100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2588 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2588  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 169 aa  338  2e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2905  MarR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 146 aa  193  8.000000000000001e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.607898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3505  transcriptional regulator  66.43 
 
 		 150 aa  193  8.000000000000001e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.54422 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0297  MarR family transcriptional regulator  63.57 
 
 		 147 aa  188  2e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1191  MarR family transcriptional regulator  68.57 
 
 		 147 aa  187  5.999999999999999e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2853  MarR family transcriptional regulator  68.57 
 
 		 147 aa  187  5.999999999999999e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2630  MarR family transcriptional regulator  68.57 
 
 		 147 aa  187  9e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2156  MarR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 149 aa  93.2  1e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.309687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4830  MarR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 157 aa  54.7  0.0000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.538912  normal  0.641937 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1154  MarR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 164 aa  51.6  0.000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.246648  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2120  MarR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 164 aa  51.6  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.401109  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1595  MarR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 164 aa  51.6  0.000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000929046  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0906  MarR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 164 aa  51.6  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.670814  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1975  MarR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 164 aa  51.6  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0792948  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1958  MarR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 164 aa  51.6  0.000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0255  MarR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 164 aa  51.6  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0931  MarR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 168 aa  49.3  0.00003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2325  transcription regulator protein  35.8 
 
 		 165 aa  48.5  0.00004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.23825 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4941  transcriptional regulator, MarR family  31.09 
 
 		 173 aa  48.5  0.00004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.497711  normal  0.847293 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2003  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 144 aa  48.9  0.00004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2978  MarR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 170 aa  48.1  0.00006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.575889  normal  0.158224 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3159  MarR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 164 aa  48.1  0.00006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1653  MarR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 177 aa  47.8  0.00007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.959419  normal  0.745484 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4243  putative transcriptional regulator, MarR family  38.55 
 
 		 171 aa  47.8  0.00008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0515432 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3109  MarR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 154 aa  47.8  0.00008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.0089778  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3838  MarR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 154 aa  47.8  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1200  MarR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 176 aa  47.4  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2149  MarR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 142 aa  47  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3587  transcriptional regulator, MarR family  45.59 
 
 		 161 aa  47  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.84675  normal  0.423141 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1680  MarR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 176 aa  47.4  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.32582  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2195  MarR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 142 aa  47  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0273493 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2391  MarR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 164 aa  47.4  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.631724  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4833  MarR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 171 aa  46.6  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0190752 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2690  transcriptional regulator, MarR family  30.43 
 
 		 175 aa  45.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179811  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2454  transcriptional regulator, MarR family  38.55 
 
 		 168 aa  45.8  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2136  MarR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 142 aa  45.8  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00095835 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5248  transcriptional regulator, MarR family  32.97 
 
 		 172 aa  45.8  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0549534  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1608  MarR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 151 aa  45.4  0.0004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0698671 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7677  hypothetical protein  36.47 
 
 		 162 aa  45.1  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00437604  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2076  transcriptional regulator, MarR family  27.27 
 
 		 171 aa  45.4  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1952  transcriptional regulator, MarR family  32.43 
 
 		 162 aa  45.4  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4103  MarR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 177 aa  45.1  0.0005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.595452 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1559  MarR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 142 aa  45.1  0.0005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.184935 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0282  MarR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 157 aa  45.1  0.0005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.486948  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1589  transcriptional regulator, MarR family  35.56 
 
 		 153 aa  44.7  0.0006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2670  regulatory protein MarR  24.24 
 
 		 132 aa  44.7  0.0006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2581  MarR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 167 aa  44.7  0.0007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.562153 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4520  MarR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 168 aa  44.3  0.0009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.664155  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4285  transcriptional regulator, MarR family  31.96 
 
 		 166 aa  43.9  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1729  regulatory protein, MarR  30.93 
 
 		 162 aa  43.5  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15420  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 158 aa  43.9  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.481321  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3618  transcriptional regulator, MarR family  31.73 
 
