106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2774 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_2774  TonB family protein  100 
 
 
354 aa  728    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0960618  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3481  TonB family protein  53.52 
 
 
363 aa  362  5.0000000000000005e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00509083  normal  0.0825777 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3332  TonB family protein  49.85 
 
 
362 aa  362  6e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00224785  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0632  TonB family protein  46.93 
 
 
370 aa  350  2e-95  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3603  TonB family protein  47.67 
 
 
371 aa  346  3e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3429  TonB family protein  46.3 
 
 
371 aa  340  2e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0523  TonB family protein  46.03 
 
 
371 aa  340  2e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4043  TonB domain-containing protein  45.65 
 
 
369 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0576  TonB family protein  46.09 
 
 
370 aa  339  4e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0571  TonB family protein  46.37 
 
 
370 aa  338  8e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.480586 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0547  TonB family protein  46.09 
 
 
369 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2270  TonB family protein  44.9 
 
 
368 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00628561  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3763  TonB family protein  46.09 
 
 
373 aa  323  3e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2999  TonB family protein  44.7 
 
 
396 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2444  TonB domain-containing protein  45.14 
 
 
361 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0960107  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4762  TonB domain-containing protein  32.03 
 
 
367 aa  197  2.0000000000000003e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2622  TonB family protein  42.7 
 
 
206 aa  89.7  7e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.083203  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4804  TonB domain-containing protein  47.44 
 
 
349 aa  87.4  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2421  TonB-like protein  40.66 
 
 
207 aa  87  5e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00537232  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2622  TonB family protein  41.11 
 
 
207 aa  86.3  7e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.052579  hitchhiker  0.00000122116 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3286  TonB family protein  44.71 
 
 
368 aa  86.3  8e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2460  TonB family protein  40 
 
 
207 aa  85.9  9e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.43169  hitchhiker  0.0000000910497 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2530  TonB family protein  40 
 
 
207 aa  85.9  9e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0930867  unclonable  0.0000251685 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1521  TonB family protein  41.76 
 
 
206 aa  85.9  9e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1666  TonB family protein  40.66 
 
 
206 aa  85.9  9e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.580767  normal  0.13034 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1629  TonB family protein  40.66 
 
 
206 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.589143  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3075  TonB family protein  34.78 
 
 
206 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000259813  hitchhiker  0.0000181204 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2714  TonB family protein  40.66 
 
 
206 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0362691  decreased coverage  0.0000000109888 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1828  TonB2 protein  40.4 
 
 
207 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1644  TonB family protein  40 
 
 
206 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.219382  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2474  TonB family protein  41.11 
 
 
205 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.945787  hitchhiker  0.0000507957 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2648  TonB family protein  41.11 
 
 
206 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0343675  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02810  TonB2 protein  47.73 
 
 
131 aa  84  0.000000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.417398  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1258  TonB-like protein  41.76 
 
 
206 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.973667  hitchhiker  0.0001567 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2986  TonB family protein  38.24 
 
 
204 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.328592  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1575  TonB family protein  38.89 
 
 
206 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00700508  normal  0.018049 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03563  TonB domain protein  39.22 
 
 
392 aa  79.7  0.00000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3752  putative TonB protein  41.38 
 
 
203 aa  75.5  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.208637  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0115  TonB protein  40.21 
 
 
206 aa  72  0.00000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3539  TonB family protein  42.11 
 
 
219 aa  71.6  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1150  tonB2 protein  38.46 
 
 
206 aa  67.4  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.595511  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0901  TonB3 protein  38.04 
 
 
207 aa  67.4  0.0000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.686601  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000844  ferric siderophore transport system binding protein TonB  36.47 
 
 
206 aa  66.6  0.0000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0610  TonB-like protein  30.16 
 
 
217 aa  64.7  0.000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00121909  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4564  TonB2 protein, putative  36.36 
 
 
203 aa  62  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3957  TonB family protein  34.09 
 
 
203 aa  60.1  0.00000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3759  TonB family protein  34.09 
 
 
203 aa  60.1  0.00000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3832  TonB family protein  34.09 
 
 
203 aa  59.3  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3342  antirepressor regulating drug resistance protein  27.18 
 
 
403 aa  59.3  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1494  putative GAF sensor protein  37.35 
 
 
582 aa  58.5  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.980694  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3457  TonB2 protein, putative  35.9 
 
 
202 aa  58.5  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4148  TonB family protein  33.71 
 
