225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1168 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1168  outer membrane porin  100 
 
 		 442 aa  885    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.012931  normal  0.278101 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  70.38 
 
 		 439 aa  580  1e-164  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01240  OprE-like outer membrane porin  59.73 
 
 		 440 aa  550  1e-155  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.464345  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05170  OprE-like outer membrane porin  61.21 
 
 		 439 aa  545  1e-154  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0885067  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31670  outer membrane porin OprE  64.51 
 
 		 445 aa  544  1e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49580  OprE-like outer membrane porin  60.51 
 
 		 441 aa  541  9.999999999999999e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.607029  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0382  outer membrane porin OprE precursor  61 
 
 		 460 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31180  OprE-like outer membrane porin  61.03 
 
 		 439 aa  539  9.999999999999999e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25950  OprE-like outer membrane porin  58.61 
 
 		 443 aa  535  1e-151  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.249173  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03800  anaerobically-induced outer membrane porin OprE precursor  60.82 
 
 		 463 aa  533  1e-150  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.314855  normal  0.413921 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21290  OprE-like outer membrane porin  59.23 
 
 		 457 aa  522  1e-147  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19070  outer membrane porin, OprE-like protein  57.4 
 
 		 442 aa  509  1e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4306  outer membrane porin  59.29 
 
 		 437 aa  509  1e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10640  OprE-like outer membrane porin  54.27 
 
 		 456 aa  478  1e-134  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0112866  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22560  OprE-like outer membrane porin  55.36 
 
 		 443 aa  463  1e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5417  outer membrane porin  53.3 
 
 		 447 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0532754  normal  0.0252012 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2927  outer membrane porin OprE  51.51 
 
 		 443 aa  403  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0534215  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0234  outer membrane porin  50.76 
 
 		 444 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0151017  decreased coverage  0.000172994 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4878  outer membrane porin  47.42 
 
 		 448 aa  379  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.477958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0249  outer membrane porin  48.82 
 
 		 446 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00208088  normal  0.123914 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4978  outer membrane porin  48.81 
 
 		 443 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000630026  normal  0.206455 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0258  outer membrane porin  49.68 
 
 		 442 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.103273  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5318  outer membrane porin, OprD family  46.5 
 
 		 448 aa  363  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  45.33 
 
 		 418 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  45.77 
 
 		 427 aa  352  7e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  46.01 
 
 		 427 aa  352  1e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  43.33 
 
 		 421 aa  346  6e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  45.66 
 
 		 417 aa  345  1e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  43.11 
 
 		 421 aa  344  2e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  45.08 
 
 		 417 aa  340  2e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  45.43 
 
 		 417 aa  341  2e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  44.23 
 
 		 422 aa  340  4e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  43.45 
 
 		 429 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  43.22 
 
 		 429 aa  334  2e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  42.99 
 
 		 429 aa  333  3e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  42.05 
 
 		 429 aa  332  9e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  41.82 
 
 		 421 aa  322  6e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  42.64 
 
 		 421 aa  316  5e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  42.57 
 
 		 416 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1272  outer membrane porin OprE  41.12 
 
 		 417 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  40.72 
 
 		 411 aa  301  1e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  39.56 
 
 		 433 aa  301  1e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1456  outer membrane porin  40.72 
 
 		 408 aa  300  3e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.126802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  44.7 
 
 		 409 aa  298  1e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4465  porin, putative  41.59 
 
 		 450 aa  298  2e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00889462 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  38.89 
 
 		 412 aa  296  4e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17890  putative porin  40.94 
 
 		 416 aa  295  1e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1363  outer membrane porin  39.72 
 
 		 408 aa  293  4e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.475695  normal  0.0504292 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  41.69 
 
 		 418 aa  293  5e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  43.75 
 
 		 409 aa  293  6e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  40.98 
 
 		 418 aa  290  4e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  40.59 
 
 		 410 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  39.86 
 
 		 417 aa  286  4e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  40.27 
 
 		 410 aa  285  9e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  39.3 
 
 		 416 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  40.27 
 
 		 410 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  37 
 
 		 429 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  37.07 
 
 		 433 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  39.69 
 
 		 416 aa  283  6.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  39.3 
 
 		 416 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  36.78 
 
 		 433 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  39.42 
 
 		 420 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2563  outer membrane porin  37.28 
 
 		 427 aa  280  4e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0910723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  39.08 
 
 		 416 aa  280  4e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  36.4 
 
 		 433 aa  279  7e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1554  putative porin  39.29 
 
 		 416 aa  277  3e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3121  outer membrane porin  37.3 
 
 		 424 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  38.86 
 
 		 416 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3341  outer membrane porin  41.4 
 
 		 437 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  38.05 
 
 		 420 aa  273  3e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  38.79 
 
 		 416 aa  271  1e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  40.09 
 
 		 415 aa  271  1e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  37.58 
 
 		 431 aa  270  4e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  36.07 
 
 		 423 aa  269  5.9999999999999995e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3390  porin, putative  36.32 
 
 		 426 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.808043  normal  0.355784 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  36.89 
 
 		 431 aa  268  1e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2730  outer membrane porin  37.31 
 
 		 440 aa  268  2e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  37.12 
 
 		 417 aa  266  4e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  38.43 
 
 		 418 aa  264  3e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  37.34 
 
 		 417 aa  263  4e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42090  outer membrane porin, OprD family  37.08 
 
 		 427 aa  262  6.999999999999999e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  38.05 
 
 		 418 aa  261  2e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15150  outer membrane porin  37.7 
 
 		 423 aa  261  2e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.350785  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1987  outer membrane porin  38.01 
 
 		 430 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.6739 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14210  outer membrane porin  37.24 
 
 		 423 aa  259  8e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2946  outer membrane porin, OprD family  36.42 
 
 		 440 aa  257  3e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153867  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  36.36 
 
 		 417 aa  252  9.000000000000001e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  36.96 
 
 		 418 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  37.41 
 
 		 418 aa  250  3e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  36.28 
 
 		 422 aa  251  3e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  37.16 
 
 		 419 aa  250  4e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  36.73 
 
 		 418 aa  250  4e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  37.05 
 
 		 417 aa  249  5e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3201  outer membrane porin  35.84 
 
 		 415 aa  245  9e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.27407  normal  0.0173746 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  36.36 
 
 		 417 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1054  outer membrane porin, OprD family  35.03 
 
 		 422 aa  243  6e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17320  outer membrane porin  36.24 
 
 		 402 aa  241  1e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  36.2 
 
 		 412 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  37.5 
 
 		 416 aa  240  4e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  35.81 
 
 		 430 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>