 		 167 aa  43.5  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0362  transcriptional regulator, MarR family  29.92 
 
 		 177 aa  42.7  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0118  transcriptional regulator, MarR family  39.24 
 
 		 164 aa  43.1  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.466512  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2040  transcriptional regulator, MarR family  40.35 
 
 		 147 aa  43.1  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.220798  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2713  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 196 aa  43.1  0.002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0991  transcriptional regulator, MarR family  35.96 
 
 		 166 aa  43.1  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1949  transcriptional regulator, MarR family  30.7 
 
 		 166 aa  43.1  0.002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3500  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 164 aa  43.1  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2019  MarR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 147 aa  42.4  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0472428  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3612  MarR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 171 aa  42.7  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.463026  normal  0.818554 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1941  MarR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 147 aa  42.4  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23820  transcriptional regulator  28.99 
 
 		 149 aa  42.4  0.003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2307  transcriptional regulator, MarR family  30.83 
 
 		 149 aa  42.4  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.581889 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5560  MarR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 170 aa  42.7  0.003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813118  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1959  transcriptional regulator, MarR family  20.38 
 
 		 156 aa  42.4  0.003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1758  MarR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 147 aa  42.4  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1775  MarR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 147 aa  42.4  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2650  transcriptional regulator, MarR family  25.77 
 
 		 150 aa  42.4  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000038621  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1976  transcriptional regulator, MarR family  40.35 
 
 		 147 aa  42.4  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.19608e-17 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3388  transcriptional regulator, MarR family  33.73 
 
 		 147 aa  42.4  0.003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.228897  hitchhiker  0.000000000214754 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1940  transcriptional regulator, MarR family  33.73 
 
 		 147 aa  42.4  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1196  MarR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 155 aa  42.7  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3804  MarR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 185 aa  42.4  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.546626 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1806  MarR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 147 aa  42.7  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1801  MarR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 147 aa  42.4  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1499  MarR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 166 aa  42  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.364247  normal  0.593095 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0178  MarR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 158 aa  42  0.004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4184  transcriptional regulator, MarR family  34.57 
 
 		 174 aa  42  0.004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5531  transcriptional regulator, TrmB  34.74 
 
 		 158 aa  42  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.412859  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0390  transcriptional regulator, MarR family  35.11 
 
 		 165 aa  42  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.471092  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1580  MarR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 177 aa  42  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0153854  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1346  MarR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 155 aa  42  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1827  MarR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 153 aa  41.6  0.005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.331239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0378  transcriptional regulator, MarR family  42.65 
 
 		 154 aa  41.6  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.190004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4303  transcriptional regulator, MarR family  22.86 
 
 		 152 aa  41.2  0.006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4993  MarR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 169 aa  41.6  0.006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3545  MarR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 161 aa  41.2  0.007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.359326  normal  0.253547 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1453  transcriptional regulator, MarR family  37.14 
 
 		 143 aa  41.2  0.007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3645  MarR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 160 aa  41.2  0.008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.610446  normal  0.0262882 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3853  regulatory protein, MarR  37.18 
 
 		 162 aa  40.8  0.008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.295322  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3891  hypothetical protein  29.17 
 
 		 150 aa  41.2  0.008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3567  transcriptional regulator, MarR family  31.25 
 
 		 143 aa  40.8  0.008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1523  MarR family transcriptional regulator  21.5 
 
 		 137 aa  40.8  0.008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2739  transcriptional regulator, MarR family  28.91 
 
 		 157 aa  41.2  0.008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1503  MarR family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 189 aa  41.2  0.008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.481743  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1679  transcriptional regulator, TrmB  24.3 
 
 		 141 aa  40.8  0.009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.995926  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0804  MarR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 140 aa  40.8  0.009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0300  transcriptional regulator MarR family  31.25 
 
 		 149 aa  40.8  0.01  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4209  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 187 aa  40.8  0.01  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>