 
203 aa  56.2  0.0000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0905  TonB-like protein  36.62 
 
 
203 aa  55.8  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0186  TonB family protein  33.71 
 
 
203 aa  55.8  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2922  TonB family protein  33.77 
 
 
458 aa  55.8  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.947626 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0245  TonB family protein  32.39 
 
 
203 aa  54.7  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0356  periplasmic protein TonB  32.69 
 
 
199 aa  54.7  0.000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0245094  normal  0.451591 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1735  TonB family protein  29.76 
 
 
228 aa  53.1  0.000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.298977  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1064  TonB family protein  31.46 
 
 
202 aa  52.8  0.000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3584  TonB family protein  32.14 
 
 
405 aa  52.4  0.00001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2995  TonB family protein  32.18 
 
 
417 aa  52.4  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0385  TonB family protein  29.21 
 
 
112 aa  51.2  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.796996 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03431  putative TonB2 protein  31.71 
 
 
202 aa  51.2  0.00003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1840  TonB family protein  32.1 
 
 
138 aa  50.4  0.00004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.259302 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1421  transport protein TonB  30.23 
 
 
239 aa  50.1  0.00005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.117229  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1202  TonB family protein  31.71 
 
 
244 aa  49.3  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000141399 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1487  TonB family protein  31.71 
 
 
244 aa  49.3  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0148  TonB-like protein  27.71 
 
 
244 aa  48.5  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00000978892  hitchhiker  0.00708657 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001860  ferric siderophore transport system binding protein TonB  33.33 
 
 
210 aa  48.1  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3738  TonB family protein  28.57 
 
 
404 aa  48.5  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.595285  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2295  transport protein TonB  40.98 
 
 
251 aa  48.1  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1995  transport protein TonB  40 
 
 
252 aa  48.5  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0439  TonB domain-containing protein  30.12 
 
 
215 aa  47.8  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.31739  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1890  TonB family protein  30.95 
 
 
391 aa  47.8  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06756  hypothetical protein  31.34 
 
 
206 aa  47.8  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1889  hypothetical protein  39.68 
 
 
462 aa  47.4  0.0004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2536  TonB family protein  25.97 
 
 
212 aa  47  0.0004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.122323  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3868  TonB family protein  38.1 
 
 
334 aa  47  0.0004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.983758  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2396  TonB family protein  33.73 
 
 
244 aa  47  0.0005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.010558  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1508  TonB family protein  30.86 
 
 
121 aa  47  0.0005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0737  TonB family protein  32.47 
 
 
251 aa  47  0.0005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1410  transport protein TonB  33.73 
 
 
239 aa  46.6  0.0006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.981029  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3209  TonB family protein  31.34 
 
 
397 aa  46.6  0.0006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.909373  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2375  transport protein TonB  33.73 
 
 
244 aa  46.6  0.0006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.131569  hitchhiker  0.00000150062 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1880  transport protein TonB  33.73 
 
 
243 aa  46.6  0.0006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000508248 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1739  transport protein TonB  33.73 
 
 
239 aa  46.6  0.0006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000184106  hitchhiker  0.00504823 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01226  membrane spanning protein in TonB-ExbB-ExbD complex  33.73 
 
 
239 aa  46.6  0.0007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1361  transport protein TonB  33.73 
 
 
239 aa  46.6  0.0007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000400843  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01236  hypothetical protein  33.73 
 
 
239 aa  46.6  0.0007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4622  TonB family protein  27.71 
 
 
233 aa  46.2  0.0008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.273599  hitchhiker  0.0000876595 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1010  TonB family protein  32.99 
 
 
466 aa  45.8  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0128587 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1049  TonB-like  32.05 
 
 
223 aa  44.7  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2185  transport protein TonB  39.34 
 
 
249 aa  45.1  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.150473  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4047  TonB family protein  26.92 
 
 
245 aa  44.3  0.003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.866851 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0327  tonB1 protein  32.05 
 
 
249 aa  43.9  0.004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000128507  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1009  TonB family protein  36.36 
 
 
565 aa  44.3  0.004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0137762 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05000  TonB protein  40.28 
 
 
290 aa  43.9  0.004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00767831  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2614  TonB-like periplasmic protein  32.81 
 
 
209 aa  43.9  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.496859  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0245  TonB-like protein  25.27 
 
 
255 aa  43.5  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.854856  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2868  hypothetical protein  31.71 
 
 
148 aa  43.5  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>