  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1644  TonB family protein  31.91 
 
 		 206 aa  49.7  0.00005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.219382  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1258  TonB-like protein  37.5 
 
 		 206 aa  49.7  0.00005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.973667  hitchhiker  0.0001567 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2714  TonB family protein  32.26 
 
 		 206 aa  49.3  0.00006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0362691  decreased coverage  0.0000000109888 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1666  TonB family protein  31.91 
 
 		 206 aa  49.3  0.00006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.580767  normal  0.13034 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1629  TonB family protein  29.35 
 
 		 206 aa  49.3  0.00006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.589143  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1521  TonB family protein  36.62 
 
 		 206 aa  49.3  0.00006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2622  TonB family protein  36.62 
 
 		 207 aa  49.3  0.00006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.052579  hitchhiker  0.00000122116 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2460  TonB family protein  36.62 
 
 		 207 aa  49.3  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.43169  hitchhiker  0.0000000910497 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1828  TonB2 protein  36.62 
 
 		 207 aa  49.3  0.00007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2530  TonB family protein  36.62 
 
 		 207 aa  49.3  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0930867  unclonable  0.0000251685 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4148  TonB family protein  28.72 
 
 		 203 aa  48.9  0.00008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0186  TonB family protein  28.72 
 
 		 203 aa  48.5  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3957  TonB family protein  27.66 
 
 		 203 aa  47.8  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0876  TonB family protein  25 
 
 		 205 aa  47.8  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3759  TonB family protein  31.25 
 
 		 203 aa  47.4  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0245  TonB family protein  30.49 
 
 		 203 aa  47.8  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2648  TonB family protein  35.62 
 
 		 206 aa  47  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0343675  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1575  TonB family protein  36.99 
 
 		 206 aa  47.4  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00700508  normal  0.018049 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2421  TonB-like protein  30.99 
 
 		 207 aa  47  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00537232  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2147  transport protein TonB  33.72 
 
 		 252 aa  47  0.0004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.380081  normal  0.047468 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3332  TonB family protein  32.53 
 
 		 362 aa  46.6  0.0004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00224785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2055  transport protein TonB  33.72 
 
 		 256 aa  47  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1946  transport protein TonB  33.72 
 
 		 256 aa  47  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.940635  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02810  TonB2 protein  29.55 
 
 		 131 aa  46.6  0.0004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.417398  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2622  TonB family protein  35.21 
 
 		 206 aa  46.6  0.0004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.083203  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3832  TonB family protein  31.25 
 
 		 203 aa  46.2  0.0005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3763  TonB family protein  28.95 
 
 		 373 aa  46.2  0.0005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4564  TonB2 protein, putative  31.25 
 
 		 203 aa  46.2  0.0006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1735  TonB family protein  25.2 
 
 		 228 aa  46.2  0.0006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.298977  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3603  TonB family protein  33.73 
 
 		 371 aa  45.8  0.0006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2474  TonB family protein  28.26 
 
 		 205 aa  46.2  0.0006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.945787  hitchhiker  0.0000507957 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0576  TonB family protein  30.99 
 
 		 370 aa  45.4  0.0008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0547  TonB family protein  30.99 
 
 		 369 aa  45.4  0.0008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0571  TonB family protein  30.99 
 
 		 370 aa  45.8  0.0008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.480586 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3075  TonB family protein  35.62 
 
 		 206 aa  45.4  0.0009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000259813  hitchhiker  0.0000181204 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0523  TonB family protein  32.53 
 
 		 371 aa  45.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3429  TonB family protein  32.53 
 
 		 371 aa  45.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1890  TonB family protein  30.59 
 
 		 391 aa  45.4  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3481  TonB family protein  32.18 
 
 		 363 aa  44.7  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00509083  normal  0.0825777 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2986  TonB family protein  28.24 
 
 		 204 aa  44.7  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.328592  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0148  TonB-like protein  28.57 
 
 		 244 aa  44.7  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00000978892  hitchhiker  0.00708657 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2774  TonB family protein  35.21 
 
 		 354 aa  44.3  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0960618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06756  hypothetical protein  34.85 
 
 		 206 aa  44.3  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72970  TonB protein  27.27 
 
 		 342 aa  43.5  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.953349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6333  TonB protein  26.6 
 
 		 305 aa  43.5  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.981899  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3457  TonB2 protein, putative  26.44 
 
 		 202 aa  43.5  0.004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0632  TonB family protein  32.39 
 
 		 370 aa  43.1  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2444  TonB domain-containing protein  30.23 
 
 		 361 aa  43.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0960107  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1010  TonB family protein  34.67 
 
 		 466 aa  43.1  0.005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0128587 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2922  TonB family protein  33.33 
 
 		 458 aa  42.7  0.005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.947626 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1782  TonB family protein  32.5 
 
 		 252 aa  42.7  0.006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4043  TonB domain-containing protein  30.49 
 
 		 369 aa  42.7  0.006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1889  hypothetical protein  37.5 
 
 		 462 aa  42.7  0.006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2614  TonB-like periplasmic protein  35.38 
 
 		 209 aa  42.4  0.007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.496859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0905  TonB-like protein  30.86 
 
 		 203 aa  42.7  0.007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2537  TonB family protein  32.46 
 
 		 190 aa  42.4  0.009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0741915  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2270  TonB family protein  31.71 
 
 		 368 aa  42  0.009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00628561  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>