More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3437 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_3437  secretion protein HlyD family protein  100 
 
 		 347 aa  684    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.319469  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.55 
 
 		 380 aa  75.5  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1057  RND family efflux transporter MFP subunit  29.19 
 
 		 373 aa  75.1  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.347653 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2823  HlyD family secretion protein  25.7 
 
 		 329 aa  73.6  0.000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  26.79 
 
 		 365 aa  73.6  0.000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2397  secretion protein HlyD family protein  26.57 
 
 		 289 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.689244  normal  0.456873 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2674  secretion protein HlyD family protein  26.22 
 
 		 289 aa  70.5  0.00000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0130408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0390  RND efflux system, membrane fusion protein CmeA  26.25 
 
 		 367 aa  68.9  0.0000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2020  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.58 
 
 		 414 aa  68.9  0.0000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.152554 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0659  secretion protein HlyD  25.57 
 
 		 335 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0195539 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1989  RND family efflux transporter MFP subunit  22.88 
 
 		 379 aa  67.4  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  26.05 
 
 		 369 aa  66.2  0.0000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0416  RND efflux system, membrane fusion protein CmeA  25.87 
 
 		 367 aa  65.9  0.000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2356  secretion protein HlyD family protein  25.17 
 
 		 293 aa  65.9  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0880  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.06 
 
 		 397 aa  65.5  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.995952  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5959  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.96 
 
 		 383 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.42426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0290  putative transporter  24.22 
 
 		 383 aa  63.9  0.000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.507974  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8250  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.23 
 
 		 368 aa  63.9  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673804  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0276  transporter, putative  24.22 
 
 		 383 aa  63.5  0.000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  25.94 
 
 		 391 aa  63.5  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1590  RND efflux system, membrane fusion protein CmeA  26.64 
 
 		 367 aa  63.5  0.000000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  25.39 
 
 		 351 aa  63.2  0.000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1548  secretion protein HlyD  24.42 
 
 		 466 aa  62  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0420429  normal  0.648627 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0527  RND family efflux transporter MFP subunit  24.26 
 
 		 376 aa  62  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  25.39 
 
 		 351 aa  62.4  0.00000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0108  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.75 
 
 		 458 aa  62.8  0.00000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  29.37 
 
 		 421 aa  61.2  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  27.23 
 
 		 372 aa  61.2  0.00000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0766  HlyD family secretion protein  23.86 
 
 		 392 aa  60.8  0.00000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3234  hypothetical protein  25.23 
 
 		 309 aa  61.2  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.475662  normal  0.284484 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  23.45 
 
 		 381 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  25.98 
 
 		 372 aa  60.8  0.00000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1650  secretion protein HlyD  21.58 
 
 		 397 aa  60.5  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  24.71 
 
 		 340 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.59 
 
 		 465 aa  60.1  0.00000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000291349 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2901  RND family efflux transporter MFP subunit  24.54 
 
 		 394 aa  60.1  0.00000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.28 
 
 		 356 aa  60.1  0.00000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0088  RND family efflux transporter MFP subunit  24.52 
 
 		 468 aa  60.1  0.00000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  24.14 
 
 		 382 aa  60.1  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1586  secretion protein HlyD family protein  26.91 
 
 		 328 aa  60.1  0.00000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.125031  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.63 
 
 		 399 aa  59.7  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2474  RND family efflux transporter MFP subunit  29.39 
 
 		 344 aa  59.7  0.00000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.913937 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0758  HlyD family secretion protein  26.5 
 
 		 288 aa  59.3  0.00000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0191383  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1129  secretion protein HlyD  28.91 
 
 		 368 aa  59.3  0.00000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.827247  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.09 
 
 		 460 aa  59.3  0.00000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  25.64 
 
 		 372 aa  58.9  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3735  RND family efflux transporter MFP subunit  21.99 
 
 		 410 aa  58.5  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  25.59 
 
 		 372 aa  58.9  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0627  RND family efflux transporter MFP subunit  21.99 
 
 		 405 aa  58.9  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0237  RND family efflux transporter MFP subunit  23.93 
 
