More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2079 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_2079  diguanylate cyclase  100 
 
 		 243 aa  478  1e-134  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000777268  hitchhiker  0.0000000000000132313 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2568  diguanylate cyclase  45.76 
 
 		 254 aa  206  2e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0905  diguanylate cyclase  49.49 
 
 		 239 aa  186  3e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0585872 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2363  diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 214 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.630601  normal  0.137832 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6847  diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 242 aa  126  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.94 
 
 		 407 aa  124  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4653  diguanylate cyclase  44.08 
 
 		 242 aa  123  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1237  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 227 aa  124  2e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 312 aa  122  7e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1448  diguanylate cyclase  43.05 
 
 		 252 aa  119  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1425  GGDEF domain-containing protein  43.29 
 
 		 247 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3959  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 227 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.269646  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  36.71 
 
 		 413 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  32.51 
 
 		 565 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  35.36 
 
 		 340 aa  116  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 583 aa  116  3.9999999999999997e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  38.65 
 
 		 319 aa  115  5e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2805  diguanylate cyclase  32.65 
 
 		 236 aa  114  1.0000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.726204  normal  0.387546 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3536  GGDEF domain-containing protein  32.79 
 
 		 536 aa  113  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.51 
 
 		 975 aa  113  2.0000000000000002e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.7 
 
 		 994 aa  114  2.0000000000000002e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 446 aa  113  3e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.26 
 
 		 578 aa  112  6e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 336 aa  112  7.000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1225  GGDEF domain-containing protein  33.51 
 
 		 517 aa  111  9e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.489016  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4127  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 305 aa  111  9e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0339065  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  34.22 
 
 		 477 aa  110  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  37.13 
 
 		 1073 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2431  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 329 aa  109  3e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.966679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4153  diguanylate cyclase  37.99 
 
 		 305 aa  109  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0335  PAS sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.61 
 
 		 979 aa  109  4.0000000000000004e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000621491  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 261 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1868  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 301 aa  108  5e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 385 aa  108  8.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  32.77 
 
 		 451 aa  108  9.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 403 aa  107  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3754  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 512 aa  107  1e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.67 
 
 		 772 aa  107  1e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0214  diguanylate cyclase  31.68 
 
 		 362 aa  108  1e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2219  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 413 aa  108  1e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.568447  normal  0.728186 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4011  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 305 aa  107  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.156035  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  35.23 
 
 		 401 aa  108  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2682  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  37.31 
 
 		 596 aa  107  2e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.63 
 
 		 563 aa  107  2e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  34.76 
 
 		 354 aa  107  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  37.01 
 
 		 432 aa  107  2e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 		 512 aa  106  3e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  33.12 
 
 		 388 aa  106  3e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 555 aa  106  3e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003556  GGDEF family protein  39.49 
 
 		 513 aa  106  3e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000111859  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.82 
 
 		 419 aa  106  3e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.21 
 
 		 708 aa  106  4e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0245048  normal  0.0798721 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.37 
 
 		 686 aa  106  4e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1211  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.38 
 
 		 587 aa  105  5e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0242812 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.73 
 
 		 441 aa  105  5e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0803  diguanylate cyclase  34.73 
 
 		 346 aa  105  5e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.42 
 
 		 572 aa  105  6e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 507 aa  105  6e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14870  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 462 aa  105  7e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.024895  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2763  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.95 
 
 		 820 aa  105  7e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.64 
 
 		 728 aa  105  7e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.69 
 
 		 308 aa  105  8e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.48 
 
 		 901 aa  105  8e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.69 
 
 		 308 aa  105  8e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0226  PAS sensor diguanylate cyclase and phophodiesterase  38.04 
 
 		 591 aa  105  9e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 507 aa  105  9e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  37.09 
 
 		 432 aa  104  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  33.19 
 
 		 638 aa  104  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 395 aa  104  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4004  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.47 
 
 		 820 aa  104  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00611465  normal  0.165942 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.58 
 
 		 1078 aa  104  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2835  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 231 aa  104  1e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3776  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 427 aa  105  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  40.13 
 
 		 345 aa  104  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.26 
 
 		 710 aa  104  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0054  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.15 
 
 		 467 aa  104  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0284  diguanylate cyclase  35 
 
 		 391 aa  104  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.879349  unclonable  0.0000000000722624 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1194  diguanylate cyclase  38.62 
 
 		 471 aa  103  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.361877  normal  0.129887 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1014  diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 552 aa  103  2e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.737518 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.07 
 
 		 317 aa  103  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4684  GGDEF domain-containing protein  34.78 
 
 		 266 aa  103  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 610 aa  104  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.87 
 
 		 496 aa  103  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  33.16 
 
 		 464 aa  103  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.07 
 
 		 317 aa  103  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01448  predicted diguanylate cyclase  36.72 
 
 		 347 aa  103  3e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2157  diguanylate cyclase  36.72 
 
 		 460 aa  103  3e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0941263  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2167  diguanylate cyclase  36.72 
 
 		 460 aa  103  3e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0116704  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2103  diguanylate cyclase  36.72 
 
 		 460 aa  103  3e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1575  diguanylate cyclase  36.72 
 
 		 460 aa  103  3e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 395 aa  103  3e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1679  diguanylate cyclase  36.72 
 
 		 460 aa  103  3e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01461  hypothetical protein  36.72 
 
 		 347 aa  103  3e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 401 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  37.27 
 
 		 470 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1683  diguanylate cyclase  36.72 
 
 		 460 aa  103  3e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  35.26 
 
 		 321 aa  103  3e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.88 
 
 		 769 aa  103  3e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3868  diguanylate cyclase  34.21 
 
 		 517 aa  102  4e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01667  sensory box/GGDEF domain protein  36.26 
 
 		 304 aa  102  4e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.753306  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>