 		 397 aa  58.9  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0650  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.99 
 
 		 410 aa  59.3  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2284  secretion protein HlyD  26.63 
 
 		 403 aa  58.2  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.831641  normal  0.154042 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  23.35 
 
 		 352 aa  57.8  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2050  secretion protein HlyD  26.77 
 
 		 426 aa  58.2  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  27.04 
 
 		 376 aa  58.2  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.64 
 
 		 363 aa  58.2  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0654  RND family efflux transporter MFP subunit  21.99 
 
 		 410 aa  58.2  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  24.21 
 
 		 376 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.64 
 
 		 363 aa  58.2  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.4 
 
 		 336 aa  58.2  0.0000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000138483  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2174  RND family efflux transporter MFP subunit  27.41 
 
 		 394 aa  58.2  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.290725  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3566  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.62 
 
 		 671 aa  57.4  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.707704  normal  0.0791052 
 
 
-
 
NC_004310  BR1089  hypothetical protein  27.82 
 
 		 382 aa  57.8  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05040  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.81 
 
 		 509 aa  57.8  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00959096  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  24.21 
 
 		 375 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3643  secretion protein HlyD  28.17 
 
 		 400 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.870857  normal  0.0330116 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1531  secretion protein HlyD  25 
 
 		 406 aa  57.8  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000126911  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1731  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.2 
 
 		 402 aa  57.4  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1809  secretion protein HlyD  23.42 
 
 		 397 aa  57.8  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2846  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  24.87 
 
 		 396 aa  57.8  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  25.26 
 
 		 372 aa  57.4  0.0000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0816  HlyD family secretion protein  22.73 
 
 		 328 aa  57.4  0.0000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  25 
 
 		 380 aa  57  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2197  secretion protein HlyD  25.57 
 
 		 446 aa  57.4  0.0000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.378347  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0123  hypothetical protein  25.11 
 
 		 310 aa  57.4  0.0000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3367  RND family efflux transporter MFP subunit  25.98 
 
 		 480 aa  57.4  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.324035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3492  secretion protein HlyD  32.45 
 
 		 545 aa  57  0.0000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.341782 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0341  RND family efflux transporter MFP subunit  23.88 
 
 		 375 aa  56.6  0.0000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.666034  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0466  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 372 aa  56.6  0.0000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.808341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01444  hypothetical protein  25.49 
 
 		 350 aa  56.6  0.0000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03361  multidrug resistance efflux transporter  27.56 
 
 		 385 aa  56.6  0.0000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0200  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.56 
 
 		 385 aa  56.6  0.0000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3715  multidrug efflux system protein MdtE  27.56 
 
 		 385 aa  56.6  0.0000007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00203932  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.82 
 
 		 380 aa  56.6  0.0000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0204  multidrug efflux system protein MdtE  27.56 
 
 		 385 aa  56.6  0.0000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0378135 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4873  multidrug efflux system protein MdtE  27.56 
 
 		 385 aa  56.6  0.0000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3999  multidrug efflux system protein MdtE  27.56 
 
 		 385 aa  56.6  0.0000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3911  multidrug efflux system protein MdtE  27.56 
 
 		 385 aa  56.6  0.0000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3816  multidrug efflux system protein MdtE  27.56 
 
 		 385 aa  56.6  0.0000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0409403 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03314  hypothetical protein  27.56 
 
 		 385 aa  56.6  0.0000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1389  HlyD family secretion protein  22.59 
 
 		 435 aa  55.8  0.0000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.379904  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  22.43 
 
 		 380 aa  56.2  0.0000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3468  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.56 
 
 		 393 aa  55.5  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.143252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2237  secretion protein HlyD  26.4 
 
 		 377 aa  55.8  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  23.02 
 
 		 369 aa  55.5  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2607  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.29 
 
 		 422 aa  55.8  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.113369  normal  0.140751 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2165  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.22 
 
 		 456 aa  55.5  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  27.42 
 
 		 374 aa  55.5  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0551  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.77 
 
 		 411 aa  55.5  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1570  RND family efflux transporter MFP subunit  26.92 
 
 		 375 aa  55.8  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.628485  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>